Эндрю Касарскис - Википедия - Andrew Kasarskis

Эндрю Касарскис
Андрей Касарскис-1.jpg
Родившийся (1972-11-02) 2 ноября 1972 г. (48 лет)
Мэдисон, Висконсин
ГражданствоАмериканец
Альма-матерУниверситет Кентукки
Калифорнийский университет в Беркли
Научная карьера
ПоляБиоинформатика, геномика
УчрежденияМедицинская школа Икана на горе Синай
Институт геномики и многомасштабной биологии Икана

Эндрю Касарскис (родился 2 ноября 1972 г.) - американский биолог. Он является директором по данным (CDO) и исполнительным вице-президентом (EVP) в Система здравоохранения горы Синай в Нью-Йорке. Ранее он был заместителем председателя Департамента генетики и геномных наук и содиректором Институт геномики и многомасштабной биологии Икана на Медицинская школа Икана на горе Синай.[1] Касарскис известен тем, что применяет сетевой подход к биологии и руководит первым классом медицинской школы, предлагая студентам возможность полностью секвенировать и проанализировать свои собственные геномы.[2]

ранняя жизнь и образование

Касарскис получил степень бакалавра химии и биологии в Университет Кентукки в 1992 г. В 1998 г. защитил докторскую диссертацию по молекулярной и клеточной биологии Калифорнийский университет в Беркли под руководством Кэтрин Андерсон.[1]

Карьера и исследования

На протяжении всей своей карьеры в промышленности и академических кругах исследования Касарскиса были сосредоточены на использовании генетических и геномных данных вместе с высокопроизводительными вычислениями и передовыми аналитическими инструментами для удовлетворения биомедицинских потребностей и улучшения клинического лечения.

После защиты докторской диссертации в 1988 году Касарскис работал в Стэндфордский Университет в течение двух лет, участвуя в разработке различных баз данных генома. В 2000 году он вошел в промышленность, работая в области вычислительной биологии в DoubleTwist, а затем в Rosetta Inpharmatics (приобретенной Merck Research Laboratories). Его работа там была сосредоточена на создании и анализе сложных наборов биологических данных и использовании этой информации для построения, прогнозирования и моделирования болезней человека. Касарскис также работал на Sage Bionetworks и Тихоокеанские биологические науки прежде чем вернуться в академию.[3]

В 2011 году Касарскис стал заместителем председателя Департамента генетики и геномных наук в Медицинской школе Икана на горе Синай и соруководителем вместе с Эрик Шадт из Института геномики и многомасштабной биологии Икана, где исследования Касарскиса сосредоточены на улучшении показателей здоровья за счет лучшего сбора данных, а его исследовательская программа включает надзор за патогенами на основе секвенирования; фармакогеномика; электронные медицинские карты; и системная биология сна, поведения и стресса.[1] В 2019 году Касарскис был назначен директором по обработке данных и исполнительным вице-президентом Mount Sinai Health System.[4] где он возглавляет усилия по улучшению инфраструктуры клинических данных[5] и использовать данные для улучшения результатов лечения пациентов, ускоряя исследования и инновации.[6][7]

Касарскис известен тем, что руководил первым курсом для аспирантов, который позволил студентам-медикам и аспирантам полностью секвенировать и проанализировать свои собственные геномы, вместе с со-инструкторами Майклом Линдерманом, Джорджем Диазом, Али Баширом и Рэнди Зинбергом. Он сказал, что подобные курсы будут иметь решающее значение для обучения групп людей, способных выполнять этот тип анализа в медицинских условиях. Он выбрал секвенирование всего генома потому что он ожидает более ограниченного секвенирование экзома не будет актуальным технологическим подходом в долгосрочной перспективе.[2]

Касарскис призвал к усовершенствованию протоколов информированного согласия в исследованиях пациентов на основе концепции, согласно которой исследования с участием ДНК не могут быть полностью анонимными. В журнале Nature его цитировали: «Нам нужно выйти за рамки предположения, что вас нельзя идентифицировать по имеющимся о вас данным, и действительно работать над тем, чтобы мы защищали права людей таким образом, чтобы мы могли использовать данные, которые существуют для пользы людей и исследователей ».[8]

В 2019 году Касарскис присоединился к пятилетнему совместному исследованию с Mount Sinai Health System, Sanofi и Sema4, целью которого было дать представление о биологических механизмах астмы с использованием различных наборов данных, таких как клинические данные, геномика, данные иммунологической среды и данные датчиков от устройства для проведения расширенного сетевого моделирования болезни. Касарскис сообщил, что понимание молекулярных основ клинических подтипов астмы в исследовании позволит лучше управлять астмой и может предоставить возможности для открытия новых методов лечения этого заболевания. [9]

Избранные публикации

Фармакогеномика

  • Смит, Кэтрин С .; Ван, Ци; Чин, Чен-Шань; Салерно, Сара; Дэймон, Лорен Э .; Левис, Марк Дж .; Perl, Александр Е .; Трэверс, Кевин Дж .; Ван, Сусана; Хант, Джереми П .; Зарринкар, Патрик П .; Schadt, Eric E .; Касарскис, Андрей; Куриян, Джон; Шах, Нил П. (2012). «Валидация мутаций ITD в FLT3 в качестве терапевтической мишени при остром миелоидном лейкозе человека». Природа. 485 (7397): 260–263. Bibcode:2012Натура.485..260С. Дои:10.1038 / природа11016. ЧВК  3390926. PMID  22504184.
  • Касарскис, Андрей; Ян, Ся; Шадт, Эрик (2011). «Стратегии интегративной геномики для выяснения сложности реакции на лекарства». Фармакогеномика. 12 (12): 1695–1715. Дои:10.2217 / стр.11.115. PMID  22118053.
  • Гаргис, Эми S .; Кальман, Лиза; Берри, Мередит У .; Бик, Дэвид П .; Диммок, Дэвид П .; Хамбух, Тина; Лу, Фэй; Лион, Элейн; Voelkerding, Karl V .; Zehnbauer, Barbara A .; Агарвала, Рича; Беннет, Сара Ф .; Чен, Бин; Chin, Ephrem LH .; Комптон, Джон Дж .; Дас, Сома; Farkas, Daniel H .; Фербер, Мэтью Дж .; Funke, Birgit H .; Furtado, Manohar R .; Ганова-Раева, Лилия М .; Гейгенмюллер, Юте; Gunselman, Sandra J .; Hegde, Madhuri R .; Джонсон, Филип Л. Ф .; Касарскис, Андрей; Кулькарни, Шашикант; Ленк, Томас; Лю, С. Джонатан; и другие. (2012). «Обеспечение качества секвенирования нового поколения в клинической лабораторной практике». Природа Биотехнологии. 30 (11): 1033–1036. Дои:10.1038 / nbt.2403. ЧВК  3827024. PMID  23138292.

Патогены

Комплексное заболевание

Рекомендации

  1. ^ а б c "Эндрю Касарскис - Медицинская школа Икана на горе Синай". Icahn.mssm.edu. Получено 10 июня, 2013.
  2. ^ а б Николас Татонетти. «Вопросы и ответы: Эндрю Касарскис из Mount Sinai об обучении студентов тому, как анализировать свои собственные геномы | Новости клинического секвенирования | Секвенирование». GenomeWeb. Получено 10 июня, 2013.
  3. ^ «БИОМЕДИН 206: Информатика в промышленности - Стэнфордский университет». Stanford.edu. Получено 10 июня, 2013.
  4. ^ «Mount Sinai ускоряет обнаружение и уход за пациентами на основе данных с новой ролью директора по данным | Mount Sinai - Нью-Йорк». Система здравоохранения горы Синай. Получено 9 сентября, 2019.
  5. ^ «Вопросы и ответы: директор по данным Mount Sinai Эндрю Касарскис о новой роли». GenomeWeb. Получено 9 сентября, 2019.
  6. ^ «Mount Sinai ускоряет обнаружение и уход за пациентами на основе данных с новой ролью директора по данным | Mount Sinai - Нью-Йорк». Система здравоохранения горы Синай. Получено 9 сентября, 2019.
  7. ^ «Система здравоохранения Mount Sinai выбирает первого директора по данным: 6 вещей, которые нужно знать». www.beckershospitalreview.com. Получено 9 сентября, 2019.
  8. ^ Отметьте Хайден, Эрика (25 апреля 2012 г.). «Проект открытых данных призван облегчить путь для геномных исследований». Новости природы. Nature.com. Дои:10.1038 / природа.2012.10507. Получено 10 июня, 2013.
  9. ^ «Санофи, Sema4 и Mount Sinai сотрудничают в крупнейшем подобном исследовании астмы | Mount Sinai - Нью-Йорк». Система здравоохранения горы Синай. Получено 9 сентября, 2019.