Apache Taverna - Apache Taverna

Apache Taverna
Taverna-wheel-logo.png
Верстак Таверны
Верстак Таверны
Разработчики)Фонд программного обеспечения Apache (myGrid для 2.x)
Стабильный выпуск
3.1 / 1 июля 2016 г.; 4 года назад (2016-07-01)
Репозиторий
Отредактируйте это в Викиданных
Написано вЯва
Операционная системаLinux, Mac OS X, Майкрософт Виндоус
ТипСистема научного документооборота
ЛицензияЛицензия Apache 2.0 (LGPL для 2.x)
Интернет сайттаверна.incubator.apache.org

Apache Taverna является программное обеспечение с открытым исходным кодом инструмент для проектирования и исполнения рабочие процессы, изначально созданный myGrid проект под названием Верстак Таверны, теперь проект под Инкубатор Apache. Taverna позволяет пользователям интегрировать множество различных программных компонентов, включая WSDL МЫЛО или ОТДЫХ Веб-сервисы, например, предоставленные Национальный центр биотехнологической информации, то Европейский институт биоинформатики, то Банк данных ДНК Японии (DDBJ), SoapLab, BioMOBY и EMBOSS. Набор доступных сервисов не ограничен, и пользователи могут импортировать описания новых сервисов в Taverna Workbench.[1][2][3][4][5][6][7][8]

Taverna Workbench предоставляет настольную среду разработки и механизм реализации для научных рабочих процессов. Механизм рабочего процесса Taverna также доступен отдельно, как Java API, инструмент командной строки или как сервер.

Таверна используется пользователями во многих доменах, например биоинформатика,[9][10] хеминформатика,[11] лекарство, астрономия,[12] социальная наука, Музыка, и цифровое сохранение.[13]

Некоторые сервисы для использования в рабочих процессах Taverna можно найти через Биокаталог - общедоступный, централизованный и контролируемый реестр веб-сервисов Life Science. Рабочими процессами таверны также можно поделиться с другими людьми через myExperiment социальная сеть сайт для ученых.[14] Биокаталог и myExperiment еще два продукта из myGrid консорциум.

Taverna используется более чем 350 организациями по всему миру, как академическими, так и коммерческими. По состоянию на 2011 год Taverna скачали более 80 000 разных версий.

Возможности

Рабочие процессы таверны могут вызывать общие МЫЛО /WSDL или же ОТДЫХ Веб-сервисы и, в частности, SADI, BioMart, BioMoby и SoapLab Веб-сервисы. Он также может вызывать р статистические службы, локальный код Java, внешние инструменты на локальных и удаленных машинах (через ssh ), делать XPath и другие манипуляции с текстом, импортируйте электронную таблицу и включите вспомогательные рабочие процессы.

Taverna Workbench позволяет отслеживать выполнение рабочего процесса и проверять происхождение полученных данных, раскрывая детали рабочего процесса как W3C PROV -O RDF граф происхождения,[15] в рамках структурированного Объект исследования пучок[16] ZIP файл, содержащий входные и выходные данные, промежуточные значения и определение выполняемого рабочего процесса; вместе этот формат называется ТавернаПров.[17]

Таверна включает возможность поиска услуг, описанных в Биокаталог вызывать из рабочих процессов. Однако для включения в рабочие процессы не обязательно описывать услуги в Биокаталоге, так как они могут быть добавлены из WSDL Веб-сервис описание или введено как ОТДЫХ URI шаблон.

Taverna также включает возможность поиска рабочих процессов на myExperiment. Taverna Workbench может загружать, изменять и запускать рабочие процессы, обнаруженные в myExperiment, а также загружать созданные рабочие процессы, чтобы делиться ими с другими, используя социальные аспекты myExperiment.

Рабочие процессы Taverna не нужно выполнять в Taverna Workbench. Рабочие процессы также могут выполняться с помощью:

  • а командная строка инструмент исполнения
  • сервер удаленного выполнения, который позволяет запускать рабочие процессы Taverna на других машинах, в вычислительных сетях, облаках, с веб-страниц и порталов
  • онлайн-дизайнер и исполнитель рабочего процесса ОнлайнHPC

Taverna позволяет конвейерную и потоковую передачу данных.[18] Это означает, что нижестоящие службы в рабочем процессе могут запускаться, как только будет получен первый элемент данных, не дожидаясь, пока весь список данных станет доступным из вышестоящих служб и итераций. По возможности сервисы Taverna выполняются параллельно, поскольку рабочие процессы Taverna в основном управляются данными, а не элементами управления.[19]

Верстак Taverna 2.1 заставка

Сообщество с открытым исходным кодом

Taverna - проект с открытым исходным кодом с 2003 года.[20] с участниками из множества академических и отраслевых институтов. В октябре 2014 года Taverna стала независимой Инкубатор Apache проект,[21] и изменил свое название на Apache Taverna (инкубация). В проекте разрабатывается Apache Taverna 3.x,[22] какая лицензия изменилась с LGPL 2.1 к Лицензия Apache 2.0.

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ Бельхаджейме К., Вольстенкрофт К., Корчо О, Оинн Т., Тано Ф., Уильям А., Гобл С. (2008). «Управление метаданными в системе рабочего процесса Taverna». Восьмой международный симпозиум IEEE по кластерным вычислениям и сетям (CCGRID), 2008 г.. С. 651–656. Дои:10.1109 / CCGRID.2008.17.
  2. ^ Ли П., Кастрилло Дж. И., Веларде Дж., Вассинк И., Сойланд-Рейес С., Оуэн С. и др. (Август 2008 г.). «Выполнение статистического анализа количественных данных в рабочих процессах Taverna: пример использования R и maxdBrowse для идентификации дифференциально экспрессируемых генов из данных микрочипа». BMC Bioinformatics. 9: 334. Дои:10.1186/1471-2105-9-334. ЧВК  2528018. PMID  18687127.
  3. ^ Оинн Т., Аддис М., Феррис Дж., Марвин Д., Сенгер М., Гринвуд М. и др. (Ноябрь 2004 г.). «Таверна: инструмент для создания и реализации рабочих процессов биоинформатики». Биоинформатика. 20 (17): 3045–54. Дои:10.1093 / биоинформатика / bth361. PMID  15201187.
  4. ^ Оинн Т., Гринвуд М., Аддис М., Альпдемир М.Н., Феррис Дж., Гловер К. и др. (2006). «Таверна: уроки создания рабочей среды для наук о жизни» (PDF). Параллелизм и вычисления: практика и опыт. 18 (10): 1067–1100. Дои:10.1002 / cpe.993.
  5. ^ Hull D, Wolstencroft K, Стивенс Р, Гобл C, Покок М.Р., Ли П., Оинн Т. (июль 2006 г.). «Таверна: инструмент для построения и управления рабочими процессами сервисов». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с веб-сервером): W729-32. Дои:10.1093 / нар / gkl320. ЧВК  1538887. PMID  16845108. открытый доступ
  6. ^ Кавас Э., Сенгер М., Уилкинсон, доктор медицины (ноябрь 2006 г.). «Расширения BioMoby для программного обеспечения для управления рабочими процессами Taverna». BMC Bioinformatics. 7: 523. Дои:10.1186/1471-2105-7-523. ЧВК  1693925. PMID  17137515.
  7. ^ Sroka J, Kaczor G, Tyszkiewicz J, Kierzek AM (май 2006 г.). «XQTav: процессор XQuery для среды Taverna». Биоинформатика. 22 (10): 1280–1. Дои:10.1093 / биоинформатика / btl101. PMID  16551662.
  8. ^ Wolstencroft K, Haines R, Fellows D, Williams A, Withers D, Owen S и др. (Июль 2013). «Пакет рабочих процессов Taverna: проектирование и выполнение рабочих процессов веб-служб на настольном компьютере, в Интернете или в облаке». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Проблема с веб-сервером): W557-61. Дои:10.1093 / nar / gkt328. ЧВК  3692062. PMID  23640334.
  9. ^ Стивенс Р.Д., Робинсон Эй Джей, Goble CA (2003). «myGrid: персонализированная биоинформатика в информационной сетке». Биоинформатика. 19 Дополнение 1: i302-4. Дои:10.1093 / биоинформатика / btg1041. PMID  12855473.
  10. ^ Стивенс Р.Д., Типни HJ, Wroe CJ, Oinn TM, Senger M, Lord PW и др. (Август 2004 г.). «Изучение синдрома Вильямса-Бёрена с помощью myGrid». Биоинформатика. 20 Приложение 1: i303-10. Дои:10.1093 / биоинформатика / bth944. PMID  15262813.
  11. ^ Truszkowski A, Jayaseelan KV, Neumann S, Willighagen EL, Zielesny A, Steinbeck C (декабрь 2011 г.). «Новые разработки в открытой рабочей среде хеминформатики CDK-Taverna». Журнал химинформатики. 3: 54. Дои:10.1186/1758-2946-3-54. ЧВК  3292505. PMID  22166170.
  12. ^ Крюк Р.Н., Романиелло М., Ульгрен М., Ярвеляйнен П., Майсала С., Оиттинен Т. и др. (2008). «ESO Reflex: графический рабочий процесс для выполнения рецептов». Семинар ESO по калибровке приборов 2007 г.. Европейская южная обсерватория ESO Astrophysics Symposia. С. 169–175. Дои:10.1007/978-3-540-76963-7_23. ISBN  978-3-540-76962-0.
  13. ^ Радич М., Шларб С., Мёлдруп-Далум П., Меджкун Л. (2012). «Исполняемые рабочие процессы веб-контента для экспериментального выполнения» (PDF).
  14. ^ Goble CA, Bhagat J, Aleksejevs S, Cruickshank D, Michaelides D, Newman D, et al. (Июль 2010 г.). «myExperiment: репозиторий и социальная сеть для обмена рабочими процессами биоинформатики». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с веб-сервером): W677-82. Дои:10.1093 / nar / gkq429. ЧВК  2896080. PMID  20501605.
  15. ^ Бельхаджаме К., Чжао Дж., Гариджо Д., Гарридо А., Соиланд-Рейес С., Альпер П., Корчо О. (2013). «Рабочий процесс PROV-корпус на основе Taverna и Wings». Материалы совместных семинаров EDBT / ICDT 2013 по - EDBT '13. п. 331. Дои:10.1145/2457317.2457376. ISBN  9781450315999.
  16. ^ Соиланд-Рейес С., Гэмбл М., Хейнс Р. (2014-11-05). «Набор исследовательских объектов 1.0» (Технические характеристики). researchchobject.org. Дои:10.5281 / zenodo.12586. Получено 28 января 2015.
  17. ^ Соиланд-Рейес С., Альпер П., Гобл C (11 мая 2016 г.). «Отслеживание выполнения рабочего процесса с TavernaProv». PROV: Три года спустя. ProvenanceWeek 2016. Дои:10.5281 / zenodo.51314. Архивировано из оригинал 12 июня 2018 г.. Получено 17 октября 2018. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)CS1 maint: location (связь)
  18. ^ «Неявная итерация». Taverna 2.5 Руководство пользователя. myGrid. 2014-09-09. Получено 28 января 2015.
  19. ^ Соиланд-Рейес С (13 декабря 2010 г.). «Вызовы параллельной службы». Блог знаний о таверне. knowledgeblog.org. Получено 28 января 2015.
  20. ^ Соиланд-Рейес С., Суфи С., Сиборн С. (2014-09-23). "Предложение таверны". Инкубатор вики. Фонд программного обеспечения Apache. Получено 28 января 2015.
  21. ^ «Статус инкубации проекта Taverna». Инкубатор Apache. Фонд программного обеспечения Apache. Получено 28 января 2015.
  22. ^ "Загрузить Apache Taverna". Фонд программного обеспечения Apache. Получено 28 января 2015.