Zona pellucida-подобный домен - Zona pellucida-like domain

Zona pellucida-подобный домен
Идентификаторы
СимволZona_pellucida
PfamPF00100
ИнтерПроIPR001507
УМНАЯSM00241
PROSITEPDOC00577
Мембранома146

В Zona pellucida-подобный домен (ZP-домен / ZP-подобный домен / ZP-модуль)[1][2] это большой белок область, край около 260 аминокислот. Он был обнаружен во множестве рецептор-подобных эукариотических гликопротеины.[1] Все эти молекулы мозаичные белки с большой внеклеточной областью, состоящей из различных доменов, за которой часто следует трансмембранная область и очень короткий цитоплазматический регион или GPI -якорь.[2]

Функциональные и кристаллографические исследования показали, что область «домена ZP», общая для всех этих белков, представляет собой модуль полимеризации белка, который состоит из двух отдельных, но структурно связанных иммуноглобулиноподобных доменов, ZP-N и ZP-C.[3][4][5][6][7][8][9] Модуль ZP расположен в C-концевой части внеклеточной области и - за исключением неполимерного члена семейства ENG[10] - содержит 8 или 10 консервативных остатков Cys, участвующих в дисульфидных связях.[5][6][9]

Первая трехмерная структура белковой нити модуля ZP, нативная человеческая уромодулин (UMOD ), был определен крио-ЭМ.[11][12]

Дополнительные копии изолированных доменов ZP-N обнаруживаются в N-концевой области субъединиц белка оболочки яйца, участвующих в оплодотворение как у позвоночных, так и у беспозвоночных, таких как человек zona pellucida составные части ZP1, ZP2 и ZP4 и моллюск желточный рецептор конверта для яичный лизин (VERL).[5][13][14]

Примеры

Гены человека, кодирующие белки, содержащие этот домен, включают:

Рекомендации

  1. ^ а б Борк П., Сандер С. (1992). «Большой домен, общий для рецепторов сперматозоидов (Zp2 и Zp3) и рецептора TGF-бета типа III». FEBS Lett. 300 (3): 237–40. Дои:10.1016/0014-5793(92)80853-9. PMID  1313375. S2CID  38778076.
  2. ^ а б Джовин Л., Дари СС, Личер Е.С., Вассарман П.М. (2005). «Белки домена Zona pellucida». Анну. Преподобный Biochem. 74: 83–114. Дои:10.1146 / annurev.biochem.74.082803.133039. PMID  15952882.
  3. ^ Джовин Л., Ци Х, Уильямс З., Личер Э., Вассарман П.М. (2002). «Домен ZP - это консервативный модуль для полимеризации внеклеточных белков». Nat. Cell Biol. 4 (6): 457–61. Дои:10.1038 / ncb802. PMID  12021773. S2CID  11575790.
  4. ^ Джовин Л., Ци Х, Уильямс З., Личер Э.С., Вассарман П.М. (2004). «Дублированный мотив контролирует сборку белков домена zona pellucida». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (16): 5922–7. Bibcode:2004PNAS..101.5922J. Дои:10.1073 / pnas.0401600101. ЧВК  395899. PMID  15079052.
  5. ^ а б c Монне М., Хан Л., Швенд Т., Бурендаль С., Джовин Л. (2008). «Кристаллическая структура домена ZP-N ZP3 выявляет центральную складку оболочки яиц животных». Природа. 456 (7222): 653–7. Bibcode:2008Натура.456..653M. Дои:10.1038 / природа07599. PMID  19052627. S2CID  4430083. PDB: 3D4C, 3D4G, 3EF7​
  6. ^ а б Хан Л., Монне М., Окумура, Х., Швенд, Т., Черри, А.Л., Флот, Д., Мацуда, Т., Джовин, Л. (2010). «Понимание сборки яичной оболочки и взаимодействия яйцеклетки и сперматозоидов с помощью рентгеновской структуры полноразмерного ZP3». Клетка. 143 (3): 404–15. Дои:10.1016 / j.cell.2010.09.041. PMID  20970175. S2CID  18583237. PDB: 3НК3, 3НК4​
  7. ^ Лин SJ, Hu Y, Zhu J, Woodruff TK, Jardetzky TS (2011). «Структура домена бетагликан zona pellucida (ZP) -C дает представление о ZP-опосредованной полимеризации белка и связывании TGF-бета». Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (13): 5232–6. Bibcode:2011ПНАС..108.5232Л. Дои:10.1073 / pnas.1010689108. ЧВК  3069177. PMID  21402931. PDB: 3QW9​
  8. ^ Diestel U, Resch M, Meinhardt K, Weiler S, Hellmann TV, Mueller TD, Nickel J, Eichler J, Muller YA (2013). «Идентификация нового сайта связывания TGF-β в С-концевом (ZP-C) домене Zona Pellucida TGF-β-рецептора-3 (TGFR-3)». PLOS ONE. 8 (6): e67214. Bibcode:2013PLoSO ... 867214D. Дои:10.1371 / journal.pone.0067214. ЧВК  3695229. PMID  23826237. PDB: 4AJV​
  9. ^ а б Бохове М., Нисимура К., Брунати М., Хан Л., де Санктис Д., Рампольди Л., Джовин Л. (2016). «Структурированный междоменный линкер направляет самополимеризацию уромодулина человека». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 113 (6): 1552–1557. Bibcode:2016ПНАС..113.1552Б. Дои:10.1073 / pnas.1519803113. ЧВК  4760807. PMID  26811476. PDB: 4WRN, 5BUP​
  10. ^ Сайто Т., Бохове М., Кроци Р., Замора-Кабальеро С., Хан Л., Летарте М., де Санктис Д., Джовин Л. (2017). «Структурные основы взаимодействия человеческого эндоглина-BMP9: понимание передачи сигналов BMP и HHT1». Отчеты по ячейкам. 19 (9): 1917–1928. Дои:10.1016 / j.celrep.2017.05.011. ЧВК  5464963. PMID  28564608. PDB: 5HZV​
  11. ^ Стяпанава, А; Сюй, С; Брунати, М; Замора-Кабальеро, S; Schaeffer, C; Хан, L; Каррони, М; Ясумасу, S; Рампольди, L; Ву, Б; Джовин, Л. (2020). "Крио-ЭМ структура природного уромодулина человека, полимера модуля Zona Pellucida". bioRxiv  10.1101/2020.05.28.119206.PDB: 6TQK, 6TQL​
  12. ^ Stsiapanava A, Xu C, Brunati M, Zamora-Caballero S, Schaeffer C, Bokhove M, Han L, Hebert H, Carroni M, Yasumasu S, Rampoldi L, Wu B, Jovine L (2020). «Крио-ЭМ структура природного уромодулина человека, полимера модуля пеллюцида». EMBO J.: e106807. Дои:10.15252 / embj.2020106807. PMID  33196145. PDB: 6TQK, 6TQL​
  13. ^ Каллебаут I, Морнон Дж. П., Монжет П. (2007). «Изолированные домены ZP-N составляют N-концевые продолжения белков Zona Pellucida». Биоинформатика. 23 (15): 1871–1874. Дои:10.1093 / биоинформатика / btm265. PMID  17510169.
  14. ^ Радж I, Садат Аль Хоссейни Х., Диогарди Э., Нишимура К., Хан Л., Вилла А, де Санктис Д., Джовин Л. (2017). «Структурные основы распознавания яйцеклетки-сперматозоидов при оплодотворении». Клетка. 169 (7): 1315–1326. Дои:10.1016 / j.cell.2017.05.033. ЧВК  5480393. PMID  28622512. PDB: 5II4, 5II5, 5II6, 5MR2, 5IIC, 5IIA, 5IIB, 5MR3​
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR001507