C6orf201 - Википедия - C6orf201
C6orf201 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | C6orf201, dJ1013A10.5, открытая рамка считывания 201 хромосомы 6 | ||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | MGI: 1914011 ГомолоГен: 23555 Генные карты: C6orf201 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ансамбль | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (мРНК) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (белок) | |||||||||||||||||||||||||
Расположение (UCSC) | Chr 6: 4.08 - 4.13 Мб | Chr 13: 34.92 - 34.96 Мб | |||||||||||||||||||||||
PubMed поиск | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
|
Открытая рамка считывания 201 хромосомы 6, C6orf201, является белок что в люди кодируется C6orf201 ген.[5]В люди это ген кодирует для ядерный белок что в первую очередь выражается в яичко.[6][7]
Ген
В люди, ген 51,558 пар оснований длинный. В стенограмма который производит самый длинный белок из 140 аминокислоты переводится с необработанного мРНК это шесть экзоны и составляет 1664 нуклеотиды в длину.[8][9]
Псевдонимы
Открытая рамка считывания 201 хромосомы 6 (C6orf201) также обозначается как: dJ1013A10.5, MGC87625, RP5-1013A10.5 и LOC404220.[10]
Locus
C6orf201 расположен на хромосома 6 в позиции 6p25.2 и кодируется положительной цепью.[11] C6orf201 расположен недалеко от FAM217A ген и ECI2 ген.[12]
Сохранение
C6orf201 высоко консервативен в приматы, умеренно сохраняется в других млекопитающие, а также в нескольких рептилии.[13] В микоплазма gallinarum, чтобы предположить, что могла быть горизонтальный перенос генов событие когда-нибудь во время эволюционная история из C6orf201. Нет паралоги или же дупликация гена события для C6orf201.
Ортологи
Гомологические домены
C6orf201 принадлежит к DUF4523 (Pfam15023), функционально не охарактеризованному семейству белки что находится в млекопитающие.[14]
Протеин
Имена
Менее распространенные названия C6orf201 белок являются: белок MGC87625, гипотетический белок LOC404220, OTTHUMP00000213693 и OTTHUMP00000213725.[10]
Общие свойства / особенности
У человека самый длинный белок вариант 140 аминокислоты длинный,[15] имеет молекулярный вес из 16,2 кДа,[16] и изоэлектрическая точка 10,88.[16] C6orf201, по прогнозам, будет ядерный белок.[7]
Модификация и структура
C6orf201 имеет несколько предсказаний PKC и CKII фосфорилирование сайты в люди.[17] В белок также есть сигнал ядерной локализации.[7] C6orf201 имеет консервативный альфа спираль и консервированный бета-прядь в белок.[16]
Белковые взаимодействия
C6orf201 взаимодействует с СРПК1,[18] TMEM106B,[19] и APP.[20]
Выражение
C6orf201 в первую очередь экспрессируется в яичко из люди а также выражается в яичко взрослых мышей и крысы.[6] GEO микрочип данные также подтверждают экспрессию C6orf201 в семенниках люди и мышь.[21][22]
Клиническая значимость
Результаты исследований
А токсикология исследование показало, что C6orf201 был одним из 20 самых нерегулируемых гены в обезьяны который подвергся воздействию сварка пары в течение длительного периода времени.[23] В другом исследовании изучалась экспрессия генов после использования метилирование ингибитор, C6orf201 является одним из многих гены исследованы.[24]
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000185689 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000021415 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ Mungall AJ, Palmer SA, Sims SK, Edwards CA, Ashurst JL, Wilming L, et al. (Октябрь 2003 г.). «Последовательность ДНК и анализ хромосомы 6 человека». Природа. 425 (6960): 805–11. Bibcode:2003Натура.425..805М. Дои:10.1038 / природа02055. PMID 14574404.
- ^ а б «Профиль EST». Национальный центр биотехнологической информации. Получено 9 мая 2015.
- ^ а б c Накаи, Кента. «Прогноз PSORT II». GenScript. Получено 9 мая 2015.
- ^ «Генные карты: сборник генов человека». Получено 8 февраля 2015.
- ^ "МРНК 201 (C6orf201) открытой рамки считывания хромосомы 6 человека". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 9 мая 2015.
- ^ а б «Ген C6orf201 человека Homo sapiens, кодирующий открытую рамку считывания 201 хромосомы 6». NCBI: AceView. Получено 9 мая 2015.
- ^ «Геноматикс». Получено 9 мая 2015.
- ^ «Ген NCBI: Ген C6orf201». Получено 8 февраля 2015.
- ^ «Базовый инструмент поиска местного выравнивания». NCBI BLAST.
- ^ «Семейство: DUF4523 (PF15023)». Европейский институт биоинформатики. Получено 26 апреля 2015.
- ^ «неохарактеризованный белок C6orf201 [Homo sapiens]». Национальный центр биотехнологической информации. Получено 9 мая 2015.
- ^ а б c "Биология WorkBench". Сан-Диего Супер Компьютер. Получено 9 мая 2015.
- ^ "Сканер мотивов". ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике. Получено 9 мая 2015.
- ^ Varjosalo M, Keskitalo S, Van Drogen A, Nurkkala H, Vichalkovski A, Aebersold R, Gstaiger M (апрель 2013 г.). «Пейзаж взаимодействия белков группы киназ CMGC человека». Отчеты по ячейкам. 3 (4): 1306–20. Дои:10.1016 / j.celrep.2013.03.027. PMID 23602568.
- ^ Роллан Т., Ташан М., Шарлото Б., Певзнер С.Дж., Чжун К., Сахни Н. и др. (Ноябрь 2014 г.). «Карта человеческого взаимодействия в масштабе протеома». Клетка. 159 (5): 1212–1226. Дои:10.1016 / j.cell.2014.10.050. ЧВК 4266588. PMID 25416956.
- ^ Oláh J, Vincze O, Virók D, Simon D, Bozsó Z, Tõkési N, Horváth I, Hlavanda E, Kovács J, Magyar A, Szũcs M, Orosz F, Penke B, Ovádi J (сентябрь 2011 г.). «Взаимодействие патологических характерных белков: белок / p25, способствующий полимеризации тубулина, бета-амилоид и альфа-синуклеин». Журнал биологической химии. 286 (39): 34088–100. Дои:10.1074 / jbc.M111.243907. ЧВК 3190826. PMID 21832049.
- ^ "C6orf201 Мелкоклеточный рак легких - Homo sapiens". База данных Национального центра биотехнологического поиска информации. Получено 9 мая 2015.
- ^ "C6orf201 Различные ткани - Mus musculus". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 9 мая 2015.
- ^ Heo JD, Oh JH, Lee K, Kim CY, Song CW, Yoon S, Han JS, Yu IJ (март 2010 г.). «Профили экспрессии генов в легочной ткани яванских макак в ответ на многократное воздействие сварочного дыма». Архив токсикологии. 84 (3): 191–203. Дои:10.1007 / s00204-009-0486-z. ЧВК 2820669. PMID 19936710.
- ^ Park GT, Хан Дж., Пак С. Г., Ким С., Ким Т. Я. (апрель 2014 г.). «Анализ метилирования ДНК CD4 + Т-клеток у больных псориазом». Архив дерматологических исследований. 306 (3): 259–68. Дои:10.1007 / s00403-013-1432-8. PMID 24323136. S2CID 25754439.