Мотив, подобный 3'-стеблю-петле II коронавируса (s2m) - Coronavirus 3′ stem-loop II-like motif (s2m)

Мотив, подобный 3'-стеблю-петле II коронавируса (s2m)
RF00164-rscape.svg
Идентификаторы
Символs2m
РфамRF00164
Прочие данные
РНК типСнг
Домен (ы)Эукариоты; Вирусы
ТАКТАК: 0000233
PDB структурыPDBe

В Мотив, подобный 3'-петле II коронавируса (также известный как s2m) является вторичная структура мотив, идентифицированный в 3 'нетранслируемая область (3′UTR) из астровирус, коронавирус и лошади риновирус геномы.[1][2] Его функция неизвестна, но было обнаружено, что различные вирусные 3'-UTR-области играют роль в вирусная репликация и упаковка.

Этот мотив, по-видимому, сохраняется в обоих нуклеотид последовательность и вторичная структура сворачивание, указывающее на сильный эволюционный отбор его сохранение. Предполагается, что присутствие этого консервативного мотива в этих трех различных вирусных семействах является результатом как минимум двух отдельных вирусов. рекомбинация События.[2]

Другие семейства РНК, идентифицированные в коронавирусе, включают SL-III цис-действующий элемент репликации (CRE), то Элемент стимуляции сдвига рамки коронавируса, то сигнал упаковки коронавируса и псевдоузел коронавируса 3 ′ UTR.

Изображение трехмерной структуры мотива s2m.[2]

Биологическое значение

Функционально во время инвазии хозяина вирусной РНК, кажется, что s2m сначала связывает один или несколько белков в качестве механизма для вирусной РНК, чтобы заменить синтез белка хозяина. Это также было замечено в макромолекулярной замене s2m РНК складок рибосомной РНК. Элемент s2m РНК также является эффективной мишенью для создания противовирусных препаратов.[3][4] Во время пандемии COVID-19 в 2020 году многие геномные последовательности австралийских изолятов SARS-CoV-2 имеют делеции или мутации в s2m, что позволяет предположить, что в этом элементе РНК SARS-CoV-2 могли иметь место события рекомбинации РНК.[5]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Йонассен CM, Йонассен TO, Grinde B (1998). «Общий мотив РНК в 3'-конце геномов астровирусов, вируса птичьего инфекционного бронхита и риновируса лошадей». Журнал общей вирусологии. 79 (4): 715–718. Дои:10.1099/0022-1317-79-4-715. PMID  9568965.
  2. ^ а б c Робертсон М.П., ​​Игель Х., Бэртч Р., Хаусслер Д., Арес М., Скотт В.Г. (2005). «Структура строго консервативного элемента РНК в геноме вируса SARS». PLoS Биология. 3 (1): e5. Дои:10.1371 / journal.pbio.0030005. ЧВК  539059. PMID  15630477.
  3. ^ Робертсон М.П., ​​Игель Х., Бэртч Р., Хаусслер Д., Арес М. (2005). "Младший, и другие. (2005) Структура строго консервативного элемента РНК в геноме вируса SARS ». PLoS Биология. 3 (1): e5. Дои:10.1371 / journal.pbio.0030005. ЧВК  539059. PMID  15630477.
  4. ^ Робертсон М.П., ​​Игель Х., Бэртч Р., Хаусслер Д., Арес М., Скотт В.Г. (январь 2005 г.). «Структура строго консервативного элемента РНК в геноме вируса SARS». PLOS Биология. 3: e5. Дои:10.1371 / journal.pbio.0030005. ЧВК  539059. PMID  15630477. Получено 2013-06-04.
  5. ^ Yeh TY, Contreras GP (2020). «Новые вирусные мутанты в Австралии предполагают событие рекомбинации РНК в геноме SARS-CoV-2». Медицинский журнал Австралии. 213 (1): 44–44.e1. Дои:10.5694 / mja2.50657. ЧВК  7300921. PMID  32506536.

внешняя ссылка