Мотив мини-ykkC РНК - Mini-ykkC RNA motif

мотив мини-ykkC РНК
Вторичная структура Mini-ykkC.jpg
Идентификаторы
Символmini-ykkC
РфамRF01068
Прочие данные
РНК типСнг
Домен (ы)Бактерии
ТАКSO: 0005836
PDB структурыPDBe

В мотив мини-ykkC РНК (позже переименованный в рибопереключатель Гуанидин-II) был обнаружен как предполагаемый РНК структура, которая сохраняется в бактерии.[1] Мотив состоит из двух сохранившихся стебель-петли концевые петли которых содержат последовательность РНК ACGR, где R представляет собой либо A, либо G. РНК Mini-ykkC широко распространены в Протеобактерии, но некоторые из них предсказываются и в других типах бактерий. Ожидалось, что РНК являются цис-регуляторными элементами, потому что они обычно расположены выше кодирующего белок гены.

Гены, которые, по-видимому, контролируются РНК mini-ykkC, имеют сходство с генами, контролируемыми ykkC-yxkD лидер (гуанидин-I), и девять семейств генов являются общими для обоих. Поэтому было высказано предположение, что эти два класса РНК имеют одинаковую функцию. Сложная структура и многие консервативные нуклеотиды, обнаруженные в лидере ykkC-yxkD, не присутствуют в мотиве РНК mini-ykkC. Несмотря на это, было показано, что каждая из двух структур «стержень-петля» mini-ykkC напрямую связывает свободный гуанидин. Таким образом, мотив mini-ykkC РНК представляет собой отдельный класс гуанидин-чувствительных РНК, называемых Рибопереключатель гуанидин-II.[2] Также была определена его кристаллическая структура.[3]

Консенсусная вторичная структура мини-ykkC РНК. Компоновка аналогична той, что использовалась в ранее опубликованном чертеже.[1]

Рекомендации

  1. ^ а б Вайнберг З., Баррик Дж. Э., Яо З., Рот А., Ким Дж. Н., Гор Дж, Ван Дж. X, Ли Э. Р., Блок К. Ф., Сударсан Н., Неф С., Томпа М., Руццо В. Л., Брейкер Р. Р. (2007). «Идентификация 22 кандидатных структурированных РНК в бактериях с использованием системы сравнительной геномики CMfinder». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (14): 4809–4819. Дои:10.1093 / нар / гкм487. ЧВК  1950547. PMID  17621584.
  2. ^ Шерлок М.Э., Малковски С.Н., Брейкер Р.Р. (январь 2017 г.). «Биохимическая проверка второго класса гуанидинового рибопереключателя у бактерий». Биохимия. 56 (2): 352–358. Дои:10.1021 / acs.biochem.6b01270. ЧВК  5340285. PMID  28001368.
  3. ^ Хуанг Л., Ван Дж., Лилли Д.М. (июнь 2017 г.). "Структура рибосвитча Гуанидина-II". Клеточная химическая биология. 24 (6): 695–702.e2. Дои:10.1016 / j.chembiol.2017.05.014. ЧВК  5486947. PMID  28529131.

внешняя ссылка