Элементы усилителя трансляции вируса некротической мозаики красного клевера - Red clover necrotic mosaic virus translation enhancer elements

Элемент усилителя трансляции 3'TE-DR1
RF01453.png
Предсказанная вторичная структура элемента усилителя трансляции 3'TE-DR1 RCNMV
Идентификаторы
СимволРНК1
РфамRF01453
Прочие данные
РНК типСнг
Домен (ы)Tombusviridae
PDB структурыPDBe
Элемент энхансера 5'UTR
RF01454.png
Предсказанная вторичная структура элемента энхансера 5'UTR RCNMV
Идентификаторы
СимволРНК1
РфамRF01454
Прочие данные
РНК типСнг
Домен (ы)Tombusviridae
PDB структурыPDBe

Красный клевер некротический вирус мозаики (RCNMV) содержит несколько структурных элементов, присутствующих в пределах 3 'и 5' непереведенные регионы (UTR) генома, которые увеличивают перевод. У эукариот транскрипция является предпосылкой для перевод. Во время транскрипции транскрипт пре-мРНК - это процессы, в которых Крышка 5 футов прикрепляется к мРНК, и этот 5'-кэп позволяет рибосома сборки на мРНК, поскольку она действует как сайт связывания для фактор инициации эукариот eIF4F. Как только eIF4F связывается с мРНК, этот белковый комплекс взаимодействует с поли (A) связывающим белком, который присутствует в 3'-UTR, и приводит к циркуляризации мРНК. Этот комплекс мультипротеин-мРНК затем рекрутирует субъединицы рибосомы и сканирует мРНК, пока не достигнет стартового кодона. Транскрипция вирусных геномов отличается от эукариот, поскольку вирусные геномы продуцируют транскрипты мРНК, в которых отсутствует 5’-кэп-сайт. Несмотря на отсутствие кэп-сайта вирусные гены содержат структурный элемент в 5 ’UTR, известный как внутренний сайт входа рибосомы (IRES). IRES представляет собой структурный элемент, который привлекает 40-ю субъединицу рибосомы к мРНК в непосредственной близости от стартового кодона.[1][2][3]

RCNMV содержит геном, который кодирует две положительные смысловые цепи РНК, известные как РНК1 и РНК2, и обе эти цепи РНК не имеют 5 ’кэпа и 3’ поли (A) хвоста.[4][5] РНК1 требуется в репликация поскольку он кодирует компоненты РНК-репликазы. Эта РНК содержит структурные элементы в пределах 3 ’и 5’ UTR, которые вызывают независимую от кэпа трансляцию. В отличие от РНК1, РНК2 кодирует белок движения (MP), а мРНК РНК2 не содержит структурных элементов в пределах UTR что может привести к независимому от шапки переводу. Трансляция мРНК РНК2 связана с репликацией РНК2.

РНК1 содержит несколько структурных элементов внутри своего непереведенные регионы (UTR), которые позволяют переводить независимо от ограничений. 3 'UTR содержит элемент усилителя трансляции, 3'TE-DR1, который вызывает независимую от заглавной буквы трансляцию (a Независимый от заглавной буквы элемент перевода ) и ожидается, что будет 5 стержень петля конструкции.[6] Было показано, что для влияния 3'TE-DR1 на трансляцию в 5'UTR РНК1 должны присутствовать как конкретные последовательности, так и структуры. Было показано, что 5'UTR содержит четыре структуры петли стебля, все эти вторичные структуры вносят вклад в эффективное влияние на трансляцию. Стволовая петля 1, как было показано, является наиболее важной вторичной структурой в 5'UTR, поскольку мутация или удаление этой структуры петли стебля значительно снижает эффективность трансляции, и этот эффект можно преодолеть с помощью компенсаторных мутаций.

Было показано, что вторичные структуры в 5'UTR также играют роль в стабильности РНК. Удаление вторичной структуры коррелировало со снижением стабильности РНК. Одно из возможных объяснений этого состоит в том, что вторичная структура может защищать РНК от 5′ – 3 ′ экзонуклеаза Мероприятия. В РНК1 для осуществления трансляции требуются оба структурных элемента в пределах 3 'и 5' UTR, поскольку 3'UTR содержит элемент энхансера трансляции, а 5'UTR содержит структуры, которые способствуют привлечению факторов трансляции, но также действуют для повышения стабильности РНК.

3'UTR РНК2 содержит Y-образный Cap-независимый элемент трансляции. Эта структура и несколько последующих стебель-петли необходимы для синтеза РНК с отрицательной цепью.[7]

Рекомендации

  1. ^ Свиткин Ю.В., Иматака Х., Халегпур К., Каведжян А, Либих Х.Д., Соненберг Н. (декабрь 2001 г.). «Взаимодействие поли (A) -связывающего белка с elF4G стимулирует IRES-зависимую трансляцию пикорнавируса». РНК. 7 (12): 1743–1752. ЧВК  1370214. PMID  11780631.
  2. ^ Pfingsten JS, Kieft JS (июль 2008 г.). «Рекрутирование рибосом на основе структуры РНК: уроки IRESes межгенной области Dicistroviridae». РНК. 14 (7): 1255–1263. Дои:10.1261 / rna.987808. ЧВК  2441983. PMID  18515544.
  3. ^ Галли Д.Р. (декабрь 2001 г.). «Cap-независимая трансляция, обеспечиваемая 5'-лидером вируса травления табака, зависит от фактора инициации эукариот 4G». Дж. Вирол. 75 (24): 12141–12152. Дои:10.1128 / JVI.75.24.12141-12152.2001. ЧВК  116110. PMID  11711605.
  4. ^ Ломмель С.А., Вестон-Фина М., Сюн З., Ломоносов Г.П. (сентябрь 1988 г.). «Нуклеотидная последовательность и генная организация РНК-2 вируса некротической мозаики красного клевера». Нуклеиновые кислоты Res. 16 (17): 8587–8602. Дои:10.1093 / nar / 16.17.8587. ЧВК  338578. PMID  3047682.
  5. ^ Мизумото Х., Тацута М, Кайдо М, Мисе К., Окуно Т (ноябрь 2003 г.). «Cap-независимое усиление трансляции с помощью 3'-нетранслируемой области РНК1 вируса некротической мозаики красного клевера». Дж. Вирол. 77 (22): 12113–12121. Дои:10.1128 / JVI.77.22.12113-12121.2003. ЧВК  254280. PMID  14581548.
  6. ^ Сараваниярук С., Ивакава Х.О., Мизумото Х. и др. (Июль 2009 г.). «Хозяин-зависимая роль вирусной 5'-нетранслируемой области (UTR) в стабилизации РНК и кэп-независимом усилении трансляции, опосредованная 3'-UTR РНК1 вируса некротической мозаики красного клевера». Вирусология. 391 (1): 107–118. Дои:10.1016 / j.virol.2009.05.037. PMID  19577782.
  7. ^ Ан, М; Ивакава, HO; Шахта, А; Кайдо, М; Mise, K; Окуно, Т. (15 сентября, 2010). «Y-образная структура РНК в 3'-нетранслируемой области вместе с трансактиватором и коровым промотором РНК2 вируса некротической мозаики красного клевера необходима для синтеза его РНК с отрицательной цепью». Вирусология. 405 (1): 100–109. Дои:10.1016 / j.virol.2010.05.022. HDL:2433/128764. PMID  20561661.

внешняя ссылка