TMEM106B - TMEM106B

TMEM106B
Идентификаторы
ПсевдонимыTMEM106B, трансмембранный белок 106B, HLD16
Внешние идентификаторыOMIM: 613413 MGI: 1919150 ГомолоГен: 56806 Генные карты: TMEM106B
Расположение гена (человек)
Хромосома 7 (человек)
Chr.Хромосома 7 (человек)[1]
Хромосома 7 (человек)
Геномное расположение TMEM106B
Геномное расположение TMEM106B
Группа7p21.3Начинать12,211,270 бп[1]
Конец12,243,367 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE TMEM106B 218930 s в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

54664

71900

Ансамбль

ENSG00000106460

ENSMUSG00000029571

UniProt

Q9NUM4

Q80X71

RefSeq (мРНК)

NM_001134232
NM_018374

NM_027992

RefSeq (белок)

NP_001127704
NP_060844
NP_001127704.1
NP_060844.2

NP_082268

Расположение (UCSC)Chr 7: 12.21 - 12.24 МбChr 6: 13.07 - 13.09 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Трансмембранный белок 106B это белок что у людей кодируется TMEM106B ген.[5]

Клинические последствия

Лобно-височная деменция - третье по распространенности нейродегенеративное заболевание после БА и болезни Паркинсона. Исследование, проведенное в 515 случаях FTLD-TDP, включая 89 человек, несущих патогенные мутации в гене гранулина (GRN), известной причины семейной FTLD-TDP, выявило rs1990622, расположенный на 6,9 килобаз ниже гена TMEM106B (хромосома 7p21), как общегеномный сигнал.[6] Интересно, что этот сигнал был сильнее среди носителей мутации GRN, чем в других образцах FTLD-TDP.

Основываясь на этих выводах, Cruchaga et al.[7] проанализировано, изменяют ли варианты TMEM106B уровни GRN. Обнаружено, что аллель риска rs1990622 был связан со средним снижением возраста дебюта на 13 лет (P = 9,9 × 10−7) и с более низкими уровнями GRN в плазме у здоровых пожилых людей (P = 4 × 10−4) и носители мутации GRN (P = 0,0027). Анализ базы данных HapMap выявил несинонимичный однонуклеотидный полиморфизм rs3173615 (p.T185S) в идеальном неравновесном сцеплении с rs1990622, который представляет собой функциональный вариант, управляющий ассоциацией. Таким образом, эти результаты показывают, что ассоциация rs1990622 с возрастом в начале частично объясняет широкий разброс в начале заболевания среди носителей мутации GRN. Rs1990622 или другой вариант неравновесия по сцеплению может действовать аналогично APOE при болезни Альцгеймера, увеличивая риск заболевания в общей популяции и изменяя AAO у носителей мутации. Генетическая изменчивость TMEM106B может влиять на риск FTLD-TDP, модулируя секретируемые уровни GRN.

Функциональный механизм

Ли и др.,[8] разработали и проверили алгоритм цифровой деконволюции для определения пропорций клеток в эксперименте с объемной последовательностью РНК. Затем они использовали этот метод для идентификации генов, связанных с пропорциями нейронов в коре головного мозга человека.[9] В этом исследовании Кручага (https://neurogenomics.wustl.edu/ ) и его команда продемонстрировали, что варианты TMEM106B, которые связаны с более низким риском лобно-височной деменции, также связаны с более высоким содержанием нейронов. Они также продемонстрировали, что эта ассоциация не зависела от статуса заболевания и что TMEM106B является общим защитным фактором для нейродегенерации, что открывает двери для новых терапевтических подходов, направленных на TMEM106B.

Взаимодействия

TMEM106B был показан взаимодействовать с C6orf201.[10]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000106460 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000029571 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ «Ген Entrez: трансмембранный белок TMEM106B 106B».
  6. ^ Ван Дирлин, ВМ; Слейман, PM; Мартинес-Лаге, М; Чен-Плоткин, А; Ван, LS; Graff-Radford, NR; Диксон, DW; Радемакерс, Р. Boeve, BF; Гроссман, М; Арнольд, ЮВ; Манн, DM; Пикеринг-Браун, С.М. Силаар, H; Heutink, P; ван Свитен, JC; Мюррелл-младший; Гетти, Б; Spina, S; Графман, Дж; Ходжес, Дж; Spillantini, MG; Гилман, S; Либерман, AP; Kaye, JA; Woltjer, RL; Bigio, EH; Месулам, М; Ас-Саррадж, S; и другие. (Март 2010 г.). «Общие варианты на 7p21 связаны с лобно-височной долевой дегенерацией с включениями TDP-43». Природа Генетика. 42 (3): 234–9. Дои:10,1038 / нг.536. ЧВК  2828525. PMID  20154673.
  7. ^ Кручага, С; Графф, С; Чанг, ДХ; Ван, Дж; Hinrichs, AL; Spiegel, N; Бертельсен, S; Mayo, K; Нортон, JB; Моррис, JC; Козочка, А (май 2011 г.). «Связь полиморфизма гена TMEM106B с возрастом начала у носителей мутации гранулина и уровнями белка гранулина в плазме». Архив неврологии. 68 (5): 581–6. Дои:10.1001 / archneurol.2010.350. ЧВК  3090529. PMID  21220649.
  8. ^ Ли, Z; Del-Aguila, JL; Дубэ, У; Budde, J; Мартинес, Р.; Черный, K; Сяо, Q; Кэрнс, Нью-Джерси; Сеть доминантно наследуемой болезни Альцгеймера, (ДИАН) .; Догерти, JD; Ли, JM; Моррис, JC; Bateman, RJ; Карч, СМ; Кручага, С; Харари, О. (8 июня 2018 г.). «Генетические варианты, связанные с болезнью Альцгеймера, придают различные популяционные структуры коры головного мозга». Геномная медицина. 10 (1): 43. Дои:10.1186 / s13073-018-0551-4. ЧВК  5992755. PMID  29880032.
  9. ^ Ли, Z; Farias, FHG; Дубэ, У; Del-Aguila, JL; Михиндукуласурия, KA; Фернандес, М.В.; Ibanez, L; Budde, JP; Ванга, Ф; Озеро, AM; Деминг, Й; Перес, Дж; Ян, C; Bahena, JA; Цинь, Вт; Брэдли, JL; Давенпорт, Р. Бергманн, К; Моррис, JC; Perrin, RJ; Benitez, BA; Догерти, JD; Харари, О; Кручага, К. (январь 2020 г.). «TMEM106B FTLD-защитный вариант, rs1990621, также связан с повышенной долей нейронов». Acta Neuropathologica. 139 (1): 45–61. Дои:10.1007 / s00401-019-02066-0. ЧВК  6942643. PMID  31456032.
  10. ^ Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N, Yi S, Lemmens I, Fontanillo C, Mosca R, Kamburov A, Ghiassian SD, Yang X, Ghamsari L, Balcha D, Begg BE, Braun P , Бреме М., Броли М.П., ​​Карвунис А.Р., Конвери-Зупан Д., Короминас Р., Куломб-Хантингтон Дж., Данн Э., Дрезе М., Дрикот А, Фан С, Франзоза Е., Гебреаб Ф., Гутьеррес Б.Дж., Харди М.Ф., Джин М., Канг С., Кирос Р., Лин Г. Н., Удача К., МакУильямс А., Менче Дж., Мюррей Р. Р., Паладжи А., Пулин М. М., Рэмбоут X, Расла Дж., Райхерт П., Ромеро В., Рюссинк Е., Сахали Дж. М., Шольц А., Шах А. А. , Sharma A, Shen Y, Spirohn K, Tam S, Tejeda AO, Trigg SA, Twizere JC, Vega K, Walsh J, Cusick ME, Xia Y, Barabási AL, Iakoucheva LM, Aloy P, De Las Rivas J, Tavernier J , Calderwood MA, Hill DE, Hao T, Roth FP, Vidal M (ноябрь 2014 г.). «Карта человеческого взаимодействия в масштабе протеома». Клетка. 159 (5): 1212–1226. Дои:10.1016 / j.cell.2014.10.050. ЧВК  4266588. PMID  25416956.

дальнейшее чтение

  • Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
  • Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
  • Олсен Дж. В., Благоев Б., Гнад Ф, Мацек Б., Кумар С., Мортенсен П., Манн М. (ноябрь 2006 г.). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Клетка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983. S2CID  7827573.