Коронавирус 3 'UTR - Coronavirus 3′ UTR
Коронавирус геномы положительный смысл одноцепочечный РНК молекулы с непереведенный регион (UTR) в 3 ′ конец который называется 3 ′ UTR. 3 'UTR отвечает за важные биологические функции, такие как вирусные репликация.[1] 3'-UTR имеет консервативную РНК. вторичная структура но разные роды коронавирусов (альфа-, бета-, гамма- и дельтакоронавирусы) имеют разные структурные особенности, описанные ниже.
3 'UTR Альфакоронавирусы состоит из двух маленьких шпилек (ПК-SL2), которые могут образовывать альтернативную конформацию (PK-SL1), где область петли второй шпильки взаимодействует со стержнем первой шпильки (см. Псевдоузел Coronavirus 3 ′ UTR ). PK-SL2 подтвержден в HCoV-229E и HCoV-NL63 с помощью экспериментов по зондированию структуры in vitro. За этим псевдоузлом лежит гипервариабельная область (HVR), который поддерживается множеством коварирующих пар оснований у альфа-коронавирусов. Кроме того, консервативная октануклеотидная последовательность 5'-GGAAGAGC-3 ' присутствует в HVR.[2]
3 'UTR Бетакоронавирусы составляет примерно 300–500 нуклеотидов. Самая 5 'структура - это выпуклый стержень-петля (BSL), начиная с гена N стоп-кодон и необходим для репликации вирусов. Предполагается, что он будет сохранен среди бетакоронавирусов. Ниже по течению к BSL лежит гипервариабельная область выпуклой петли (HVR), содержащий тройную спираль. Стебель-петля шпильки, возникающая из этого соединения, участвует в спаривании псевдоузла с участком BSL. Псевдоузел и BSL частично перекрываются и поэтому не могут быть сформированы одновременно. Предполагается, что BSL и псевдоузел действуют как молекулярный переключатель, который может регулировать переход во время синтеза вирусной РНК. Часть HVR - это октануклеотидная последовательность. 5'-GGAAGAGC-3 ' который сохраняется среди альфа- и бета-коронавирусов. 3 'UTR SARS-CoV-2 похож на другие бетакоронавирусы и составляет приблизительно 300–500 нуклеотидов.
В Гаммакоронавирусы наблюдается стеблевая петля, расположенная в 3'-UTR, которая жизненно важна для репликации вируса. Несмотря на то, что близлежащая структура псевдоузла, которая наблюдалась у других родов коронавирусов, присутствует, ее функциональное значение еще не установлено.
Есть две шпильки меньшего размера и гипервариабельная область (HVR), присутствующая в 3 'UTR Дельтакоронавирусы. Структура псевдоузла, характерная для альфа- и бета-коронавирусов, для дельтакоронавирусов пока не предсказана.
Смотрите также
- Коронавирус 5 'UTR
- Псевдоузел Coronavirus 3 ′ UTR
- Мотив, подобный 3'-стеблю-петле II коронавируса (s2m)
- Элемент стимуляции сдвига кадра коронавируса
- Сигнал упаковки коронавируса
Рекомендации
- ^ Madhugiri, R .; Fricke, M .; Марз, М .; Зибур, Дж. (2016). "Цис-действующие элементы РНК коронавируса". Достижения в вирусных исследованиях. 96: 127–163. Дои:10.1016 / bs.aivir.2016.08.007. ISBN 978-0-12-804736-1. ISSN 1557-8399. ЧВК 7112319. PMID 27712622.
- ^ Ян, Донг; Лейбовиц, Джулиан Л. (2015-08-03). «Структура и функции 3 'и 5' концов генома коронавируса». Вирусные исследования. 206: 120–133. Дои:10.1016 / j.virusres.2015.02.025. ISSN 1872-7492. ЧВК 4476908. PMID 25736566.
