Phytobacter - Википедия - Phytobacter

Фитобактер
Научная классификация
Королевство:	Бактерии
Тип:	Протеобактерии
Учебный класс:	Гаммапротеобактерии
Заказ:	Enterobacterales
Семья:	Энтеробактерии
Род:	Фитобактер; Чжан и другие. 2008
Типовой вид
	Phytobacter diazotrophicus;
Разновидность
	P. diazotrophicus ; P. ursingii; P. palmae ; P. massiliensis

Колонии P. diazotrophicus на агаре МакКонки.

Фитобактер это род Грамотрицательный бактерии возникшие из группы изолятов, ранее отнесенных к разным родам семейства Энтеробактерии. Этот род был впервые установлен на основе азотфиксирующих изолятов дикого риса в Китае.^[1] но также включает ряд изолятов, полученных во время вспышки сепсиса в нескольких штатах в Бразилии в 2013 г. ^[2]^[3] и, ретроспективно, несколько клинических штаммов, выделенных в 1970-х годах в США, которые все еще доступны в коллекциях культур, которые первоначально были сгруппированы в биотип XII Бреннера.^[4]^[5] Стандартные панели биохимической оценки отсутствуют Фитобактер виды из своей базы данных, что часто приводит к ошибочной идентификации с другими Enterobacterales виды, особенно Pantoea agglomerans.^[2] Клинические изоляты этого вида были идентифицированы как важный источник расширенного спектра β-лактамаза и карбапенем -гены устойчивости, которые обычно опосредуются генетическими мобильными элементами. Сообщалось также о сильной защите от сопутствующих инфекций чувствительных бактерий.^[6] Бактерии этого рода не пигментированы, хемоорганотрофны и способны связывать азот. Они есть лактоза брожение цитохромоксидаза отрицательный и положительный по каталазе. Глюкоза ферментируется с образованием газа. Колонии, растущие на агаре МакКонки (MAC), имеют округлую форму, выпуклость и гладкость, с неполными краями и обычно приподнятым центром. В настоящее время в род действительно включены три вида. Фитобактер,^[2]^[7] который по-прежнему включен в Kosakonia clade в недавно рассмотренном семействе Enterobacteriaceae.^[8] Включение четвертого вида, Phytobacter massiliensis, недавно был предложен путем объединения родов Метакосакония и Фитобактер.^[9]

Разновидность

Phytobacter diazotrophicus самый распространенный Фитобактер вид восстановлен из окружающей среды и людей и является условно-патогенный микроорганизм связанные с загрязненными катетеры или использование полное парентеральное питание.^[2]^[4]
Phytobacter ursingii биохимически можно отличить от Phytobacter diazotrophicus на основе его способности метаболизировать d-серин и л-сорбоза. Несмотря на наличие азотфиксация гены предполагают экологическое происхождение, пока что зарегистрированы только клинические изоляты этого вида.^[2]
Phytobacter palmae это вид с высокой способностью фиксировать азот, который был впервые обнаружен в Сингапуре в тканях листьев масличной пальмы (Elaeis guineensis ).^[7]
Phytobacter massiliensis, типовой штамм которого JC163^Т был выделен из фекальной флоры здорового сенегальского пациента.^[9]^[10]

Рекомендации

^ Чжан, Го Ся; Пэн, Гуй Сян; Ван, Эн Тао; Ян, Хуэй; Юань, Цин Хуа; Чжан, Ву; Лу, Сюй; Ву, Хуэй; Тан, Чжи Юань (май 2008 г.). «Разнообразные эндофитные азотфиксирующие бактерии, выделенные из дикого риса Oryza rufipogon и описание Phytobacter diazotrophicus gen. Nov. Sp. Nov». Архив микробиологии. 189 (5): 431–439. Дои:10.1007 / s00203-007-0333-7. PMID 18060384. S2CID 27236264.
^ ^а ^б ^c ^d ^е Пиллонетто, Марсело; Аренд, Лавиния Н .; Фаоро, Хелиссон; D’Espindula, Helena R.S .; Блом, Йохен; Smits, Theo H.M .; Мира, Марсело Т .; Реццонико, Фабио (10 ноября 2017 г.). «Исправленное описание рода Phytobacter, его типового вида Phytobacter diazotrophicus (Zhang 2008) и описание Phytobacter ursingii sp. Nov». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. [Epub перед печатью] (1): 176–184. Дои:10.1099 / ijsem.0.002477. PMID 29125457.
^ Пиллонетто, Марсело; Аренд, Лавиния; Гомес, Сьюзи М. Т .; Oliveira, Marluce A. A .; Timm, Loeci N .; Мартинс, Андреза Ф .; Barth, Afonso L .; Маццетти, Алана; Херсеманн, Лена; Смитс, Тео Х. М .; Мира, Марсело Т. (13.08.2018). «Молекулярное исследование изолятов от множественной полимикробной вспышки, связанной с зараженным общим парентеральным питанием в Бразилии». BMC Инфекционные болезни. 18 (1): 397. Дои:10.1186 / s12879-018-3287-2. ISSN 1471-2334. ЧВК 6090600. PMID 30103698.
^ ^а ^б Реццонико, Фабио; Смитс, Тео Х.М.; Монтесинос, Эмилио; Frey, Jürg E .; Даффи, Брион (01.01.2009). «Генотипическое сравнение растения Pantoea agglomerans и клинических штаммов». BMC Microbiology. 9: 204. Дои:10.1186/1471-2180-9-204. ISSN 1471-2180. ЧВК 2764716. PMID 19772624.
^ Бреннер, Дон Дж .; Фаннинг, Г. Ричард; Leete Knutson, Jean K .; Steigerwalt, Arnold G .; Кричевский, Михей И. (1984). «Попытки классифицировать штаммы Herbicola Group-Enterobacter agglomerans с помощью гибридизации дезоксирибонуклеиновой кислоты и фенотипических тестов». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 34 (1): 45–55. Дои:10.1099/00207713-34-1-45. ISSN 1466-5026.
^ Чжан, Чжао; Ли, Дайси; Ши, Син; Чжай, Яо; Го, Ятао; Чжэн, Яли; Чжао, Лили; Он, Юкун; Чен, Юшэн; Ван, Чжаньвэй; Су, Цзяньжун (15.04.2020). «Геномная характеристика появляющихся видов Enterobacteriaceae: первый случай сочетанной инфекции типичным патогеном у пациента-человека». BMC Genomics. 21 (1): 297. Дои:10.1186 / s12864-020-6720-z. ISSN 1471-2164. ЧВК 7156906. PMID 32293254.
^ ^а ^б Мадхайян, Мунусами; Сараванан, Венкатакришнан Шиварадж; Блом, Йохен; Смитс, Тео Х. М .; Реццонико, Фабио; Ким, Су-Джин; Веон, Хан-Ён; Квон, Сун-Ву; Уитмен, Уильям Б.; Цзи, Лянхуи (01.02.2020). «Phytobacter palmae sp. Nov., Новый эндофит, фиксирующий N2, способствующий росту растений Gammaproteobacterium, выделенный из масличной пальмы (Elaeis guineensis Jacq.)». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 70 (2): 841–848. Дои:10.1099 / ijsem.0.003834. ISSN 1466-5026. PMID 31829916.
^ Альнаджар, Сима; Гупта, Радхи С. (2017-10-01). «Филогеномика и сравнительные геномные исследования очерчивают шесть основных клад внутри семейства Enterobacteriaceae и поддерживают переклассификацию нескольких полифилетических членов семейства». Инфекция, генетика и эволюция. 54: 108–127. Дои:10.1016 / j.meegid.2017.06.024. ISSN 1567-1348. PMID 28658607.
^ ^а ^б Ма, Юаньюань; Яо, Ронг; Ли, Юаньюань; У, Сюцинь; Ли, Шуйин; Ань Цяньли (30.04.2020). "Предложение об объединении рода Metakosakonia и рода Phytobacter в один род Phytobacter и реклассификации Metakosakonia massiliensis как Phytobacter massiliensis comb. Nov". Современная микробиология. Дои:10.1007 / s00284-020-02004-4. ISSN 1432-0991. PMID 32350604. S2CID 216650629.
^ Лагье, Жан-Кристоф; Эль Каркури, Халид; Мишра, Аджай Кумар; Роберт, Кэтрин; Рауль, Дидье; Фурнье, Пьер-Эдуар (22 февраля 2013 г.). «Несмежная законченная последовательность генома и описание Enterobacter massiliensis sp. Nov». Стандарты геномных наук. 7 (3): 399–412. Дои:10.4056 / sigs.3396830. ISSN 1944-3277. ЧВК 3764934. PMID 24019988.

Этот Гаммапротеобактерии -связанная статья является заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[:0-1] Чжан, Го Ся; Пэн, Гуй Сян; Ван, Эн Тао; Ян, Хуэй; Юань, Цин Хуа; Чжан, Ву; Лу, Сюй; Ву, Хуэй; Тан, Чжи Юань (май 2008 г.). «Разнообразные эндофитные азотфиксирующие бактерии, выделенные из дикого риса Oryza rufipogon и описание Phytobacter diazotrophicus gen. Nov. Sp. Nov». Архив микробиологии. 189 (5): 431–439. Дои:10.1007 / s00203-007-0333-7. PMID 18060384. S2CID 27236264.

[:1-2] а ^б ^c ^d ^е Пиллонетто, Марсело; Аренд, Лавиния Н .; Фаоро, Хелиссон; D’Espindula, Helena R.S .; Блом, Йохен; Smits, Theo H.M .; Мира, Марсело Т .; Реццонико, Фабио (10 ноября 2017 г.). «Исправленное описание рода Phytobacter, его типового вида Phytobacter diazotrophicus (Zhang 2008) и описание Phytobacter ursingii sp. Nov». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. [Epub перед печатью] (1): 176–184. Дои:10.1099 / ijsem.0.002477. PMID 29125457.

[3] Пиллонетто, Марсело; Аренд, Лавиния; Гомес, Сьюзи М. Т .; Oliveira, Marluce A. A .; Timm, Loeci N .; Мартинс, Андреза Ф .; Barth, Afonso L .; Маццетти, Алана; Херсеманн, Лена; Смитс, Тео Х. М .; Мира, Марсело Т. (13.08.2018). «Молекулярное исследование изолятов от множественной полимикробной вспышки, связанной с зараженным общим парентеральным питанием в Бразилии». BMC Инфекционные болезни. 18 (1): 397. Дои:10.1186 / s12879-018-3287-2. ISSN 1471-2334. ЧВК 6090600. PMID 30103698.

[:2-4] а ^б Реццонико, Фабио; Смитс, Тео Х.М.; Монтесинос, Эмилио; Frey, Jürg E .; Даффи, Брион (01.01.2009). «Генотипическое сравнение растения Pantoea agglomerans и клинических штаммов». BMC Microbiology. 9: 204. Дои:10.1186/1471-2180-9-204. ISSN 1471-2180. ЧВК 2764716. PMID 19772624.

[5] Бреннер, Дон Дж .; Фаннинг, Г. Ричард; Leete Knutson, Jean K .; Steigerwalt, Arnold G .; Кричевский, Михей И. (1984). «Попытки классифицировать штаммы Herbicola Group-Enterobacter agglomerans с помощью гибридизации дезоксирибонуклеиновой кислоты и фенотипических тестов». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 34 (1): 45–55. Дои:10.1099/00207713-34-1-45. ISSN 1466-5026.

[6] Чжан, Чжао; Ли, Дайси; Ши, Син; Чжай, Яо; Го, Ятао; Чжэн, Яли; Чжао, Лили; Он, Юкун; Чен, Юшэн; Ван, Чжаньвэй; Су, Цзяньжун (15.04.2020). «Геномная характеристика появляющихся видов Enterobacteriaceae: первый случай сочетанной инфекции типичным патогеном у пациента-человека». BMC Genomics. 21 (1): 297. Дои:10.1186 / s12864-020-6720-z. ISSN 1471-2164. ЧВК 7156906. PMID 32293254.

[:3-7] а ^б Мадхайян, Мунусами; Сараванан, Венкатакришнан Шиварадж; Блом, Йохен; Смитс, Тео Х. М .; Реццонико, Фабио; Ким, Су-Джин; Веон, Хан-Ён; Квон, Сун-Ву; Уитмен, Уильям Б.; Цзи, Лянхуи (01.02.2020). «Phytobacter palmae sp. Nov., Новый эндофит, фиксирующий N2, способствующий росту растений Gammaproteobacterium, выделенный из масличной пальмы (Elaeis guineensis Jacq.)». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 70 (2): 841–848. Дои:10.1099 / ijsem.0.003834. ISSN 1466-5026. PMID 31829916.

[8] Альнаджар, Сима; Гупта, Радхи С. (2017-10-01). «Филогеномика и сравнительные геномные исследования очерчивают шесть основных клад внутри семейства Enterobacteriaceae и поддерживают переклассификацию нескольких полифилетических членов семейства». Инфекция, генетика и эволюция. 54: 108–127. Дои:10.1016 / j.meegid.2017.06.024. ISSN 1567-1348. PMID 28658607.

[:4-9] а ^б Ма, Юаньюань; Яо, Ронг; Ли, Юаньюань; У, Сюцинь; Ли, Шуйин; Ань Цяньли (30.04.2020). "Предложение об объединении рода Metakosakonia и рода Phytobacter в один род Phytobacter и реклассификации Metakosakonia massiliensis как Phytobacter massiliensis comb. Nov". Современная микробиология. Дои:10.1007 / s00284-020-02004-4. ISSN 1432-0991. PMID 32350604. S2CID 216650629.

[10] Лагье, Жан-Кристоф; Эль Каркури, Халид; Мишра, Аджай Кумар; Роберт, Кэтрин; Рауль, Дидье; Фурнье, Пьер-Эдуар (22 февраля 2013 г.). «Несмежная законченная последовательность генома и описание Enterobacter massiliensis sp. Nov». Стандарты геномных наук. 7 (3): 399–412. Дои:10.4056 / sigs.3396830. ISSN 1944-3277. ЧВК 3764934. PMID 24019988.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]