TMCO6 - TMCO6

TMCO6
Идентификаторы
ПсевдонимыTMCO6, PRO1580, трансмембранные и спиральные домены 6
Внешние идентификаторыMGI: 1919233 ГомолоГен: 12431 Генные карты: TMCO6
Расположение гена (человек)
Хромосома 5 (человек)
Chr.Хромосома 5 (человек)[1]
Хромосома 5 (человек)
Геномное расположение TMCO6
Геномное расположение TMCO6
Группа5q31.3Начинать140,639,427 бп[1]
Конец140,645,408 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

55374

71983

Ансамбль

ENSG00000113119

ENSMUSG00000006850

UniProt

Q96DC7

Q8BQX5

RefSeq (мРНК)

NM_001300980
NM_001300982
NM_018502

NM_028036

RefSeq (белок)

NP_001287909
NP_001287911
NP_060972

NP_082312

Расположение (UCSC)Chr 5: 140.64 - 140.65 МбChr 18: 36,74 - 36,74 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Трансмембранный и спиральный домен 6TMCO6 - это белок, который у человека кодируется TMCO6 ген с псевдонимы из PRO1580, HQ1580 или FLJ39769.1.[5]

Ген

TMCO6 человека находится на хромосома 5 (позиция 5q31.3).[6] Весь ген охватывает 5568 пар оснований на положительной цепи хромосомы 5 (140019113-140024689bp), но поочередно сплайсирован на разные варианты. Есть три известных варианты для TMCO6. Вариант 1 является самым длинным, а варианты 2 и 3 сплайсированы в более короткие цепи мРНК.[7] Также есть прогнозируемые варианты X1-X7.

Выражение

TMCO6 экспрессируется в ткани печени и обнаруживается у человека на стадии эмбрионального развития.[7][8]

Гомология

Ортологи белка TMCO6 были обнаружены среди секвенированных организмов, за исключением беспозвоночных, грибов, растений и бактерий.[5] Tmco6 (трансмембранный и спиральный домены 6) - База данных генома крысы.[9] Это включает близких приматов к некоторым отдаленным рыбам. Графики показывают скорость эволюции TMCO6 по отношению к разным видам и по сравнению с другими белками. Сделан вывод, что TMCO6 - довольно быстро эволюционирующий белок, похожий на фибриноген.

История эволюции TMCO6 показана по отношению к различным организмам.
Скорость эволюции TMCO6 (синий) сравнивается с относительно быстро развивающимся белком фибриногена (зеленый) и цитохромом c (красный), который развивается относительно медленно.

Транскрипция

Известно четыре изоформы связанный с этим геном / белком (1, 2, 3 и X2).[7] Самый длинный вариант TMCO6 - это вариант 1, кодируемый последовательностью мРНК длиной 1925 пар оснований из 12 экзонов. Вариант 2 является вторым по длине (1907 пар оснований) и также состоит из 12 экзонов. Этот вариант транскрипта имеет альтернативный сайт сплайсинга в центральной кодирующей области, который не изменяет рамку считывания. Вариант 3 имеет общую длину 1614 пар оснований и отличается от варианта 1 тем, что в нем отсутствуют два последовательных экзона. Он имеет альтернативный сайт сплайсинга в 5’-области, который вызывает инициирование трансляции в нисходящем направлении в AUG в кадре. Вариант X2 предсказывается с помощью компьютерного анализа и имеет длину 1892 пары оснований.[7]

Протеин

Белок TMCO6 находится в мембране и считается многопроходным мембранным белком.[5] Имеются данные о его присутствии в ядре, цитозоле, ЭР, митохондриях и плазматической мембране.[5] Прогнозируемая молекулярная масса изоформы 1 у человека, но консервативная, составляет 55 кДа.[6] Вариант 1 транслируется в изоформу последовательности из 499 аминокислот.[6][7] Изоформа 2, кодируемая вариантом транскрипта 2, имеет длину 493 аминокислоты и прогнозируемую молекулярную массу 54 кДа. Вариант транскрипта 3 кодирует изоформу 3, которая является самым коротким белком из-за сплайсинга на N-конце. Изоформа 3 имеет длину 253 аминокислоты с молекулярной массой 28 кДа.

Домены и мотивы

Доказательства двух зарезервированных доменов суперсемейства ARM показаны в белке TMCO6.[6] Домен ARM, Armadillo / beta-catenin-like-repeat, представляет собой тандемный повтор длиной около 40 аминокислот, который образует суперспираль спиралей. Другой особенностью является то, что TMCO6 имеет область, богатую аргинином, которая находится внутри области спиральной спирали.[10] Это указывает на то, что богатая аргоном область может быть важной структурной особенностью области спиральной катушки. Есть 17 областей для связывания с белками, 2 трансмембранных домена и добавление поли-А-хвоста к мРНК.[10] SRP1 также находится из 23–399 аминокислот. Домен SRP1 представляет собой кариоферин (импортин) альфа.[10] Это участвует в обмене молекулами ядра и цитоплазмы. Обмен включает активный транспорт белком-носителем, называемым кариоферинами.[10] Мотив дилейцина также широко представлен в TMCO6. Этот мотив, как известно, является мотивом, направленным на лизосомы.[11] А последовательность ядерной локализации 5 положительных аминокислот находится около 5'-конца, что указывает на его транспорт в ядро.

Структура

Предполагается, что 5'- и 3'-конец TMCO6 расположен на цитоплазматической стороне мембраны. Есть небольшая часть, расположенная на нецитоплазматической стороне.

Один белок
TMCO6 белок
Гомодимер
Возможное образование гомодимера со скручиванием N-концов
Вторичная структура TMCO6. Рисунок белка TMCO6 с двумя трансмембранными доменами, одним бета-листом и одной альфа-спиралью. Также есть сайт гликозилирования и остаток цистина. Оба N- и C-конца находятся в области цитозоля.

Функция

Функция консервированного ARM домен и SRP1 домены известны.[6] Домены ARM играют роль в опосредовании взаимодействия бета-катенина с его лигандом. Они отвечают за передачу сигнала Wnt, внутриклеточную передачу сигналов и регуляцию цитоскелета. Домен SRP1 кодирует альфа-кариоферин (импортин) и известен своей внутриклеточной транспортировкой и секрецией на мембране. Считается, что TMCO6 участвует в транспорте молекул через ядерную мембрану.

Взаимодействия

Двухгибридные экспериментальные данные предполагают UBQLN1, или убиквилин 1, имеет высокий потенциал взаимодействия с TMCO6.[5][12]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000113119 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000006850 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б c d е «Трансмембранная и спиральная область 6». Генные Карты.
  6. ^ а б c d е "трансмембранный и спиральный домен, содержащий белок 6, изоформа 1 H - белок". Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
  7. ^ а б c d е «Трансмембранные и спиральные домены 6 (TMCO6) человека (Homo sapiens), транскрипт - нуклеотид». Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
  8. ^ "GDS596 / 221096_s_at / TMCO6". NCBI нуклеотид.
  9. ^ «Tmco6 (трансмембранные и спиральные домены 6) - База данных генома крысы».
  10. ^ а б c d «RecName: Full = белок, содержащий трансмембранный и спиральный домен». Белок - NCBI.
  11. ^ Бенке Дж., Эскелинен Э.Л., Сафтиг П., Шредер Б. (март 2011 г.). «Два дилейциновых мотива опосредуют позднее эндосомное / лизосомное нацеливание трансмембранного белка 192 (TMEM192), а C-концевой остаток цистеина отвечает за образование дисульфидной связи в гомодимерах TMEM192». Биохимический журнал. 434 (2): 219–31. Дои:10.1042 / BJ20101396. PMID  21143193. S2CID  29830676.
  12. ^ Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N, Yi S, Lemmens I, Fontanillo C, Mosca R, Kamburov A, Ghiassian SD, Yang X, Ghamsari L, Balcha D, Begg BE, Braun P , Бреме М., Броли М.П., ​​Карвунис А.Р., Конвери-Зупан Д., Короминас Р., Куломб-Хантингтон Дж., Данн Э., Дрезе М., Дрикот А, Фан С, Франзоза Е., Гебреаб Ф., Гутьеррес Б.Дж., Харди М.Ф., Джин М., Канг С., Кирос Р., Лин Г. Н., Удача К., МакУильямс А., Менче Дж., Мюррей Р. Р., Паладжи А., Пулин М. М., Рэмбоут X, Расла Дж., Райхерт П., Ромеро В., Рюссинк Е., Сахали Дж. М., Шольц А., Шах А. А. , Sharma A, Shen Y, Spirohn K, Tam S, Tejeda AO, Trigg SA, Twizere JC, Vega K, Walsh J, Cusick ME, Xia Y, Barabási AL, Iakoucheva LM, Aloy P, De Las Rivas J, Tavernier J , Calderwood MA, Hill DE, Hao T, Roth FP, Vidal M (ноябрь 2014 г.). «Карта человеческого взаимодействия в масштабе протеома». Клетка. 159 (5): 1212–26. Дои:10.1016 / j.cell.2014.10.050. ЧВК  4266588. PMID  25416956.

дальнейшее чтение

Матарин М., Браун В.М., Дена Х., Бриттон А., Де Вриз Ф.В., Бротт Т.Г., Браун Р.Д., Уорролл Б.Б., Кейс Л.Д., Чанок С.Дж., Меттер Э.Д., Ферруси Л., Гэмбл Д., Харди Д.А., Рич С.С., Синглтон А., Меския JF (ноябрь 2009 г.). «Полиморфизм генов-кандидатов на ишемический инсульт». Инсульт: журнал церебрального кровообращения. 40 (11): 3436–42. Дои:10.1161 / STROKEAHA.109.558015. ЧВК  2784015. PMID  19729601.Раджараман П., Бреннер А.В., Нета Дж., Пфайфер Р., Ван СС, Йегер М., Томас Дж., Файн Х.А., Лайнет М.С., Ротман Н., Чанок С.Дж., Инскип П.Д. (май 2010 г.). «Риск менингиомы и общие вариации генов, связанных с врожденным иммунитетом». Эпидемиология, биомаркеры и профилактика рака. 19 (5): 1356–61. Дои:10.1158 / 1055-9965.EPI-09-1151. ЧВК  3169167. PMID  20406964.Раджараман П., Бреннер А.В., Батлер М.А., Ван С.С., Пфайфер Р.М., Рудер А.М., Линет М.С., Йегер М., Ван З., Орр Н., Файн Х.А., Квон Д., Томас Дж., Ротман Н., Инскип П.Д., Чанок С.Дж. (май 2009 г. ). «Общие вариации генов, связанных с врожденным иммунитетом и риском развития глиомы у взрослых». Эпидемиология, биомаркеры и профилактика рака. 18 (5): 1651–8. Дои:10.1158 / 1055-9965.EPI-08-1041. ЧВК  2771723. PMID  19423540.