Гомолог белка инициации транскрипции SPT3 - Transcription initiation protein SPT3 homolog
Гомолог белка инициации транскрипции SPT3 это белок что у людей кодируется SUPT3H ген.[5][6][7]
Взаимодействия
Было показано, что гомолог белка инициации транскрипции SPT3 взаимодействовать с участием GCN5L2,[8][9] TAF6L,[9] TADA3L,[9] TAF5L,[9] SF3B3,[9] SUPT7L,[9] Мой с,[10] TAF9,[9] Белок, связанный с доменом трансформации / транскрипции,[9] TAF12,[9] TAF10,[8][9] TAF4[8] и DDB1.[9]
Модельные организмы
Модельные организмы были использованы при изучении функции SUPT3H. Условный нокаутирующая мышь линия называется Supt3tm1a (EUCOMM) Хмгу был создан на Wellcome Trust Sanger Institute.[11] Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг[12] для определения последствий удаления.[13][14][15][16] Проведены дополнительные проверки: - Углубленное иммунологическое фенотипирование[17]
| Характеристика | Фенотип |
|---|---|
| Все данные доступны на сайте.[12][17] | |
| Лейкоциты периферической крови 6 недель | Нормальный |
| Инсулин | Нормальный |
| Гематология 6 недель | Нормальный |
| Гомозиготная жизнеспособность на P14 | Аномальный |
| Рецессивный смертельное исследование | Аномальный |
| Масса тела | Нормальный |
| Неврологический осмотр | Нормальный |
| Сила захвата | Нормальный |
| Дисморфология | Нормальный |
| Косвенная калориметрия | Нормальный |
| Тест толерантности к глюкозе | Нормальный |
| Слуховой ответ ствола мозга | Нормальный |
| DEXA | Нормальный |
| Рентгенография | Нормальный |
| Морфология глаза | Нормальный |
| Клиническая химия | Нормальный |
| Гематология 16 недель | Нормальный |
| Лейкоциты периферической крови 16 недель | Нормальный |
| Вес сердца | Нормальный |
| Сальмонелла инфекция | Нормальный |
| Функция цитотоксических Т-клеток | Нормальный |
| Иммунофенотипирование селезенки | Нормальный |
| Иммунофенотипирование мезентериальных лимфатических узлов | Нормальный |
| Иммунофенотипирование костного мозга | Нормальный |
| Состав эпидермального иммунитета | Нормальный |
| Тричурис Вызов | Нормальный |
использованная литература
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000196284 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038954 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ Огрызко В.В., Котани Т., Чжан Х, Шильц Р.Л., Ховард Т., Ян XJ, Ховард Б.Х., Цинь Дж., Накатани И. (июль 1998 г.). «Гистоноподобные TAF в гистонацетилазном комплексе PCAF». Ячейка. 94 (1): 35–44. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 81219-2. PMID 9674425. S2CID 18942972.
- ^ Мартинес Э., Кунду Т.К., Фу Дж., Рёдер Р.Г. (сентябрь 1998 г.). «Ацетилазный комплекс человека SPT3-TAFII31-GCN5-L, отличный от фактора транскрипции IID». Журнал биологической химии. 273 (37): 23781–5. Дои:10.1074 / jbc.273.37.23781. PMID 9726987.
- ^ «Ген Entrez: супрессор SUPT3H гомолога Ty 3 (S. cerevisiae)».
- ^ а б c Brand M, Moggs JG, Oulad-Abdelghani M, Lejeune F, Dilworth FJ, Stevenin J, Almouzni G, Tora L (июнь 2001 г.). «Поврежденный УФ излучением ДНК-связывающий белок в комплексе TFTC связывает распознавание повреждений ДНК с ацетилированием нуклеосом». Журнал EMBO. 20 (12): 3187–96. Дои:10.1093 / emboj / 20.12.3187. ЧВК 150203. PMID 11406595.
- ^ а б c d е ж г час я j k Мартинес Э., Палхан В.Б., Тьернберг А., Лимар Э.С., Гампер А.М., Кунду Т.К., Чайт Б.Т., Рёдер Р.Г. (октябрь 2001 г.). «Комплекс STAGA человека представляет собой коактиватор транскрипции, ацетилирующий хроматин, который взаимодействует с факторами сплайсинга пре-мРНК и факторами связывания повреждений ДНК in vivo». Молекулярная и клеточная биология. 21 (20): 6782–95. Дои:10.1128 / MCB.21.20.6782-6795.2001. ЧВК 99856. PMID 11564863.
- ^ Лю X, Tesfai J, Evrard YA, Dent SY, Martinez E (май 2003 г.). «Трансформационный домен c-Myc рекрутирует человеческий комплекс STAGA и требует активности ацетилазы TRRAP и GCN5 для активации транскрипции». Журнал биологической химии. 278 (22): 20405–12. Дои:10.1074 / jbc.M211795200. ЧВК 4031917. PMID 12660246.
- ^ Гердин А.К. (2010). «Программа генетики Sanger Mouse: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
- ^ а б «Международный консорциум по фенотипированию мышей».
- ^ Скарнес В.К., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт AF, Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК 3572410. PMID 21677750.
- ^ Долгин Э (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID 21677718.
- ^ Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Ячейка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
- ^ Уайт Дж. К., Гердин А. К., Карп Н. А., Райдер Э., Бульян М., Басселл Дж. Н., Солсбери Дж., Клэр С., Ингем Нью-Джерси, Подрини С., Хоутон Р., Эстабель Дж., Боттомли Дж. Р., Мелвин Д. Дж., Сантер Д., Адамс, Северная Каролина, Таннахилл Д. , Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (июль 2013 г.). «Полногеномное поколение и систематическое фенотипирование мышей с нокаутом открывает новые роли для многих генов». Ячейка. 154 (2): 452–64. Дои:10.1016 / j.cell.2013.06.022. ЧВК 3717207. PMID 23870131.
- ^ а б «Консорциум иммунофенотипирования инфекций и иммунитета (3i)».
дальнейшее чтение
- Ю. Дж., Мэдисон Дж. М., Мундлос С., Уинстон Ф., Олсен Б. Р. (октябрь 1998 г.). «Характеристика человеческого гомолога транскрипционного фактора spt3 Saccharomyces cerevisiae (SUPT3H)». Геномика. 53 (1): 90–6. Дои:10.1006 / geno.1998.5500. PMID 9787080.
- Василев А., Ямаути Дж., Котани Т., Привес С., Авантаджиати М.Л., Цинь Дж., Накатани Ю. (декабрь 1998 г.). «Субъединица 400 кДа гистонацетилазного комплекса PCAF принадлежит к суперсемейству ATM». Молекулярная клетка. 2 (6): 869–75. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80301-9. PMID 9885574.
- Brand M, Yamamoto K, Staub A, Tora L (июнь 1999 г.). «Идентификация субъединиц комплекса, не содержащего TATA-связывающего белка, содержащего TAFII, предполагает их роль в ацетилировании нуклеосом и передаче сигнала». Журнал биологической химии. 274 (26): 18285–9. Дои:10.1074 / jbc.274.26.18285. PMID 10373431.
- Speek M (март 2001 г.). «Антисмысловой промотор ретротранспозона L1 человека управляет транскрипцией соседних клеточных генов». Молекулярная и клеточная биология. 21 (6): 1973–85. Дои:10.1128 / MCB.21.6.1973-1985.2001. ЧВК 86790. PMID 11238933.
- Brand M, Moggs JG, Oulad-Abdelghani M, Lejeune F, Dilworth FJ, Stevenin J, Almouzni G, Tora L (июнь 2001 г.). «Поврежденный УФ излучением ДНК-связывающий белок в комплексе TFTC связывает распознавание повреждений ДНК с ацетилированием нуклеосом». Журнал EMBO. 20 (12): 3187–96. Дои:10.1093 / emboj / 20.12.3187. ЧВК 150203. PMID 11406595.
- Мартинес Э., Палхан В.Б., Тьернберг А., Лимар Э.С., Гампер А.М., Кунду Т.К., Чайт Б.Т., Рёдер Р.Г. (октябрь 2001 г.). «Комплекс STAGA человека представляет собой коактиватор транскрипции, ацетилирующий хроматин, который взаимодействует с факторами сплайсинга пре-мРНК и факторами связывания повреждений ДНК in vivo». Молекулярная и клеточная биология. 21 (20): 6782–95. Дои:10.1128 / MCB.21.20.6782-6795.2001. ЧВК 99856. PMID 11564863.
- Чавушоглу Н., Бренд М, Тора Л., Ван Дорсселер А. (февраль 2003 г.). «Новые субъединицы TATA-связывающего белка, не содержащего TAFII-содержащего транскрипционного комплекса, идентифицированного с помощью матричной лазерной десорбции / ионизации-времяпролетной масс-спектрометрии после одномерного гель-электрофореза». Протеомика. 3 (2): 217–23. Дои:10.1002 / pmic.200390030. PMID 12601814. S2CID 6035986.
- Лю X, Tesfai J, Evrard YA, Dent SY, Martinez E (май 2003 г.). «Трансформационный домен c-Myc рекрутирует человеческий комплекс STAGA и требует активности ацетилазы TRRAP и GCN5 для активации транскрипции». Журнал биологической химии. 278 (22): 20405–12. Дои:10.1074 / jbc.M211795200. ЧВК 4031917. PMID 12660246.