Биоклипс - Bioclipse
| Разработчики) | Проект Bioclipse |
|---|---|
| изначальный выпуск | 17 ноября 2005 г.[1] |
| Стабильный выпуск | 2.6.2 (4 ноября 2016 г.) [±] |
| Предварительный выпуск | 2.6.2 RC (15 апреля 2016 г.) [±] |
| Тип | Хеминформатика, биоинформатика |
| Лицензия | Общественная лицензия Eclipse |
| Интернет сайт | биоклипс |
В Биоклипс проект - это Ява -основан, Открытый исходный код, визуальная платформа для химиотерапия - и биоинформатика на основе Затмение Платформа расширенных клиентов (RCP).[2] В 2009 году он получил функциональность сценариев.[3]
Как и любое приложение RCP, Bioclipse использует архитектуру подключаемых модулей, которая наследует базовые функции и визуальные интерфейсы от Eclipse, такие как справочная система, программные обновления, предпочтения, кроссплатформенное развертывание и т. д. Через свои плагины Bioclipse предоставляет функциональные возможности для химио- и биоинформатики, а также точки расширения, которые легко могут быть расширены другими, возможно, собственными, плагины для обеспечения дополнительных функций.
Первый стабильный выпуск Bioclipse включает Комплект для разработки химии (CDK) для обеспечения химиоинформатической базы данных, Jmol плагин для 3D-визуализации молекул, а также BioJava плагин для анализа последовательностей. Недавно р платформа, использующая StatET,[4] и OpenTox были добавлены.[5]
Bioclipse разработан в результате сотрудничества Proteochemometric Group, Департамент фармацевтических биологических наук, Уппсальский университет, Швеция, Кристоф Стейнбек Группа на Европейский институт биоинформатики, и кафедрой аналитической химии Лейденский университет, но также включает расширения, разработанные в других академических институтах, включая Каролинский институт и Маастрихтский университет.[6] Разработка поддерживается Международной ассоциацией биоклипсов.[7]
Язык сценариев Bioclipse
Язык сценариев Bioclipse (BSL) - это среда сценариев, в настоящее время основанная на JavaScript и Groovy. Он расширяет язык сценариев с помощью менеджеров, которые обертывают функциональность сторонних библиотек, как упоминалось выше. Эти скрипты предоставляют средства для проведения анализов в Bioclipse, например, для совместного использования Мой эксперимент.org. Bioclipse определяет ряд основных типов данных, которые поддерживают менеджеры, что позволяет использовать информацию между этими менеджерами.
Рекомендации
- ^ https://sourceforge.net/projects/bioclipse/files/bioclipse/
- ^ Ола Спют, Тобиас Хельмус, Эгон Л. Виллигхаген, Стефан Кун, Мартин Эклунд, Йоханнес Вагенер, П. Мюррей-Раст, Кристоф Стейнбек, Ярл Э.С. Викберг, Bioclipse: рабочая среда с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики, BMC Bioinformatics, 2007, 8. Дои:10.1186/1471-2105-8-59
- ^ Ола Спют, Джонатан Альварссон, Арвид Берг, Мартин Эклунд, Стефан Кун, Карл Мясак, Гиллен Торранс, Йоханнес Вагенер, Эгон Л. Виллигхаген, Кристоф Стейнбек и Ярл ES Викберг, Bioclipse 2: платформа интеграции с поддержкой сценариев для наук о жизни, BMC Bioinformatics, 2009, 10, Дои:10.1186/1471-2105-10-397
- ^ Spjuth, O .; Георгиев, В .; Carlsson, L .; Alvarsson, J .; Berg, A .; Willighagen, E .; Wikberg, J. E. S .; Эклунд, М. (2012). «Bioclipse-R: интеграция управления и визуализации данных науки о жизни со статистическим анализом». Биоинформатика. 29 (2): 286–289. Дои:10.1093 / биоинформатика / bts681. ЧВК 3546796. PMID 23178637.
- ^ Willighagen, E.L .; Елязкова, Н .; Харди, Б .; Grafström, R.C .; Спют, О. (2011). «Вычислительная токсикология с использованием интерфейса прикладного программирования OpenTox и Bioclipse». BMC Research Notes. 4: 487. Дои:10.1186/1756-0500-4-487. ЧВК 3264531. PMID 22075173.
- ^ «Биоклипс Лабс». Архивировано из оригинал на 2011-07-20. Получено 2010-02-02.
- ^ Прессмеделанден Упсальского университета: Dubbla utmärkelser for IT / bioteknik-system В архиве 8 августа 2007 г. Wayback Machine
внешняя ссылка
 | Scholia имеет тема профиль для Биоклипс. |
