N-концевой домен ДНК-фотолиазы - DNA photolyase N-terminal domain
| ДНК-фотолиаза, N-конец | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | ДНК_фотолиаза | ||||||||
| Pfam | PF00875 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR006050 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00331 | ||||||||
| SCOP2 | 1qnf / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
| FeS-BCP | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | ДНРП | ||||||||
| Pfam | PF04244 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR007357 | ||||||||
| |||||||||
ДНК-фотолиаза, N-конец это эволюционно сохраненный белковый домен. Этот домен связывает сбор света хромофор что расширило спектр фотолиаза или же криптохром поглощение света, т.е. антенна.[1] Он принимает Россманн Фолд.[2]
Кофактор может быть птерин 5,10-Methenyltetrahydrofolate (MTHF, MHF) в фотолиазы фолиевой кислоты (PDB: 4U63) Или деазафлавин 8-гидрокси-7,8-дидеметил-5-деазарибофлавин (8-HDF, FO1) в деазафлавиновые фотолиазы (PDB: 3CVV, 4CDN).[2] Лиганд 8-HDF обычно связывается с этим доменом (рядом с C-концевой половиной), тогда как MHF имеет тенденцию связываться с внешней бороздкой этого домена.[3] Создана структурная подпись связывания 8-HDF, выделяющая аминокислотные остатки, которые определяют, какую антенну может использовать фотолиаза.[4] Эксперименты на Термус термофильный белок с этим доменом (P61497) показывает, что искусственные подложки могут альтернативно использоваться для модифицированных спектров поглощения. Это естественно связывает FMN в позе похожей на 8-HDF.[5] Кроме того, многие криптохромы, особенно полученные от животных, не связывают кофакторы в этом домене.[3]
Несмотря на то, что немногие эукариоты (и ни одно животное) могут синтезировать 8-HDF самостоятельно,[6] тем не менее многие линии используют деазафлавиновые фотолиазы. Вероятно, они получают 8-HDF от своих эндосимбиотических микробов.[4] В отличие от многих бактериальных фотолиаз деазафлавина, которые принимают FMN, а также 8-HDF, один такой фермент плодовой мухи принимает только 8-HDF.[6]
N-концевой домен FeS-BCP гомологичен этому домену. Вместо органического кофактора его хромофор представляет собой железо-серный кластер.[7]
Примеры
Белки человека, содержащие этот домен, включают:
Рекомендации
- ^ Тамада Т., Китадокоро К., Хигучи Ю., Инака К., Ясуи А., де Руйтер П.Е., Экер А.П., Мики К. (ноябрь 1997 г.). «Кристаллическая структура ДНК-фотолиазы Anacystis nidulans». Структурная биология природы. 4 (11): 887–91. Дои:10.1038 / nsb1197-887. PMID 9360600. S2CID 7041623.
- ^ а б Санкар А. (июнь 2003 г.). «Структура и функция ДНК-фотолиазы и криптохромных фоторецепторов синего света». Химические обзоры. 103 (6): 2203–37. Дои:10.1021 / cr0204348. PMID 12797829.
- ^ а б Scheerer P, Zhang F, Kalms J, von Stetten D, Krauß N, Oberpichler I, Lamparter T (май 2015 г.). «Структура фотолиазы циклобутанпиримидиндимера класса III выявляет новый сайт связывания антенного хромофора и альтернативные пути фотовосстановления». Журнал биологической химии. 290 (18): 11504–14. Дои:10.1074 / jbc.M115.637868. ЧВК 4416854. PMID 25784552.
- ^ а б Kiontke S, Gnau P, Haselsberger R, Batschauer A, Essen LO (июль 2014 г.). «Структурные и эволюционные аспекты использования антенных хромофоров фотолиазами II класса». Журнал биологической химии. 289 (28): 19659–69. Дои:10.1074 / jbc.M113.542431. ЧВК 4094076. PMID 24849603.
- ^ Клар Т., Кайзер Дж., Хеннеке Ю., Карелл Т., Батшауэр А., Эссен LO (ноябрь 2006 г.). «Природные и неприродные антенные хромофоры в ДНК-фотолиазе из Thermus thermophilus». ChemBioChem. 7 (11): 1798–806. Дои:10.1002 / cbic.200600206. PMID 17051659. S2CID 44346656.
- ^ а б Glas AF, Мол MJ, Cryle M, Barends TR, Schneider S, Kaya E, Schlichting I, Carell T (июль 2009 г.). «Архейский кофактор F0 - это светособирающий антенный хромофор у эукариот». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 106 (28): 11540–5. Дои:10.1073 / pnas.0812665106. ЧВК 2704855. PMID 19570997.
- ^ Оберпихлер И., Пиерик А.Дж., Вессловски Дж., Покорный Р., Розен Р., Вугман М., Чжан Ф., Нойбауэр О., Рон Э.З., Батшауэр А., Лампартер Т. (31 октября 2011 г.). «Фотолиазеподобный белок из Agrobacterium tumefaciens с железо-серным кластером». PLOS ONE. 6 (10): e26775. Bibcode:2011PLoSO ... 626775O. Дои:10.1371 / journal.pone.0026775. ЧВК 3204975. PMID 22066008.
 | Этот белок -связанная статья является заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |