Проект сворачивания протеома человека - Human Proteome Folding Project

В Проект сворачивания протеома человека (HPF) - результат совместных усилий Нью-Йоркского университета (Bonneau Лаборатория), Институт системной биологии (ISB) и Вашингтонского университета (Бейкер Lab), используя Розетта программное обеспечение, разработанное Rosetta Commons.

HPF Phase 1 применил программное обеспечение Rosetta v4.2x на человеческий геном и 89 других, начиная с ноября 2004 года. Этап 1 завершился в июле 2006 года. HPF Phase 2 (HPF2) применяет программное обеспечение Rosetta v4.8x в более высоком разрешении, режиме «полной очистки атома», концентрируясь на биомаркерах рака (белки, обнаруженные в значительно увеличенных уровни в раковых тканях), секретируемые человеком белки и малярия.

Фаза 1 прошла на двух распределенных вычислений сетки: на United Devices ' grid.org, и на Сетка мирового сообщества, IBM благотворительная инициатива. Фаза 2 проекта проходила исключительно в World Community Grid; он прекратил свое существование в 2013 году после более чем 9-летнего участия IBM.[1]

Институт системной биологии будет использовать результаты вычислений в рамках своих более крупных исследований.

WCG хранитель экрана, Фаза 2 проекта складывания протеома человека, работающая под UD клиентское программное обеспечение

Публикации

Мальмстрем, Ларс; Риффл, Майкл; Штраус, Чарли Э. М .; Чивиан, Дилан; Дэвис, Триша Н .; Бейкер, Дэвид; Бейкер, D (2007), «Назначение надсемейства для протеома дрожжей посредством интеграции предсказания структуры с генной онтологией», PLoS Биология, 5 (4): e76, Дои:10.1371 / journal.pbio.0050076, ЧВК  1828141, PMID  17373854

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Сообщение World Community Grid - Обновление HPF2, июнь 2013 г., получено 14 июля 2015

внешняя ссылка