Фиона Бринкман - Fiona Brinkman

Бринкман в 2013 году

Фиона Бринкман (урожденная Лоусон) - профессор Биоинформатика и Геномика на кафедре молекулярной биологии и биохимии Университет Саймона Фрейзера в британская Колумбия, Канада, и является лидером в области микробной биоинформатики. Она заинтересована в разработке «более устойчивых, целостных подходов к контролю за инфекционными заболеваниями и сохранению микробиомов».[1]

Образование

Бринкман получила степень бакалавра наук. в Биохимия от Университет Ватерлоо в 1990 году и защитила кандидатскую диссертацию. под наблюдением доктора Джо-Энн Диллон в Университет Оттавы в 1996 г. Она получила две стипендии для получения докторской степени в Университет Британской Колумбии под руководством докторов Роберта (Боба) Хэнкока и Энн Роуз. Хотя изначально она была микробиологом, она проявляла интерес к биоинформатике во время учебы в аспирантуре и докторантуре, объединив эти области, когда она основала свою собственную группу по биоинформатике патогенов и микробов в Университете Саймона Фрейзера в 2001 году.

Исследование

Текущие научные интересы Бринкмана сосредоточены на улучшении понимания того, как развиваются микробы, и улучшении вычислительных методов, которые помогают анализировать микробы и разработке новых вакцин, лекарств и средств диагностики для инфекционные заболевания. Ее методы все чаще находят применение в окружающей среде. Она известна развитием PSORTb,[2][3] самый точный метод, доступный для вычислительных прогноз субклеточной локализации белка и первый вычислительный метод, который превосходил точность некоторых распространенных высокопроизводительных лабораторных методов для таких субклеточная локализация анализ.[4][5] Этот метод помогает прогнозировать клеточную поверхность и секретируемые белки в бактериальной клетке, которые могут быть подходящими мишенями для лекарств, компонентов вакцины или диагностических средств. Она также разработала методы биоинформатики, которые помогают более точно идентифицировать геномные острова (т.е. IslandViewer ) и ортологи (т.е. OrtholugeDB ). Ее исследования позволили по-новому взглянуть на эволюцию патогенов и их роль. горизонтальный перенос генов и геномные острова играют.[6][7][8] Она подтвердила анекдотическое предположение о том, что факторы вирулентности (болезнетворные гены в патогенах) непропорционально связаны с геномными островками.[9] Она была одной из первых исследователей, которые использовали полное секвенирование генома для помощи в расследовании вспышек инфекционных заболеваний («геномная эпидемиология»), интегрируя данные последовательности генома с анализом социальных сетей.[10] Она участвовала в проекте Pseudomonas Genome Project.[11][12] и является координатором База данных генома Pseudomonas, база данных Псевдомонады данные о геноме видов и соответствующие аннотации, которые постоянно обновляются. Она также разработала базы данных (например, InnateDB и портал по аллергии и астме), чтобы помочь более системному анализу иммунных нарушений и иммунного ответа на инфекции у людей и других животных - базы данных, которые помогли выявить новые иммуномодулирующие терапевтические средства.[13][14][15] Она проявляет растущий интерес к применению своих методов в экологических приложениях в рамках более широкого интереса к разработке подходов к более целостному и устойчивому контролю за инфекционными заболеваниями и сохранению микробиома - разработке подходов, которые могут уменьшить устойчивость к противомикробным препаратам, улучшить отслеживание патогенов и их происхождение и более важный фактор важной роли социальных изменений и окружающей среды в формировании микробиомов.[16][17][8][10]

Награды

Професиональные услуги

Бринкман имеет давний интерес к обучению биоинформатике, улучшению обработки биологических / биоинформатических данных и разработке эффективных стандартов и баз данных биоинформатики.[31][32][33][34][35][36] в том числе Синегнойная палочка Проект аннотации сообщества[37] и База данных генома Pseudomonas.

Она возглавляет Научно-консультативный совет Европейский архив нуклеотидов (EMBL-EBI) и является членом нескольких других советов, включая Геном Канада Совет директоров[38] и Научно-консультативный совет по РЕАКТАЦИЯ. Бринкман также является одним из руководителей Проекта и консорциума Интегрированного быстрого анализа инфекционных заболеваний (IRIDA).[39] и является одним из основателей Консорциума геномной эпидемиологии онтологии (GenEpiO).[40] и онтология еды (FoodOn)[41] Группа.

В академическом сообществе Ванкувера Бринкман в настоящее время является содиректором программы повышения квалификации по биоинформатике, проводимой в Университете Саймона Фрейзера, Университете Британской Колумбии и BC Cancer Agency и как представитель СФУ по Канадское общество микробиологов. Она является основным преподавателем Канадские семинары по биоинформатике.

Среди известных выпускников ее лаборатории Дженнифер Гарди.

Личная биография

Дочь шотландских родителей, Бринкман родилась в Мельбурн, Австралия в 1967 г. Она иммигрировала в Канада в детстве, где она выросла в основном в Миссиссауга, Онтарио. Бринкман живет в Coquitlam со своей семьей, включая сына и дочь.

Рекомендации

  1. ^ «Лаборатория Фионы Бринкман - лаборатория по исследованию биоинформатики и геномики, любящая микробов, направленная на более эффективный устойчивый контроль над инфекционными заболеваниями». Brinkman.mbb.sfu.ca. Получено 2 ноября 2017.
  2. ^ Гарди, Дж. Л., К. Спенсер и др. (2003). PSORT-B: Улучшение прогноза субклеточной локализации белка для грамотрицательных бактерий. Nucleic Acids Res 31: 3613-7.
  3. ^ Гарди, Дж. Л., М. Лэрд, Ф. Чен, С. Рей, К. Дж. Уолш, Г. Э. Тушнади, М. Эстер, F.S.L. Бринкман (2005). PSORTb v.2.0: Расширенное прогнозирование субклеточной локализации бактериального белка и данные, полученные в результате сравнительного протеомного анализа. Биоинформатика. 21: 617-623.
  4. ^ Гарди, J.L., and F.S.L. Бринкман (2006). Методы прогнозирования субклеточной локализации бактериальных белков. Nature Reviews Microbiology 4: 741-751.
  5. ^ Рей, С., Дж. Л. Гарди и Ф. С.Л. Бринкман (2005). Оценка точности высокопроизводительных вычислительных и лабораторных подходов для полногеномной идентификации субклеточной локализации белка у бактерий. BMC Genomics 6: 162
  6. ^ Hsiao, W.W.L., K. Ung, D. Aeschliman, J. Bryan, B.B. Finlay, F.S.L. Бринкман (2005). Доказательства большого нового генофонда, связанного с прокариотическими геномными островами. PLoS Genetics 1: e62.
  7. ^ Бринкман Ф.С.Л., Бланшар Дж. Л., Черкасов А., Греберг Х., Ав-Гей Й., Брунем Р. С., Фернандес Р. К., Финли Б. Б., Отто С. П., Уэллетт Б. Ф. Ф., Килинг П. Дж., Роуз А. М., Хэнкок Р. Е. У., Джонс С. Дж. (2002). Доказательства того, что подобные растениям гены у видов Chlamydia отражают родственные связи между Chlamydiaceae, цианобактериями и хлоропластами. Геномные исследования. 12: 1159-1167.
  8. ^ а б Гилл, Э., и Ф.С.Л. Бринкман (2011). Пропорциональное отсутствие патогенов архей: ключ к успеху у фагов? BioEssays 33: 248-254.
  9. ^ Хо Суй, С.Дж., Федынак, А., Лангиль, М.Г.И., Сяо, В.В., и Ф.С.Л. Бринкман (2009). Связь факторов вирулентности с геномными островками. PLoS ONE 4: e8094.
  10. ^ а б Гарди, Дж. Л. *, Дж. К. Джонстон *, С. Дж. Хо Суй *, С.Дж. Джонс, В.Дж. Кук, Л. Шах, Э. Бродкин, С. Ремпель, М. Лем, М.К. Шарма, К. Элвуд, F.S.L. Бринкман, Р. Брунем и П. Тан (2011). Геномная эпидемиология вспышки туберкулеза: секвенирование всего генома и анализ социальных сетей выявляют динамику передачи (* эти авторы внесли равный вклад) The New England Journal of Medicine 364: 730-739.
  11. ^ Бринкман, F.S.L., C.K. Стовер и R.E.W. Хэнкок (2000). Решение для секвенирования: используйте добровольцев-аннотаторов, организованных через Интернет. Природа. 406: 933.
  12. ^ Стовер, К.С., X.Q. Фам, А.Л. Эрвин, С.Д. Mizoguchi, P. Warrener, M.J. Hickey, F.S.L. Бринкман, У.О. Хафнагл, Д.Дж. Ковалик, М. Лагроу, Р.Л. Гарбер, Л. Голтри, Э. Толентино, С. Вестброк-Вадман, Ю. Юань, Л.Л. Броуди, С.Н. Коултер, К. Фолгер, А. Кас, К. Ларбиг, Р. Лим, К. Смит, Д. Спенсер, Г.К.-С. Wong, Z. Wu, I. Paulsen, J. Reizer, M.H. Сайер, R.E.W. Хэнкок, С. Лори, М.В. Олсон (2000). Полная последовательность генома Pseudomonas aeruginosa PAO1: условно-патогенного микроорганизма. Природа. 406: 959-964.
  13. ^ Ахтман, А.Х.С. Пилат, К.В. Лоу, Д.Дж. Lynn, L. Janot, M. Mayer, S. Ma, J. Kindrachuk, B.B. Finlay, F.S.L. Бринкман, Г. Смит, R.E.W. Хэнкок, Л. Шофилд (2012). Эффективная дополнительная терапия регуляторным пептидом врожденной защиты в доклинической модели тяжелой малярии. Трансляционная медицина науки 4: 135ra64.
  14. ^ Консорциум по секвенированию и анализу генома крупного рогатого скота, C.G. Эльсик, Р.Л. Теллам, К.С. Уорли (2009). Последовательность генома тауринового скота: окно в биологию и эволюцию жвачных животных. Наука. 24: 522-528.
  15. ^ Линн Д.Дж., Г.Л. Винзор, К.Чан, Н. Ричард, М.Р. Лэрд, А. Барский, Дж. Л. Гарди, Ф. Рош, T.H.W. Чан, Н. Шах, Р. Ло, М. Насир, Дж. Ку, М. Яу, М. Акаб, Д. Тюльпан, М. Уайтсайд, А. Чикатамарла, Б. Мах, Т. Munzner, K. Hokamp, ​​R.E.W. Хэнкок и Ф.С.Л. Бринкман (2008). Облегчение системного анализа врожденного иммунного ответа млекопитающих. Молекулярная системная биология. 4: 218.
  16. ^ O’Doherty KC, Neufeld JD, Brinkman FSL, Gardner H, Guttman DS и Beiko RG (2014), Мнение: Сохранение микробиома человека и управление им. Слушания Национальной академии наук США 111: 14312-14313.
  17. ^ Хо Суй, С.Дж., Р. Ло, А.Р. Фернандес, доктор медицинских наук. Колфилд, Дж. Лерман, Л. Се, П.Е. Bourne, D.L. Бэйли и Ф.С.Л. Бринкман (2012). Модулятор рецепторов эстрогена ралоксифен ослабляет вирулентность синегнойной палочки. Международный журнал противомикробных агентов 2012 40: 246-251.
  18. ^ «Пять преподавателей СФУ названы в честь стипендий и колледжей Королевского общества Канады - Новости СФУ - Университет Саймона Фрейзера». www.sfu.ca. Получено 2018-11-29.
  19. ^ «Thomson Reuters объявляет« Самые влиятельные научные умы мира 2014 ». Thomson Reuters. Архивировано из оригинал 27 марта 2015 г.
  20. ^ «HCR Clarivate Analytics». Highlycited.com. Получено 2 ноября 2017.
  21. ^ «HCR Clarivate Analytics». Thomsonreuters.com. Получено 2 ноября 2017.
  22. ^ «Самые влиятельные женщины Канады: 100 лучших». Wxnetwork.com. WXN - Женская исполнительная сеть. Получено 2 ноября, 2017.
  23. ^ «Канадское общество микробиологов - победители в прошлом». Csm-scm.org. Получено 2 ноября 2017.
  24. ^ а б "Фиона С.Л. Бринкман - Фонд исследований в области здравоохранения Майкла Смита". Msfhr.org. 2012-12-18. Получено 2 ноября 2017.
  25. ^ «Биоинформатика патогенов и эволюция вирулентности микробов - Фонд Майкла Смита для исследований в области здравоохранения». Msfhr.org. 2007-01-02. Получено 2 ноября 2017.
  26. ^ «Федеральное финансирование поддерживает исследования в области здравоохранения в СФУ - пресс-релизы канадского университета». Canadian-universities.net. Получено 2 ноября 2017.
  27. ^ "Кто есть кто канадец". Канадский Кто есть кто. Получено 2 ноября 2017.
  28. ^ «Программа награждения 40 лучших в Канаде для детей до 40 лет - Caldwell Partners». Caldwellpartners.com. Получено 2 ноября 2017.
  29. ^ Слут, Корри. "Приложение Business Media - Канада - Издательское дело - Полиграфия - Журнал - B2B". Labcanada.com. Получено 2 ноября 2017.
  30. ^ "2002 Молодые новаторы до 35 лет: Фиона Бринкман, 34 года". Обзор технологий. 2002. Получено 14 августа, 2011.
  31. ^ Бринкман, F.S.L., C.K. Стовер и R.E.W. Хэнкок (2000). Решение для секвенирования: используйте добровольцев-аннотаторов, организованных через Интернет. Природа. 406: 933.
  32. ^ Винзор, Г., Р. Ло, С.Дж. Хо Суй, К.С.Э. Унг, С. Хуанг, Д. Ченг, В.-К. Хо Чинг, R.E.W. Хэнкок и Ф.С.Л. Бринкман (2005). База данных генома Pseudomonas aeruginosa и PseudoCAP: Обеспечение постоянно обновляемой аннотации генома на уровне сообщества. Исследования нуклеиновых кислот. 33: D338-343.
  33. ^ Линн Д.Дж., К. Чан, М. Насир, М. Яу, Р. Ло, А. Срибная, Г. Ринг, Дж. Ку, К. Ви, Г. Л. Винзор, М. Р. Лэрд, К. Брейер, А. Фороушани, Ф.С.Л. Бринкман, R.E.W. Хэнкок (2010). Взаимодействие с врожденным иммунитетом. BMC Системная биология 4: 117.
  34. ^ Орчард, С., Керриен, С., Аббани, С., Аранда, Б., Бхате, Дж., Бидвелл, С., Бридж, А., Бриганти, Л., Бринкман, ФСЛ, Чезарени, Г., Чатр -aryamontri, A., Chautard, E., Chen, C., Dumousseau, M., Eisenberg, D., Goll, J., Hancock, REW, Hannick, LI, Jurisica, I., Khadake, J., Lynn , DJ, Махадеван, У., Перфетто, Л., Рагхунатх, А., Рикар-Блюм, С., Рохерт, Б., Салвински, Л., Штумпфлен, В., Тайерс, М., Утц, П., Ксенариос И., Хермякоб Х. (2012). Обработка данных о взаимодействии белков - Международный консорциум молекулярного обмена (IMEx). Природные методы 9: 345-350.
  35. ^ Б. Аранда, Х. Бланкенбург, С. Керриен, F.S.L. Brinkman, A. Ceol, E. Chautard, J.M. Dana, J. De Las Rivas, M. Dumousseau, E. Galeota, A. Gaulton, J. Goll, R.E.W. Хэнкок, Р. Иссерлин, Р. Хименес, Дж. Керсемакерс, Дж. Хадаке, Д.Дж. Линн, М. Мишо, Дж. О'Келли, К. Оно, С. Орчард, К. Прието, С. Разик, О. Ригина, Л. Салвински, М. Симонович, С. Веланкар, А. Винтер, Г. Wu, GD Bader, G. Cesareni, IM Donaldson, D. Eisenberg, GJ Клейвегт, Дж. Оверингтон, С. Рикар-Блюм, М. Тайерс, М. Альбрехт, Х. Хермьякоб (2011). PSICQUIC и PSISCORE - Доступ и оценка молекулярных взаимодействий. Природные методы. 8: 528-529.
  36. ^ Брейер К., Форушани А., Лэрд, М. Р., Чен, К., Срибная, А., Ло, Р., Винзор, Г. Л., Хэнкок, REW, Бринкман, ФСЛ, и Линн, Д. (2013) InnateDB: системная биология врожденного иммунитета и не только - последние обновления и продолжающееся лечение. Исследования нуклеиновых кислот. (Проблема с базой данных) 41: D1228-D1233.
  37. ^ "Проект аннотации сообщества Pseudomonas". www.pseudomonas.com. Получено 2018-11-29.
  38. ^ "Фиона Бринкман | Genome Canada". www.genomecanada.ca. Получено 2018-11-29.
  39. ^ "IRIDA - Комплексный проект быстрого анализа инфекционных заболеваний". www.irida.ca. Получено 2018-11-29.
  40. ^ «Онтология геномной эпидемиологии». Онтология геномной эпидемиологии. Получено 2018-11-29.
  41. ^ "FoodOn от FoodOntology". foodontology.github.io. Получено 2018-11-29.

внешняя ссылка