ZNF184 - ZNF184
Цинк-пальцевый белок 184, также известный как ZNF184, это белок что у людей кодируется ZNF184 ген[5] на хромосоме 6. Впервые он был идентифицирован Goldwurm и другие. в 1996 г.[6]
В Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) Запись в базе данных генов[5] за ZNF184 определяет сохраненные домены КРАБ_А (Связанная коробка Krüppel ) недалеко от N-конец и Zn-палец (Цинковый палец ) на C-конец переведенного белка. Первый связан с репрессией транскрипции.[7] и последний со связыванием ДНК (см. Цинковый палец ).
Домены и структура
На рисунке ниже представлен переформатированный концептуальный перевод с аннотациями. ZNF184 's Консенсус CDS.[8] CCDS отображает экзоны чередующимся черным и синим шрифтом, причем красный цвет указывает на остаток, закодированный на границе сплайсинга.
ZNF184 имеет 19 мотивов цинковых пальцев на конце своего последнего и самого длинного экзона. Рисунок показывает регулярность между пальцами в этом белке, включая 2 столбца с выделенными зеленым цветом остатков цистеина и 2 столбца с выделенными синим цветом остатками His, которые являются причиной того, что этот тип цинкового пальца называется C2H2. Светло-серые выделенные столбцы (один со всеми F; один в основном с заменами L и F) высоко консервативны гидрофобный остатки в мотиве цинкового пальца. Другой столбец, выделенный светло-серым цветом (в основном K, с аналогичной заменой R), является примером довольно сильной консервации в секциях катушки, соединяющих соседние пальцы.
Рядом с N-концом находится домен KRAB_A, за которым следует домен KRAB_B. KRAB_A имеет более короткую α-спираль, за которой следует более длинная α-спираль. Известно, что мотив KRAB_A в белке цинкового пальца связывается с белком KAP-1 (также известным как TRIM28 ) для выполнения функции репрессора транскрипции, однако ген, регулируемый таким образом ZNF184, еще предстоит идентифицировать. Показаны спирали длиной 11 пальцев, а также перекрывающиеся участки из 7 остатков в каждом пальце, которые связывают целевую ДНК (если палец функционирует).
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000096654 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000006720 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ а б "Entrez Gene: белок цинковых пальцев 184".
- ^ Goldwurm S, Menzies ML, Banyer JL, Powell LW, Jazwinska EC (1997-03-15). «Идентификация нового гена цинкового пальца, связанного с Krueppel (ZNF184), картирование на 6p21.3». Геномика. 40 (3): 486–9. Дои:10.1006 / geno.1996.4583. PMID 9073517.
- ^ Пэн Х., Бегг Г.Е., Харпер С.Л., Фридман-младший, Спайчер Д.В., Раушер III Ф.Д. (30 марта 2000 г.). "Биохимический анализ домена репрессии транскрипции Kruppel-ассоциированного бокса (KRAB)". Журнал биологической химии. 275 (24): 18000–10. Дои:10.1074 / jbc.M001499200. PMID 10748030.
- ^ «Консенсус CDS: белок цинкового пальца 184».
дальнейшее чтение
- Юти, Сиро; Калделл, Натали, ред. (2005). Цинковые белки пальцев: от атомного контакта к клеточной функции. Подразделение молекулярной биологии. Landes Bioscience / Eurekah.com и Kluwer Academic / Plenum Publishers. ISBN 978-0-306-48229-8.
- Ши Дж., Левинсон Д.Ф., Дуан Дж. И др. (2009). «Общие варианты хромосомы 6p22.1 связаны с шизофренией». Природа. 460 (7256): 753–7. Bibcode:2009Натура.460..753С. Дои:10.1038 / природа08192. ЧВК 2775422. PMID 19571809.
- Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID 14702039.
- Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1996). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID 8889548.
- Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Res. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК 1356129. PMID 16344560.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2002). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
- Раваси Т., Сузуки Х, Каннистрачи К.В. и др. (2010). «Атлас комбинаторной регуляции транскрипции у мышей и человека». Клетка. 140 (5): 744–52. Дои:10.1016 / j.cell.2010.01.044. ЧВК 2836267. PMID 20211142.
- Барбе Л., Лундберг Э., Оксволд П. и др. (2008). «К конфокальному субклеточному атласу протеома человека». Мол. Клетка. Протеомика. 7 (3): 499–508. Дои:10.1074 / mcp.M700325-MCP200. PMID 18029348.