EMAGE - EMAGE

EMAGE
EMAGE logo.png
Содержание
ОписаниеАтлас экспрессии генов e-Mouse
Организмымышь
Связаться с нами
Исследовательский центрMRC Human Genetics Unit
Основное цитированиеPMID  19767607
Доступ
Интернет сайтemouseatlas.org/ emage/
Разное
ЛицензияЛицензия Creative Commons Attribution 3.0

EMAGE (Атлас экспрессии генов e-Mouse[примечание 1]) является онлайн биологическая база данных из экспрессия гена данные в развивающейся мыши (Mus musculus ) эмбрион.[1][2][3] Данные, хранящиеся в EMAGE, пространственно аннотированы в рамках трехмерных моделей эмбрионов мыши, созданных EMAP (Проект атласа электронной мыши). Эти пространственные аннотации позволяют пользователям запрашивать EMAGE по пространственному шаблону, а также по имени гена, анатомическому термину или Генная онтология (GO) срок. EMAGE - это свободно доступный веб-ресурс, финансируемый Совет медицинских исследований (Великобритания) и на основе MRC Human Genetics Unit в Институте генетики и молекулярной медицины, Эдинбург, Великобритания.

Содержание

EMAGE содержит на месте гибридизация, иммуногистохимия, и на месте репортер (например, подбивание и генная ловушка ) данные. Это включает целая гора данные, раздел данные и полный 3D OPT (Оптическая проекционная томография ) данные. Паттерны экспрессии генов отображаются на стандартных моделях группой специалистов. биокураторы с помощью специального программного обеспечения для картографии. В дополнение к пространственным аннотациям, данные EMAGE также снабжены текстовыми аннотациями, чтобы обеспечить текстовое описание шаблонов выражений. Эта текстовая аннотация выполняется в сотрудничестве с База данных экспрессии генов MGI (GXD) с использованием онтологии анатомии мыши EMAP.

Данные EMAGE поступают в основном из рецензируемых, опубликованных журнальных статей и с крупномасштабных экранов, а также из прямых материалов, полученных от исследователей, работающих в этой области. Для включения в EMAGE данные не нужно публиковать, однако EMAGE - это тщательно подобранная база данных. Биокураторы проверяют точность метаданных, включенных в записи базы данных, а также выполняют пространственные аннотации данных.

Записи EMAGE предназначены для соблюдения Минимальная информационная спецификация для экспериментов по гибридизации и иммуногистохимии in situ (MISFISHIE)[4] спецификации и, как таковые, содержат информацию о публикации отправителя / автора, реагенте для обнаружения, подготовке образца для анализа и экспериментальных процедурах, а также исходные изображения данных, пространственные и текстовые аннотации. Записи EMAGE также содержат ссылки на различные связанные ресурсы, основанные либо на анализируемом гене, либо на самом анализе.

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ Ричардсон Л., Венкатараман С., Стивенсон П. и др. (Январь 2010 г.). "База данных пространственной экспрессии генов эмбрионов мыши EMAGE: обновление 2010 г.". Нуклеиновые кислоты Res. 38 (Выпуск базы данных): D703–9. Дои:10.1093 / нар / gkp763. ЧВК  2808994. PMID  19767607.
  2. ^ Венкатараман С., Стивенсон П., Ян Й. и др. (Январь 2008 г.). "EMAGE - Эдинбургский мышиный атлас экспрессии генов: обновление 2008 г.". Нуклеиновые кислоты Res. 36 (Выпуск базы данных): D860–5. Дои:10.1093 / нар / гкм938. ЧВК  2238921. PMID  18077470.
  3. ^ Кристиансен Дж. Х., Ян Й., Венкатараман С. и др. (Январь 2006 г.). «EMAGE: пространственная база данных паттернов экспрессии генов во время развития эмбрионов мыши». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск базы данных): D637–41. Дои:10.1093 / nar / gkj006. ЧВК  1347369. PMID  16381949.
  4. ^ Deutsch E W; и другие. (Март 2008 г.). «Минимальная информационная спецификация для экспериментов по гибридизации и иммуногистохимии in situ (MISFISHIE)». Природа Биотехнологии. 26 (3): 305–312. Дои:10.1038 / nbt1391. ЧВК  4367930. PMID  18327244.
Заметки
  1. ^ Исторически EMAGE было аббревиатурой от Эдинбург Мышиный атлас экспрессии генов.

внешние ссылки