Tombusvirus 5 'UTR - Tombusvirus 5′ UTR

Tombusvirus 5 'UTR
RF00171.jpg
Идентификаторы
СимволМогила_5
РфамRF00171
Прочие данные
РНК типСнг
Домен (ы)Вирусы
ТАКТАК: 0000204
PDB структурыPDBe

Tombusvirus 5 'UTR это важный цис-регуляторный регион Вирус гробницы геном.

Вирус томатного кустистого каскадерства является прототипом Tombusviridae семья. Геном этого вируса положительный смысл одноцепочечная РНК. Репликация происходит через промежуточную отрицательную цепь РНК. Помимо вирусных белков p33 и РНК-зависимой РНК-полимеразы p92, а также неизвестных факторов хозяина, консервативные и структурные области внутри 5 'нетранслируемая область (5 'UTR) важны для регуляции репликации генома.

Сообщалось о двух доменах РНК в 5'-UTR, 5'-Т-образном домене (TSD), за которым следует стебель-петля (SL5).[1][2] и нижестоящий домен (DSD).[3] Предполагается, что взаимодействия TSD-DSD участвуют в опосредовании репликации вирусной РНК.[3]

Интересной особенностью Tombusvirus является его способность поддерживать репликацию дефектных интерферирующих (DI) РНК. Эти субвирусные репликоны представляют собой небольшие некодирующие делеционные мутанты вирусного генома, которые поддерживают цис-действующие элементы РНК, необходимые для репликации. [1]

Другой некодирующая РНК структуры в Tombusvirus включают 3 'UTR область IV[4] и элемент внутренней репликации.[5]

Рекомендации

  1. ^ а б Ву Б., Ванти В. Б., Белый К. А. (2001). «Домен РНК в 5'-нетранслируемой области генома вируса кустистой карликовой роста томатов модулирует репликацию вирусной РНК». J. Mol. Биол. 305 (4): 741–756. Дои:10.1006 / jmbi.2000.4298. PMID  11162089.
  2. ^ Рэй Д., На Х, Белый К.А. (2004). «Структурные свойства многофункционального Т-образного домена РНК, который опосредует эффективную репликацию РНК вируса кустарникового роста томатов». Дж. Вирол. 78 (19): 10490–10500. Дои:10.1128 / JVI.78.19.10490-10500.2004. ЧВК  516415. PMID  15367615.
  3. ^ а б Рэй Д., Ву Б., Белый К.А. (2003). «Второй функциональный домен РНК в 5'-UTR генома томатного вируса кустарника: внутри- и междоменные взаимодействия опосредуют репликацию вирусной РНК». РНК. 9 (10): 1232–1245. Дои:10.1261 / rna.5630203. ЧВК  1370487. PMID  13130137.
  4. ^ Fabian MR, Na H, Ray D, White KA (2003). «Вторичные структуры 3'-концевой РНК важны для накопления DI РНК вируса кустарниковой карликовой роста томатов». Вирусология. 313 (2): 567–580. Дои:10.1016 / S0042-6822 (03) 00349-0. PMID  12954222.
  5. ^ Монкевич, S; Lin HX; Fabian MR; Xu W; Неа; Ray D; Чернышева О.А.; Надь PD; Белый КА (2005). «Кодирующая область полимеразы p92 содержит элемент внутренней РНК, необходимый на раннем этапе репликации генома томбусвируса». J Virol. 79 (8): 4848–4858. Дои:10.1128 / JVI.79.8.4848-4858.2005. ЧВК  1069561. PMID  15795270.

внешняя ссылка