Вычислительная химия - Computational chemistry

Вычислительная химия это филиал химия который использует компьютерное моделирование для помощи в решении химических проблем. Он использует методы теоретическая химия, включены в эффективные компьютерные программы, для расчета структуры и свойств молекулы и твердые тела. Это необходимо потому, что, помимо относительно недавних результатов, касающихся молекулярного иона водорода (дигидрокатион см. ссылки там для более подробной информации), квантовый проблема многих тел не могут быть решены аналитически, тем более в закрытой форме. Хотя результаты вычислений обычно дополняют информацию, полученную химическим эксперименты, в некоторых случаях он может предсказать ранее не наблюдаемые химические явления. Он широко используется при разработке новых лекарств и материалов.

Примерами таких свойств являются структура (т.е. ожидаемые положения составляющих атомов), абсолютные и относительный (взаимодействие) энергии, электронный плотность заряда дистрибутивы, диполи и выше мультипольные моменты, колебательные частоты, реактивность, или другой спектроскопический количества, и поперечные сечения за столкновение с другими частицами.

Используемые методы охватывают как статические, так и динамические ситуации. Во всех случаях компьютерное время и другие ресурсы (такие как память и дисковое пространство) быстро увеличиваются с увеличением размера изучаемой системы. Эта система может быть одной молекулой, группой молекул или твердым телом. Методы вычислительной химии варьируются от очень приблизительных до очень точных; последние обычно применимы только для небольших систем. Ab initio методы полностью основаны на квантовая механика и основные физические константы. Другие методы называются эмпирическими или полуэмпирический потому что они используют дополнительные эмпирические параметры.

Обе ab initio а полуэмпирические подходы включают приближения. Они варьируются от упрощенных форм уравнений из первых принципов, которые легче или быстрее решить, до приближений, ограничивающих размер системы (например, периодические граничные условия ), к фундаментальным приближениям к лежащим в основе уравнениям, которые необходимы для их решения вообще. Например, большинство ab initio расчеты делают Приближение Борна – Оппенгеймера, что значительно упрощает базовый Уравнение Шредингера предполагая, что ядра остаются на месте во время расчета. В принципе, ab initio методы в конечном итоге сходятся к точному решению лежащих в основе уравнений по мере уменьшения количества приближений. Однако на практике невозможно исключить все приближения, и остаточная ошибка неизбежно остается. Цель вычислительной химии - минимизировать эту остаточную ошибку, сохраняя при этом удобство вычислений.

В некоторых случаях детали электронной структуры менее важны, чем давние фазовое пространство поведение молекул. Так обстоит дело в конформационных исследованиях белков и термодинамики связывания белок-лиганд. Классические приближения к поверхность потенциальной энергии используются, как правило, с молекулярная механика силовых полей, поскольку они менее интенсивны в вычислительном отношении, чем электронные расчеты, что позволяет проводить более длительное моделирование молекулярная динамика. Более того, хеминформатика использует еще более эмпирические (и более дешевые в вычислительном отношении) методы, такие как машинное обучение на основе физико-химических свойств. Одна типичная проблема в хеминформатике - предсказать сродство связывания молекул лекарства с заданной мишенью. Другие проблемы включают прогнозирование специфичности связывания, побочных эффектов, токсичности и фармакокинетических свойств.

История

Опираясь на основополагающие открытия и теории история квантовой механики, первые теоретические расчеты в химии были выполнены Вальтер Хайтлер и Фриц Лондон в 1927 г., используя теория валентной связи. Книги, которые оказали влияние на раннее развитие вычислительной квантовой химии, включают: Линус Полинг и Э. Брайт Уилсон 1935 год Введение в квантовую механику - с приложениями к химии, Айринг, Уолтер и Кимбалл, 1944 г. Квантовая химия, Гайтлера 1945 г. Элементарная волновая механика - с приложениями к квантовой химии, и позже Коулсон Учебник 1952 г. Валентность, каждая из которых служила основным ориентиром для химиков в последующие десятилетия.

С развитием эффективных компьютер технологии в 1940-х годах, решения сложных волновые уравнения для сложных атомный системы стали достижимой целью. В начале 1950-х годов были выполнены первые полуэмпирические расчеты атомных орбиталей. Химики-теоретики стали активными пользователями первых цифровых компьютеров. Одним из значительных достижений стала статья Клеменса С. Дж. Рутана в 1951 году в «Обзоре современной физики», опубликованная в 1951 году, в основном о подходе «LCAO MO» (линейная комбинация атомных орбиталей и молекулярных орбиталей), которая в течение многих лет была второй по цитируемости статьей в этом журнале . Очень подробный отчет о таком использовании в Соединенном Королевстве дан Смитом и Сатклиффом.[1] Первый ab initio Метод Хартри – Фока расчеты двухатомных молекул были выполнены в 1956 г. в Массачусетском технологическом институте с использованием базисный набор из Слейтер орбитали. Для двухатомных молекул систематическое исследование с использованием минимального базового набора и первые вычисления с большим базисом были опубликованы Рансилом и Несбетом соответственно в 1960 году.[2] Первые многоатомные вычисления с использованием Гауссовские орбитали исполнялись в конце 1950-х гг. Первый конфигурационное взаимодействие расчеты проводились в Кембридже на EDSAC компьютер в 1950-х с использованием гауссовых орбиталей Мальчики и коллеги.[3] К 1971 г., когда библиография ab initio расчеты опубликованы,[4] включены самые большие молекулы нафталин и азулен.[5][6] Отрывки из многих предыдущих разработок в ab initio теории были опубликованы Шефер.[7]

В 1964 г. Метод Хюккеля расчеты (с использованием простого линейная комбинация атомных орбиталей (LCAO) метод определения энергии электронов молекулярных орбиталей π-электронов в сопряженных углеводородных системах) молекул, в диапазоне сложности от бутадиен и бензол к овален, были созданы на компьютерах в Беркли и Оксфорде.[8] Эти эмпирические методы были заменены в 1960-х гг. полуэмпирические методы Такие как CNDO.[9]

В начале 1970-х годов эффективная ab initio компьютерные программы, такие как ATMOL, Гауссовский, IBMOL и ПОЛЯЙТОМ, стали использоваться для ускорения ab initio расчеты молекулярных орбиталей. Из этих четырех программ только Gaussian, теперь значительно расширенный, все еще используется, но многие другие программы сейчас используются. В то же время методы молекулярная механика, например MM2 силовое поле, были разработаны, прежде всего, Норман Аллинджер.[10]

Одно из первых упоминаний термина вычислительная химия можно найти в книге 1970 года Компьютеры и их роль в физических науках Сидни Фернбах и Абрахам Хаскелл Тауб, где они заявляют: «Таким образом, кажется, что« вычислительная химия », наконец, становится все более и более реальностью».[11] В 1970-х годах самые разные методы стали рассматриваться как часть новой развивающейся дисциплины: вычислительная химия.[12] В Журнал вычислительной химии был впервые опубликован в 1980 году.

Вычислительная химия отмечена несколькими Нобелевскими премиями, в первую очередь в 1998 и 2013 годах. Уолтер Кон, "за развитие теории функционала плотности", и Джон Попл, «За разработку вычислительных методов в квантовой химии», получил в 1998 г. Нобелевская премия по химии.[13] Мартин Карплюс, Майкл Левитт и Арие Варшел получил 2013 Нобелевская премия по химии за «разработку многомасштабных моделей сложных химических систем».[14]

Сферы применения

Период, термин теоретическая химия можно определить как математическое описание химии, тогда как вычислительная химия обычно используется, когда математический метод достаточно хорошо разработан, чтобы его можно было автоматизировать для реализации на компьютере. В теоретической химии развиваются химики, физики и математики. алгоритмы и компьютерные программы для прогнозирования атомных и молекулярных свойств и путей реакций для химические реакции. Вычислительные химики, напротив, могут просто применять существующие компьютерные программы и методологии к конкретным химическим вопросам.

Вычислительная химия имеет два разных аспекта:

  • Вычислительные исследования, используемые для поиска отправной точки для лабораторного синтеза или для помощи в понимании экспериментальных данных, таких как положение и источник спектроскопических пиков.
  • Вычислительные исследования, используемые для предсказания возможности появления до сих пор совершенно неизвестных молекул или для изучения механизмов реакций, которые не так легко изучить с помощью экспериментов.

Таким образом, вычислительная химия может помочь химикам-экспериментаторам или бросить вызов химикам-экспериментаторам в поисках совершенно новых химических объектов.

В вычислительной химии можно выделить несколько основных областей:

  • Предсказание молекулярной структуры молекул с помощью моделирования сил или более точных квантово-химических методов для нахождения стационарных точек на энергетической поверхности при изменении положения ядер.
  • Хранение и поиск данных о химических объектах (см. химические базы данных ).
  • Идентификация корреляции между химические структуры и свойства (см. количественная структура - отношение собственности (QSPR) и количественная взаимосвязь структура – ​​активность (QSAR)).
  • Вычислительные подходы, помогающие в эффективном синтезе соединений.
  • Вычислительные подходы к разработке молекул, которые определенным образом взаимодействуют с другими молекулами (например, дизайн препарата и катализ ).

Точность

Слова точный и идеально здесь не применяются, так как очень немногие аспекты химии можно вычислить точно. Однако почти каждый аспект химии можно описать в качественной или приблизительной количественной вычислительной схеме.

Молекулы состоят из ядер и электронов, поэтому методы квантовая механика подать заявление. Вычислительные химики часто пытаются решить нерелятивистскую Уравнение Шредингера, с добавленными релятивистскими поправками, хотя некоторый прогресс был достигнут в решении полностью релятивистской Уравнение Дирака. В принципе, можно решить уравнение Шредингера либо в его зависящей от времени, либо не зависящей от времени форме, в зависимости от рассматриваемой задачи; на практике это невозможно, за исключением очень маленьких систем. Таким образом, большое количество приближенных методов стремятся достичь наилучшего компромисса между точностью и вычислительными затратами.

Точность всегда можно повысить за счет больших вычислительных затрат. Существенные ошибки могут проявляться в ab initio модели, включающие много электронов, из-за вычислительной стоимости полных релятивистских методов. Это усложняет изучение молекул, взаимодействующих с атомами с высокой атомной единицей массы, таких как переходные металлы, и их каталитических свойств. Современные алгоритмы вычислительной химии позволяют в обычном порядке вычислять свойства небольших молекул, содержащих до 40 электронов, с ошибками для энергий менее нескольких кДж / моль. Для геометрии длины связей можно предсказать в пределах нескольких пикометров, а валентные углы - в пределах 0,5 градуса. Обработка более крупных молекул, содержащих несколько десятков атомов, может быть вычислена с помощью более приближенных методов, таких как теория функционала плотности (ДПФ).

В этой области ведутся споры о том, достаточно ли последних методов для описания сложных химических реакций, например, в биохимии. Большие молекулы можно изучать приближенными полуэмпирическими методами. Даже более крупные молекулы обрабатываются классическая механика методы, которые используют то, что называется молекулярная механика (ММ). В методах QM-MM небольшие части больших комплексов обрабатываются квантово-механически (QM), а остальные обрабатываются приблизительно (MM).

Методы

Одна молекулярная формула может представлять более одного молекулярного изомера: набор изомеров. Каждый изомер представляет собой локальный минимум на энергетической поверхности (называемый поверхность потенциальной энергии ), созданная из полной энергии (то есть электронной энергии плюс энергия отталкивания между ядрами) как функция координат всех ядер. Стационарная точка - это такая геометрия, при которой производная энергии по всем смещениям ядер равна нулю. Локальный (энергетический) минимум - это стационарная точка, в которой все такие смещения приводят к увеличению энергии. Самый низкий локальный минимум называется глобальным минимумом и соответствует наиболее стабильному изомеру. Если есть одно конкретное изменение координат, которое приводит к уменьшению полной энергии в обоих направлениях, стационарной точкой будет переходная структура а координата - это координата реакции. Этот процесс определения стационарных точек называется оптимизация геометрии.

Определение молекулярной структуры по оптимизация геометрии стало обычным делом только после того, как стали доступны эффективные методы вычисления первых производных энергии по всем координатам атомов. Оценка соответствующих вторых производных позволяет прогнозировать частоты колебаний, если оценивается гармоническое движение. Что еще более важно, он позволяет характеризовать стационарные точки. Частоты связаны с собственными значениями Матрица Гессе, который содержит вторые производные. Если все собственные значения положительны, тогда все частоты действительны, а точка покоя является локальным минимумом. Если одно собственное значение отрицательно (т.е. мнимая частота), то стационарная точка является переходной структурой. Если более одного собственного значения отрицательно, то стационарная точка является более сложной и обычно не представляет большого интереса. При обнаружении одного из них необходимо отодвинуть поиск от него, если экспериментатор ищет исключительно локальные минимумы и переходные структуры.

Полная энергия определяется приближенными решениями нестационарного уравнения Шредингера, обычно без включения релятивистских членов, и с использованием Приближение Борна – Оппенгеймера, который позволяет разделить движение электронов и ядер, тем самым упрощая уравнение Шредингера. Это приводит к оценке полной энергии как суммы электронной энергии в фиксированных положениях ядер и энергии отталкивания ядер. Заметным исключением являются определенные подходы, называемые прямая квантовая химия, которые относятся к электронам и ядрам на единой основе. Функциональные методы плотности и полуэмпирические методы являются вариантами основной темы. Для очень больших систем относительные полные энергии можно сравнить с помощью молекулярной механики. Способы определения полной энергии для предсказания молекулярных структур:

Ab initio методы

Основная статья: Ab initio методы квантовой химии

Программы, используемые в вычислительной химии, основаны на множестве различных квантово-химический методы, решающие молекулярные Уравнение Шредингера связанный с молекулярный гамильтониан. Методы, которые не включают в свои уравнения каких-либо эмпирических или полуэмпирических параметров, а являются производными непосредственно из теоретических принципов, без включения экспериментальных данных, называются ab initio методы. Это не означает, что решение является точным; все они являются приблизительными квантово-механическими расчетами. Это означает, что конкретное приближение строго определяется на основе первых принципов (квантовая теория), а затем решается в пределах погрешности, которая заранее известна качественно. Если необходимо использовать численные итерационные методы, цель состоит в том, чтобы повторить итерацию до тех пор, пока не будет достигнута полная машинная точность (наилучшая из возможных с конечным длина слова на компьютере и в рамках сделанных математических и / или физических приближений).

Диаграмма, иллюстрирующая различные ab initio методы электронной структуры с точки зрения энергии. Расстояния не в масштабе.

Самый простой вид ab initio расчет электронной структуры Метод Хартри – Фока (HF), расширение теория молекулярных орбиталей, в котором коррелированное электрон-электронное отталкивание специально не учитывается; в расчет включается только его средний эффект. По мере увеличения размера базисного набора энергия и волновая функция стремятся к пределу, называемому пределом Хартри – Фока. Многие типы расчетов (называемые пост-Хартри – Фока методы) начинаются с расчета Хартри-Фока и затем корректируются на электрон-электронное отталкивание, называемое также электронная корреляция. Поскольку эти методы доведены до предела, они приближаются к точному решению нерелятивистского уравнения Шредингера. Чтобы получить точное согласие с экспериментом, необходимо включить релятивистские и вращательная орбита термины, которые гораздо важнее для тяжелых атомов. Во всех этих подходах, наряду с выбором метода, необходимо выбрать базисный набор. Это набор функций, обычно сосредоточенных на различных атомах в молекуле, которые используются для расширения молекулярных орбиталей с помощью линейная комбинация атомных орбиталей (ЛКАО) метод молекулярных орбиталей анзац. Ab initio методы должны определять уровень теории (метод) и базовый набор.

Волновая функция Хартри – Фока представляет собой единую конфигурацию или определитель. В некоторых случаях, особенно для процессов разрыва связи, этого недостаточно, и несколько конфигурации должны быть использованы. Здесь коэффициенты конфигураций и базисных функций оптимизируются вместе.

Полная молекулярная энергия может быть оценена как функция молекулярная геометрия; другими словами, поверхность потенциальной энергии. Такая поверхность может быть использована для динамики реакции. Стационарные точки поверхности приводят к предсказаниям разных изомеры и переходные структуры для преобразования между изомерами, но они могут быть определены без полного знания всей поверхности.

Особенно важная задача, называемая вычислительной термохимия, заключается в вычислении термохимических величин, таких как энтальпия образования с химической точностью. Химическая точность - это точность, необходимая для реалистичных химических прогнозов, которая обычно составляет 1 ккал / моль или 4 кДж / моль. Чтобы достичь такой точности экономически, необходимо использовать серию пост-Хартри – Фоковских методов и объединить результаты. Эти методы называются квантово-химические композитные методы.

Функциональные методы плотности

Основная статья: Функциональная теория плотности

Методы теории функционала плотности (DFT) часто считаются ab initio методы для определения молекулярной электронной структуры, хотя многие из наиболее распространенных функционалы использовать параметры, полученные на основе эмпирических данных или более сложных расчетов. В DFT полная энергия выражается через общуюэлектронная плотность а не волновая функция. В этом типе расчета есть приблизительный Гамильтониан и приближенное выражение для полной электронной плотности. Методы ДПФ могут быть очень точными при небольших вычислительных затратах. Некоторые методы сочетают функционал обмена функционала плотности с обменным членом Хартри – Фока и называются гибридный функционал методы.

Полуэмпирические методы

Основная статья: Полуэмпирические методы квантовой химии

Полуэмпирический квантовая химия методы основаны на Метод Хартри – Фока формализм, но сделать много приближений и получить некоторые параметры из эмпирических данных. Они были очень важны в вычислительной химии с 60-х по 90-е годы, особенно для обработки больших молекул, где полный метод Хартри – Фока без приближений был слишком дорогостоящим. Использование эмпирических параметров, по-видимому, позволяет включить в методы некоторый эффект корреляции.

Еще раньше были разработаны примитивные полуэмпирические методы, в которых двухэлектронная часть Гамильтониан не включен явно. Для π-электронных систем это было Метод Хюккеля предложено Эрих Хюкель, а для всех систем валентных электронов расширенный метод Хюккеля предложено Роальд Хоффманн. Иногда методы Хюккеля называют «полностью эмпририческими», потому что они не являются производными от гамильтониана.[15]Тем не менее, термин «эмпирические методы» или «эмпирические силовые поля» обычно используется для описания молекулярной механики.[16]

Молекулярная механика

Основная статья: Молекулярная механика

Во многих случаях большие молекулярные системы можно успешно моделировать, полностью избегая квантово-механических расчетов. Молекулярная механика моделирование, например, использует одно классическое выражение для энергии соединения, например гармонический осциллятор. Все входящие в уравнения константы должны быть получены заранее из экспериментальных данных или ab initio расчеты.

База данных соединений, используемых для параметризации, т.е. результирующий набор параметров и функций, называется силовое поле, имеет решающее значение для успеха молекулярно-механических расчетов. Можно ожидать, что силовое поле, параметризованное против определенного класса молекул, например белков, будет иметь какое-либо значение только при описании других молекул того же класса.

Эти методы могут применяться к белкам и другим крупным биологическим молекулам и позволяют изучать приближение и взаимодействие (стыковку) потенциальных молекул лекарственного средства.[17][18]

Методы для твердых тел

Основная статья: Вычислительно-химические методы в физике твердого тела

Вычислительно-химические методы могут применяться к физика твердого тела проблемы. Электронная структура кристалла в общем описывается ленточная структура, который определяет энергии электронных орбиталей для каждой точки Зона Бриллюэна. Неэмпирические и полуэмпирические расчеты дают орбитальные энергии; поэтому их можно применять для расчетов зонной структуры. Поскольку вычисление энергии молекулы занимает много времени, еще больше времени занимает вычисление их для всего списка точек в зоне Бриллюэна.

Химическая динамика

Когда-то электронные и ядерный переменные отделенный (в рамках представления Борна – Оппенгеймера), в нестационарном подходе волновой пакет соответствующий ядерной степени свободы распространяется через эволюция во времени оператор (физика) связанный с зависящим от времени Уравнение Шредингера (для полной молекулярный гамильтониан ). в дополнительный Энергозависимый подход, не зависящее от времени уравнение Шредингера решается с использованием теория рассеяния формализм. Потенциал, представляющий межатомное взаимодействие, задается поверхности потенциальной энергии. В целом поверхности потенциальной энергии связаны через вибронная муфта термины.

Самые популярные методы размножения волновой пакет связаны с молекулярная геометрия находятся:

Молекулярная динамика

Основная статья: Молекулярная динамика

Молекулярная динамика (МД) использует либо квантовая механика, молекулярная механика или смесь обоих для расчета сил, которые затем используются для решения Законы движения Ньютона изучить поведение систем в зависимости от времени. Результатом моделирования молекулярной динамики является траектория, которая описывает, как положение и скорость частиц меняются со временем.

Квантовая механика / Молекулярная механика (QM / MM)

Основная статья: QM / MM

QM / MM - это гибридный метод, который пытается объединить точность квантовой механики со скоростью молекулярной механики. Это полезно для моделирования очень больших молекул, таких как ферменты.

Интерпретация молекулярных волновых функций

В атомы в молекулах (QTAIM) модель Ричард Бадер была разработана, чтобы эффективно связать квантово-механическую модель молекулы, как электронную волновую функцию, с химически полезными концепциями, такими как атомы в молекулах, функциональные группы, связь, теория Пары Льюиса, а модель валентной связи. Бадер продемонстрировал, что эти эмпирически полезные концепции химии могут быть связаны с топология наблюдаемого распределения плотности заряда, измеренного или рассчитанного на основе квантово-механической волновой функции. QTAIM-анализ молекулярных волновых функций реализован, например, в AIMAll пакет программного обеспечения.

Программные пакеты

Многие самодостаточные пакеты программного обеспечения для вычислительной химии существовать. Некоторые включают множество методов, охватывающих широкий диапазон, в то время как другие концентрируются на очень конкретном диапазоне или даже на одном методе. Подробности о большинстве из них можно найти в:

Смотрите также

Примечания и ссылки

  1. ^ Smith, S.J .; Сатклифф, Б. Т. (1997). «Развитие вычислительной химии в Соединенном Королевстве». Обзоры в области вычислительной химии. 10: 271–316.
  2. ^ Шефер, Генрих Ф. III (1972). Электронное строение атомов и молекул. Ридинг, Массачусетс: Addison-Wesley Publishing Co., стр.146.
  3. ^ Мальчики, С. Ф .; Cook, G. B .; Ривз, К. М .; Шавитт, И. (1956). «Автоматические фундаментальные расчеты молекулярной структуры». Природа. 178 (2): 1207. Bibcode:1956Натура.178.1207Б. Дои:10.1038 / 1781207a0. S2CID  4218995.
  4. ^ Richards, W.G .; Уокер, Т. Э. Х .; Хинкли Р. К. (1971). Библиография ab initio молекулярные волновые функции. Оксфорд: Clarendon Press.
  5. ^ Прейс, Х. (1968). "DasSCF-MO-P (LCGO) -Verfahren und seine Varianten". Международный журнал квантовой химии. 2 (5): 651. Bibcode:1968IJQC .... 2..651P. Дои:10.1002 / qua.560020506.
  6. ^ Buenker, R.J .; Пейеримхофф, С. Д. (1969). «Ab initio расчеты СКФ для азулена и нафталина». Письма по химической физике. 3 (1): 37. Bibcode:1969CPL ..... 3 ... 37B. Дои:10.1016 / 0009-2614 (69) 80014-X.
  7. ^ Шефер, Генри Ф. III (1984). Квантовая химия. Оксфорд: Clarendon Press.
  8. ^ Streitwieser, A .; Brauman, J. I .; Колсон, К.А. (1965). Дополнительные таблицы расчетов молекулярных орбиталей. Оксфорд: Pergamon Press.
  9. ^ Попл, Джон А.; Беверидж, Дэвид Л. (1970). Приближенная теория молекулярных орбиталей. Нью-Йорк: Макгроу Хилл.
  10. ^ Аллинджер, Норман (1977). «Конформационный анализ. 130. MM2. Углеводородное силовое поле, использующее скручивающие условия V1 и V2». Журнал Американского химического общества. 99 (25): 8127–8134. Дои:10.1021 / ja00467a001.
  11. ^ Фернбах, Сидней; Тауб, Абрахам Хаскелл (1970). Компьютеры и их роль в физических науках. Рутледж. ISBN  978-0-677-14030-8.
  12. ^ "том 1, предисловие". Обзоры в области вычислительной химии. 1990. Дои:10.1002/9780470125786. ISBN  9780470125786.
  13. ^ "Нобелевская премия по химии 1998 г.".
  14. ^ «Нобелевская премия по химии 2013» (Пресс-релиз). Шведская королевская академия наук. 9 октября 2013 г.. Получено 9 октября, 2013.
  15. ^ Графс, Ричард В. (1987-07-01). «Стратегии I». Журнал компьютерного молекулярного дизайна. 1 (2): 177–178. Bibcode:1987JCAMD ... 1..177C. Дои:10.1007 / bf01676961. ISSN  0920-654X. PMID  3504968. S2CID  40429116.
  16. ^ Динур, Ури; Хаглер, Арнольд Т. (1991). Lipkowitz, Kenny B .; Бойд, Дональд Б. (ред.). Обзоры в области вычислительной химии. John Wiley & Sons, Inc., стр. 99–164. Дои:10.1002 / 9780470125793.ch4. ISBN  9780470125793.
  17. ^ Рубинштейн, Лестер А .; Заухар, Рэнди Дж .; Ланзара, Ричард Г. (2006). «Молекулярная динамика биофизической модели активации β2-адренорецепторов и рецепторов, связанных с G-белком» (PDF). Журнал молекулярной графики и моделирования. 25 (4): 396–409. Дои:10.1016 / j.jmgm.2006.02.008. PMID  16574446.
  18. ^ Рубинштейн, Лестер А .; Ланзара, Ричард Г. (1998). «Активация рецепторов, связанных с G-белком, влечет за собой модуляцию связывания агониста цистеином» (PDF). Журнал молекулярной структуры: ТЕОХИМА. 430: 57–71. Дои:10.1016 / S0166-1280 (98) 90217-2.

Библиография

Специализированные журналы по вычислительной химии

внешняя ссылка