LRRC23 - LRRC23

LRRC23
Идентификаторы
Псевдонимы	LRRC23, LRPB7, богатый лейцином повтор, содержащий 23
Внешние идентификаторы	MGI: 1315192 ГомолоГен: 5082 Генные карты: LRRC23
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 12 (человек)
Конец	6,914,241 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 6 (мышь)
Конец	124,779,727 бп
Экспрессия РНК шаблон
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• молекулярная функция;
Сотовый компонент	• клеточный компонент; • цитоплазма; • цитозоль;
Биологический процесс	• биологический процесс;
	Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
	10233
	16977
	ENSG00000010626
	ENSMUSG00000030125
	Q53EV4
	O35125
	NM_201650; NM_001135217; NM_006992
	NM_013588; NM_001302555
	NP_001128689; NP_008923; NP_964013
	NP_001289484
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Богатый лейцином белок, содержащий повторы 23 это белок что у людей кодируется LRRC23 ген.^[5]^[6]^[7]

Функция

Функция LRRC23 неизвестна. Он является членом богатый лейцином повтор семейство белков, которые, как известно, участвуют в белок-белковые взаимодействия. Экспериментальные данные свидетельствуют о том, что LRRC23 взаимодействует с CD28 белок в пути, связанном с иммунная система и развитие нормативной Т-клетки которые контролируют спонтанное аутоиммунное заболевание.^[8]

Белковая последовательность

LRRC23 охватывает 343 остатка, содержащих две разновидности внутренне повторяющейся последовательности. Обнаружено и согласовано РАДАРОМ,^[9] наиболее частым повторением является богатый лейцином повтор, который повторяется 9 раз в основаниях 89–287. Другая повторяющаяся последовательность встречается дважды в основаниях 3–36. Выходные данные программы RADAR, приведенные ниже, суммируют состав и расположение всех повторов и выравнивают их для сравнения друг с другом. LRRC23 RADAR Internal Repeats.png

Геном человека производит три известных варианта LRRC23.^[7] Самый большой вариант стыковки, вариант 3, содержит 8 экзоны. Варианты 1 и 2 используют альтернативные первые экзоны, а вариант 2 исключает седьмой экзон, что дает в общей сложности семь экзонов, составляющих мРНК.

Белковая структура

Хотя фактическая структура LRRC23 неизвестна, сравнение с кристаллическими структурами различных подобных белков, таких как 2OMW A (е-значение 1.00e-17) выявляет структуру, типичную для других богатых лейцином повторяющихся белков. Чередование бета-листы и спирали образуют спиралевидную пептидную цепь, образующую дугообразную форму с бета-листами, занимающими вогнутую поверхность.^[10]

Выровненная структура 2OMW_A с LRRC23 охватывает кислоты 72-272 белка LRRC23. Консервированные аспарагины выделены желтым цветом, показывая регулярность размещения и повторяющуюся структуру внутри. Эта модель была создана с использованием программного обеспечения Cn3D, предоставленного NCBI.

CBlast 72-272 asparagines.png

дальнейшее чтение

Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Ансари-Лари М.А., Музны Д.М., Лу Дж., Лу Ф., Лилли С.Э., Спанос С., Малли Т., Гиббс Р.А. (апрель 1996 г.). «Богатый генами кластер между генами CD4 и триозофосфат-изомеразы на хромосоме 12p13 человека». Геномные исследования. 6 (4): 314–26. Дои:10.1101 / гр.6.4.314. PMID 8723724.
Боналду М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Геномные исследования. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID 8889548.
Ансари-Лари М.А., Шен Й., Музны Д.М., Ли В., Гиббс Р.А. (март 1997 г.). «Крупномасштабное секвенирование хромосомы 12p13 человека: экспериментальное и расчетное определение структуры гена». Геномные исследования. 7 (3): 268–80. Дои:10.1101 / гр.7.3.268. PMID 9074930.
Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Ташева Е.С., Ан К, Бойл Д.Л., Конрад Г.В. (2006). «Экспрессия и локализация белка B7, богатого лейцином, в тканях глаза человека». Молекулярное зрение. 11: 452–60. PMID 16030496.

внешняя ссылка

LRRC23 расположение человеческого гена в Браузер генома UCSC.
LRRC23 детали человеческого гена в Браузер генома UCSC.

Эта статья о ген на хромосома человека 12 это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000010626 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030125 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid11830501-5] Цаханис Д., Березовская А., Надлер Л. М., Буссиотис В. А. (февраль 2002 г.). «Блокада B7 / CD28 в реакционных культурах смешанных лимфоцитов приводит к генерации альтернативно активированных макрофагов, которые подавляют ответы Т-клеток». Кровь. 99 (4): 1465–73. Дои:10.1182 / кровь.V99.4.1465. PMID 11830501.

[pmid11826754-6] Чанг Т.Т., Кучру В.К., Шарп А.Х. (февраль 2002 г.). «Роль пути B7-CD28 / CTLA-4 в аутоиммунном заболевании». Пути передачи сигнала при аутоиммунитете. Текущие направления аутоиммунитета. 5. С. 113–30. Дои:10.1159/000060550. ISBN 3-8055-7308-1. PMID 11826754.

[entrez-7] а ^б «Ген Entrez: богатый лейцином повтор LRRC23, содержащий 23».

[8] Salomon B, Lenschow DJ, Rhee L, Ashourian N, Singh B, Sharpe A, Bluestone JA (апрель 2000 г.). «Костимуляция B7 / CD28 необходима для гомеостаза CD4 + CD25 + иммунорегуляторных Т-клеток, которые контролируют аутоиммунный диабет». Иммунитет. 12 (4): 431–40. Дои:10.1016 / S1074-7613 (00) 80195-8. PMID 10795741.

[9] РАДАР: Европейская лаборатория молекулярной биологии - Европейский институт биоинформатики (EMBLE-EBI) Радиолокационная программа: [1]

[10] NCBI Структура CBlast https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cblast/cblast.cgi?client=entrez&query_gi=206725447&hit=149242643&hsp=1&output=html&pagenum=1&epp=20&sort=evalue&bview=graphic

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]