Национальный центр интегративной биомедицинской информатики - National Center for Integrative Biomedical Informatics

В Национальный центр интегративной биомедицинской информатики (NCIBI) - одна из семи Национальные центры биомедицинских вычислений финансируется Национальные институты здоровья Дорожная карта медицинских исследований (NIH).[1][2] Центр базируется на университет Мичигана и является частью Центр вычислительной медицины и биоинформатики. Миссия NCIBI - создать целевую среду знаний для молекулярно-биомедицинских исследований, чтобы помочь направить эксперименты и дать новые идеи на основе анализа сложных заболеваний. Он был основан в октябре 2005 года.

Центр разрабатывает вычислительные методы для эффективного доступа и интеграции биологических данных. Управляющие биологические проекты (DBP) являются отправной точкой для информирования, запуска и тестирования разработки инструментов. Текущие ДАД включают слияние генов при раке - основные органоспецифические осложнения сахарный диабет, питание и ожирение, и ассоциации коморбидных заболеваний биполярное расстройство. Помимо инструментов для проверки работоспособности, отдельная команда занимается тестированием. удобство использования и взаимодействие с пользователем.

После разработки и проверки инструментов Центр распространяет данные и программное обеспечение по всему университету и более широкому сообществу биомедицинских исследователей. Различные механизмы, такие как обучающие видеоролики,[3] учебные пособия,[4] а демонстрации и презентации на известных научных конференциях используются для обмена данными и программным обеспечением NCIBI на национальном и международном уровнях.[5]

Доступные инструменты

Помимо перечисленных ниже инструментов, расширенные данные, содержащиеся во многих базах данных NCIBI, доступны на вкладке «Базы данных» на странице «Попробуйте наши инструменты».[6]

Исследовательский анализ

ИмяОписание
ConceptGen[7]An Открытый исходный код инструмент для тестирования обогащения набора генов и картирования концепций. Этот веб-инструмент можно использовать как для идентификации наборов биологических генов (так называемых концепций), обогащенных дифференциально экспрессированные гены (или любой другой указанный пользователем список генов), а также для изучения сетей взаимосвязей между биологическими концепциями из различных биологических источников.
MetScape[8]А Cytoscape плагин, используемый для визуализации и анализа метаболомный данные. Он использует данные реконструкции Эдинбургской метаболической сети человека. MetScape упрощает визуализацию сложных сетей и отображает связанную информацию о реакции, ферменты, и пути
Плагин MiMI[9]А Cytoscape плагин, который является Открытый исходный код интерактивный инструмент визуализации для анализа белковые взаимодействия и их биологические эффекты
Молекулярные взаимодействия Мичигана (MiMI)[10]Интернет-белок, путь и генное взаимодействие инструмент

Концептуальный поиск литературы

ИмяОписание
BioSearch-2DИнструмент, который отображает содержимое больших коллекций биомедицинских документов в единую динамическую карту.
Gene2MeshАвтоматический инструмент аннотации, который связывает термины медицинских предметных заголовков (MeSH) с генами с помощью Национальная медицинская библиотека с PubMed база данных литературы
Metab2MeSHИнструмент, который использует статистический подход для надежного и автоматического аннотирования метаболитов с помощью концепций, определенных в MeSH, Национальная медицинская библиотека контролируемый словарь биомедицинских концепций
MiSearch[11]Инструмент поиска литературы, который работает с Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) Entrez быстро искать PubMed цитаты и отображать их в порядке соответствия исследовательским интересам
ПабАнатомия[12]Инструмент для изучения литературы, который предоставляет новые способы изучения взаимосвязей между анатомическими структурами, патофизиологическими процессами, экспрессия гена уровни и белок-белковые взаимодействия в контексте Медлайн литература и экспериментальные данные
PubOntoИнструмент для изучения литературы, который предоставляет несколько онтологии от Открытые биомедицинские онтологии чтобы помочь исследователям изучать литературу с разных точек зрения

Смотрите также

Примечания

  1. ^ Общий фонд NIH, биоинформатика и вычислительная биология
  2. ^ Национальные центры биомедицинских вычислений, резюме
  3. ^ Канал NCIBI на YouTube
  4. ^ Виртуальные мастерские NCIBI
  5. ^ Презентации NCIBI
  6. ^ NCIBI Попробуйте наши инструменты
  7. ^ Sartor, M. A .; Махависно, В .; Keshamouni, V.G .; Cavalcoli, J .; Райт, З .; Карновский, А .; Kuick, R .; Jagadish, H.V .; Мирель, Б. (2009). "ConceptGen: инструмент для обогащения набора генов и картирования взаимосвязи набора генов". Биоинформатика. 26 (4): 456–63. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp683. ЧВК  2852214. PMID  20007254.
  8. ^ Gao, J .; Tarcea, V. G .; Карновский, А .; Mirel, B.R .; Weymouth, T. E .; Beecher, C.W .; Cavalcoli, J.D .; Athey, B.D .; Оменн, Г. С. (2010). «Metscape: плагин Cytoscape для визуализации и интерпретации метаболомных данных в контексте метаболических сетей человека». Биоинформатика. 26 (7): 971–3. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq048. ЧВК  2844990. PMID  20139469.
  9. ^ Gao, J .; Ade, A. S .; Tarcea, V. G .; Weymouth, T. E .; Mirel, B.R .; Jagadish, H.V .; Штаты, Д. Дж. (2008). «Интеграция и аннотирование интерактома с помощью плагина MiMI для cytoscape». Биоинформатика. 25 (1): 137–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn501. ЧВК  2638934. PMID  18812364.
  10. ^ Tarcea, V. G .; Weymouth, T .; Ade, A .; Буквич, А .; Gao, J .; Махависно, В .; Райт, З .; Chapman, A .; Джаяпандян, М. (2009). «Молекулярные взаимодействия Мичигана r2: от взаимодействующих белков до путей». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (Выпуск базы данных): D642–6. Дои:10.1093 / nar / gkn722. ЧВК  2686565. PMID  18978014.
  11. ^ States, D. J .; Ade, A. S .; Wright, Z.C .; Буквич, А. В .; Этей, Б. Д. (2009). «Инструмент адаптивного поиска MiSearch pubMed». Биоинформатика. 25 (7): 974–6. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn033. ЧВК  2660869. PMID  18326507.
  12. ^ Сюань, Вэйцзянь; Дай, Манхонг; Мирель, Барбара; Песня, Жан; Этей, Брайан; Уотсон, Стэнли Дж; Мэн, Фан (2009). «Исследование Medline на основе открытых биомедицинских онтологий». BMC Bioinformatics. 10: S6. Дои:10.1186 / 1471-2105-10-S5-S6. ЧВК  2679406. PMID  19426463.

Рекомендации

внешняя ссылка