OxyS RNA - Википедия - OxyS RNA

OxyS РНК
RF00035.jpg
Идентификаторы
СимволOxyS
РфамRF00035
Прочие данные
РНК типГен; мРНК
Домен (ы)Бактерии
ТАКТАК: 0000384
PDB структурыPDBe

OxyS РНК это маленький некодирующая РНК который индуцируется в ответ на окислительный стресс у кишечная палочка. Эта РНК действует как глобальный регулятор, активируя или подавляя экспрессию до 40 генов посредством антисмысловой механизм, включая активатор транскрипции, кодируемый fhlA, и rpoS -кодируемая сигма-субъединица РНК-полимеразы.[1] OxyS связан Белок Hfq, что увеличивает взаимодействие OxyS RNA с целевыми сообщениями.[2][3] Связывание с Hfq изменяет конформацию OxyS.[4] 109 нуклеотид Считается, что РНК состоит из трех стебель-петли.

Целевые гены

Ряд дополнительных целей был предсказан и подтвержден с помощью анализа микрочипов.[5] Они перечислены ниже:

  • yobF - подтверждено северным анализом
  • yaiZ
  • ромА
  • wrbA - подтверждено северным анализом
  • ybaY - подтверждено северным анализом

Кроме того, мРНК, кодируемая nusG Ген является прямой мишенью OxyS.[6]

Рекомендации

  1. ^ Altuvia, S; Чжан А; Аргаман Л; Tiwari A; Сторц G (1998). «Регуляторная РНК Escherichia coli OxyS подавляет трансляцию fhlA, блокируя связывание рибосом». EMBO J. 17 (20): 6069–6075. Дои:10.1093 / emboj / 17.20.6069. ЧВК  1170933. PMID  9774350.
  2. ^ Чжан, А; Wassarman KM; Ортега Дж; Стивен AC; Сторц G (2002). «Sm-подобный белок Hfq увеличивает взаимодействие OxyS РНК с целевыми мРНК». Mol Cell. 9 (1): 11–22. Дои:10.1016 / S1097-2765 (01) 00437-3. PMID  11804582.
  3. ^ Холмквист Э., Райт П.Р., Ли Л., Бишлер Т., Барквист Л., Рейнхардт Р., Бекофен Р., Фогель Дж. (2016). «Глобальные паттерны распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивания in vivo». EMBO J. 35 (9): 991–1011. Дои:10.15252 / embj.201593360. ЧВК  5207318. PMID  27044921.
  4. ^ Хендерсон, Калифорния; Винсент, штат Джорджия; Casamento, А; Камень, см; Филлипс, Джо; Кэри, Полицейский; Соботт, Ф; Гауэрс, DM; Тейлор, Дж. Э .; Каллаган, AJ (август 2013 г.). «Связывание Hfq изменяет структуру малых некодирующих РНК Escherichia coli OxyS и RprA, которые участвуют в риборегуляции rpoS». РНК. 19 (8): 1089–1104. Дои:10.1261 / rna.034595.112. ЧВК  3708529. PMID  23804244.
  5. ^ Тьяден Б., Гудвин С.С., Опдайк Дж. А. и др. (2006). «Целевое предсказание малых некодирующих РНК в бактериях». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (9): 2791–2802. Дои:10.1093 / нар / gkl356. ЧВК  1464411. PMID  16717284.
  6. ^ Баршишат С., Эльграбли-Вайс М., Эдельштейн Дж., Георг Дж., Говиндараджан С., Хавив М., Райт П.Р., Хесс В.Р., Алтувия С. (2018). «Малая РНК OxyS вызывает остановку клеточного цикла, что способствует восстановлению повреждений ДНК». EMBO J. 37 (3): 413–426. Дои:10.15252 / embj.201797651. ЧВК  5793797. PMID  29237698.

внешняя ссылка