YkkC-yxkD лидер - YkkC-yxkD leader

ykkC-yxkD лидер
RF00442.jpg
Идентификаторы
СимволykkC-yxkD
РфамRF00442
Прочие данные
РНК типЦис-рег; рибопереключатель
Домен (ы)Бактерии
ТАКТАК: 0000233
PDB структурыPDBe

В ykkC / yxkD лидер это консервированный Структура РНК найденный вверх по течению генов ykkC и yxkD в Bacillus subtilis и родственные гены у других бактерий. Функции этого семейства неясны в течение многих лет, хотя было высказано предположение, что оно может функционировать для включения откачивающие насосы и системы детоксикации в ответ на вредные молекулы окружающей среды.[1] В Thermoanaerobacter tengcongensis последовательность AE013027 перекрывается с пуриновый рибопереключатель предполагая, что два рибопереключатели может работать вместе, чтобы регулировать вышестоящий ген, который кодирует TTE0584 (Q8RC62), член пермеаза семья.

Нельсон и др.[2] показали, что этот рибопереключатель чувствует и реагирует на гуанидин и он был переименован Рибопереключатель гуанидин-I. Кроме того, они продемонстрировали, что бактерии способны эндогенно продуцировать гуанидин, а рибопереключатель контролирует гены, продукты которых участвуют в модификации или выкачивании гуанидина как токсичного соединения из бактерий. Также определены кристаллические структуры рибопереключателя, связанного с лигандом.[3][4]

В мотив мини-ykkC РНК это предполагаемый СНГ-регулирующий элемент, который, по-видимому, регулирует аналогичные гены тем, кто регулируется Рибопереключатель гуанидин-I (ykkC / yxkD лидер). Однако мотив РНК mini-ykkC проще по структуре и имеет меньше высококонсервативных нуклеотид позиций, чем лидер ykkC-yxkD.[5] Несмотря на это, каждая из двух его структур «стебель-петля» напрямую связывает свободный гуанидин. Следовательно, мотив mini-ykkC РНК представляет собой отдельный класс гуанидин-чувствительных РНК, называемых Рибопереключатель гуанидин-II.[6] Также была определена его кристаллическая структура.[7]

В ykkC-III мотив РНК[8] отличный кандидат СНГ-регуляторная РНК, которая, по-видимому, регулирует гены, связанные с предыдущими мотивами. Хотя структура ykkC-III РНК не похожи на ykkC / yxkD РНК, обе имеют сложную структуру, которая привела к предположению, что они представляют собой рибопереключатели. В ykkCМотив -III имеет внутри себя жестко консервативную последовательность ACGA, которая напоминает менее жестко консервативную последовательность ACGA или ACGG, обнаруженную в мини-ykkC РНК, но неизвестно, связано ли это наблюдение с биологическим родством. Было представлено биохимическое подтверждение того, что этот мотив является третьим классом гуанидиновых рибопереключателей, называемых Рибопереключатель гуанидин-III.[9]

Консенсусная вторичная структура ykkC-III РНК. Этот рисунок взят из предыдущей публикации.[8]

Рекомендации

  1. ^ Баррик, Дж. Э .; Корбино К.А.; Winkler WC; Nahvi A; Мандал М; Коллинз Дж; Ли М; Roth A; Сударсан Н; Йона I; Wickiser JK; Брейкер RR (2004). «Новые мотивы РНК предполагают расширение возможностей рибопереключателей в генетическом контроле бактерий». Proc Natl Acad Sci USA. 101 (17): 6421–6426. Дои:10.1073 / pnas.0308014101. ЧВК  404060. PMID  15096624.
  2. ^ Нельсон, Джеймс У .; Atilho, Ruben M .; Шерлок, Мэдлин Э .; Стокбридж, Рэнди Б.; Брейкер, Рональд Р. (2017-01-19). «Метаболизм свободного гуанидина в бактериях регулируется широко распространенным классом Riboswitch». Молекулярная клетка. 65 (2): 220–230. Дои:10.1016 / j.molcel.2016.11.019. ISSN  1097-4164. ЧВК  5360189. PMID  27989440.
  3. ^ Battaglia, Роберт А .; Прайс, Ян Р .; Кэ, Айлонг (апрель 2017 г.). "Структурная основа определения гуанидина семейством рибопереключателей ykkC". РНК. 23 (4): 578–585. Дои:10.1261 / rna.060186.116. ISSN  1469-9001. ЧВК  5340920. PMID  28096518.
  4. ^ Рейсс, Кэролайн У .; Сюн, Юн; Штробель, Скотт А. (2017-01-03). «Структурная основа связывания лиганда с рибосвитчем гуанидин-I». Структура. 25 (1): 195–202. Дои:10.1016 / j.str.2016.11.020. ISSN  1878-4186. ЧВК  5317007. PMID  28017522.
  5. ^ Вайнберг З., Баррик Дж. Э., Яо З. и др. (2007). «Идентификация 22 кандидатных структурированных РНК в бактериях с использованием системы сравнительной геномики CMfinder». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (14): 4809–4819. Дои:10.1093 / нар / гкм487. ЧВК  1950547. PMID  17621584.
  6. ^ Шерлок, Мэдлин Э .; Малковски, Сара Н .; Брейкер, Рональд Р. (2017-01-17). «Биохимическая проверка второго класса гуанидинового рибопереключателя у бактерий». Биохимия. 56 (2): 352–358. Дои:10.1021 / acs.biochem.6b01270. ISSN  1520-4995. ЧВК  5340285. PMID  28001368.
  7. ^ Хуанг, Линь; Ван, Цзя; Лилли, Дэвид М. Дж. (22.06.2017). "Структура рибосвитча Гуанидина-II". Клеточная химическая биология. 24 (6): 695–702.e2. Дои:10.1016 / j.chembiol.2017.05.014. ISSN  2451-9456. ЧВК  5486947. PMID  28529131.
  8. ^ а б Вайнберг З., Ван Дж. Х, Бог Дж. И др. (Март 2010 г.). «Сравнительная геномика обнаруживает 104 кандидата структурированных РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Геном Биол. 11 (3): R31. Дои:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. ЧВК  2864571. PMID  20230605.
  9. ^ Шерлок, Мэдлин Э .; Брейкер, Рональд Р. (2017-01-17). «Биохимическая проверка третьего класса гуанидинового рибопереключателя у бактерий». Биохимия. 56 (2): 359–363. Дои:10.1021 / acs.biochem.6b01271. ISSN  1520-4995. ЧВК  5315414. PMID  28001372.

внешняя ссылка