CaBIG - CaBIG

caGrid
Разработчики)NCI Центр биомедицинской информатики и информационных технологий (CBIIT), Государственный университет Огайо Исследовательский фонд, The Чикагский университет - Аргоннская национальная лаборатория, ООО «СемантикБитс», Ekagra Software Technologies
ТипГрид-вычисления, веб-сервис
ЛицензияBSD 3-пункт
Интернет сайтCagrid.org

Сеть биомедицинской информатики рака (КАБИГ) была правительственной программой США по разработке Открытый исходный код, информационная сеть открытого доступа, называемая caGrid для безопасного обмена данными об исследованиях рака. Инициатива была разработана Национальный институт рака (часть Национальные институты здоровья ) и поддерживается Центром биомедицинской информатики и информационных технологий (CBIIT). В 2011 году отчет о caBIG вызвал серьезные вопросы об эффективности и надзоре, а его бюджет и объем были значительно сокращены. В мае 2012 года была создана Национальная программа информатики рака (NCIP) как преемница caBIG.

История

Весной 2004 г. Национальный институт рака (NCI) США профинансировал инициативу по сетке биомедицинской информатики рака (caBIG), возглавляемую Кеннетом Буетоу.[1]Его цель состояла в том, чтобы соединить американских исследователей биомедицинского рака с помощью технологии, известной как сеточные вычисления. Программа, возглавляемая Центром биоинформатики и информационных технологий (CBIIT), началась с трехлетнего пилотного этапа. Пилотный этап завершился в марте 2007 года, и было объявлено о проведении испытания.[2]Buetow продвигал программу в 2008 году.[1][3]

Помимо caGrid, базовой инфраструктуры для обмена данными между организациями, caBIG разработала программные инструменты, политики обмена данными, а также общие стандарты и словари для облегчения обмен данными.

Программные инструменты нацелены:

caBIG стремился предоставить фундаментальную технологию для подхода к биомедицине, который он назвал «обучающейся системой здравоохранения».[4] Это основано на быстром обмене информацией между всеми секторами исследований и медицинской помощи, так что исследователи и клиницисты могут совместно анализировать и точно включать последние результаты в свою работу. Конечная цель заключалась в ускорении процесса биомедицинских исследований. Его также продвигали за то, что часто называют Персонализированная медицина Технология .caBIG использовалась в адаптивных клинические испытания таких как Исследование серийных исследований для прогнозирования вашего терапевтического ответа с помощью визуализации и молекулярного анализа 2 (I-SPY2), которое было разработано для использования биомаркеры определить подходящую терапию для женщин с продвинутыми рак молочной железы.[5]

Информационные технологии здравоохранения

Информационные технологии здравоохранения (HIT) были продвинуты для управления и безопасного обмена медицинской информацией между исследователями, поставщиками медицинских услуг и потребителями. Инициативами HIT с упоминанием caBIG были: NCI и Американское общество клинической онкологии инициировал сотрудничество по созданию специализированного онкологического электронная медицинская карта система, использующая стандарты caBIG для взаимодействия, что позволит онкологам управлять информацией о пациентах в электронном формате, который точно отражает конкретные интервенционные проблемы, характерные для онкологии. Национальная сеть медицинской информации была инициативой по обмену клиническими данными о пациентах из географически разрозненных источников и организации национального обмена медицинской информацией с электронной связью. Это могло быть как-то связано.

Сотрудничество

Консорциум BIG Health был сформирован в 2008 году для продвижения персонализированной медицины, но распущен в 2012 году.[6] В июле 2009 года caBIG объявил о сотрудничестве с Dr. Сьюзан Лав Исследовательский фонд для создания онлайн-когорты женщин, желающих участвовать в клинических испытаниях.[7] Названная «Армия женщин», в ее базе данных была цель - миллион; к декабрю 2009 года сайт был "запущен", и к 2010 году на него подписались около 30 000 мужчин и женщин.[8]

Атлас генома рака нацелена на характеристику более 10 000 опухолей, по меньшей мере, 20 видов рака к 2015 году. caBIG предоставила возможность подключения, стандарты данных и инструменты для сбора, организации, обмена и анализа разнообразных данных исследований в своей базе данных. С 2007 года NCI работала с Великобританией Национальный институт исследования рака (NCRI). Обе организации поделились технологиями для совместных исследований и безопасного обмена исследовательскими данными с использованием caGrid и NCRI Oncology Information Exchange (ONIX). Веб-портал анонсирован в августе 2009 года.[9]ONIX закрылся в марте 2012 года.[10]В Институт рака герцога использовали инструменты клинических испытаний caBIG в сотрудничестве с Пекинской онкологической больницей Пекинского университета.[11]

Выполнение

Проект был нацелен на подключение 65 онкологических центров, назначенных NCI, для проведения совместных исследований. Участвующие учреждения могли либо «принять» инструменты caBIG для обмена данными напрямую через caGrid, либо «адаптировать» коммерческое программное обеспечение или программное обеспечение собственной разработки для обеспечения совместимости с caBIG. Разработана программа caBIG комплекты для разработки программного обеспечения (SDK) для совместимых программных инструментов, а также инструкции по процессу адаптации существующих инструментов или разработки приложений для обеспечения совместимости с caBIG.

Программа Enterprise Support Network включала в себя экспертные знания в конкретной области и поставщиков услуг поддержки, сторонние организации, которые предоставляют помощь на основе контрактов на оказание услуг.[12]Веб-портал, использующий Liferay программное обеспечение было доступно с 2008 по 2013 год.[13]

Открытый исходный код

С 2004 года программа caBIG использовала Открытый исходный код сообщества, адаптированные из других государственно-частных партнерств. Программа caBIG производила программное обеспечение по контракту с группами разработчиков программного обеспечения, в основном в рамках коммерческого исследовательского сообщества.[нужна цитата ]

Как правило, программное обеспечение, разработанное по контрактам с правительством США, является собственностью правительства США и налогоплательщиков США. В зависимости от условий конкретных контрактов они могут быть доступны только по запросу в рамках Закон о свободе информации (FOIA). Своевременность ответа на такие запросы может помешать инициатору запроса получить какую-либо вторичную ценность от программного обеспечения, выпущенного по запросу FOIA.

Программа caBIG поместила все программное обеспечение caBIG в репозиторий программного обеспечения, свободно доступный для загрузки. Открытый исходный код означает, что любой может изменять загруженное программное обеспечение; однако лицензирование, применяемое к загружаемому программному обеспечению, обеспечивает большую гибкость, чем обычно. Частному лицу или предприятию разрешено вносить измененный код обратно в программу caBIG, но это не обязательно. Точно так же модификации могут быть доступны как с открытым исходным кодом, но не обязательно, чтобы они были доступны как с открытым исходным кодом. Лицензирование caBIG позволяет даже использовать приложения и компоненты caBIG, объединенные с дополнениями и модификациями, в качестве коммерческих продуктов. Эти аспекты программы caBIG фактически способствуют коммерциализации технологии caBIG.

Полученные результаты

В 2008, GlaxoSmithKline объявила, что поделится геномными данными раковых клеток с caBIG.[14]Некоторые частные компании заявили о преимуществах технологии caBIG в 2010 году.[15]

Веб-сайт сообщества caGrid был создан в 2007 году.[16]Версия 1.x основного программного обеспечения была добавлена ​​в GitHub в середине 2013 г., в рамках BSD 3-пункт лицензия.[17]Использовалась версия 4.03 Инструментарий Глобус, а Верстак Таверна система для управления рабочим процессом и Язык выполнения бизнес-процессов.[17][18][19]Программное обеспечение под названием Introduce было разработано примерно в 2006 году.[20]Авторы включали Государственный университет Огайо Центр клинических и трансляционных наук и частные компании Ekagra Software Technologies and Semantic Bits.[16]

Критика

К 2008 году некоторые задавались вопросом, приносит ли программа пользу крупным фармацевтическим компаниям.[21]К 2011 году на проект было потрачено около 350 миллионов долларов.[22] Хотя эта цель была признана похвальной, большая часть программного обеспечения была принята неравномерно после того, как была разработана с большими расходами для конкуренции с коммерческими предложениями. В марте 2011 года оценка рабочей группы NCI пришла к выводу, что caBIG "... расширился далеко за пределы этих целей, чтобы реализовать чрезмерно сложное и амбициозное программное обеспечение инструментов под торговой маркой NCI, особенно в области системы управления клиническими испытаниями (CTMS). Они вызвали ограниченную популярность в онкологическом сообществе, конкурируют с признанными коммерческими поставщиками и создают финансово неприемлемые долгосрочные услуги и поддержку обязательства перед NCI ».[2] В 2012 году NCI объявил о новой программе «Национальная программа информатики рака» (NCIP) в качестве преемницы caBIG.[23][24][25]

caGrid

caGrid
Разработчики)NCI Центр биомедицинской информатики и информационных технологий (CBIIT), Государственный университет Огайо Исследовательский фонд, The Чикагский университет - Аргоннская национальная лаборатория, SemanticBits LLC, Ekagra Software Technologies
Операционная системаКроссплатформенность
ТипГрид-вычисления, веб-сервис
ЛицензияBSD 3-пункт
Интернет сайтCagrid.org

В caGrid компьютерная сеть и программное обеспечение поддержали инициативу Сети биомедицинской информатики рака (caBIG) Национальный институт рака США Национальные институты здоровья.

caBIG - это добровольная виртуальная информатическая инфраструктура, объединяющая данные, исследовательские инструменты, ученых и организации.

В 2013 г. Национальная программа информатики рака (NCIP) переиздал caGrid под Лицензия BSD с тремя пунктами, и перенесли исходный репозиторий в github.

caGrid использует версию 4.03 Инструментарий Глобус, произведенный Глобус Альянс.

Портал

Портал caGrid был веб-приложением, построенным на Liferay который позволяет пользователям обнаруживать и взаимодействовать со службами, доступными в инфраструктуре caGrid. Портал служит основным инструментом визуализации для caGrid. промежуточное ПО. Он также служил БОЛЬШИМ источником информации. Через портал caGrid пользователи имели доступ к информации об участниках caBIG, точках контакта (POC) caGrid, а также к новостям и событиям, связанным с caGrid.

Рабочий процесс

В рабочем процессе caGrid используются:

Авторы

Критика

В марте 2011 года NCI опубликовал обширный обзор CaBIG, программы NCI CBIIT, которая финансировала разработку программного обеспечения caGrid (см. [1], [2] ), который включал длинный список проблем с программой и рекомендовал прекратить большинство проектов разработки программного обеспечения.

Рекомендации

  1. ^ а б Кеннет Буетоу (1 апреля 2008 г.). «На пути к БОЛЬШОМУ времени» (PDF). Ученый. 22 (4). п. 60. Архивировано с оригинал (PDF) 4 марта 2012 г.. Получено 9 сентября, 2013.
  2. ^ а б Специальная рабочая группа Совета научных консультантов (3 марта 2011 г.). "Оценка воздействия сети биомедицинской информатики NCI (caBIG®)" (PDF). Национальный институт рака. Получено 14 августа, 2017.
  3. ^ Лори Виглер (14 июля 2008 г.). «Соединение раковых сообществ - БОЛЬШОЕ время». Биологический мир ИТ. Получено 10 сентября, 2013.
  4. ^ «Обучающаяся система здравоохранения для лечения рака». Архивировано из оригинал на 2010-03-07. Получено 2010-03-09.
  5. ^ Баркер А.Д., Сигман К.С., Келлофф Г.Дж., Хилтон Н.М., Берри Д.А., Эссерман Л.Дж. (июль 2009 г.). «I-SPY 2: адаптивный дизайн исследования рака груди в условиях неоадъювантной химиотерапии». Клиническая фармакология и терапия. 86 (1): 97–100. Дои:10.1038 / clpt.2009.68. PMID  19440188. S2CID  22909517.
  6. ^ "BIG Health Consortium". Архивировано из оригинал 13 февраля 2009 г.. Получено 10 июня, 2013.
  7. ^ Эдита Зелинска (22 июля 2009 г.). "NCI решает вопрос регистрации участников". Ученый. Получено 4 октября, 2011.
  8. ^ «Исследование здоровья женщин». Сайт "Армия женщин". Архивировано из оригинал 30 мая 2010 г.. Получено 4 октября, 2011.
  9. ^ «NCRI запускает бесплатный онлайн-портал ONIX для исследования рака». Онкология Таймс Великобритания. Август 2009. с. 4.
  10. ^ «Инициатива NCRI в области информатики». NCRI. Архивировано из оригинал 22 августа 2013 г.. Получено 10 сентября, 2013.
  11. ^ «Герцог играет важную роль в общенациональном проекте по улучшению лечения рака» (PDF). Заметки онкологического центра. Онкологический центр Duke. Март 2004 г. с. 6. Архивировано из оригинал (PDF) на 2016-03-04. Получено 2013-06-10.
  12. ^ «Сеть поддержки предприятий». Архивировано из оригинал на 2010-05-28. Получено 2010-03-09.
  13. ^ "Ворота в сеть биомедицинской информатики рака". Старый веб-портал. Архивировано из оригинал 7 сентября 2008 г.
  14. ^ «GlaxoSmithKline сотрудничает с Национальным институтом рака, чтобы сделать большой массив геномных данных раковых клеток доступными для всех исследователей рака». пресс-релиз. Имеются геномные данные раковых клеток. Архивировано из оригинал 27 июня 2008 г.. Получено 10 июня, 2013.
  15. ^ «Неожиданная и удачная синергия: BIGR® и caBIG®». Вебсайт компании. HealthCare IT, Inc. Архивировано с оригинал 18 октября 2010 г.. Получено 10 июня, 2013.
  16. ^ а б «CaGrid». интернет сайт. Архивировано из оригинал 1 июля 2007 г.. Получено 10 сентября, 2013.
  17. ^ а б «Добро пожаловать в проект ядра caGrid». Получено 9 сентября, 2013.
  18. ^ Вэй Тан; Паоло Миссье; Рави Маддури; Ян Фостер (2009). Построение научного рабочего процесса с Taverna и BPEL: сравнительное исследование в caGrid (PDF). ICSOC 2008 Семинар по сервис-ориентированным вычислениям. Конспект лекций по информатике. 5472. С. 118–129. Дои:10.1007/978-3-642-01247-1_11. ISBN  978-3-642-01246-4.
  19. ^ Вэй Тан; Ян Фостер; Рави Маддури (ноябрь – декабрь 2008 г.). «Сочетание мощи Taverna и caGrid: научные рабочие процессы, обеспечивающие совместную работу в веб-масштабе». Интернет-вычисления IEEE. 12 (6): 61–68. Дои:10.1109 / MIC.2008.120. S2CID  2690862.
  20. ^ Шеннон Гастингс; Скотт Остер; Стивен Ланджелла; Дэвид Эрвин; Тахсин Курк и Джоэл Зальц (декабрь 2007 г.). «Представляем: набор инструментов с открытым исходным кодом для быстрой разработки строго типизированных грид-сервисов». Журнал грид-вычислений. 5 (4): 407–427. Дои:10.1007 / s10723-007-9074-8.
  21. ^ Гарет Халфакри (23 июня 2008 г.). «Открытие раковых исследований». Bit-Tech. Архивировано из оригинал 20 марта 2012 г.. Получено 10 июня, 2013.
  22. ^ Джон Фоли (8 апреля 2011 г.). "Отчет о взрывах проблемной сети исследований рака". Информационная неделя. Получено 10 июня, 2013.
  23. ^ Удуак Грейс Томас (20 апреля 2012 г.). «NCI реорганизует усилия в области информатики рака; сокращает некоторые программы caBIG, перемещает другие в NCIP». БИОИНФОРМ. Получено 25 апреля, 2012.
  24. ^ Джордж А. Комацулис. «Анонс программы». Национальный институт рака. Архивировано из оригинал 30 июля 2012 г.. Получено 10 июня, 2013.
  25. ^ Гарольд Вармус. «О НЦИС». Национальный институт рака. Архивировано из оригинал 6 августа 2013 г.. Получено 9 сентября, 2013.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка

Составные части