Список программ стыковки белок-лиганд - List of protein-ligand docking software
 | Эта статья должна быть обновлено. (Май 2019) |
Количество белок-лиганд стыковка количество программ, доступных в настоящее время, очень велико, и в последние десятилетия их число неуклонно растет. В следующем списке представлен обзор наиболее распространенных программ, перечисленных в алфавитном порядке, с указанием соответствующего года публикации, задействованной организации или учреждения, краткого описания, доступности веб-службы и лицензии. Эта таблица является исчерпывающей, но не полной.
| Программа | Год публикации | Организация | Описание | Веб-сервис | Лицензия |
|---|---|---|---|---|---|
| Док-станция в 1 клик | 2011 | Mcule | Докинг предсказывает ориентацию связывания и сродство лиганда к мишени. | да | Бесплатное использование веб-сервиса |
| AADS | 2011 | Индийский технологический институт | Протокол автоматического обнаружения, стыковки и оценки активных сайтов (AADS) для белков с известной структурой на основе Метод Монте-Карло | да | Бесплатное использование веб-сервиса |
| АДАМ | 1994 | IMMD Inc. | Прогнозирование режима стабильного связывания гибкой молекулы лиганда с макромолекулой-мишенью | Нет | Коммерческий |
| AutoDock | 1990 | Научно-исследовательский институт Скриппса | Автоматическая стыковка лиганда с макромолекулой с помощью генетического алгоритма Ламарка и функции эмпирической оценки свободной энергии | Нет | Открытый исходный код (GNU GPL ) |
| AutoDock Vina | 2010 | Научно-исследовательский институт Скриппса | Новое поколение AutoDock | Нет | Открытый исходный код (Лицензия Apache ) |
| BetaDock | 2011 | Университет Ханьян | На основе диаграммы Ворони | Нет | Бесплатное ПО |
| Blaster | 2009 | Калифорнийский университет в Сан-Франциско | Объединяет базы данных ZINC с DOCK для поиска лиганда для целевого белка | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| BSP-SLIM | 2012 | университет Мичигана | Новый метод слепой стыковки лиганд-белок с использованием белковых структур с низким разрешением | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| КАБИНЫ-док[1] | 2015 | Варшавский университет | Метод гибкой стыковки белок-пептид без предварительного знания сайта связывания. Доступно как отдельное приложение[2] и как веб-сервер.[1] | Имеется в наличии | Открытый исходный код (Лицензия MIT ) (автономное приложение) Бесплатное ПО для академического использования (веб-сервер) |
| ДАРВИН | 2000 | Институт Вистар | Прогнозирование взаимодействия между белком и другой биологической молекулой с помощью генетического алгоритма | Нет | Бесплатное ПО |
| ДИВАЛИ | 1995 | Калифорнийский университет в Сан-Франциско | На основе потенциальной функции типа AMBER и генетического алгоритма | Нет | Бесплатное ПО |
| ДОК | 1988 | Калифорнийский университет в Сан-Франциско | На основе алгоритма геометрического соответствия | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| Док-сервер | 2009 | Virtua Drug Ltd | Интегрирует ряд программного обеспечения для вычислительной химии | да | Коммерческий |
| Исследование стыковки с HyperChem[3] | 2006 | Мотонори Цудзи | Гибкая стыковка биомакромолекул и лигандов с использованием комбинации между предсказанными фармакофорами на основе структуры и фармакофорами на основе лигандов | Нет | Коммерческий |
| DockVision | 1992 | DockVision | На основе Монте-Карло, генетический алгоритм и алгоритмы стыковки скрининга базы данных | Нет | Коммерческий |
| ДОЛИНА | 2014 | Базельский университет | Выравнивание на основе фармакофоров, локальная комбинаторная индуцированная подгонка | Нет | Академический |
| EADock[4] | 2007 | Швейцарский институт биоинформатики | На основе эволюционных алгоритмов | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| eHiTS | 2006 | SymBioSys Inc | Исчерпанный алгоритм поиска | Нет | Коммерческий |
| EUDOC | 2001 | Онкологический центр Mayo Clinic | Программа для идентификации сайтов взаимодействия лекарств в макромолекулах и отведениях из химических баз данных | Нет | Академический |
| FDS | 2003 | Саутгемптонский университет | Гибкая стыковка лигандов и рецепторов с континуальной моделью растворителя и энергетической функцией мягкого ядра | Нет | Академический |
| Установлен[5] | 2010 | Molecular Forecaster Inc. | Программа стыковки с учетом гибкости, ковалентности, металлоферментов и вытесняемой воды | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| FlexX | 2001 | BioSolveIT | Программа стыковки на основе инкрементальной сборки | Нет | Коммерческий |
| FlexAID | 2015 | Шербрукский университет | Гибкость целевой боковой цепи и функция мягкой оценки, основанная на взаимодополняемости поверхностей | Нет | Открытый исходный код (Лицензия Apache ) |
| FlexPepDock | 2010 | Еврейский университет | Моделирование пептидно-белковых комплексов, реализованное в рамках Rosetta. | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| FLIPDock | 2007 | Научно-исследовательский институт Скриппса | Программа стыковки на основе генетического алгоритма, использующая структуры данных FlexTree для представления комплекса белок-лиганд | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| FLOG | 1994 | Исследовательские лаборатории Merck | Программа стыковки жесткого тела с использованием баз данных заранее созданных конформаций | Нет | Академический |
| ФРЕД | 2003 | OpenEye Scientific | Систематическое, исчерпывающее, нестохастическое исследование всех возможных поз в активном центре белка в сочетании с функцией подсчета баллов | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| FTDOCK | 1997 | Лаборатория биомолекулярного моделирования | На основе Качальски-Кацир алгоритм. Он распределяет две молекулы на ортогональные сетки и выполняет глобальное сканирование поступательного и вращательного пространства. | Нет | Бесплатное ПО |
| GalaxyPepDock | 2018 | Сеульский национальный университет | Докинг белок-пептид на основе сходства взаимодействий доступен как отдельное приложение[6] и веб-сервер[7] | Имеется в наличии | Открытый исходный код (GNU GPL ) (автономное приложение) Бесплатное программное обеспечение для академического использования (веб-сервер) |
| ДЖЕМДОК | 2004 | Национальный университет Цзяо Дун | Общий эволюционный метод молекулярного докинга | Нет | Бесплатное ПО |
| Скольжение | 2004 | Шредингер | Программа стыковки на основе исчерпывающего поиска | Нет | Коммерческий |
| ЗОЛОТО | 1995 | Сотрудничество между Университет Шеффилда, GlaxoSmithKline plc и CCDC | На основе генетического алгоритма, гибкий лиганд, частичная гибкость для белка | Нет | Коммерческий |
| GPCRautomodel | 2012 | INRA | Автоматизирует моделирование гомологии обонятельных рецепторов (OR) млекопитающих на основе шести трехмерных (3D) структур G-белковые рецепторы (GPCR), доступные до сих пор, и выполняет стыковку одорантов на этих моделях | Имеется в наличии | Бесплатное ПО для академического использования |
| ХЭДДОК[8] | 2003 | Центр Bijvoet Центр биомолекулярных исследований | Использует данные биохимического и / или биофизического взаимодействия, такие как данные возмущения химического сдвига, полученные в результате экспериментов по титрованию ЯМР, данные мутагенеза или биоинформатические прогнозы. Разработан для стыковки белок-белок, но также может применяться для стыковки белок-лиганд. | Имеется в наличии | Академический[9] Доступен бесплатный веб-сервис |
| Hammerhead | 1996 | Фармацевтическая корпорация Аррис | Быстрая, полностью автоматизированная стыковка гибких лигандов с сайтами связывания белков | Нет | Академический |
| ICM-док | 1997 | МолСофт | Программа стыковки на основе псевдоброуновской выборки и локальной минимизации | Нет | Коммерческий |
| idTarget | 2012 | Национальный Тайваньский университет | Предсказывает возможные цели связывания небольшой химической молекулы с помощью подхода стыковки «разделяй и властвуй» | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| iScreen | 2011 | Китайский медицинский университет | На основе системы облачных вычислений для интеллектуальной системы досмотра TCM | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| Лид-искатель | 2008 | МолТех | Программа для молекулярного докинга, виртуального скрининга и количественной оценки связывания лиганда и биологической активности | Нет | Коммерческий |
| LeDock | 2016 | Lephar | Программа для быстрой и точной гибкой стыковки небольших молекул с белком | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| ЛигандФит | 2003 | BioVia | Программа стыковки на базе CHARMm | Нет | Коммерческий |
| LigDockCSA | 2011 | Сеульский национальный университет | Докинг белок-лиганд с помощью конформационного отжига в пространстве | Нет | Академический |
| LightDock[10] | 2018 | Барселонский суперкомпьютерный центр | Белок-белок, белок-ДНК, белок-пептид стыковка с использованием различных функций подсчета, гибкость основы моделируется с помощью АОД и написано в Python3 | Нет | Открытый исходный код (GNU GPL ) |
| LIGIN | 1996 | Институт науки Вейцмана | Молекулярный докинг с использованием комплементарности поверхностей | Нет | Коммерческий |
| LPCCSU | 1999 | Институт науки Вейцмана | На основе детального анализа межатомных контактов и комплементарности интерфейсов | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| MCDOCK | 1999 | Медицинский центр Джорджтаунского университета | На основе нетрадиционного Монте-Карло техника моделирования | Нет | Академический |
| MEDock | 2007 | SIGMBI | Веб-сервер док-станции на основе максимальной энтропии предназначен для обеспечения эффективной утилиты для прогнозирования сайта связывания лиганда. | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| Молекулярная операционная среда (МЧС) | 2008 | Группа химических вычислений | Приложение стыковки в МЧС; выбор методов размещения (включая методы альфа-сферы) и функций оценки (в том числе London dG) | Нет | Коммерческий |
| Виртуальный докер Molegro | 2006 | Molexus | На основе нового алгоритма эвристического поиска, сочетающего дифференциальную эволюцию с алгоритмом прогнозирования каверн. | Нет | Академический |
| MOLS 2.0 | 2016 | Мадрасский университет | Индуцированная стыковка пептид-белок, небольшая молекула-белок с использованием метода взаимно ортогональных латинских квадратов | Нет | Открытый исходный код (GNU LGPL ) |
| MS-DOCK | 2008 | INSERM | Многоступенчатый протокол стыковки / подсчета очков | Нет | Академический Коммерческий |
| ParaDockS[11] | 2010 | Галле-Виттенбергский университет Мартина Лютера и Партнерский институт вычислительной биологии | Молекулярный докинг с популяционной метаэвристикой | Нет | Открытый исходный код (GNU GPL ) |
| ParDOCK | 2007 | Индийский технологический институт | На основе энергии всего атома Монте-Карло, стыковка жесткого белкового лиганда | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| ПатчДок | 2002 | Тель-авивский университет | Алгоритм выполняет жесткую стыковку с изменчивостью / гибкостью поверхности, неявно решаемой посредством либерального межмолекулярного проникновения. | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| РАСТЕНИЯ | 2006 | Констанцский университет | На основе класса алгоритмов стохастической оптимизации (оптимизация муравьиных колоний) | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| ПЛАТИНОВЫЙ | 2008 | Московский физико-технический институт (государственный университет) | Анализ и визуализация гидрофобных / гидрофильных свойств биомолекул, представленных в виде 3D-структур | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| ПРОДОК | 1999 | Корнелл Университет | На основе Монте-Карло метод плюс минимизация энергии | Нет | Академический |
| PSI-ДОК[12] | 2006 | Пекинский университет | Наклонный чувствительный к позе (PSI) -ДОК | Нет | Академический |
| PSO @ AUTODOCK | 2007 | Лейпцигский университет | Алгоритмы оптимизации роя частиц (PSO) varCPSO и varCPSO-ls подходят для быстрой стыковки очень гибких лигандов | Нет | Академический |
| PythDock | 2011 | Университет Ханьян | Эвристическая стыковочная программа, использующая язык программирования Python с простой функцией оценки и поисковой системой на основе населения | Нет | Академический |
| Q-Dock | 2008 | Технологический институт Джорджии | Стыковка гибких лигандов с низким разрешением и ограничениями нарезания резьбы для карманов | Нет | Бесплатное ПО |
| QXP[13] | 1997 | Корпорация Novartis Pharmaceuticals | Монте-Карло возмущение с минимизацией энергии в Декартово пространство | Нет | Академический |
| rDock | 1998 (коммерческий) 2006 (академический)[14] 2012 (открытый код)[15] | Vernalis R&D (коммерческий) Йоркский университет (академический) Университет Барселоны (Открытый исходный код) | HTVS малых молекул против белков и нуклеиновых кислот, предсказание режима связывания | Нет | Открытый исходный код (GNU LGPL ) (ранее коммерческий, академический) |
| ПЕСОК | 1998 | Эдинбургский университет | Алгоритм управляемого сопоставления | Нет | Академический |
| Счет | 2004 | Алессандро Педретти и Джулио Вистоли | Сервис Score позволяет рассчитывать различные баллы стыковки комплекса лиганд-рецептор. | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| СЕМЯ[16] | 1999 | Цюрихский университет | Автоматическая стыковка фрагментов с оценкой свободной энергии связи, включая эффекты электростатической сольватации в континуальном диэлектрическом приближении (обобщенный Борн ) | Нет | Открытый исходный код (GNU GPL ) |
| смина[17] | 2012 | Питтсбургский университет | Индивидуальная вилка AutoDock Vina с улучшенной функцией подсчета очков и высокоэффективной минимизацией энергии | Нет | Открытый исходный код (Лицензия Apache ) |
| СОДОК | 2007 | Университет Фэн Чиа (Тайвань) | Оптимизация роя для очень гибкой стыковки белок-лиганд | Нет | Академический |
| СОФТ | 1991 | Калифорнийский университет в Беркли | Сопоставление кубов молекулярной поверхности | Нет | Академический |
| Surflex-Док | 2003 | Tripos | На основе идеализированного лиганда активного центра (протомола) | Нет | Коммерческий |
| SwissDock | 2011 | Швейцарский институт биоинформатики | Веб-сервис для прогнозирования взаимодействия между белком и низкомолекулярным лигандом | Имеется в наличии | Бесплатное использование веб-сервиса для академических целей |
| Голосовать | 2011 | Варшавский университет | Консенсусный метод стыковки для прогнозирования взаимодействий белок-лиганд | Нет | Академический |
| Вебина | 2020 | Питтсбургский университет | Кодовая база AutoDock Vina, скомпилированная в WebAssembly для использования в браузере | да | Открытый исходный код (Лицензия Apache ) |
| ЮККА | 2005 | Технологический институт Вирджинии | Стыковка жестких белков с низкими молекулами | Нет | Академический |
Рекомендации
- ^ а б «CABS-dock: сервер для белок-пептидной стыковки». biocomp.chem.uw.edu.pl. Получено 2019-05-22.
- ^ «Автономное приложение CABSdock для белок-пептидной стыковки». bitbucket.org. Получено 2019-05-22.
- ^ Институт молекулярной функции. «Система разработки лекарств на основе структуры: исследование стыковки с HyperChem - Институт молекулярной функции -». www.molfunction.com. Получено 2019-05-22.
- ^ Гросдидье, Орельен; Зоте, Винсент; Мишелин, Оливье (2007). «EADock: стыковка малых молекул с активными сайтами белков с многокритериальной эволюционной оптимизацией». Белки: структура, функции и биоинформатика. 67 (4): 1010–1025. Дои:10.1002 / prot.21367. ISSN 1097-0134. PMID 17380512. S2CID 11145933.
- ^ "Продукты | Molecular Forecaster Inc". www.molecularforecaster.com. Получено 2019-05-22.
- ^ «GalaxyPepDock». GalaxyPepDock. Получено 2019-05-22.
- ^ «GalaxyWEB». galaxy.seoklab.org. Получено 2019-05-22.
- ^ "Веб-сервер HADDOCK". haddock.science.uu.nl. Получено 2019-05-22.
- ^ «Лицензирование HADDOCK2.2». Bonvin Lab. Получено 2019-05-24.
- ^ Хименес-Гарсия, Брайан (2019-09-28), Фреймворк для докинга белков на основе алгоритма GSO: lightdock / lightdock, получено 2019-09-28
- ^ Балдауф, Карстен (2017-08-22), Фреймворк для молекулярного стыковки с популяционной метаэвристикой: cbaldauf / paradocks, получено 2019-06-01
- ^ Пей, Цзяньфэн; Ван, Ци; Лю, Чжэньминь; Ли, Цинлян; Ян, Кун; Лай, Лухуа (1 марта 2006 г.). «PSI-DOCK: к высокоэффективной и точной стыковке гибких лигандов». Белки. 62 (4): 934–946. Дои:10.1002 / prot.20790. ISSN 1097-0134. PMID 16395666. S2CID 5715684.
- ^ McMartin, C .; Бохачек, Р. С. (июль 1997 г.). «QXP: мощные и быстрые компьютерные алгоритмы для разработки лекарств на основе структуры». Журнал компьютерного молекулярного дизайна. 11 (4): 333–344. Bibcode:1997JCAMD..11..333M. Дои:10.1023 / а: 1007907728892. ISSN 0920-654X. PMID 9334900. S2CID 31660790.
- ^ "rDock". www.ysbl.york.ac.uk. Получено 2020-02-12.
- ^ "О | rDock". Получено 2020-02-12.
- ^ "Программное обеспечение Скачать | Caflisch - UZH". www.biochem-caflisch.uzh.ch. Получено 2019-05-22.
- ^ "смина". SourceForge. Получено 2019-06-01.
внешняя ссылка
- "Инструменты биоинформатики докинга белок-лиганд | Анализ взаимодействия". omicX. Получено 2019-05-23.