РНК, ассоциированная с геном инвазии (InvR) - Invasion gene associated RNA (InvR)
| РНК, ассоциированная с геном инвазии | |
|---|---|
 Предсказанный вторичная структура и сохранение последовательности ИнвР | |
| Идентификаторы | |
| Символ | InvR |
| Рфам | RF01384 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | Ген |
| Домен (ы) | Бактерии |
| ТАК | SO: 0001263 |
| PDB структуры | PDBe |
РНК, ассоциированная с геном инвазии (также известен как InvR) - небольшой некодирующая РНК участвует в регулировании одного из основных внешних клеточная мембрана порин белки в Сальмонелла виды.
InvR был первоначально предсказан путем компьютерного скрининга генома Сальмонелла тифимуриум для романа мРНК гены.[1] На этом экране 46 кандидатных мРНК гены не сохраняется в кишечная палочка были идентифицированы.
В Сальмонелла то вирулентность факторы, способствующие вторжению в кишечник хозяина эпитлий расположены в области ~ 40 кб в Сальмонелла геном обозначен как остров патогенности сальмонелл 1 (SPI-1). Ген, кодирующий InvR, расположен в этой области SPI-1 между двумя генами, называемыми invH и STM2901. InvR кажется уникальным для Сальмонелла видов, поскольку, по-видимому, нет никаких предсказаний гомологи в другом Энтеробактерии виды.
InvR имеет длину ~ 80 нм и, по-видимому, выражается независимо от своего собственного промоутер.[1] Его экспрессия активируется фактором транскрипции HilD, и было показано, что он обильно экспрессируется во время экспоненциальный рост.[1][2] Было показано, что InvR связывает шаперон РНК Hfq in vitro, и Hfq необходим для стабильности in vivo.[1] В S. typhimurium Было показано, что InvR РНК подавляет синтез обильного поринового белка OmpD внешней мембраны. Несмотря на то, что они расположены в области SPI-1, не было идентифицировано связи между функцией InvR и SPI-1-зависимым путем секреции или инвазией.
Смотрите также
использованная литература
- ^ а б c d Пфайффер В., Ситтка А., Томер Р., Тедин К., Бринкманн В., Фогель Дж. (Декабрь 2007 г.). «Небольшая некодирующая РНК острова гена инвазии (SPI-1) подавляет синтез белка внешней мембраны из основного генома сальмонеллы». Молекулярная микробиология. 66 (5): 1174–1191. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2007.05991.x. PMID 17971080.
- ^ Ситтка А., Луккини С., Папенфорт К. и др. (2008). Буркхолдер WF (ред.). «Глубокий анализ секвенирования малых некодирующих РНК и мРНК-мишеней глобального посттранскрипционного регулятора Hfq». PLOS Genetics. 4 (8): e1000163. Дои:10.1371 / journal.pgen.1000163. ЧВК 2515195. PMID 18725932.