Desulfitobacterium hafniense - Википедия - Desulfitobacterium hafniense

Desulfitobacterium hafniense
Научная классификация
Домен:
Бактерии
Тип:
Фирмикуты
Учебный класс:
Clostridia
Заказ:
Clostridiales
Семья:
Peptococcaceae
Род:
Десульфитобактерии
Разновидность:
D. hafniense
Биномиальное имя
Desulfitobacterium hafniense
Кристиансен и Аринг 1996

Desulfitobacterium hafniense представляет собой вид грамположительных бактерий, его типовой штамм - DCB-2Т.[1] (ID таксономии NCBI 272564; DSM 10664).

D. hafniense анаэробны спора -образующие бактерии. Большинство описанных изолятов являются факультативно галогенидорганическими дышащими бактериями, способными восстанавливать дехлорирование из галогениды Такие как хлорфенолы, и тетрахлорэтен. Ячейки D. hafniense стержневые и от 3,3 до 6 мкм длиной от 0,6 до 0,7 мкм шириной, они подвижный, каждая ячейка имеет один или два терминала жгутики. Все протестированные штаммы устойчивы к антибиотику. ванкомицин.[2][3]

С годами несколько дополнительных штаммов, принадлежащих к hafniense виды были описаны из самых разных сред. Штаммы PCP-1, TCE1, DP7, TCP-A и G2 были первоначально опубликованы как представители отдельного вида. Фраппьери, но все они сегодня считаются принадлежащими к hafniense разновидность.[4][5]

D. hafniense изолирует
НапряжениеИсточникDSM
DCB-2Т[1]Осадок сточных вод10664
PCP-1[6]Осадок сточных вод12420
TCP-A[7]Речные отложения13557
GBFH[4]Речные отложения---
Y51[8]Загрязненная почва---
TCE1[9]Загрязненная почва---
PCE-S[10]Загрязненная почва14645
G2[11]Подземный16228
DP7[12]Человеческие фекалии13498
LBE[13]не описано---

Геномы

Геном D. hafniense содержит механизмы для обоих пирролизин и селеноцистеин, что делает его единственным известным организмом, который потенциально использует 22 аминокислоты при трансляции белка. [14]Desulfitobacterium hafniense штамм DCB-2Т имеет единственный кольцевой геном, содержащий 5,78 Мбит / с, кодирующий 5045 генов. Геном Desulfitobacterium hafniense штамм DCB-2Т содержит семь генов, кодирующих редуктивные дегалогеназы, пять из которых, по-видимому, функционируют, а два нарушены мутациями.[15]

Полная информация о последовательности генома доступна для девяти десульфитобактерии hafniense штаммы. Все они имеют размер генома от 5 до 5,7 Mbp, ни один из секвенированных штаммов не содержит плазмид. Геномы кодируют только ограниченное количество восстановительные дегалогеназы, помимо генов, использующих широкий спектр доноров и акцепторов электронов.

НапряжениеРазмер генома (Мбайт)Количество восстановительных

дегалогеназы

Описанный геном
Y515,712006[16]
DCB-2Т5,372012[15]
PCE-S5,722015[17]
DH5,402016[18]
TCE15,712017[19]
PCP-15,672017[19]
LBE5,522017[19]
DP75,202017[19]
TCP-A552017[19]


Рекомендации

  1. ^ а б Кристиансен Н., Аринг Б.К. (1996). «Desulfitobacterium hafniense sp. Nov., Анаэробная бактерия с восстановительным дехлорированием». Международный журнал систематической бактериологии. 46 (2): 442–448. Дои:10.1099/00207713-46-2-442.
  2. ^ Калан Л., Эберт С., Келли Т., Райт Г.Д. (июль 2009 г.). «Кластер устойчивости к неканоническому ванкомицину из Desulfitobacterium hafniense Y51». Противомикробные препараты и химиотерапия. 53 (7): 2841–5. Дои:10.1128 / AAC.01408-08. ЧВК  2704641. PMID  19414574.
  3. ^ Круз Т., Левиссон М., де Вос В.М., Смидт Х. (сентябрь 2014 г.). «vanI: новый кластер генов устойчивости к ванкомицину D-Ala-D-Lac, обнаруженный в Desulfitobacterium hafniense». Микробная биотехнология. 7 (5): 456–66. Дои:10.1111/1751-7915.12139. ЧВК  4229326. PMID  25042042.
  4. ^ а б Ниггемайер А., Спринг С., Стакебрандт Е., Розенцвейг РФ (декабрь 2001 г.). «Выделение и характеристика новой бактерии, восстанавливающей As (V): значение для мобилизации мышьяка и рода Desulfitobacterium». Прикладная и экологическая микробиология. 67 (12): 5568–80. Дои:10.1128 / AEM.67.12.5568-5580.2001. ЧВК  93345. PMID  11722908.
  5. ^ Виллемур Р., Лантье М., Боде Р., Лепин Ф. (сентябрь 2006 г.). «Род Desulfitobacterium». Обзор микробиологии FEMS. 30 (5): 706–33. Дои:10.1111 / j.1574-6976.2006.00029.x. PMID  16911041.
  6. ^ Бушар Б., Боде Р., Виллемюр Р., Максуин Дж., Лепин Ф., Бизайон Дж. Г. (октябрь 1996 г.). «Выделение и характеристика Desulfitobacterium frappieri sp. Nov., Анаэробной бактерии, которая восстанавливает дехлорирование пентахлорфенола до 3-хлорфенола». Международный журнал систематической бактериологии. 46 (4): 1010–5. Дои:10.1099/00207713-46-4-1010. PMID  8863430.
  7. ^ Брайтенштейн А., Саано А., Салкиноя-Салонен М., Андреесен Дж. Р., Лехнер У. (февраль 2001 г.). «Анализ 2,4,6-трихлорфенол-дегалогенирующей обогащенной культуры и выделение дегалогенирующего члена Desulfitobacterium frappieri штамм TCP-A». Архив микробиологии. 175 (2): 133–42. Дои:10.1007 / s002030000248. PMID  11285741.
  8. ^ Суяма А., Ивакири Р., Кай К., Токунага Т., Сера Н., Фурукава К. (июль 2001 г.). «Выделение и характеристика штамма Desulfitobacterium sp. Y51, способного к эффективному дегалогенированию тетрахлорэтена и полихлорэтанов». Биология, биотехнология и биохимия. 65 (7): 1474–81. Дои:10.1271 / bbb.65.1474. PMID  11515528.
  9. ^ Герритсе Дж., Дрзизга О., Клоэтстра Дж., Кеймель М., Wiersum LP, Хатсон Р., Коллинз М.Д., Готтшаль Дж. К. (декабрь 1999 г.). «Влияние различных доноров и акцепторов электронов на дегалоидиспирацию тетрахлорэтена Desulfitobacterium frappieri TCE1». Прикладная и экологическая микробиология. 65 (12): 5212–21. ЧВК  91707. PMID  10583967.
  10. ^ Миллер Э., Вольфарт Г., Дикерт Г. (декабрь 1997 г.). «Сравнительные исследования восстановительного дехлорирования тетрахлорэтилена, опосредованного Desulfitobacterium sp. Штамм PCE-S». Архив микробиологии. 168 (6): 513–9. Дои:10.1007 / s002030050529. PMID  9385143.
  11. ^ Шелоболина Е.С., ВанПрэг К.Г., Ловли Д.Р. (март 2003 г.). "Использование содержащих железо и железо минералов для дыхания Desulfitobacterium frappieri". Журнал геомикробиологии. 20 (2): 143–156. Дои:10.1080/01490450303884.
  12. ^ ван де Пас Б.А., Хармсен Х.Дж., Раангс Г.С., де Вос В.М., Шраа Г., Стамс А.Дж. (июнь 2001 г.). «Штамм Desulfitobacterium, выделенный из фекалий человека, не дехлорирующий хлорэтены или хлорфенолы». Архив микробиологии. 175 (6): 389–94. Дои:10.1007 / s002030100276. PMID  11491079.
  13. ^ Коменсоли Л., Майяр Дж., Альбини М., Сандос Ф., Джунье П., Жозеф Е. (май 2017 г.). «Использование бактерий для стабилизации археологического железа». Прикладная и экологическая микробиология. 83 (9). Дои:10.1128 / AEM.03478-16. ЧВК  5394308. PMID  28283522.
  14. ^ Селедка, S .; Амброгелли, А .; Polycarpo, C.R .; Солл, Д. Распознавание пирролизиновой TRNA с помощью Desulfitobacterium Hafniense Pyrrolysyl-TRNA Synthetase. Исследование нуклеиновых кислот 2007, 35 (4), 1270–1278. https://doi.org/10.1093/nar/gkl1151.
  15. ^ а б Ким С.Х., Харцман С., Дэвис Дж. К., Хатчесон Р., Бродерик Дж. Б., Марш Т. Л., Тидже Дж. М. (февраль 2012 г.). «Последовательность генома Desulfitobacterium hafniense DCB-2, грамположительного анаэроба, способного к дегалогенированию и восстановлению металлов». BMC Microbiology. 12: 21. Дои:10.1186/1471-2180-12-21. ЧВК  3306737. PMID  22316246.
  16. ^ Нонака Х, Керестес Дж, Шинода Й, Икенага Й, Абе М., Наито К., Инатоми К., Фурукава К., Инуи М., Юкава Х (март 2006 г.). «Полная последовательность генома дегалогенированной бактерии Desulfitobacterium hafniense Y51 и сравнение с Dehalococcoides ethenogenes 195». Журнал бактериологии. 188 (6): 2262–74. Дои:10.1128 / JB.188.6.2262-2274.2006. ЧВК  1428132. PMID  16513756.
  17. ^ Горис Т., Хорнунг Б., Крузе Т., Райнхольд А., Вестерманн М., Шаап П.Дж., Шмидт Г., Дикерт Г. (2015). «Проект последовательности генома и характеристика Desulfitobacterium hafniense PCE-S». Стандарты геномных наук. 10: 15. Дои:10.1186/1944-3277-10-15. ЧВК  4511579. PMID  26203328.
  18. ^ Чжан X, Ли GX, Chen SC, Jia XY, Wu K, Cao CL, Bao P (февраль 2016 г.). "Проект последовательности генома штамма DH Desulfitobacterium hafniense, сульфатредуцирующей бактерии, выделенной из рисовых почв". Анонсы генома. 4 (1). Дои:10.1128 / genomeA.01693-15. ЧВК  4751313. PMID  26868389.
  19. ^ а б c d е Круз Т., Горис Т., Майярд Дж., Войке Т., Лехнер Ю., де Вос В., Смидт Г. (декабрь 2017 г.). «Сравнительная геномика рода Desulfitobacterium». FEMS Microbiology Ecology. 93 (12). Дои:10.1093 / фемсек / fix135. PMID  29040502.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка