Tombusviridae - Tombusviridae
Tombusviridae | |
---|---|
Классификация вирусов | |
(без рейтинга): | Вирус |
Царство: | Рибовирия |
Королевство: | Орторнавиры |
Тип: | Kitrinoviricota |
Класс: | Tolucaviricetes |
Порядок: | Толивиралес |
Семья: | Tombusviridae |
Tombusviridae это семья одноцепочечных положительный смысл РНК завод вирусы. В настоящее время в этом семействе 76 видов, разделенных на три подсемейства.[1][2] Название происходит от типового вида рода. Томбусвирус, вирус кустистого трюка томата (TBSV).[3]
Геном
Все Tombusviridae имеют несегментированный (однораздельный) линейный геном, за исключением диантовирусов, геном которых двудольный.[4] Длина генома составляет примерно 4,6–4,8 КБ, отсутствует Крышка 5 футов и поли (A) хвост, и он кодирует 4–6 ORF. Полимераза кодирует янтарный стоп-кодон который является сайтом события чтения в ORF1, производящего два продукта, необходимых для репликации. Здесь нет геликаза закодирован вирусом.[5]
Структура
РНК инкапсулирована в икосаэдр (Т = 3) капсид, состоящий из 180 единиц одного белка оболочки размером 27–42К; то вирион имеет диаметр 28–35 нм и не имеет оболочки.[1][6]
Жизненный цикл
Репликация вируса является цитоплазматической и лизогенной. Попадание в хозяйскую клетку достигается за счет проникновения в хозяйскую клетку. Репликация следует модели репликации вируса с положительной цепью РНК. Транскрипция вируса с положительной цепью РНК с использованием модели преждевременного завершения транскрипции субгеномной РНК является методом транскрипции. Трансляция происходит за счет «утечки» сканирования, сдвига рамки рибосомы -1, вирусной инициации и подавления терминации. Вирус покидает клетку-хозяина за счет движения вируса по канальцам. Растения служат естественным хозяином. Пути передачи - механический, семенной и контактный.[1][7]
Вирусы этого семейства в основном передаются через почву, некоторые передаются видами грибов отряда Chytridiales, другие по неизвестному вектору. Вирионы могут распространяться через воду, рост корней в инфицированную почву, контакт между растениями, пыльцой или семенами, в зависимости от вида вируса. Эти вирусы могут успешно передаваться через прививка или механическая инокуляция, и только вирион и генетический материал неэффективны.[6]
Репликация
Члены Tombusviridae копировать в цитоплазме с помощью шаблонов отрицательных цепей. Процесс репликации оставляет избыток положительного смысл (+) Цепи РНК, и считается, что вирусная РНК не только действует как матрица для репликации, но также способна манипулировать и регулировать Синтез РНК.[5]
Было показано, что на уровень синтеза РНК влияет цис-действующий свойства некоторых элементов РНК (например, РНК1 и 2[8][9]), которые включают коровые промоторные последовательности, которые регулируют сайт инициации синтеза комплементарной цепи РНК. Считается, что этот механизм распознается РНК-зависимым РНК-полимераза, закодированные в геноме.[5][7][10]
Было обнаружено, что Tombusviridae кооптируют GAPDH, метаболический фермент хозяина, для использования в центре репликации. GAPDH может связываться с (-) цепью РНК и удерживать ее в комплексе репликазы, позволяя (+) цепям РНК, синтезируемым из нее, экспортироваться и накапливаться в клетке-хозяине. Подавление GAPDH уменьшало накопление вирусной РНК и устраняло избыток (+) копий РНК.[11]
Заметки
Исследования показали, что заражение растений tombusviruses содержит дефектные интерферирующие РНК, которые происходят непосредственно из генома РНК вируса, а не генома хозяина. Вирусные DI-РНК с их небольшими размерами и цис-действующими элементами являются хорошими матрицами как in vivo и in vitro на котором изучать репликацию РНК.[12][13][14]
Субгеномная РНК используется в синтезе некоторых белков; они возникают в результате преждевременного прекращения синтеза (-) цепи. sgRNAs и отрицательно-смысловые матрицы sgRNA обнаруживаются в инфицированных клетках.[6]
Таксономия
Подсемейство: Calvusvirinae; роды:
Подсемейство: Процедуры; роды:
- Альфакармовирус
- Альфанекровирус
- Aureusvirus
- Авенавирус
- Бетакармовирус
- Бетанекровирус
- Галлантивирус
- Гаммакармовирус
- Маканавирус
- Махломовирус
- Паниковирус
- Пеларсповирус
- Томбусвирус
- Зеавирус
плюс виды в подсемействе, не отнесенные к роду:
Подсемейство: Regressovirinae; роды:
использованная литература
- ^ а б c «Вирусная зона». ExPASy. Получено 15 июн 2015.
- ^ ICTV. «Таксономия вирусов: выпуск 2014 г.». Получено 15 июн 2015.
- ^ Хабили Н. и Саймонс Р. Х. (1989). Эволюционная взаимосвязь между лютеовирусами и другими РНК-вирусами растений на основе мотивов последовательностей в их предполагаемых РНК-полимеразах и геликазах нуклеиновых кислот. Исследования нуклеиновых кислот 17:23, 9543–55
- ^ Энциклопедия наук о жизни Wiley InterScience: Tombusviridae
- ^ а б c ICTV: Семья - Tombusviridae, в: Таксономия вирусов. Девятый доклад Международного комитета по таксономии вирусов, 2012 г., стр. 1111-1138, 23 ноября 2011 г., DOI: 10.1016 / B978-0-12-384684-6.00096-3
- ^ а б c ICTVdB - Универсальная база данных вирусов, версия 3 00.074. Tombusviridae
- ^ а б Бет Л. Николсон, Пуй Кей К. Ли, К. А. Уайт: Элементы репликации внутренней РНК преобладают в Tombusviridae, спереди. Microbiol., 06 августа 2012 г., DOI: 10.3389 / fmicb.2012.00279
- ^ Ломмель С.А., Вестон-Фина М., Сюн З., Ломоносов Г.П. (сентябрь 1988 г.). «Нуклеотидная последовательность и генная организация РНК-2 вируса некротической мозаики красного клевера». Нуклеиновые кислоты Res. 16 (17): 8587–602. Дои:10.1093 / nar / 16.17.8587. ЧВК 338578. PMID 3047682.
- ^ Мизумото Х., Тацута М, Кайдо М, Мисе К., Окуно Т (ноябрь 2003 г.). «Cap-независимое усиление трансляции с помощью 3 'нетранслируемой области РНК1 вируса некротической мозаики красного клевера». Дж. Вирол. 77 (22): 12113–21. Дои:10.1128 / JVI.77.22.12113-12121.2003. ЧВК 254280. PMID 14581548.
- ^ К. Эндрю Уайт, Питер Д. Надь: Достижения в молекулярной биологии вирусов томбус: экспрессия генов, репликация генома и рекомбинация, в: Progress in Nucleic Acid Research and Molecular Biology, Vol. 78, 2004, стр. 187-226, DOI: 10.1016 / S0079-6603 (04) 78005-8
- ^ Wang, R. и Nagy, P. (2008) Вирус томатного кустарникового роста кооперирует РНК-связывающую функцию метаболического фермента хозяина для синтеза вирусной геномной РНК. Клеточный хозяин и микроб 3:3 178–187
- ^ NCBI: Дефектная интерферирующая РНК-4 вируса кустистой карликовой окраски томатов (ТБСВ-П ДИ-4) и Дефектная интерферирующая РНК-5 вируса кустистой карликовой окраски томатов (ТБСВ-П ДИ-5)
- ^ Ямамура, Йошими; Шольтхоф, Герман Б. (1 сентября 2005 г.). "Tomato bushy stunt virus: устойчивая модельная система для изучения взаимодействия вируса и растения". Молекулярная патология растений. 6 (5): 491–502. Дои:10.1111 / j.1364-3703.2005.00301.x. PMID 20565674.
- ^ Scholthof, Karen-Beth G .; Scholthof, Herman B .; Джексон, Эндрю О. (1 августа 1995 г.). «Влияние дефектных интерферирующих РНК на накопление белков вируса Tomato Bushy Stunt и последствия для ослабления болезни». Вирусология. 211 (1): 324–328. Дои:10.1006 / viro.1995.1410. PMID 7645230.