Ледок - Википедия - LeDock

LeDock
Разработчики)Lephar
Операционная системаКроссплатформенность
ТипМолекулярный док
Интернет сайтwww.lephar.com/программного обеспечения.htm

LeDock это простой проприетарный молекулярный док программное обеспечение, которое можно использовать для стыковки лигандов с белком-мишенью.[1] LeDock поддерживает работу на 64-битной Linux, macOS, и 32-битные и 64-битные Windows.

Вступление

LeDock основан на моделировании отжига и эволюционной оптимизации лиганд позы и ее изменяемые связи, используя схему оценки, основанную на физике / знаниях, полученную в результате многолетних предполагаемых кампаний виртуального скрининга.[2][3][4][5][6]

Спектакль

LeDock продемонстрировал хорошие результаты в недавней всесторонней оценке программ стыковки разнообразных комплексов белок-лиганд 2002 года.[7] Он имеет высокую точность предсказания позы, экономит время на вычисления и удобен как для виртуального просмотра, так и для обработки попаданий.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ «Руководство пользователя LeDock» (PDF).
  2. ^ Чжао, Хунтао; Хуан, Даньчжи (17.06.2011). «Штраф за связывание водорода при связывании лиганда». PLOS ONE. 6 (6): e19923. Дои:10.1371 / journal.pone.0019923. ISSN  1932-6203. ЧВК  3117785. PMID  21698148.
  3. ^ Чжао, Хунтао; Хуанг, Даньчжи; Кафлиш, Амедео (01.11.2012). «Открытие ингибиторов тирозинкиназы путем стыковки в неактивной конформации киназы, созданной с помощью молекулярной динамики». ChemMedChem. 7 (11): 1983–1990. Дои:10.1002 / cmdc.201200331. ISSN  1860-7187. PMID  22976951.
  4. ^ Чжао, Хунтао; Кафлиш, Амедео (2013-10-15). «Открытие ингибиторов ZAP70 путем высокопроизводительного стыковки с конформацией его киназного домена, созданной молекулярной динамикой». Письма по биоорганической и медицинской химии. 23 (20): 5721–5726. Дои:10.1016 / j.bmcl.2013.08.009. PMID  23993776.
  5. ^ Чжао, Хунтао; Кафлиш, Амедео (15 марта 2014 г.). «Открытие двойных ингибиторов киназ ZAP70 и Syk путем стыковки с редкой конформацией Syk с выходом из C-спирали». Письма по биоорганической и медицинской химии. 24 (6): 1523–1527. Дои:10.1016 / j.bmcl.2014.01.083. PMID  24569110.
  6. ^ Чжао, Хунтао; Гартенманн, Лиза; Дун, Цзин; Спилиотопулос, Димитриос; Кафлиш, Амедео (01.06.2014). «Открытие ингибиторов бромодомена BRD4 с помощью высокопроизводительного докинга на основе фрагментов». Письма по биоорганической и медицинской химии. 24 (11): 2493–2496. Дои:10.1016 / j.bmcl.2014.04.017. PMID  24767840.
  7. ^ Ван, Чжэ (2016). «Всесторонняя оценка десяти программ стыковки на разнообразном наборе комплексов белок-лиганд: точность прогнозирования силы выборки и оценки». Физическая химия Химическая физика. 18 (18): 12964–12975. Дои:10.1039 / C6CP01555G. PMID  27108770.

внешняя ссылка