Тихоокеанские биологические науки - Pacific Biosciences

Координаты: 37 ° 28′43 ″ с.ш. 122 ° 09′03 ″ з.д. / 37,4787 ° с.ш.122,1507 ° з.д. / 37.4787; -122.1507 (штаб-квартира)

Pacific Biosciences of California, Inc.
Общественные
Торгуется какNASDAQ: PACB
Russell 2000 Компонент
ПромышленностьБиотехнологии
Основан2004 (2004)
Штаб-квартира
Менло-Парк, Калифорния
,
Соединенные Штаты
Ключевые люди
  • Кристиан Генри, генеральный директор и президент
  • Джон Ф. Миллиган, доктор философии. Председатель правления
ДоходУвеличивать 90,9 миллиона долларов США (2019)[1]
Количество работников
400
Интернет сайтТихоокеанский регион.com

Pacific Biosciences of California, Inc. американец биотехнологическая компания основана в 2004 году и занимается разработкой и производством систем для секвенирование генов и некоторые новые биологические наблюдения в реальном времени.[2][3][неудачная проверка ] PacBio описывает свою платформу как секвенирование одной молекулы в реальном времени (SMRT), основанный на свойствах нулевые волноводы.

История

Компания была основана на основе исследований, проведенных в Корнелл Университет которые сочетают в себе обработку полупроводников и фотоника с биотехнологическими исследованиями.[2] Трое аспирантов в лаборатории профессора Гарольд Крейгхед - Стив Тернер, Джонас Корлах и Матье Фоке - стали первыми сотрудниками.

Это началось под названием Nanofluidics, Inc. Компания собрала почти АМЕРИКАНСКИЙ ДОЛЛАР$ 400000000 в шести раундах первичного венчурное финансирование, что сделало его одним из самых капитализированных стартапов в 2010 году, что привело к их публичному размещению в октябре того же года.[4] Ключевыми инвесторами были Mohr Davidow Ventures, Кляйнер, Перкинс, Кауфилд и Байерс, Alloy Ventures и Wellcome Trust.[2]

Первый коммерческий продукт компании, PacBio RS, был продан ограниченному кругу клиентов в 2010 году и был выпущен в продажу в начале 2011 года.[5][6] Следующая версия секвенсора под названием PacBio RS II была выпущена в апреле 2013 года.[7] 25 сентября 2013 года партнерство между Pacific Biosciences и Рош Диагностика было объявлено о разработке in vitro диагностика продукты, использующие эту технологию, а Рош предоставляет АМЕРИКАНСКИЙ ДОЛЛАР$ 75000000 в сделке.[8][9] В 2015 году компания выпустила новый инструмент для секвенирования под названием Sequel System, производительность которого примерно в 7 раз выше, чем у PacBio RS II.[10] Затем, в апреле 2019 года, компания запустила систему Sequel II с дальнейшим 8-кратным увеличением пропускной способности.[11] В октябре 2020 года компания объявила о выпуске Sequel IIe, который добавил бортовое вычисление консенсуса в инструмент для секвенирования, чтобы полученные последовательности ДНК уже были исправлены на точность.[12]

Лидерство

В 2004 году постоянный предприниматель Хью Мартин компании Kleiner Perkin стал генеральным директором. 6 января 2012 года член правления Майкл Хункапиллер, доктор философии, принял на себя роль генерального директора.[13] Хункапиллер планирует выйти на пенсию в сентябре 2020 года. Председатель правления Кристиан Генри в следующий раз возьмет на себя роль генерального директора.[14] Генри был бывшим исполнительным вице-президентом и главным коммерческим директором компании Иллюмина до прихода в совет директоров PacBio в июле 2018 года.[15]

Выход на публику

В ходе первичного публичного размещения 27 октября 2010 г. Pacific Biosciences продала 12 500 000 акций по цене 16 долларов за акцию и привлекла около 200 миллионов долларов. Акции торгуются на NASDAQ под символом PACB.[16]

Иллюмина

1 ноября 2018 г. Иллюмина согласился купить PacBio за 1,2 миллиарда долларов США наличными. Ожидается, что сделка будет закрыта в четвертом квартале 2019 года.[17] однако сделка была расторгнута с объявлением 2 января 2020 года. Illumina также согласилась выплатить Pacific Biosciences сбор за завершение в размере 98 миллионов долларов США плюс ранее согласованные платежи за продление сделки в размере 22 миллионов долларов США в феврале и 6 миллионов долларов США в марте 2020 года.[18]

Признания

Компания получила награду Technology Pioneer Award от Всемирный Экономический Форум в 2009.[2][19]

В 2010, Ученый назвали компанию и ее первый продукт главными инновациями года в области биотехнологий,[20] и компания получила премию 2010 Advanced Sequencing Technology Award от Национальный институт исследования генома человека.[21] Обзор технологий Журнал включил их в список 50 самых инновационных компаний за 2010 и 2011 годы.[22] Основатель и Главный инженер Доктор Стивен Тернер был награжден премией 2010 г. Фонд Юинга Марион Кауфман Премия «Выдающийся постдокторант-предприниматель» за работу в компании.[23]

Товары

Инструменты секвенирования

Секвенсор PacBio RSII
Секвенсор сиквелов Pacific Biosciences

Первый научный прибор компании, получивший название «PacBio RS», был выпущен для ограниченного числа одиннадцати клиентов в конце 2010 года.[24] Поставщик секвенирования GATC Biotech был выбран Pacific Biosciences в качестве первого европейского поставщика услуг в конце 2010 года.[25] Затем продукт был коммерчески выпущен в начале 2011 года.[6] Новая версия секвенсора под названием «PacBio RS II» была выпущена в апреле 2013 года; он производил более длинные считывания последовательностей и предлагал более высокую пропускную способность, чем исходный инструмент RS.[7] Инструмент RS будет официально поддерживаться до конца 2021 года.[26]

В сентябре 2015 года компания выпустила новый инструмент для секвенирования, Sequel System. Секвенсор имеет увеличенную емкость с 1 миллионом волноводов с нулевой модой по сравнению с 150 000 в PacBio RS II, и он составляет примерно одну треть размера и половину цены PacBio RS II.[27]

В апреле 2019 года компания выпустила обновленную систему Sequel II с поддержкой новой ячейки SMRT с восемью миллионами ZMW,[28] увеличение ожидаемой пропускной способности на одну ячейку SMRT в восемь раз.[11][29]

В октябре 2020 года компания анонсировала систему Sequel IIe, которая добавляет дополнительные вычислительные мощности к системе Sequel II. Благодаря этому вычислению все считывания ДНК, производимые системой, автоматически корректируются на точность.

Реагенты и клетки SMRT

Дальнейшая информация: Секвенирование отдельной молекулы в реальном времени

Чтобы использовать любой из этих инструментов, клиенты также должны приобрести пакеты с реагентами для подготовки ДНК и секвенирования, а также небольшие расходные материалы, называемые «SMRT Cells». Ячейки для секвенатора RS имеют площадь чуть меньше одного квадратного сантиметра и содержат десятки тысяч нулевые волноводы. Ячейки для секвенсора Sequel имеют площадь около 2,5 см и содержат один миллион волноводов с нулевой модой, тогда как ячейки для секвенсора Sequel II содержат восемь миллионов волноводов с нулевой модой. Ячейки для секвенсора RS продаются упаковками по восемь штук. Ячейки для секвенсоров Sequel или Sequel II продаются упаковками по четыре штуки.

19 сентября 2018 года PacBio выпустила программное обеспечение Sequel 6.0 и химию 3.0. Производительность библиотек с большими вставками и ДНК с высокой молекулярной массой отличается от библиотек с более короткими вставками длиной менее ~ 15 000 оснований. Для больших шаблонов средняя длина чтения составляет до 30 000 оснований. Для библиотек с более короткими вставками средняя длина считывания составляет до 100 000 оснований при считывании одной и той же молекулы в круге. Последние библиотеки с более короткими вставками затем дают до 50 миллиардов оснований из одной ячейки SMRT®.[30]

1 октября 2019 года PacBio выпустила программное обеспечение 8.0 и химию 2.0 для Sequel II. Для более крупных шаблонов, читаемых как «непрерывные длинные чтения», в примере человеческой библиотеки длина чтения N50 составила 52 456, а выход на ячейку составил 182 ГБ.[31] Для библиотек ниже ~ 20 000 оснований при циклическом консенсусном секвенировании выход на ячейку составляет 450 ГБ или около 30 ГБ считываний с поправкой HiFi.[32]

Программное обеспечение и приложения

Их продукт биоинформатики вторичного анализа для RS, названный «Анализ SMRT», был Открытый исходный код.[33] Для системы Sequel программное обеспечение вторичного анализа было реорганизовано в приложение «SMRT Link». В 2013 году компания выпустила новые инструменты биоинформатики для автоматической сборки генома (HGAP) и доводки до 99,999% точности (Quiver).[34][35][36]

Ключевые публикации

Перед первым коммерческим выпуском своего секвенатора ученые опубликовали в январе 2009 года первые данные о последовательности, полученные в результате секвенирования отдельной молекулы в реальном времени, в журнале. Наука.[37] Затем, в апреле 2010 года, ученые опубликовали статью в Природа показывая, что они использовали волноводы с нулевой модой для наблюдения за рибосомной трансляцией в реальном времени.[38]

Демонстрируя ценность бактериального секвенирования, ученые из Pacific Biosciences и других организаций опубликовали в январе 2011 года статью в Медицинский журнал Новой Англии демонстрируя происхождение Вспышка холеры на Гаити в 2010 г..[39] В августе 2011 года ученые Pacific Biosciences и сотрудники других организаций опубликовали в Медицинском журнале Новой Англии статью с описанием классификации Кишечная палочка штамм, вызывающий вирулентный Вспышка 2011 г. в Германии несет ответственность за сотни случаев гемолитико-уремический синдром.[40] Эта статья показала, что штамм E. coli, вызвавший вспышку, приобрел Шига-токсин –Кодирование фага через боковой перенос гена. В июле 2012 года в рецензируемых журналах было опубликовано несколько статей, демонстрирующих методы автоматизации обработки генома бактерий с помощью секвенирования отдельных молекул в реальном времени.[41][42][43] В 2013 году ученые подсчитали, что большинство бактериальных и архейных геномов можно полностью секвенировать и собрать для закрытия с помощью длинных считываний PacBio.[44]

Несколько статей, опубликованных исследователями из Pacific Biosciences, продемонстрировали, что инструмент для секвенирования может использоваться для сбора данных о метилировании, повреждении ДНК и другой эпигенетической информации.[45][46][47][48][49] Полимераза, которая выполняет реакцию секвенирования в волноводах с нулевой модой, выдает кинетические данные, которые можно использовать для различения основных модификаций.[50] В октябре 2012 года ученые использовали SMRT-секвенирование для получения метиломов шести бактерий, представив свои результаты в статье Nucleic Acids Research.[49]

С увеличением длины считывания и пропускной способности исследования на млекопитающих с использованием продукта увеличились. В апреле 2012 года ученые из Pacific Biosciences, Калифорнийского университета и других институтов использовали секвенирование SMRT, чтобы доказать действительность активации внутренних тандемных дупликационных мутаций в FLT3 в качестве терапевтической мишени при остром миелоидном лейкозе.[51] Их выводы были опубликованы в журнале Nature.[52] В августе 2012 г. ученые из Broad Institute опубликовал документ, в котором сообщается о результатах своей оценки секвенсора Pacific Biosciences для вызова и обнаружения SNP.[53] Ученые сообщили в Геномные исследования в октябре 2012 года использование платформы PacBio для секвенирования полного повторения расширения в FMR1 ген, ответственный за Синдром ломкой Х-хромосомы.[54]

В статье, опубликованной в декабре 2012 года, впервые было продемонстрировано, как генерировать данные о последовательностях с помощью секвенатора PacBio без подготовки библиотеки.[55]

В 2013 году ученые опубликовали статьи, демонстрирующие использование секвенирования PacBio для анализа транскриптомы, показывая, что при длительном чтении удалось полностью захватить полные изоформы.[56][57]

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ https://www.pacb.com/press_releases/pacific-biosciences-announces-fourth-quarter-and-annual-2019-financial-results/
  2. ^ а б c d bloomberg.com https://www.bloomberg.com/businessweek/globalbiz/content/dec2009/gb2009123_706120.htm. Отсутствует или пусто | название = (помощь)[постоянная мертвая ссылка ]
  3. ^ Бракманн, Сюзанна (5 апреля 2010 г.). «Рибосома в действии». Природа. 464 (7291): 987–988. Дои:10.1038 / 464987a. PMID  20393548. S2CID  1742990.
  4. ^ Остин, Коллин ДеБез и Скотт (9 марта 2010 г.). «Оценка перспективных молодых фирм» - через www.wsj.com.
  5. ^ «PacBio раскрывает технические характеристики бета-системы для RS; говорится, что коммерческий выпуск ожидается в первой половине 2011 года». GenomeWeb.
  6. ^ а б «PacBio поставляет первые две коммерческие системы; количество заказов увеличилось до 44». GenomeWeb.
  7. ^ а б «Новые продукты: RS II от PacBio; запонки». GenomeWeb.
  8. ^ "Pacific Biosciences будет сотрудничать с Roche в области продуктов для диагностики in vitro". Архивировано из оригинал 25 сентября 2013 г.
  9. ^ Спейтс, Кейт (25 сентября 2013 г.). "Ракеты Pacific Biosciences на сделке по диагностике Рош". Пестрый дурак.
  10. ^ «PacBio запускает высокопроизводительную и недорогую систему секвенирования одной молекулы». GenomeWeb.
  11. ^ а б «Pacific Biosciences запускает новую систему Sequel II, которая обеспечивает ~ 8-кратное увеличение объема данных секвенирования ДНК» (Пресс-релиз). Тихоокеанские биологические науки. 24 апреля 2019. В архиве из оригинала на 4 января 2020 г.. Получено 4 января, 2020 - через GlobeNewswire.
  12. ^ «Pacific Biosciences запускает систему Sequel IIe, чтобы ускорить внедрение новой системы высокоточного секвенирования Hi-Fi». biospace.com.
  13. ^ «Майкл Ханкапиллер Ин, Хью Мартин Аут в качестве генерального директора Pacific Biosciences». 6 января 2012 г.. Получено 10 августа, 2020.
  14. ^ "Pacific Biosciences назначает Кристиана Генри президентом и главным исполнительным директором". 7 августа 2020 г.. Получено 10 августа, 2020.
  15. ^ «Люди в новостях: Кристиан Генри, Майк Ханкапиллер, Карен Тай Ко, Майкл Вунацос и другие». 6 марта 2020 г.. Получено 10 августа, 2020.
  16. ^ «Профиль IPO Pacific Biosciences of California (PACB)». 30 октября 2010 г. Архивировано с оригинал 30 октября 2010 г.
  17. ^ Фарр, Кристина (1 ноября 2018 г.). «Гигант по секвенированию ДНК Illumina только что купил своего конкурента Pac Bio за 1,2 миллиарда долларов - вот почему». CNBC. В архиве из оригинала 14 июля 2019 г.
  18. ^ «Illumina отказывается от сделки на 1,2 миллиарда долларов, чтобы купить конкурента Pacific Biosciences». CNBC. 2 января 2020 г. В архиве из оригинала на 3 января 2020 г.. Получено 3 января, 2020.
  19. ^ Ким, Райан; Писатель, Chronicle Staff (4 декабря 2009 г.). «Всемирный экономический форум чествует технарей из района Залива». SFGate.
  20. ^ «Десять лучших инноваций 2010». Журнал Scientist Magazine®.
  21. ^ "Информационная панель: компании на волне генома". 5 апреля 2010 г. - на сайте www.reuters.com.
  22. ^ Обзор, MIT Technology. "Pacific Biosciences". Обзор технологий MIT.
  23. ^ «Два постдокторских предпринимателя признаны за выдающиеся достижения» (Пресс-релиз). Филадельфия: Фонд Юинга Марион Кауфман. 12 марта 2010 г. Архивировано с оригинал 21 июня 2010 г.
  24. ^ «PacBio называет первые 10 заказчиков одномолекулярного секвенсора стоимостью 695 000 долларов; первые поставки намечены на второй квартал». GenomeWeb.
  25. ^ «GATC Biotech станет первым европейским поставщиком услуг для PacBio RS». GenomeWeb.
  26. ^ «PacBio планирует обновления сиквела, RSII закроется в 2021 году». GenomeWeb.
  27. ^ http://www.pacb.com/blog/introduction-the-sequel-system-the-scalable-platform-for-smrt-sequencing/[самостоятельно опубликованный источник ]
  28. ^ «Мир Био-ИТ». bio-itworld.com.
  29. ^ http://investor.pacificbiosciences.com/static-files/e53d5ef9-02cd-42ab-9d86-3037ad9deaec
  30. ^ "JK объявляет о запуске новой химии (выпуск Sequel System 6.0) в следующем месяце - 2-кратное увеличение пропускной способности = до 20 Гб / ячейка SMRT и средняя длина чтения до 30 КБ # PBUGMpic.twitter.com / eF8wy2mlVa". 19 сентября 2018.
  31. ^ "pic.twitter.com/PVelpLc24c". 25 сентября 2019.
  32. ^ Ларреа, Энди (25 сентября 2019 г.). "JK: Yowza! Эта новая химия 2.0 в сиквеле II генерирует МНОГО 15kb #HiFireads. # PBUGMpic.twitter.com / Dzjoxbna8y".
  33. ^ Pacific Biosciences (23 февраля 2015 г.) «Анализ»[самостоятельно опубликованный источник ]
  34. ^ «Новые продукты: SMRT Analysis 1.4 от PacBio». GenomeWeb.
  35. ^ «Завершение геномов с помощью HGAP». 6 мая 2013 года.
  36. ^ Чин, Чен-Шань; Александр, Дэвид Х .; Маркс, Патрик; Кламмер, Аарон А .; Дрейк, Джеймс; Хайнер, Шерил; Клам, Алисия; Коупленд, Алекс; Хаддлстон, Джон; Eichler, Evan E .; Тернер, Стивен У .; Корлач, Йонас (5 июня 2013 г.). «Негибридные, готовые сборки микробного генома на основе данных секвенирования SMRT». Методы природы. 10 (6): 563–569. Дои:10.1038 / nmeth.2474. PMID  23644548. S2CID  205421576.
  37. ^ Ид, Джон; Фер, Адриан; Грей, Джереми; Луонг, Кхай; Лайл, Джон; Отто, Джефф; Пелузо, Пол; Ранг, Дэвид; Байбаян, Примо; Беттман, Брэд; Бибилло, Аркадиуш; Бьёрнсон, Кейт; Чаудхури, Бидхан; Христиане, Фредерик; Цицерон, Рональд; Кларк, Соня; Далал, Равиндра; де Винтер, Алекс; Диксон, Джон; Фоке, Матье; Гертнер, Альфред; Харденбол, Пол; Хайнер, Шерил; Хестер, Кевин; Холден, Дэвид; Кирнс, Грегори; Конг, Сянсю; Кузе, Рональд; Лакруа, Ив; Лин, Стивен; Лундквист, Пол; Ма, Конгконг; Маркс, Патрик; Максхэм, Марк; Мерфи, Девон; Парк, Инсил; Фам, Тханг; Филлипс, Майкл; Рой, Джой; Себра, Роберт; Шен, Джин; Соренсон, Джон; Томаней, Остин; Трэверс, Кевин; Трулсон, Марк; Вицели, Джон; Вегенер, Джеффри; Ву, Рассвет; Ян, Алисия; Заккарин, Денис; Чжао, Питер; Чжун, Франк; Корлах, Йонас; Тернер, Стивен (2 января 2009 г.). «Секвенирование ДНК в режиме реального времени по одиночным молекулам полимеразы». Наука. 323 (5910): 133–138. Bibcode:2009Научный ... 323..133E. Дои:10.1126 / science.1162986. PMID  19023044. S2CID  54488479.
  38. ^ Уэмура, Сотаро; Эйткен, Колин Эчеверрия; Корлах, Йонас; Flusberg, Benjamin A .; Тернер, Стивен У .; Пуглиси, Джозеф Д. (5 апреля 2010 г.). «Транзит тРНК в реальном времени по одиночным транслирующим рибосомам при разрешении кодонов». Природа. 464 (7291): 1012–1017. Bibcode:2010Натура.464.1012U. Дои:10.1038 / природа08925. ЧВК  4466108. PMID  20393556.
  39. ^ Чин, Чен-Шань; Соренсон, Джон; Харрис, Джейсон Б.; Робинс, Уильям П .; Charles, Richelle C .; Жан-Шарль, Роджер Р .; Буллард, Джеймс; Webster, Dale R .; Касарскис, Андрей; Пелузо, Пол; Paxinos, Ellen E .; Ямаичи, Йошихару; Колдервуд, Стивен Б.; Мекаланос, Джон Дж .; Schadt, Eric E .; Уолдор, Мэтью К. (6 января 2011 г.). "Происхождение штамма вспышки холеры на Гаити". Медицинский журнал Новой Англии. 364 (1): 33–42. Дои:10.1056 / NEJMoa1012928. ЧВК  3030187. PMID  21142692.
  40. ^ Rasko, David A .; Webster, Dale R .; Сахл, Джейсон У .; Башир Али; Бойзен, Надя; Шойц, Флемминг; Paxinos, Ellen E .; Себра, Роберт; Чин, Чен-Шань; Илиопулос, Димитрис; Кламмер, Аарон; Пелузо, Пол; Ли, Лоуренс; Кислюк, Андрей О .; Буллард, Джеймс; Касарскис, Андрей; Ванга, Сюзанна; Ид, Джон; Ранг, Дэвид; Редман, Юлия С .; Steyert, Susan R .; Фримодт-Мёллер, Якоб; Струве, Карстен; Петерсен, Андреас М .; Krogfelt, Karen A .; Натаро, Джеймс П .; Schadt, Eric E .; Уолдор, Мэтью К. (25 августа 2011 г.). «Происхождение штамма E. coli, вызвавшего вспышку гемолитико-уремического синдрома в Германии». Медицинский журнал Новой Англии. 365 (8): 709–717. Дои:10.1056 / NEJMoa1106920. ЧВК  3168948. PMID  21793740.
  41. ^ Ribeiro, Filipe J .; Пшибыльский, Дариуш; Инь, Шуанье; Шарп, Тед; Гнерре, Санте; Abouelleil, Amr; Берлин, Аарон М .; Монмайор, Анна; Shea, Terrance P .; Уокер, Брюс Дж .; Янг, Сара К .; Расс, Карстен; Нусбаум, Чад; МакКаллум, Иэн; Джефф, Дэвид Б. (1 ноября 2012 г.). «Готовые бактериальные геномы на основе данных о последовательности из дробовика». Геномные исследования. 22 (11): 2270–2277. Дои:10.1101 / гр.141515.112. ЧВК  3483556. PMID  22829535.
  42. ^ Башир Али; Кламмер, Аарон А .; Робинс, Уильям П .; Чин, Чен-Шань; Вебстер, Дейл; Паксинос, Эллен; Хсу, Дэвид; Эшби, Мередит; Ван, Сусана; Пелузо, Пол; Себра, Роберт; Соренсон, Джон; Буллард, Джеймс; Йен, Джеки; Валдовино, Мари; Моллова Эмилия; Луонг, Кхай; Лин, Стивен; ЛаМэй, Брианна; Джоши, Амрута; Роу, Лори; Фрейс, Майкл; Tarr, Cheryl L .; Turnsek, Maryann; Davis, Brigid M .; Касарскис, Андрей; Мекаланос, Джон Дж .; Уолдор, Мэтью К .; Шадт, Эрик Э. (5 июля 2012 г.). «Гибридный подход для автоматической обработки бактериальных геномов». Природа Биотехнологии. 30 (7): 701–707. Дои:10.1038 / nbt.2288. ЧВК  3731737. PMID  22750883.
  43. ^ Корень, Сергей; Schatz, Майкл С .; Валенц, Брайан П .; Мартин, Джеффри; Ховард, Джейсон Т .; Ганапати, Ганешкумар; Ван, Чжун; Rasko, David A .; Маккомби, У. Ричард; Джарвис, Эрих Д .; Филлиппи, Адам М. (5 июля 2012 г.). «Гибридная коррекция ошибок и сборка de novo считывает секвенирование одной молекулы». Природа Биотехнологии. 30 (7): 693–700. Дои:10.1038 / nbt.2280. ЧВК  3707490. PMID  22750884.
  44. ^ Корень, Сергей; Harhay, Грегори П .; Смит, Тимоти П.Л.; Боно, Джеймс Л .; Harhay, Dayna M .; Макви, Скотт Д .; Радуне, Диана; Бергман, Николас Х .; Филлиппи, Адам М. (13 сентября 2013 г.). «Снижение сложности сборки микробных геномов с помощью секвенирования одной молекулы». Геномная биология. 14 (9): R101. arXiv:1304.3752. Bibcode:2013arXiv1304,3752K. Дои:10.1186 / gb-2013-14-9-r101. ЧВК  4053942. PMID  24034426.
  45. ^ Кларк, Тайсон А .; Слюна, Кристи Э .; Тернер, Стивен У .; Корлач, Йонас (20 декабря 2011 г.). «Прямое обнаружение и секвенирование оснований поврежденной ДНК». Целостность генома. 2 (1): 10. Дои:10.1186/2041-9414-2-10. ЧВК  3264494. PMID  22185597.
  46. ^ Кларк, Тайсон А .; Мюррей, Иэн А .; Морган, Ричард Д .; Кислюк, Андрей О .; Слюна, Кристи Э .; Бойтано, Мэтью; Фоменков, Алексей; Робертс, Ричард Дж .; Корлач, Йонас (1 февраля 2012 г.). «Определение специфичности ДНК-метилтрансферазы с помощью одномолекулярного секвенирования ДНК в реальном времени». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (4): e29. Дои:10.1093 / нар / gkr1146. ЧВК  3287169. PMID  22156058.
  47. ^ Сун, Чун-Сяо; Кларк, Тайсон А .; Лу, Син-Ю; Кислюк Андрей; Дай, Цин; Тернер, Стивен У .; Он, Чуан; Корлач, Йонас (5 января 2012 г.). «Чувствительное и специфическое секвенирование одной молекулы 5-гидроксиметилцитозина». Методы природы. 9 (1): 75–77. Дои:10.1038 / nmeth.1779. ЧВК  3646335. PMID  22101853.
  48. ^ «Команда Pacific Biosciences демонстрирует метод прямого обнаружения метилирования во время секвенирования SMRT». GenomeWeb.
  49. ^ а б Мюррей, Иэн А .; Кларк, Тайсон А .; Морган, Ричард Д .; Бойтано, Мэтью; Антон, Брайан П .; Луонг, Кхай; Фоменков, Алексей; Тернер, Стивен У .; Корлах, Йонас; Робертс, Ричард Дж. (1 декабря 2012 г.). «Метиломы шести бактерий». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (22): 11450–11462. Дои:10.1093 / нар / gks891. ЧВК  3526280. PMID  23034806 - через Acade.oup.com.
  50. ^ «PacBio, U Chicago разрабатывает методику секвенирования одномолекулярного гидроксиметилирования». GenomeWeb.
  51. ^ «Исследователи подтверждают, что киназный домен FLT3 является мишенью для острого миелоидного лейкоза». 16 апреля 2012 г.
  52. ^ Смит, Кэтрин С .; Ван, Ци; Чин, Чен-Шань; Салерно, Сара; Дэймон, Лорен Э .; Левис, Марк Дж .; Perl, Александр Е .; Трэверс, Кевин Дж .; Ван, Сусана; Хант, Джереми П .; Зарринкар, Патрик П .; Schadt, Eric E .; Касарскис, Андрей; Куриян, Джон; Шах, Нил П. (5 мая 2012 г.). «Валидация мутаций ITD в FLT3 в качестве терапевтической мишени при остром миелоидном лейкозе человека». Природа. 485 (7397): 260–263. Bibcode:2012Натура.485..260С. Дои:10.1038 / природа11016. ЧВК  3390926. PMID  22504184.
  53. ^ Карнейро, Маурисио О .; Расс, Карстен; Росс, Майкл Дж .; Габриэль, Стейси Б.; Нусбаум, Чад; ДеПристо, Марк А. (5 августа 2012 г.). «Тихоокеанская технология секвенирования биологических наук для генотипирования и обнаружения вариаций в человеческих данных». BMC Genomics. 13 (1): 375. Дои:10.1186/1471-2164-13-375. ЧВК  3443046. PMID  22863213.
  54. ^ Лумис, Эрик У .; Eid, John S .; Пелузо, Пол; Инь, июнь; Хики, Люк; Ранг, Дэвид; Маккалмон, Сара; Hagerman, Randi J .; Тассоне, Флора; Хагерман, Пол Дж. (11 октября 2012 г.). «Секвенирование несеквенируемых: аллели расширенных CGG-повторов гена ломкой X». Геномные исследования. 23 (1): 121–128. Дои:10.1101 / гр.141705.112. ЧВК  3530672. PMID  23064752 - через genome.cshlp.org.
  55. ^ "Biotechniques (декабрь 2012 г.)" Прямое секвенирование малых геномов на Pacific Biosciences RS без подготовки библиотеки"". Архивировано из оригинал 3 сентября 2017 г.
  56. ^ Шарон, Дональд; Тилгнер, Хаген; Груберт, Фабиан; Снайдер, Майкл (5 ноября 2013 г.). "Долгосрочный обзор человеческого транскриптома, состоящий из одной молекулы". Природа Биотехнологии. 31 (11): 1009–1014. Дои:10.1038 / nbt.2705. ЧВК  4075632. PMID  24108091.
  57. ^ Труды Национальной академии ученых США (26 ноября 2013 г.) «Характеристика транскриптома ESC человека с помощью гибридного секвенирования»открытый доступ