RAB2B - RAB2B
Связанный с Ras белок Rab-2B это белок что у людей кодируется RAB2B ген.
RAB2B необходим для транспорта белка из эндоплазматический ретикулум к Гольджи сложный. Он принадлежит к малым GTPase суперсемейство, в частности RAB семейство белков.[5] Малые ГТФазы представляют собой тип ферментов гидролаз, которые могут присоединяться к ГТФ с образованием GDP. Этот процесс делает небольшие GTPases активными, когда они связаны с GTP, и неактивными, когда они связаны с GDP. Внутри этого небольшого суперсемейства GTPase мы можем найти подсемейство RAS. Это семейство делится на 5 групп: Ras, Rho, Ran, Rab и Arf GTPases. Основная функция RAB2B - регулирование транспорта везикул и слияния мембран.
Структура
RAB2B - это человеческий белок, ген которого расположен в четырнадцатой хромосоме. Его ядро состоит из основных элементов, таких как кислород, углерод, азот и фосфор. Его вторичная структура содержит восемь альфа-спиралей и шесть бета-цепей. Более того, к нему прикреплен ион магния и ВВП.[6]
Зрелый RAB2B содержит три посттрансляционные модификации, фосфосерин находится в месте 202 вместо нормального серина, а два липидирование можно найти в локациях 215-216. Он имеет мотивный домен между аминокислотами 35 и 43.
Из-за альтернативное сращивание существуют две изоформы этого же белка. Изоформа 1 является канонической последовательностью, то есть наиболее распространенной последовательностью, имеющей молекулярную массу 24 214 Да.[7] Изоформа 2 состоит всего из 151 аминокислоты и имеет массу 16 667 Да.
Функция
Маленький GTPases суперсемейства RAB признаны ключевыми участниками белкового аппарата, участвующего в везикулярном транспорте[8] и динамика органелл в эукариотических клетках. RAB2B следует в основном экзоцитарным путям, от эндоплазматического ретикулума до комплекса Гольджи. Белки RAB участвуют в стыковке и слиянии транспортных пузырьки с их целевыми мембранами. Эти белки связываются с эффекторными белками (GARIL4 и GARIL5) для создания комплексов.
Чтобы выполнять свою биологическую функцию, RAB2B должен переключиться с формы GDP на форму GTP, и это возможно благодаря катализации белков GEF, которые являются факторами обмена гуанина. С другой стороны, когда RAB2B неактивны в цитозоле, форма GDP сохраняется за счет взаимодействия с белками GDI, которые являются белками диссоциации GDP.[9]
Исследования также показали, что RAB2B влияет на IFN противовирусный ответ, который индуцируется цитозольной ДНК. Из-за этого дефицит RAB2B позволяет вирус осповакцины воспроизвести себя. После стимуляции ДНК RAB2B прикрепляется к аппарату Гольджи вместе с стимулятор генов интерферона (СТИНГ), нижестоящий медиатор сигнала cGAS. Для того, чтобы RAB2B прикрепился к аппарату Гольджи, необходима GTP-связывающая активность RAB2B, а также для рекрутирования GARIL5, поэтому может быть образован комплекс RAB2B-GARIL5. Также показано, что дефицит GARIL5 влияет на противовирусный ответ IFN, что указывает на то, что весь комплекс RAB2B-GARIL5 регулирует cGAS-STING сигнальной оси, тем самым способствуя ответам IFN против цитозольной ДНК (ДНК-вирусы ).[10]
Нокдаун изоформы RAB2B влияет на морфологию комплекса Гольджи у млекопитающих, вызывая его фрагментацию.[11] Несмотря на то, что эти белки семейства RAB очень гомологичны друг другу (RAB2A и RAB2B имеют 85,8% аминокислотную идентичность), нокдаун любого из них (от RAB1A до RAB8A) заставляет комплекс Гольджи рассеиваться по цитоплазме клетки. Из-за этого комплекс RAB2B-GARIL5 перестает нормально функционировать, влияя на IFN ответ[10] и усиление репликации многих вирусов, как было замечено ранее.
Распределение тканей
Характер экспрессии гена RAB2B человека обнаруживает транскрипт в почках, простате, легких, тимусе и толстой кишке, а также более низкий уровень экспрессии в плаценте, поджелудочной железе и скелетных мышцах. Более того, показано, что транскрипт чрезмерно выражен в аденокарцинома толстой кишки, а также рак поджелудочной железы.[12] Это наблюдение предполагает, что этот белок может иметь тесную связь с опухолями толстой кишки.[13]
использованная литература
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000129472 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000022159 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «RAB2B - Ras-родственный белок Rab-2B - Homo sapiens (человек) - ген и белок RAB2B». www.uniprot.org. Получено 2019-10-18.
- ^ «iCn3D: веб-средство просмотра трехмерных структур». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-10-26.
- ^ «RAB2B (человек)». www.phosphosite.org. Получено 2019-10-26.
- ^ Мартинес О., Гоуд Б. (август 1998 г.). «Rab протеины». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Исследование молекулярных клеток. 1404 (1–2): 101–12. Дои:10.1016 / S0167-4889 (98) 00050-0. PMID 9714762.
- ^ Мартинес, Оливье; Гоуд, Бруно (1998-08-14). «Rab протеины». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Исследование молекулярных клеток. 1404 (1): 101–112. Дои:10.1016 / S0167-4889 (98) 00050-0. ISSN 0167-4889. PMID 9714762.
- ^ а б Такахама М., Фукуда М., Обаяси Н., Козаки Т., Мисава Т., Окамото Т. и др. (Сентябрь 2017 г.). «Комплекс RAB2B-GARIL5 способствует врожденным иммунным ответам, индуцированным цитозольной ДНК». Отчеты по ячейкам. 20 (12): 2944–2954. Дои:10.1016 / j.celrep.2017.08.085. ЧВК 5614515. PMID 28930687.
- ^ Айзава М., Фукуда М. (сентябрь 2015 г.). «Малая ГТФаза Rab2B и ее специфический связывающий белок, связанный с Гольджи Rab2B Interactor-like 4 (GARI-L4), регулируют морфологию Гольджи». Журнал биологической химии. 290 (36): 22250–61. Дои:10.1074 / jbc.M115.669242. ЧВК 4571976. PMID 26209634.
- ^ Джин Дж, Ву И, Чжоу Д., Сун Цюй, Ван В. (сентябрь 2018 г.). «miR ‑ 448 нацелен на Rab2B и играет ключевую роль в подавлении рака поджелудочной железы». Отчеты онкологии. 40 (3): 1379–1389. Дои:10.3892 / или 2018.6562. ЧВК 6072403. PMID 30015954.
- ^ Ni X, Ma Y, Cheng H, Jiang M, Guo L, Ji C и др. (2002). «Молекулярное клонирование и характеристика нового гена Rab (Rab2B) человека». Журнал генетики человека. 47 (10): 548–51. Дои:10.1007 / с100380200083. PMID 12376746.