RaptorX - Википедия - RaptorX

RaptorX
Разработчики)
  • Сюй Дзинбо
  • Ли Мин
  • ПЕН Цзянь
  • Чжу Цзяньвэй
  • Ван Шэн
изначальный выпуск2012; 8 лет назад (2012)
Доступно ванглийский
ТипБиоинформатика инструмент для предсказание структуры белка
ЛицензияНекоммерческое, в индивидуальном порядке
Интернет сайтрапторкс.uchicago.edu

RaptorX это программное обеспечение и веб-сервер для предсказания структуры и функции белков, которые можно использовать бесплатно в некоммерческих целях. RaptorX - один из самых популярных методов предсказания структуры белков.[1][2][3][4][5] Как и другие методы удаленного распознавания гомологии / заправки белков, RaptorX может регулярно создавать надежные модели белков, когда широко используются PSI-BLAST не можешь. Однако RaptorX также значительно отличается от тех методов на основе профиля (например, HHPred и Phyre2 ) в том, что RaptorX преуспевает в моделировании белковых последовательностей без большого количества гомологов последовательностей, используя информацию о структуре. Сервер RaptorX был разработан, чтобы обеспечить удобный интерфейс для пользователей, неопытных в методах прогнозирования структуры белков.

Описание

Проект RaptorX был запущен в 2008 году и RaptorX Server[6] был выпущен в свет в 2011 году.

Стандартное использование

После вставки последовательности белка в форму представления RaptorX пользователь обычно ждет пару часов (в зависимости от длины последовательности) для завершения прогноза. Электронное письмо отправляется пользователю вместе со ссылкой на веб-страницу результатов. RaptorX Server в настоящее время генерирует следующие результаты: прогнозирование вторичной структуры с 3 и 8 состояниями, выравнивание последовательности с шаблоном, прогнозирование трехмерной структуры, прогнозирование доступности растворителя, прогнозирование нарушений и прогнозирование сайтов связывания. Прогнозируемые результаты отображаются для облегчения визуального осмотра. Файлы результатов также доступны для загрузки.

RaptorX Server также выдает некоторые оценки достоверности, указывающие на качество предсказанных 3D-моделей (при отсутствии соответствующих им собственных структур). Например, он производит P-значение для относительного глобального качества 3D-модели, GDT (Глобальный тест на расстояние) и uGDT (unnormalized-GDT) для абсолютного глобального качества 3D-модели и каждой позиции RMSD для абсолютного местного качества на каждом остатке 3D-модели.

Приложения и производительность

Приложения RaptorX включают прогнозирование структуры белков, прогнозирование функций, выравнивание структуры последовательности белков, эволюционную классификацию белков, руководство сайт-направленный мутагенез и решение кристаллических структур белка с помощью молекулярная замена. в CASP В 9 эксперименте по слепому предсказанию структуры белка RaptorX занял 2-е место из примерно 80 серверов автоматического предсказания структуры. RaptorX также сгенерировал лучшие настройки для 50 самых сложных. CASP 9 целей TBM (моделирование на основе шаблонов). в CASP 10 RaptorX - единственная группа серверов среди 10 ведущих групп людей / серверов для 15 самых сложных CASP 10 целей TBM.

История

RaptorX является преемником системы прогнозирования структуры белка RAPTOR. RAPTOR был разработан и разработан доктором Джинбо Сюй и доктором Мин Ли из Университета Ватерлоо. RaptorX был разработан и разработан исследовательской группой под руководством профессора Джинбо Сюй из Технологического института Toyota в Чикаго.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Пэн, Цзянь; Дзинбо Сюй (октябрь 2011 г.). «RaptorX: использование информации о структуре для выравнивания белков путем статистического вывода». Белки. 79 (Дополнение 10): 161–71. Дои:10.1002 / prot.23175. ЧВК  3226909. PMID  21987485.
  2. ^ Пэн, Цзянь; Дзинбо Сюй (июль 2010 г.). «Низкая гомология протеиновой нити». Биоинформатика. 26 (12): i294 – i300. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq192. ЧВК  2881377. PMID  20529920.
  3. ^ Пэн, Цзянь; Дзинбо Сюй (апрель 2011 г.). «подход с множеством шаблонов к потоковой передаче белков». Белки. 79 (6): 1930–1939. Дои:10.1002 / prot.23016. ЧВК  3092796. PMID  21465564.
  4. ^ Пэн, Цзянь; Дзинбо Сюй (январь 2009 г.). «Повышение точности заправки белков». Конспект лекций по информатике. 5541: 31–45. Дои:10.1007/978-3-642-02008-7_3. ISBN  978-3-642-02007-0. ЧВК  3325114. PMID  22506254.
  5. ^ Ма, Цзяньчжу; Шэн Ван; Дзинбо Сюй (июнь 2012 г.). «Модель условных нейронных полей для потоковой передачи белков». Биоинформатика. 28 (12): i59-66. Дои:10.1093 / биоинформатика / bts213. ЧВК  3371845. PMID  22689779.
  6. ^ Келлберг, Мортен; Хайпенг Ван; Шэн Ван; Цзянь Пэн; Чжиюн Ван; Хуэй Лу; Дзинбо Сюй (июль 2012 г.). «Моделирование структуры белка на основе шаблонов с использованием веб-сервера RaptorX». Протоколы природы. 7 (8): 1511–1522. Дои:10.1038 / nprot.2012.085. ЧВК  4730388. PMID  22814390.

внешняя ссылка