База данных аутофагий - Википедия - Autophagy database

Базы данных аутофагии
БАЗЫ ДАННЫХ АВТОФАГИ
Содержание
ОписаниеБазы данных для классификации генов и белков, связанных с аутофагией
Контакт
Исследовательский центрЦентр информационной биологии; Банк данных ДНК Японии, Люксембургский институт здравоохранения
Основное цитированиеHomma et al., [1], Люксембургский институт здоровья [2]
Дата выхода2010
Доступ
Интернет сайтtp-apg.genes.nig.ac.jp/ аутофагия
Инструменты
Интернетаутофагия.lu/индекс.html

База данных аутофагии(s) стремятся предоставить исчерпывающий список аутофагия -связанные гены и белки, независимо от того, идентифицированы ли они как ортологи или же гомологи других, потенциально родственных белков. Многие виды информации, включая последовательности, функции и трехмерные структуры, могут быть сохранены, что делает их доступными в формате с возможностью поиска. Информация, доступная в едином источнике с использованием формата с возможностью поиска, упростит работу будущих исследователей. Эти источники затем помогут достичь этой цели, предоставив недавно опубликованные ссылки на аутофагия наряду с такими категориями, как оценки пользователей, список информативных обзоров и результаты исходного анализа. В качестве аутофагия может играть роль во множестве болезней человека, таких как болезни сердца, печени и почек, поэтому необходимо более глубокое понимание его механизмов. Тогда упрощение исследовательского процесса с помощью некоторой базы данных стало бы научным благом.[2]

Аутофагия

Аутофагия, процесс, при котором клетки разрушают свои собственные компоненты, осуществляется путем упаковки компонентов с лизосомами. Затем деградированные компоненты можно использовать в других клеточных процессах.

[Для полной справки, пожалуйста, обратитесь к Аутофагия ].

Аутофагия это процесс, посредством которого клетки в организме разрушают нефункциональные или ненужные компоненты.[3] Конкретно, аутофагия это катаболический процесс, связанный с деградацией собственных компонентов клетки через лизосомный машины.[1] Аутофагия также имеет решающее значение в случаях голодания и удаления потенциально опасных клеточных материалов, что указывает на ее необходимость для поддержания жизни.[1] Как видно на соответствующем рисунке Аутофагия, клеточные продукты разлагаются деструктивными клеточными компонентами, такими как лизосомы, для производства новых материалов для использования клеткой. Исследования аутофагии и связанных с ней процессов резко возросли за последние годы, однако многие из этих процессов до конца не изучены и гомологи не были обнаружены у разных видов для многих из этих белков.[1] Его молекулярные механизмы до конца не выяснены, несмотря на значительный прогресс в этой области, о чем свидетельствуют сотни связанных с аутофагией генов и белков.[1] Таким образом, была продемонстрирована потребность в базе данных для характеристики белков и компонентов аутофагии человека и / или их гомологов, а также ортологов у других видов.

База данных аутофагии

База данных аутофагии продукт Национальный институт генетики (НИГ) [4] NIG был основан в июне 1949 года Министерством образования, науки, спорта и культуры, первым директором был избран профессор Кан Огума.[4] Со временем было добавлено множество отделов для различных приложений, таких как Генетика, Геномика, ДНК Исследования и, в первую очередь, для наших целей, Банк данных ДНК.[4] NIG является подразделением Японской исследовательской организации информации и систем и в настоящее время находится под контролем ее девятого директора.[4] NIG нацелена на проведение исследований на высшем уровне с целью упорядочения информации, а также распространение информации, полученной в результате исследований, на социальные приложения.[4] Инструмент, созданный этой организацией для этой цели, - База данных аутофагии.


В База данных аутофагии это база данных белков, участвующих в аутофагия. В База данных аутофагии намеревается собрать всю соответствующую информацию, систематизировать ее и сделать ее общедоступной, чтобы пользователи могли легко получать актуальные знания. В частности, База данных аутофагии предлагает «бесплатный для всех» инструмент для тех, кто интересуется аутофагией, занимается исследованиями и т. д.[3] Чтобы лучше достичь этой цели, доступные База данных аутофагии от NIG призывает пользователей базы данных распространять и обмениваться информацией, чтобы данные, связанные с аутофагией, могли быть доступны бесплатно всем, кто в них нуждается.[1] Для заинтересованного исследовательского сообщества такая модель распространения результатов исследований является многообещающей. По состоянию на апрель 2018 г.; 2 года назад (2018-04), в этой базе данных было 582 проанализированных белка.[3] Включая аутофагические белки, доступные в HomoloGene, NCBI Всего белков более 52 000.[3] База данных аутофагии предлагает сравнение гомологичных белков 41 различных видов для поиска новых и старых белков, связанных с аутофагией, что позволяет упростить текущие исследования аутофагии.[1] База данных стала общедоступной в марте 2010 года и в настоящее время включает 7 444 гена / белка 82 эукариот.

База данных аутофагии человека

База данных аутофагии человека продукт Люксембургский институт здоровья (ИГИЛ).[5] LIH имеет несколько отделений по всему Люксембургу, доступных для Биомониторинг, Инфекционное заболевание и Иммунитет, Управление здравоохранения, Онкология, Спортивная медицина, и Биобанк. Каждый из этих отделов стремится поддерживать формулировку миссии LIH, которая заключается в том, чтобы «генерировать и переводить исследовательские знания в клинические приложения с влиянием на будущие проблемы здравоохранения и персонализированной медицины».[5] Он предлагал инструменты.[5] Лаборатория экспериментальных исследований рака ИГИЛ помогла создать один из этих инструментов, который представляет собой базу данных, известную как База данных аутофагии человека.


База данных аутофагии человека (HADb) - еще один доступный ресурс аутофагии. [2] В отличие от База данных аутофагии, База данных аутофагии человека сравнивает только те белки, которые содержатся в организме человека. HADb - это первая база данных по аутофагии, предназначенная только для людей, в которой исследователи могут найти обновленный список прямо или косвенно связанных аутофагических белков, учитывая, что ранее не существовало согласованной базы данных, которая могла бы компенсировать огромное расширение исследований аутофагии.[2] HADb не только предоставляет информацию об интересующем гене, но также стремится развиться в базу данных, которую можно использовать для анализа интересующего гена.[2] Для этой цели HADb был сделан как можно более полным с точки зрения белков, связанных с аутофагией, хотя недавно открытые белки и гены могут быть представлены различными пользователями в Подчинение раздел. Информация предоставлена База данных аутофагии человека могут быть использованы в дальнейшем в приложениях биоинформатики.

Использование в биоинформатике

Учитывая, что эти базы данных представляют собой большой объем биологической информации, их можно использовать в приложениях биоинформатики для упрощения сбора и анализа информации. Биоинформатика стремится сочетать биологические открытия с большими данными, чтобы помочь в улучшении научных открытий. Каждую базу данных можно использовать для изучения интересующего аутофагического белка или гена, при этом эти базы данных поддерживаются пользователями. Информация для каждого гена может быть использована для доступа Entrez, Ансамбль, и PubMed. ФАСТА Последовательность также доступна для анализа последовательности с использованием таких сайтов, как ВЗРЫВ. Конкретные варианты использования доступны для База данных аутофагии и База данных аутофагии человека показаны ниже.

База данных аутофагии имеет несколько доступных функций для поиска белков, связанных с аутофагией, у разных видов.

Варианты для ADb

Пользователь может получить доступ База данных аутофагии в http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html. Приведенное изображение «Параметры для ADb» демонстрирует разнообразие параметров, доступных для этой базы данных. Все невыделенные вкладки предлагают дополнительную информацию и контактную информацию, не связанную с поиском генов. Пользователь может ссылаться на:

Одно использование для базы данных аутофагии - список белков
  • то Список белков, выделено желтым цветом, где пользователь может выбрать организм и выполнить поиск Синонимы, Идентификатор гена, и Присоединение белка, среди других функций. Эти функции предлагают пользователю несколько вариантов поиска информации об интересующих генах. Варианты, доступные на База данных аутофагии за Список белков можно увидеть в примере справа Список белков дан вправо. Выбор различных опций, например Синонимы, позволяет пользователю выполнять поиск по конкретным запросам.
  • совпадения белков, связанных с аутофагией, среди гомологов и ортологов под Гомологи вкладка, выделенная зеленым. Это можно использовать в соответствии с изображением справа, Гомологи, где ортологи и гомологи можно сравнивать между различными организмами и таксонами, выбрав нужные поля.
  • поиск конкретных генов. Это может быть выполнено с помощью Поиск по ключевой фразе, выделены синим цветом, а также могут использоваться для сопоставления известного интересующего гена с определенным видом. Это помогает определить потенциальных ортологов.
Одно применение для базы данных аутофагии - гомологи
  • гомологи и ортологи интересующего гена. Поиск гомологии, выделено оранжевым, может использоваться для поиска ФАСТА или неформатированная текстовая последовательность известного гена. Это может помочь в обнаружении связанных белков, связанных с аутофагией, или в поиске гомологов или ортологов. Пользователь может сравнивать гомологи и ортологи внутри или между видами, учитывая различные варианты видов и таксонов, как показано на соответствующем рисунке.
  • анализировать связи между одним геном и генами аутофагии, доступными в базе данных. Оригинальные анализы, выделенный серым цветом, может использоваться для поиска возможных совпадений гена, связанного с аутофагией, с известным геном. Чтобы наилучшим образом использовать эти функции, пользователь должен обратиться к вкладке «Загрузить», чтобы загрузить все файлы генов, чтобы функция База данных аутофагии можно полностью использовать.


База данных аутофагии человека имеет доступные функции для Ищи ген и Кластеризация.[2]

Ищите ген: HADb.

При доступе http://autophagy.lu/index.html, эти параметры доступны. Заинтересованные стороны могут также Представлять на рассмотрение новые белки аутофагии человека в базу данных. Пользователь может использовать базу данных в соответствии со следующими параметрами:

  • Пользователь может искать ген по имени в Ищи ген категория. Ген можно искать по его символу гена, Ансамбль номер доступа, расположение хромосомы или соответствующее ключевое слово. Простые инструкции о том, как получить доступ к интересующему гену с помощью этого метода, приведены на рисунке для «Поиск гена: HADb». Вкратце, пользователь будет заходить на веб-сайт, выбирать выделенную вкладку и искать интересующий ген, используя доступные вкладки на соответствующем изображении. В частности, пользователь мог бы выбрать, какой вариант он хотел бы использовать в связанной таблице, а затем заполнить информацию для нужной вкладки, будь то Символ или синоним, Хромосома, Регистрационный номер, или же Ключевое слово. После выбора вкладки можно ввести информацию и выполнить поиск для определения любых связанных белков, связанных с аутофагией.
Кластеризация: HADb.
  • Пользователь также может ссылаться на Кластеризация где гены можно просматривать в алфавитном порядке. Упрощенная карта того, как проводить этот поиск, показана на изображении «Кластеризация: HADb». Пользователь сначала обратится к http://autophagy.lu/index.html, после чего они выбирали выделенную вкладку на изображении «Кластеризация», чтобы получить доступ к интересующему их гену. Затем пользователь может выбрать интересующий ген в алфавитном порядке для сбора дополнительной информации. Хотя эта база данных содержит только гены аутофагии человека, пользователю не нужно загружать базу данных для использования, и он может найти гены и белки, участвующие в сложном процессе аутофагии.

Ограничения баз данных

Каждая база данных имеет свои сильные и слабые стороны.

  • База данных аутофагии: Концептуально, База данных аутофагии дает возможность легко получить доступ к информации о белках, связанных с аутофагией, у различных видов.[3] Однако при использовании этой базы данных есть некоторые проблемы. Пользователь может попробовать все доступные варианты вкладок. Варианты для ADb, хотя эти параметры нельзя использовать без загрузки содержимого из База данных аутофагии. Хотя пользователь может получить доступ к Скачать вкладка (отображается в разделе «Параметры ADb» белым цветом), она предлагает только текстовый вывод при использовании службы Wi-Fi в США. Таким образом, пользователь не может получить доступ к множеству опций, упомянутых выше в GUI формат, а скорее должен искать текстовый вывод. Пользователь может скачать База данных аутофагии, но доступ к этим файлам в ОС Apple может быть затруднен. Это усложняет использование для пользователей из США, сокращая База данных аутофагий 's полезность. Это потенциальное усложнение доступной на международном уровне базы данных, что усложняет ее простоту использования.
  • База данных аутофагии человека: Несмотря на то, что база данных доступна на международном уровне, простота использования База данных аутофагии человека значительно улучшен. Все доступные опции, хотя и ограниченные, доступны через Wi-Fi в США. База данных аутофагии человека ограничен в наборе опций, доступных для сбора и анализа данных, поскольку их меньше, чем тех, которые предлагает База данных аутофагии. В базе данных также хранятся только гены и белки, связанные с аутофагией человека,[2] в то время как База данных аутофагии содержит информацию о генах и белках, связанных с аутофагией, доступными для множества различных видов.

Преимущества баз данных

Хотя у каждой базы данных есть свои сильные и слабые стороны, каждая из них помогает восполнить пробел.[3] Дальнейшие дополнения могут помочь улучшить эти базы данных в будущем. Хотя могут быть доступны базы данных, которые кажутся более полными для общего поиска генов или белков, например NCBI, HADb и База данных аутофагии предлагают наиболее полную информацию о генах и белках, связанных с аутофагией. Графический интерфейс пользователя не доработан для каждой из них, и к ним может быть труднее получить доступ, но каждая из этих баз данных сосредоточена на аутофагия, в то время как NCBI не использует такой же сфокусированный подход к аутофагии. Таким образом, HADb и База данных аутофагии может предложить интересный путь для исследования генов и белков, связанных с аутофагией.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм Хомма, Кейичи; Сузуки Кодзи; Сугавара Хидеаки (январь 2011 г.). «База данных по аутофагии: всеобъемлющий информационный ресурс по аутофагии, который дает пищу для исследований». Нуклеиновые кислоты Res. Англия. 39 (Выпуск базы данных): D986-90. Дои:10.1093 / nar / gkq995. ЧВК  3013813. PMID  20972215.
  2. ^ а б c d е ж грамм Люксембургский институт здоровья. (нет данных). HADb: База данных аутофагии человека. Получено 13 апреля 2018 г. с http://autophagy.lu/index.html
  3. ^ а б c d е ж Хомма К., Судзуки К. и Сугавара Х. (нет данных). База данных аутофагий. Получено 13 апреля 2018 г. с http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html
  4. ^ а б c d е Национальный институт генетики. (2018). Национальный институт генетики. Получено 23 апреля 2018 г. с https://www.nig.ac.jp/nig/
  5. ^ а б c Люксембургский институт здоровья. (2015). Люксембургский институт здоровья. Получено 23 апреля 2018 г. с https://www.lih.lu/

внешняя ссылка