Рибровыключатель TPP - TPP riboswitch

Рибопереключатель TPP (элемент THI)
RF00059.jpg
Идентификаторы
СимволТЭС
Альт. СимволыTHI
РфамRF00059
Прочие данные
РНК типСнг; рибопереключатель
Домен (ы)Эукариоты; Бактерии; Археи
ИДТИТермин GO должен начинаться с GO:
ТАКТАК: 0000035
PDB структурыPDBe 4nyc

В Рибровыключатель TPP, также известный как Элемент THI и Рибопереключатель thi-box, это очень консервативный РНК вторичная структура. Он служит рибопереключатель[1][2] это связывает пирофосфат тиамина (TPP) напрямую и модулировать экспрессия гена через различные механизмы в археи, бактерии и эукариоты.[3][4][5] TPP - активная форма тиамин (витамин B1), незаменимый кофермент, синтезируемый путем сочетания пиримидиновой и тиазольной частей в бактерии. Элемент THI является продолжением ранее обнаруженного тиамин-регуляторного элемента, thi box, существует значительная вариабельность прогнозируемой длины и структур дополнительных и факультативных петель ствола, представленных темно-синим цветом на диаграмме вторичной структуры. [6] Анализ оперон структур выявили большое количество новых кандидатов, регулируемых тиамином. гены, в основном переносчики, в различных прокариотических организмах.[7] В рентгеновская кристаллическая структура аптамера рибопереключателя TPP.[8]

  • Экспериментальная трехмерная структура рибопереключателя TPP (PDB: 2HOJ​).[9]

Рекомендации

  1. ^ Винклер В., Нахви А., Брейкер Р. Р. (октябрь 2002 г.). «Производные тиамина связывают информационные РНК напрямую, чтобы регулировать экспрессию бактериальных генов». Природа. 419 (6910): 952–956. Дои:10.1038 / природа01145. PMID  12410317.
  2. ^ Миронов А.С., Гусаров И., Рафиков Р., Лопес Л.Е., Шаталин К., Кренева Р.А., Перумов Д.А., Нудлер Э. (ноябрь 2002 г.). «Чувство малых молекул с помощью возникающей РНК: механизм контроля транскрипции в бактериях». Клетка. 111 (5): 747–756. Дои:10.1016 / S0092-8674 (02) 01134-0. PMID  12464185.
  3. ^ Сударсан Н., Баррик Дж. Э., Брейкер Р. Р. (июнь 2003 г.). «Метаболит-связывающие домены РНК присутствуют в генах эукариот». РНК. 9 (6): 644–647. Дои:10.1261 / rna.5090103. ЧВК  1370431. PMID  12756322.
  4. ^ Бокобза С., Адато А., Мандель Т., Шапира М., Нудлер Е., Ахарони А. (ноябрь 2007 г.). «Рибосвитч-зависимая регуляция генов и ее эволюция в царстве растений». Гены и развитие. 21 (22): 2874–2879. Дои:10.1101 / gad.443907. ЧВК  2049190. PMID  18006684.
  5. ^ Кубодера Т., Ватанабэ М., Ёсиучи К., Ямасита Н., Нисимура А., Накаи С., Гоми К., Ханамото Х. (декабрь 2003 г.). «Регулируемая тиамином экспрессия гена Aspergillus oryzae thiA требует сплайсинга интрона, содержащего домен, подобный рибосвитчу, в 5'-UTR». Письма FEBS. 555 (3): 516–520. Дои:10.1016 / S0014-5793 (03) 01335-8. PMID  14675766.
  6. ^ Родионов Д.А., Витрещак А.Г., Миронов А.А., Гельфанд М.С. (декабрь 2002 г.). «Сравнительная геномика биосинтеза тиамина у прокариот. Новые гены и регуляторные механизмы». Журнал биологической химии. 277 (50): 48949–48959. Дои:10.1074 / jbc.M208965200. PMID  12376536.
  7. ^ Миранда-Риос Дж., Наварро М., Соберон М. (август 2001 г.). «Консервативная структура РНК (ти-бокс) участвует в регуляции экспрессии гена биосинтеза тиамина в бактериях». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 98 (17): 9736–9741. Дои:10.1073 / pnas.161168098. ЧВК  55522. PMID  11470904.
  8. ^ Серганов А., Полонская А., Фан А. Т., Брейкер Р. Р., Патель Д. Д. (июнь 2006 г.). «Структурная основа регуляции генов с помощью рибопереключателя, чувствительного к тиаминпирофосфату». Природа. 441 (7097): 1167–1171. Дои:10.1038 / природа04740. ЧВК  4689313. PMID  16728979.
  9. ^ Эдвардс Т.Э., Ферре-Д'Амаре, АР (сентябрь 2006 г.). «Кристаллические структуры тиамин-рибопереключателя, связанные с аналогами тиаминпирофосфата, выявляют адаптивное распознавание малых молекул РНК». Структура. 14 (9): 1459–1468. Дои:10.1016 / j.str.2006.07.008. PMID  16962976.

внешняя ссылка