AMPD3 - AMPD3

AMPD3
Идентификаторы
ПсевдонимыAMPD3, аденозинмонофосфат дезаминаза 3
Внешние идентификаторыOMIM: 102772 MGI: 1096344 ГомолоГен: 408 Генные карты: AMPD3
Расположение гена (человек)
Хромосома 11 (человек)
Chr.Хромосома 11 (человек)[1]
Хромосома 11 (человек)
Геномное расположение AMPD3
Геномное расположение AMPD3
Группа11п15.4Начните10,308,313 бп[1]
Конец10,507,579 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE AMPD3 207992 s в формате fs.png

PBB GE AMPD3 209491 s в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

272

11717

Ансамбль

ENSG00000133805

ENSMUSG00000005686

UniProt

Q01432

O08739

RefSeq (мРНК)

NM_001172431
NM_000480
NM_001025389
NM_001025390
NM_001172430

NM_001276301
NM_009667
NM_001372439
NM_001372441

RefSeq (белок)

NP_000471
NP_001020560
NP_001020561
NP_001165901
NP_001165902

NP_001263230
NP_033797
NP_001359368
NP_001359370

Расположение (UCSC)Chr 11: 10.31 - 10.51 МбChr 7: 110,77 - 110,81 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

AMP дезаминаза 3 является фермент что у людей кодируется AMPD3 ген.[5][6]

Этот ген кодирует член AMP дезаминаза генная семья. Кодируемый белок представляет собой строго регулируемый фермент, который катализирует гидролитическое дезаминирование аденозинмонофосфата до инозинмонофосфата, точку разветвления в катаболическом пути аденилата. Этот ген кодирует изоформы эритроцитов (E), тогда как другие члены семейства кодируют изоформы, которые преобладают в мышечных (M) и печеночных (L) клетках. Мутации в этом гене приводят к клинически бессимптомному, аутосомно-рецессивному состоянию эритроцитарной недостаточности АМФ-дезаминазы. Описаны альтернативно сплайсированные варианты транскриптов, кодирующие различные изоформы этого гена.[6]

Модельные организмы

Модельные организмы были использованы при изучении функции AMPD3. Условный нокаутирующая мышь линия, называемая Ampd3tm2a (КОМП) Wtsi[12][13] был создан как часть Международный консорциум Knockout Mouse программа - проект по мутагенезу с высокой пропускной способностью для создания и распространения моделей болезней на животных среди заинтересованных ученых.[14][15][16]

Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг для определения последствий удаления.[10][17] Было проведено 28 испытаний мутант мышей и четыре значительных отклонения от нормы.[10] У мутантных животных уровень IgG1 был повышен. губчатая кость толщина, уменьшение количества B-клеток / увеличение количества гранулоцитов и необычная гистопатология головного мозга (толщина радиальный слой был уменьшен, а спинной 3-й желудочек площадь была увеличена).[10]

Вторая линия мыши, называемая Ampd3T689A, был создан ЕНУ мутагенез.[18] Эта мышь несет мутацию, которая увеличивает функцию AMPD3. Животные-мутанты резко снизили эритроцит срок службы, циклический эритропоэз, спленомегалия, и устойчивость к заражению Плазмодий чабауди.[18]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000133805 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000005686 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Манке-Зизельман Д.К., Сабина Р.Л. (октябрь 1992 г.). «Клонирование кДНК изоформы E человеческой AMP дезаминазы. Доказательства третьего гена AMPD, демонстрирующего альтернативно сплайсированные 5'-экзоны». Журнал биологической химии. 267 (29): 20866–77. PMID  1400401.
  6. ^ а б «Ген Entrez: аденозинмонофосфат дезаминаза AMPD3 (изоформа E)».
  7. ^ «Данные лимфоцитов периферической крови для Ampd3». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
  8. ^ "Сальмонелла данные о заражении Ampd3 ". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
  9. ^ "Citrobacter данные о заражении Ampd3 ". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
  10. ^ а б c d Гердин А.К. (2010). "Программа генетики Sanger Mouse: характеристика мышей с высокой пропускной способностью". Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID  85911512.
  11. ^ Портал ресурсов мыши, Институт Wellcome Trust Sanger.
  12. ^ «Международный консорциум нокаут-мышей».
  13. ^ "Информатика генома мыши".
  14. ^ Скарнес В.К., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт А.Ф., Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК  3572410. PMID  21677750.
  15. ^ Долгин Е. (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID  21677718. S2CID  39281705.
  16. ^ Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID  17218247. S2CID  18872015.
  17. ^ ван дер Вейден Л., Уайт Дж. К., Адамс Д. Д., Логан Д. В. (июнь 2011 г.). «Набор инструментов генетики мышей: раскрытие функции и механизма». Геномная биология. 12 (6): 224. Дои:10.1186 / gb-2011-12-6-224. ЧВК  3218837. PMID  21722353.
  18. ^ а б Hortle E, Nijagal B, Bauer DC, Jensen LM, Ahn SB, Cockburn IA, Lampkin S, Tull D, McConville MJ, McMorran BJ, Foote SJ, Burgio G (сентябрь 2016 г.). «Активация аденозинмонофосфат дезаминазы 3 сокращает период полувыведения эритроцитов и обеспечивает устойчивость к малярии у мышей». Кровь. 128 (9): 1290–301. Дои:10.1182 / кровь-2015-09-666834. ЧВК  5009516. PMID  27465915.

внешняя ссылка

дальнейшее чтение

  • Зыдово М.М. (1994). «Регуляторные эффекты липидно-цитозольного ферментного взаимодействия: АМФ-дезаминаза». Acta Biochimica Polonica. 40 (4): 429–32. Дои:10.18388 / abp.1993_4780. PMID  8140814.
  • Ямада Ю., Гото Х., Огасавара Н. (ноябрь 1992 г.). «Клонирование и нуклеотидная последовательность кДНК, кодирующей человеческие эритроцит-специфические AMP дезаминазы». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Структура и экспрессия гена. 1171 (1): 125–8. Дои:10.1016 / 0167-4781 (92) 90153-Q. PMID  1420359.
  • Огасавара Н., Гото Х., Ямада И., Нишигаки И., Ито Т., Хасэгава И., Парк К.С. (январь 1987 г.). «Дефицит АМФ дезаминазы в эритроцитах». Генетика человека. 75 (1): 15–8. Дои:10.1007 / BF00273831 (неактивно 12.11.2020). PMID  3804327.CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на ноябрь 2020 г. (ссылка на сайт)
  • Ямада И., Гото Х., Мурасе Т., Огасавара Н. (декабрь 1994 г.). «Молекулярная основа дефицита АМФ дезаминазы в эритроцитах человека: скрининг на основные точечные мутации и идентификация других мутаций». Молекулярная генетика человека. 3 (12): 2243–5. Дои:10.1093 / hmg / 3.12.2243. PMID  7881427.
  • Ямада Ю., Гото Х., Огасавара Н. (февраль 1994 г.). «Точечная мутация, ответственная за дефицит АМФ дезаминазы в эритроцитах человека». Молекулярная генетика человека. 3 (2): 331–4. Дои:10.1093 / hmg / 3.2.331. PMID  8004104.
  • Манке-Зизельман Д.К., Эдди Р., Показывает ТБ, Сабина Р.Л. (апрель 1996 г.). «Характеристика гена AMPD3 человека показывает, что использование 5'-экзона находится под контролем транскрипции с помощью трех тандемных промоторов и альтернативного сплайсинга». Biochimica et Biophysica Acta. 1306 (1): 75–92. Дои:10.1016/0167-4781(95)00231-6. PMID  8611627.
  • Фортуин Ф. Д., Морисаки Т., Холмс Е. В. (июль 1996 г.). «Субъединичный состав AMPD варьируется в ответ на изменения экспрессии генов AMPD1 и AMPD3 в скелетных мышцах». Труды ассоциации американских врачей. 108 (4): 329–33. PMID  8863347.
  • Манке-Зизельман Д.К., Д'куна Дж., Войнар Дж. М., Брогли М.А., Сабина Р.Л. (сентябрь 1997 г.). «Регулирование крысиного AMP дезаминазы 3 (изоформа C) путем развития и типа волокон скелетных мышц». Биохимический журнал. 326 (Pt 2) (2): 521–9. Дои:10.1042 / bj3260521. ЧВК  1218700. PMID  9291127.
  • Ямада Й, Гото Х, Вакамацу Н., Огасавара Н. (2001). «Редкий случай полной недостаточности АМФ-дезаминазы в эритроцитах человека из-за двух новых миссенс-мутаций в AMPD3». Человеческая мутация. 17 (1): 78. Дои:10.1002 / 1098-1004 (2001) 17: 1 <78 :: AID-HUMU21> 3.0.CO; 2-B. PMID  11139257.
  • Манке-Зизельман Д.К., Сабина Р.Л. (ноябрь 2002 г.). «N-концевая последовательность и дистальные остатки гистидина ответственны за pH-регулируемое связывание цитоплазматической мембраны изоформы E человеческой AMP дезаминазы». Журнал биологической химии. 277 (45): 42654–62. Дои:10.1074 / jbc.M203473200. PMID  12213808. S2CID  25657474.
  • Tomikura Y, Hisatome I, Tsuboi M, Yamawaki M, Shimoyama M, Yamamoto Y, Sasaki N, Ogino K, Igawa O, Shigemasa C, Ishiguro S, Ohgi S, Nanba E, Shiota G, Morisaki H, Morisaki T, Kitakaze M (Март 2003 г.). «Координированная индукция AMP дезаминазы в предсердии человека с делецией митохондриальной ДНК» (PDF). Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 302 (2): 372–6. Дои:10.1016 / S0006-291X (03) 00160-8. PMID  12604357.
  • Манке Д.К., Сабина Р.Л. (апрель 2005 г.). «Кальций активирует дезаминазу AMP эритроцитов [изоформа E (AMPD3)] посредством белок-белкового взаимодействия между кальмодулином и N-концевым доменом полипептида AMPD3». Биохимия. 44 (14): 5551–9. Дои:10.1021 / bi048121p. PMID  15807549.
  • Сабина Р.Л., Вальденстрём А., Ронквист Г. (май 2006 г.). «Вклад Са + кальмодулин активации человеческой эритроцитарной AMP дезаминазы (изоформа E) в метаболическую дисрегуляцию эритроцитов при семейной недостаточности фосфофруктокиназы». Haematologica. 91 (5): 652–5. PMID  16670071.