Шринивас Алуру - Srinivas Aluru
Шринивас Алуру | |
---|---|
Гражданство | Американец |
Альма-матер | Государственный университет Айовы |
Награды | Премия Джона В. Атанасова за открытие (2017) Сотрудник IEEE (2010) Сотрудник AAAS (2010) Стипендия Swarnajayanti (2007-2012) Золотое ядро IEEE Computer Society Заслуженная служба компьютерного общества IEEE Карьера NSF (1997) |
Научная карьера | |
Поля | Высокопроизводительные вычисления, наука о данных, биоинформатика, научные вычисления, строковые алгоритмы |
Учреждения | Государственный университет Айовы Технологический институт Джорджии |
Тезис | Независимые от распределения иерархические методы N тел |
Докторант | Джон Густафсон, Г. Прабху |
Шринивас Алуру является профессором в Школа вычислительных наук и инженерии в Технологический институт Джорджии и соисполнительный директор Технологического междисциплинарного исследовательского института Джорджии в области инженерии данных и науки.[1][2] Его основные области исследований - высокопроизводительные вычисления, наука о данных, биоинформатика и системная биология, комбинаторные методы в научных вычислениях и строковые алгоритмы. Алуру является членом Американская ассоциация развития науки (AAAS) и Институт инженеров по электротехнике и электронике (IEEE). Он наиболее известен своими исследованиями в параллельные алгоритмы и приложений, междисциплинарные исследования в биоинформатика и вычислительная биология, и особенно пересечение этих двух полей.[3][4]
Образование
Алуру получил степень бакалавра наук. в информатике в Индийский технологический институт Мадрас в 1989 году. Затем он получил M.S. и к.т.н. степени по информатике в 1991 и 1994 гг. Государственный университет Айовы. Его докторская диссертация была "Независимые от распределения иерархические методы N тел".[1]
Карьера и исследования
Алуру начал свою карьеру в 1991 году научным сотрудником в Лаборатория Эймса. После получения докторской степени он некоторое время работал в Сиракузский университет в качестве приглашенного доцента, прежде чем присоединиться к должности доцента кафедры компьютерных наук в Государственный университет Нью-Мексико. В 1999 году он вернулся в свою альма-матер, чтобы работать преподавателем кафедры электротехники и вычислительной техники. В штате Айова он занимал кафедру Стэнли по междисциплинарной инженерии (2006–2009 гг.) И профессуру Меля (2009–2013 гг.). Он возглавлял межведомственную программу по биоинформатике (2005–2007 гг.) И занимал должность заместителя председателя по исследованиям и последипломному образованию в отделе ECE (2003–2006 гг.). Он выиграл несколько университетских наград за исследования, в том числе награды за начало и середину карьеры, а также за выдающиеся научные достижения, а также руководил исследованиями в области высокопроизводительных вычислений и биоинформатики. В 2013 году перешел в Школу Вычислительные науки и инженерия в Технологическом институте Джорджии.[1]
Исследования Алуру были сосредоточены на вкладе в параллельные алгоритмы и биоинформатика, в частности геномика. Он был пионером в разработке параллельных методов в вычислительной биологии, а также в разработке алгоритмов и программного обеспечения для высокопроизводительного анализа секвенирования ДНК и его приложений. В этом контексте некоторые из работ его группы привели к разработке фундаментальных строковых алгоритмов, особенно для построения массивов суффиксов и алгоритмов для приблизительного сопоставления последовательностей. Он также решил открытую проблему вычисления расстояния редактирования строки или выравнивания биологической последовательности в оптимальное время и пространство. Он сотрудничал с учеными в нескольких важных проектах, включая секвенирование генома кукурузы, поиск новых генов в кукурузе и раскрытие генетических механизмов, лежащих в основе роста и реакции растений на засуху.[5]
Будучи пионером в области больших данных, Алуру возглавил один из восьми первых средних проектов NSF-NIH в области больших данных, получивших награду в первом раунде федеральных инвестиций в большие данные в 2012 году. Он участвовал в семинарах в Белом доме NITRD и OSTP, а также в NSF. а Министерство энергетики возглавило усилия по созданию и развитию исследований в области больших данных. Он возглавлял усилия по созданию регионального инновационного центра больших данных NSF South,[6] которая способствует развитию партнерства в области больших данных между организациями в 16 южных штатах США и Вашингтон, округ Колумбия..
Награды
- Сотрудник Американской ассоциации развития науки[7]
- Научный сотрудник Института инженеров по электротехнике и электронике (IEEE) и IEEE Computer Society[1]
Избранные публикации
- Schnable, Patrick S .; Уэр, Дорин; Фултон, Роберт С .; Stein, Joshua C .; Вэй, Фушэн; Пастернак, Ширан; Лян, Чэнчжи; Чжан, Цзяньвэй; Фултон, Люсинда (20 ноября 2009 г.). «Геном кукурузы B73: сложность, разнообразие и динамика». Наука. 326 (5956): 1112–1115. Bibcode:2009Научный ... 326.1112S. Дои:10.1126 / science.1178534. ISSN 0036-8075. PMID 19965430. S2CID 21433160.
- Ко, Панг; Алуру, Шринивас (25 июня 2003 г.). Пространственно эффективное линейное построение суффиксных массивов во времени. Комбинаторное сопоставление с образцом. Конспект лекций по информатике. Шпрингер, Берлин, Гейдельберг. С. 200–210. Дои:10.1007/3-540-44888-8_15. ISBN 978-3540448884.
- Хуан, Сяоцю; Ван, Цзяньминь; Алуру, Шринивас; Ян, Шиау-Пынг; Хиллиер, ЛаДеана (01.09.2003). «PCAP: программа сборки всего генома». Геномные исследования. 13 (9): 2164–2170. Дои:10.1101 / гр.1390403. ISSN 1088-9051. ЧВК 403719. PMID 12952883.
- Ким, Дон Гюе; Сим, Чон Соп; Пак, Хиджин; Пак, Кунсу (25 июня 2003 г.). Построение суффиксных массивов в линейное время. Комбинаторное сопоставление с образцом. Конспект лекций по информатике. Шпрингер, Берлин, Гейдельберг. С. 186–199. CiteSeerX 10.1.1.458.3655. Дои:10.1007/3-540-44888-8_14. ISBN 978-3540448884.
- Юй Сяофэй; Ли, Лей; Золя, Ярослав; Алуру, Маниша; Е, Хуасунь; Фоудри, Эндрю; Го, Хунцин; Андерсон, Сара; Алуру, Шринивас (01.02.2011). «Транскрипционная сеть брассиностероидов, выявленная путем полногеномной идентификации генов-мишеней BESI у Arabidopsis thaliana». Журнал растений. 65 (4): 634–646. Дои:10.1111 / j.1365-313X.2010.04449.x. ISSN 1365-313X. PMID 21214652.
- Алуру, Шринивас (21 декабря 2005 г.). Справочник по вычислительной молекулярной биологии. CRC Press. ISBN 9781420036275.
- Ян, X .; Chockalingam, S.P .; Алуру, С. (01.01.2013). «Обзор методов исправления ошибок для секвенирования следующего поколения». Брифинги по биоинформатике. 14 (1): 56–66. Дои:10.1093 / bib / bbs015. ISSN 1467-5463. PMID 22492192.
- Алуру, Шринивас (2005). «Компактное построение суффиксных массивов с линейным временем». Журнал дискретных алгоритмов. 3 (2–4): 143–156. Дои:10.1016 / j.jda.2004.08.002.
- Ян, X .; Дорман, К. С .; Алуру, С. (15.10.2010). «Рептилии: репрезентативная плитка для исправления ошибок короткого чтения». Биоинформатика. 26 (20): 2526–2533. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq468. ISSN 1367-4803. PMID 20834037.
- Отт, Майкл; Золя, Ярослав; Стаматакис, Александрос; Алуру, Шринивас (2007). "Крупномасштабный филогенетический анализ на основе максимального правдоподобия на IBM Blue Ген/ L ". Материалы конференции 2007 ACM / IEEE по суперкомпьютерам - SC '07. п. 1. Дои:10.1145/1362622.1362628. ISBN 9781595937643. S2CID 16113442.
- Калянараман, А. (01.06.2003). «Эффективная кластеризация больших наборов данных EST на параллельных компьютерах». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (11): 2963–2974. Дои:10.1093 / nar / gkg379. ISSN 0305-1048. ЧВК 156714. PMID 12771222.
- Райко, С .; Алуру, С. (декабрь 2004 г.). «Оптимальное по пространству и времени выравнивание параллельных последовательностей». Транзакции IEEE в параллельных и распределенных системах. 15 (12): 1070–1081. Дои:10.1109 / TPDS.2004.86. ISSN 1045-9219. S2CID 1183248.
Рекомендации
Scholia имеет автор профиль для Шринивас Алуру. |
- ^ а б c d «Дом Шриниваса Алуру». www.cc.gatech.edu. Получено 2017-12-03.
- ^ «Технологический институт Джорджии решает проблемы больших данных, объединившись в рамках нового института». www.news.gatech.edu. Получено 2017-12-03.
- ^ «NSF объявляет о межведомственном прогрессе в реализации инициативы администрации по большим данным | NSF - Национальный научный фонд». www.nsf.gov. Получено 2017-12-03.
- ^ «Новости - Видео - Шринивас Алуру из Университета штата Айова работает на стыке наук о жизни и больших данных. | NSF - Национальный научный фонд». www.nsf.gov. Получено 2017-12-03.
- ^ «Исследователи подробно описывают генетические механизмы, которые регулируют рост и реакцию растений на засуху». Получено 2017-12-03.
- ^ «Технологический институт Джорджии и RENCI UNC возглавят основные усилия по применению решений больших данных для решения региональных задач | Колледж вычислительной техники». www.cc.gatech.edu. Получено 2017-12-03.
- ^ «Алуру, Шринивас». AAAS - крупнейшее в мире общее научное общество. 2016-08-29. Получено 2017-12-03.