UPF1 - UPF1
Регулятор бессмысленных расшифровок 1 это белок что у людей кодируется UPF1 ген.[5][6]
Функция
Этот ген кодирует белок, который является частью мультипротеинового комплекса после сплайсинга, комплекс экзонов, участвует в обоих мРНК ядерный экспорт и мРНК наблюдение. Наблюдение за мРНК обнаруживает экспортированные мРНК с усеченными открытыми рамками считывания и инициирует нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD). Когда трансляция заканчивается выше последнего соединения экзон-экзон, это запускает NMD для разрушения мРНК, содержащей преждевременные стоп-кодоны. Этот белок находится как в цитоплазма и ядро ячейки.[7] Когда трансляция заканчивается, он взаимодействует с белком, который является функциональным гомологом дрожжевого Upf2p, чтобы вызвать декапирование мРНК. Для этого гена было отмечено использование множественных сайтов полиаденилирования.[8]
Взаимодействия
UPF1 был показан взаимодействовать с:
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000005007 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000058301 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ Perlick HA, Medghalchi SM, Spencer FA, Kendzior RJ Jr, Dietz HC (ноябрь 1996 г.). «Ортологи млекопитающих дрожжевого регулятора стабильности нонсенс-транскрипта». Proc Natl Acad Sci U S A. 93 (20): 10928–32. Дои:10.1073 / пнас.93.20.10928. ЧВК 38260. PMID 8855285.
- ^ Applequist SE, Selg M, Raman C, Jack HM (март 1997 г.). «Клонирование и характеристика HUPF1, человеческого гомолога нонсенс-уменьшающего мРНК белка UPF1 Saccharomyces cerevisiae». Нуклеиновые кислоты Res. 25 (4): 814–21. Дои:10.1093 / nar / 25.4.814. ЧВК 146496. PMID 9064659.
- ^ Сингх А.К., Чоудхури С.Р., Де С., Чжан Дж., Киссан С., Двиведи В. и др. (Март 2019 г.). Певица RH, Мэнли JL (ред.). «РНК-геликаза UPF1 ассоциируется с мРНК котранскрипционно и требуется для высвобождения мРНК из локусов генов». eLife. 8: e41444. Дои:10.7554 / eLife.41444. PMID 30907728.
- ^ "Ген Entrez: UPF1 UPF1 регулятор гомолога бессмысленных транскриптов (дрожжи)".
- ^ а б Lykke-Andersen J (2002). «Идентификация человеческого комплекса декапирования, связанного с белками hUpf в нонсенс-опосредованном распаде». Мол. Клетка. Биол. 22 (23): 8114–21. Дои:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. ЧВК 134073. PMID 12417715.
- ^ а б c Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Мол. Клетка. 12 (3): 675–87. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. PMID 14527413.
- ^ а б c Ямасита А., Охниши Т., Кашима И., Тая Ю., Оно С. (2001). «Человеческий SMG-1, новая протеинкиназа, связанная с фосфатидилинозитол-3-киназой, ассоциируется с компонентами комплекса наблюдения за мРНК и участвует в регуляции нонсенс-опосредованного распада мРНК». Genes Dev. 15 (17): 2215–28. Дои:10.1101 / gad.913001. ЧВК 312771. PMID 11544179.
- ^ а б c Шелл Т., Кехер Т., Вильм М., Серафин Б., Кулозик А.Е., Хентце М.В. (2003). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человеческий upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованными нонсенсом, в клетках HeLa». Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. Дои:10.1042 / BJ20021920. ЧВК 1223536. PMID 12723973.
- ^ Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG, Noensie EN, Dietz HC (2000). «Новые ортологи Upf2p предполагают функциональную связь между инициацией трансляции и бессмысленными комплексами наблюдения». Мол. Клетка. Биол. 20 (23): 8944–57. Дои:10.1128 / MCB.20.23.8944-8957.2000. ЧВК 86549. PMID 11073994.
- ^ а б c Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2000). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада при связывании ниже терминального кодона». Клетка. 103 (7): 1121–31. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187. S2CID 18417600.
дальнейшее чтение
- Аззалин CM, Лингнер Дж (2006). «Двойная жизнь UPF1 в путях стабильности РНК и ДНК». Клеточный цикл. 5 (14): 1496–8. Дои:10.4161 / cc.5.14.3093. PMID 16861888.
- Хорикоши М., Секимидзу К., Натори С. (1984). «Анализ стимулирующего фактора РНК-полимеразы II в комплексе инициации и элонгации». J. Biol. Chem. 259 (1): 608–11. PMID 6200476.
- Нагасе Т., Секи Н., Исикава К. и др. (1997). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. VI. Кодирующие последовательности 80 новых генов (KIAA0201-KIAA0280), выведенные путем анализа клонов кДНК из линии клеток KG-1 и мозга». ДНК Res. 3 (5): 321–9, 341–54. Дои:10.1093 / днарес / 3.5.321. PMID 9039502.
- Чаплински К., Руис-Эчеваррия М.Дж., Паушкин С.В. и др. (1998). «Комплекс наблюдения взаимодействует с факторами высвобождения трансляции для усиления терминации и деградации аберрантных мРНК». Genes Dev. 12 (11): 1665–77. Дои:10.1101 / gad.12.11.1665. ЧВК 316864. PMID 9620853.
- Пейдж М.Ф., Карр Б., Андерс К.Р. и др. (1999). "SMG-2 представляет собой фосфорилированный белок, необходимый для наблюдения за мРНК у Caenorhabditis elegans и связанный с Upf1p дрожжей". Мол. Клетка. Биол. 19 (9): 5943–51. Дои:10.1128 / MCB.19.9.5943. ЧВК 84455. PMID 10454541.
- Бхаттачарья А., Чаплински К., Трифиллис П. и др. (2000). «Характеристика биохимических свойств продукта гена Upf1 человека, который участвует в нонсенс-опосредованном распаде мРНК». РНК. 6 (9): 1226–35. Дои:10.1017 / S1355838200000546. ЧВК 1369996. PMID 10999600.
- Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG, et al. (2000). «Новые ортологи Upf2p предполагают функциональную связь между инициацией трансляции и комплексами бессмысленного наблюдения». Мол. Клетка. Биол. 20 (23): 8944–57. Дои:10.1128 / MCB.20.23.8944-8957.2000. ЧВК 86549. PMID 11073994.
- Серин Дж., Герсаппе А., Блэк Дж. Д. и др. (2001). «Идентификация и характеристика человеческих ортологов к белку Upf2 Saccharomyces cerevisiae и белку Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)». Мол. Клетка. Биол. 21 (1): 209–23. Дои:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. ЧВК 88795. PMID 11113196.
- Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада при связывании ниже терминационного кодона». Клетка. 103 (7): 1121–31. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187. S2CID 18417600.
- Деннинг Дж., Джеймисон Л., Макват Л. Е. и др. (2001). «Клонирование новой киназы, связанной с фосфатидилинозитолкиназой: характеристика белка наблюдения РНК SMG-1 человека». J. Biol. Chem. 276 (25): 22709–14. Дои:10.1074 / jbc.C100144200. PMID 11331269.
- Ямасита А., Охниши Т., Кашима И. и др. (2001). «Человеческий SMG-1, новая протеинкиназа, связанная с фосфатидилинозитол-3-киназой, ассоциируется с компонентами комплекса наблюдения за мРНК и участвует в регуляции нонсенс-опосредованного распада мРНК». Genes Dev. 15 (17): 2215–28. Дои:10.1101 / gad.913001. ЧВК 312771. PMID 11544179.
- Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). «Связь положения экзон-экзонных соединений с аппаратом наблюдения мРНК с помощью белка RNPS1». Наука. 293 (5536): 1836–9. Дои:10.1126 / science.1062786. PMID 11546874. S2CID 389385.
- Карастро Л.М., Тан С.К., Селг М. и др. (2002). «Идентификация дельта-геликазы как гомолога HUPF1 крупного рогатого скота: демонстрация взаимодействия с третьей субъединицей ДНК-полимеразы дельта». Нуклеиновые кислоты Res. 30 (10): 2232–43. Дои:10.1093 / nar / 30.10.2232. ЧВК 115286. PMID 12000843.
- Mendell JT, ap Rhys CM, Dietz HC (2002). «Разделение ролей для rent1 / hUpf1 в измененном сплайсинге и распаде бессмысленных транскриптов». Наука. 298 (5592): 419–22. Дои:10.1126 / science.1074428. PMID 12228722. S2CID 46447414.
- Ликке-Андерсен Дж (2003). «Идентификация человеческого комплекса декапирования, связанного с белками hUpf, при бессмысленном распаде». Мол. Клетка. Биол. 22 (23): 8114–21. Дои:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. ЧВК 134073. PMID 12417715.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
- Чиу С.Ю., Серин Г., Охара О, Макват Л.Е. (2003). «Характеристика человеческого Smg5 / 7a: белка, сходного с Caenorhabditis elegans SMG5 и SMG7, который функционирует в дефосфорилировании Upf1». РНК. 9 (1): 77–87. Дои:10.1261 / rna.2137903. ЧВК 1370372. PMID 12554878.
- Шелл Т., Кохер Т., Вильм М. и др. (2003). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человеческий upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованными нонсенсом, в клетках HeLa». Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. Дои:10.1042 / BJ20021920. ЧВК 1223536. PMID 12723973.
PDB галерея | |
|---|---|
|
 | Эта статья о ген на хромосома человека 19 это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |