GcvB РНК - GcvB RNA

GcvB РНК
RF00022.jpg
Идентификаторы
СимволGcvB
РфамRF00022
Прочие данные
РНК типГен
Домен (ы)Бактерии
ТАКТАК: 0000379
PDB структурыPDBe

В gcvB РНК ген кодирует небольшой некодирующая РНК участвует в регуляции ряда систем транспорта аминокислот, а также генов биосинтеза аминокислот. Ген GcvB обнаружен у кишечных бактерий, таких как кишечная палочка. GcvB регулирует гены, действуя в качестве антисмыслового связывающего партнера мРНК для каждого регулируемого гена. Это связывание зависит от связывания с белком, называемым Hfq. Транскрипция РНК GcvB активируется соседним геном GcvA и репрессируется геном GcvR.[1] Удаление РНК GcvB из Y. pestis изменила форму колонии, а также уменьшила рост.[2] С помощью делеции гена было показано, что GcvB является регулятором кислотной устойчивости у Кишечная палочка. GcvB увеличивает способность бактерий выживать при низких значениях pH за счет повышения уровня альтернативного сигма-фактора RpoS.[3] Недавно была идентифицирована полимерная форма GcvB.[нужна цитата ] Взаимодействие GcvB с малой РНК SroC вызывает деградацию GcvB путем РНКаза E, устраняя GcvB-опосредованную репрессию мРНК своих генов-мишеней.[4]

Цели GcvB

Было показано, что GcvB регулирует большое количество генов в Кишечная палочка и виды сальмонелл. Было показано, что GcvB связывается с Oppa и DppA, которые транспортируют олигопептиды и дипептиды соответственно.[5][6] Было показано, что он также регулирует gltL, argT, STM, livK, livJ, brnQ, sstT и cycA, которые участвуют в поглощении множества аминокислот.[7][8][9] РНК GcvB также участвует в регуляции множества генов, участвующих в биосинтезе аминокислот, таких как ilvC, gdhA, thrL и serA.[10] РНК GcvB связывает мРНК PhoPQ, которая кодирует двухкомпонентная система участвует в магний гомеостаз.[11]

Полимеризация

Есть свидетельства того, что Кишечная палочка GcvB может образовывать полимеры. Родные электрофорез в полиакриламидном геле был использован для отображения полосы с более высокой молекулярной массой, соответствующей потенциальному полимеру.[12] Просвечивающая электронная микроскопия затем использовали для идентификации нитевидной структуры полимера. Однако авторы предполагают, что эти длинные филаменты вряд ли будут иметь физиологическое значение. Было показано, что для полимеризации достаточно конструкции, содержащей только первые 61 нуклеотид, включая первую стебель-петлю. Подобные результаты недавно были показаны для DsrA РНК.[13] Физиологическое значение полимеризации не известно.

Распространение видов

РНК GcvB обнаружена у ряда бактерий, включая:[14]

Рекомендации

  1. ^ Урбановский, М.Л .; Stauffer LT; Штауфер Г.В. (2000). «Ген gcvB кодирует небольшую нетранслируемую РНК, участвующую в экспрессии дипептидных и олигопептидных транспортных систем в Escherichia coli». Мол Микробиол. 37 (4): 856–868. Дои:10.1046 / j.1365-2958.2000.02051.x. PMID  10972807.
  2. ^ а б МакАртур SD, Pulvermacher SC, Stauffer GV (2006). «Ген gcvB Yersinia pestis кодирует две небольшие регуляторные молекулы РНК». BMC Microbiol. 6: 52. Дои:10.1186/1471-2180-6-52. ЧВК  1557403. PMID  16768793.
  3. ^ Джин И, Ватт Р.М., Данчин А, Хуан Дж.Д. (2009). «Малая некодирующая РНК GcvB - новый регулятор кислотной устойчивости Escherichia coli». BMC Genomics. 10: 165. Дои:10.1186/1471-2164-10-165. ЧВК  2676305. PMID  19379489.
  4. ^ Миякоши, Масатоши; Чао, Яньцзе; Фогель, Йорг (2015-06-03). «Перекрестный разговор между мРНК транспортера ABC через губку, полученную из мРНК-мишени малой РНК GcvB». Журнал EMBO. 34 (11): 1478–1492. Дои:10.15252 / embj.201490546. ISSN  1460-2075. ЧВК  4474525. PMID  25630703.
  5. ^ Урбановский М.Л., Штауфер Л.Т., Штауффер Г.В. (август 2000 г.). «Ген gcvB кодирует небольшую нетранслируемую РНК, участвующую в экспрессии дипептидных и олигопептидных транспортных систем в Escherichia coli». Мол. Микробиол. 37 (4): 856–868. Дои:10.1046 / j.1365-2958.2000.02051.x. PMID  10972807.
  6. ^ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (январь 2009 г.). "Роль белка Hfq Escherichia coli в регуляции GcvB мРНК oppA и dppA". Микробиология. 155 (Чт 1): 115–123. Дои:10.1099 / мик.0.023432-0. PMID  19118352.
  7. ^ Шарма С.М., Дарфей Ф., Плантинга Т.Х., Фогель Дж. (Ноябрь 2007 г.). «Малая РНК регулирует множественные мРНК транспортера ABC, воздействуя на богатые C / A элементы внутри и выше сайтов связывания рибосом». Genes Dev. 21 (21): 2804–2817. Дои:10.1101 / gad.447207. ЧВК  2045133. PMID  17974919.
  8. ^ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (январь 2009 г.). «Малая РНК GcvB регулирует экспрессию мРНК sstT в Escherichia coli». J. Bacteriol. 191 (1): 238–248. Дои:10.1128 / JB.00915-08. ЧВК  2612445. PMID  18952787.
  9. ^ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (январь 2009 г.). «Роль мРНК GcvB в регуляции cycA в Escherichia coli». Микробиология. 155 (Чт 1): 106–114. Дои:10.1099 / мик.0.023598-0. PMID  19118351.
  10. ^ Фогель Дж (январь 2009 г.). «Примерное руководство по миру некодирующих РНК сальмонелл». Мол. Микробиол. 71 (1): 1–11. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2008.06505.x. PMID  19007416.
  11. ^ Coornaert, A; Кьяруттини, С; Springer, M; Гийе, М. (январь 2013 г.). «Посттранскрипционный контроль двухкомпонентной системы Escherichia coli PhoQ-PhoP с помощью множества мРНК включает в себя новую область спаривания GcvB». PLOS Genetics. 9 (1): e1003156. Дои:10.1371 / journal.pgen.1003156. ЧВК  3536696. PMID  23300478.
  12. ^ Busi F, Cayrol B, Lavelle C, LeDerout J, Piétrement O, Le Cam E, Geinguenaud F, Lacoste J, Régnier P, Arluison V (2009). «Самосборка как новый регуляторный механизм некодирующей РНК». Клеточный цикл. 8 (6): 952–954. Дои:10.4161 / cc.8.6.7905. PMID  19221499.
  13. ^ Cayrol B, Geinguenaud F, Lacoste J и др. (2009). «Самосборка малой некодирующей РНК DsrA E. coli: молекулярные характеристики и функциональные последствия». РНК Биол. 6 (4): 434–445. Дои:10.4161 / rna.6.4.8949. PMID  19535898.
  14. ^ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (апрель 2008 г.). «Роль малой регуляторной РНК GcvB в посттранскрипционной регуляции GcvB / мРНК oppA и dppA в Escherichia coli». FEMS Microbiol. Латыш. 281 (1): 42–50. Дои:10.1111 / j.1574-6968.2008.01068.x. PMID  18312576.
  15. ^ Гулливер, Эмили Л .; Райт, Эми; Лукас, Дина Девесон; Мегроз, Марианна; Клейфельд, Одед; Schittenhelm, Ralf B .; Пауэлл, Дэвид Р .; Seemann, Torsten; Булитта, Юрген Б. (май 2018 г.). «Определение регулона малой РНК GcvB в грамотрицательном бактериальном патогене Pasteurella multocida и идентификация области связывания семян GcvB». РНК. 24 (5): 704–720. Дои:10.1261 / rna.063248.117. ISSN  1469-9001. ЧВК  5900567. PMID  29440476.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка