Дэвид Гудселл - David Goodsell

Дэвид Гудселл
Дэвид С. Гудселл.jpg
Родившийся1961 Отредактируйте это в Викиданных (59 лет)
Альма-матер
Род занятий
Интернет сайтhttps://ccsb.scripps.edu/goodsell/  Отредактируйте это в Викиданных
Научная карьера
ПоляСтруктурная биология, научная иллюстрация  отредактируйте это в викиданных
Учреждения
ДокторантРичард Э. Дикерсон

Дэвид С. Гудселл, является доцентом Научно-исследовательский институт Скриппса[1] и профессор-исследователь в Университет Рутгерса, Нью-Джерси[2] (совместное назначение). Он особенно известен своими акварельными картинами интерьеров камер.[3]

Образование

Дэвид Гудселл изучал Бакалавр по биологии и химии в Калифорнийский университет в Ирвине.[1] После этого он защитил докторскую диссертацию в Рентгеновская кристаллография из ДНК на Калифорнийский университет в Лос-Анджелесе, завершена в 1987 году.[1][4]

Исследование

После получения докторской степени он работал в качестве структурный биолог на Научно-исследовательский институт Скриппса (с периодом 2 года в Калифорнийский университет в 1992-94 гг.).[1] Его исследовательские темы включали использование структурной биологии и молекулярно-динамическое моделирование исследовать симметрию в белковые олигомеры, белок-белковые взаимодействия и для компьютерный дизайн лекарств. В частности, он разработчик AutoDock, то самая широко используемая программа используется для молекулярный док.[5] Его основные направления исследований: Лекарственная устойчивость ВИЧ и структура и функции бактериальные клетки.[6]

Иллюстрация

Пример индивидуального белка: Комплекс каскадного наблюдения бактериальной иммунной системы CRISPR типа I из Escherichia coli (2015). Каскад белковый комплекс (синий) связан с направляющей цепью crRNA (оранжевый). (PDB: 4tvx​)
Пример молекулярного пейзажа: Вирус Зика (2016). Вирусы сверху и слева с белками оболочки (красный), мембранными белками (пурпурный), липидной мембраной (светло-фиолетовый), геномом РНК (желтый) и белками капсида (оранжевый). Клетка-мишень внизу справа с рецепторами клеточной поверхности (зеленый). Молекулы плазмы крови (желтые).

Goodsell разработал фирменный стиль научный рисунок. Он начал рисовать рано в детстве, но не изучал искусство в колледже.[7] В аспирантуре Гудселл заинтересовался научная иллюстрация при написании программ молекулярной графики для визуализации белков и ДНК конструкции.[7]

В фирменном стиле Гудселла обычно используется очень плоское затенение, с сильным и простым цветовые схемы.[8] Как это типично для медицинских иллюстраций, изображения представляют собой упрощенные представления объекта, в которых сохранена точность важных деталей.[9][10] Его иллюстрации можно разделить на две категории: отдельные белки и клеточные панорамы.

Его изображения отдельных белков обычно генерируются компьютером, заштрихованный изображения белков, заполняющие пространство, часто с вырезами, чтобы показать внутренние участок связывания и кофакторы. И наоборот, его иллюстрации внутренностей клеток (иногда называемые молекулярными пейзажами) нарисованы вручную акварелью.[11] Обычно они разрезают клетку с очень упрощенными белковыми структурами в плоском стиле, чтобы уловить общую организацию без чрезмерных деталей.[12] Внутренние части этих ячеек часто отображаются с эффективным увеличением в 1000000 раз для единообразия.[13][14] Таким образом, картины выполнены в едином стиле, стремясь сделать интерпретацию легкой и максимально интуитивной.[15]

Его иллюстрации опубликованы в серии «Молекула месяца» издательством Банк данных белков, архив белковые структуры.[7] Его иллюстрации используются как учебные пособия,[16] в учебниках, в научных изданиях,[9] и как обложку журнала.[17]

Процесс

Для отдельных белков иллюстрации Гудселла созданы непосредственно из решенных белковые структуры депонировано в PDB используя пользовательские компьютерные визуализации, которые он написал в Фортран (теперь выпущен как онлайн-инструмент для создания иллюстраций).[18]

Представления больших макромолекулярные комплексы или же переполненная сотовая среда требуют интерпретации и синтеза множества различных типов научных изображений.[19] К ним относятся рентгеновская кристаллография и ЯМР для белковых компонентов, криоэлектронная томография для более крупных комплексов, и световая микроскопия в сверхвысоком разрешении и электронная микроскопия для клеточной среды.[4][20] В этих случаях основное внимание уделяется изображению относительных масштабов, ориентации и взаимодействия между компонентами.[9] Для точного отображения степени скопления фоновые промежутки заполняются родовыми белками приблизительного размера, так что художественная лицензия используется для повышения точности общего представления.[21]

Библиография

Помимо научных статей, Гудселл является автором нескольких научных книг с акцентом на иллюстрации:[9][22]

  • Атомные доказательства: взгляд на молекулярную основу жизни (Springer International, 2016)
  • Бионанотехнология: уроки природы (Дж. Вили и сыновья, 2004 г.)
  • Наша молекулярная природа: двигатели, машины и сообщения тела (Springer-Verlag, 1996)
  • Машины жизни (Springer-Verlag, 1993).

Рекомендации

  1. ^ а б c d "Резюме Гудселла, Дэвид". vivo.scripps.edu. Получено 2019-07-11.
  2. ^ "Профиль: Дэвид Гудселл". researchwithrutgers.com. Университет Рутгерса. Получено 2019-07-13.
  3. ^ "Дэвид Гудселл и молекула месяца по версии RCSB PDB". RCSB. 1 апреля 2013 г.. Получено 3 апреля 2015. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  4. ^ а б Тейлор, Мишель (17.06.2019). «Пересечение искусства и науки». Лабораторное оборудование. Получено 2019-07-11.
  5. ^ Соуза, Сержио Филипе; Фернандес, Педро Александрино; Рамос, Мария Жоао (2006). «Белок-лигандный докинг: текущее состояние и будущие задачи». Белки: структура, функции и биоинформатика. 65 (1): 15–26. Дои:10.1002 / prot.21082. ISSN  1097-0134. PMID  16862531. S2CID  21569704.
  6. ^ Гудселл, Дэвид. "Домашняя страница Goodsell: Наука". scripps.edu. Получено 2019-07-20.
  7. ^ а б c Миллер, Мэри К. «Интервью с Дэвидом Гудселлом». exploratorium.edu. Журнал Exploratorium. Получено 3 апреля 2015.
  8. ^ Заковиц, Мэгги (28 мая 2016 г.). "Это вирус Зика в действии, нарисованный ученым-художником". NPR.org.
  9. ^ а б c d Коэн, Джон (2019-04-11). «Познакомьтесь с ученым-художником, который превращает смертоносные вирусы в прекрасные произведения искусства». Наука.
  10. ^ Гудселл, Дэвид С .; Franzen, Margaret A .; Герман, Тим (2018-10-19). «От атомов к клеткам: использование мезомасштабных ландшафтов для построения визуальных повествований». Журнал молекулярной биологии. 430 (21): 3954–3968. Дои:10.1016 / j.jmb.2018.06.009. ISSN  0022-2836. ЧВК  6186495. PMID  29885327.
  11. ^ Фессенден, Марисса (21.06.2016). «Эта картина показывает, как может выглядеть заражение клетки вирусом Зика». Смитсоновский институт. Получено 2019-07-11.
  12. ^ Огенбраун, Элиен (22 марта 2016 г.). «Превращение вируса-убийцы в произведение искусства, отмеченное наградами [видео]». Блог журнала Scientific American.
  13. ^ Шиков, Сергей (2011). «Дэвид Гудселл: мастер мол-арта». www.asbmb.org. Американское общество биохимии и молекулярной биологии сегодня.
  14. ^ Гудселл, Дэвид (26.02.2016). «Клеточные пейзажи акварелью». Журнал биокоммуникаций. 40 (1). Дои:10.5210 / jbc.v40i1.6627. ISSN  0094-2499.
  15. ^ Гудселл, Дэвид С. (2011). "Панорама эукариотических клеток". Биохимия и молекулярная биология образование. 39 (2): 91–101. Дои:10.1002 / bmb.20494. ISSN  1539-3429. PMID  21445900. S2CID  37998506.
  16. ^ Гудселл, Дэвид С .; Franzen, Margaret A .; Герман, Тим (2018-10-19). «От атомов к клеткам: использование мезомасштабных ландшафтов для построения визуальных повествований». Журнал молекулярной биологии. 430 (21): 3954–3968. Дои:10.1016 / j.jmb.2018.06.009. ISSN  0022-2836. ЧВК  6186495. PMID  29885327.
  17. ^ Седерквист, Томас (2010). «Пункт продажи: Дэвид Гудселл». Природа Медицина. 16 (9): 943. Дои:10,1038 / нм0910-943. ISSN  1078-8956. PMID  20823862. S2CID  2731570.
  18. ^ «Нефотореалистичная биомолекулярная иллюстрация». ccsb.scripps.edu. Получено 2019-07-20.
  19. ^ Колдервуд, Кэтлин (2016-07-08). «Обретение красоты в смертельных вирусах». ABC Radio National. Получено 2019-07-11.
  20. ^ Лалли, Робин (24 февраля 2011 г.). «Искусство науки». Рутгерс сегодня.
  21. ^ Джонсон, Грэм Т .; Гудселл, Дэвид С. (2007-12-04). «Заполнение пробелов: художественная лицензия в образовании и просвещении». PLOS Биология. 5 (12): e308. Дои:10.1371 / journal.pbio.0050308. ISSN  1545-7885. ЧВК  2121112. PMID  18052608.
  22. ^ "Автор: Дэвид Гудселл". americanscientist.org. 2011-06-12. Архивировано из оригинал на 2011-06-12. Получено 2019-07-11.

внешняя ссылка