Апратаксин - Aprataxin

APTX
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	3КТ9, 4NDF, 4NDG, 4NDH, 4NDI
Идентификаторы
Псевдонимы	APTX, AOA, AOA1, AXA1, EAOH, EOAHA, FHA-HIT, апратаксин
Внешние идентификаторы	OMIM: 606350 MGI: 1913658 ГомолоГен: 41634 Генные карты: APTX
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 9 (человек)
Конец	33,025,168 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 4 (мышь)
Конец	40,703,194 бп
Экспрессия РНК шаблон
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• Связывание ДНК; • связывание с N-концом белка; • активность полинуклеотид-3'-фосфатазы; • связывание хроматина; • связывание ионов металлов; • повреждение связывания ДНК; • связывание фосфопротеина; • GO: 0001948 связывание с белками; • фосфогликолат фосфатазная активность; • каталитическая активность; • связывание двухцепочечной РНК; • связывание двухцепочечной ДНК; • гидролазная активность; • Активность ДНК 5'-аденозинмонофосфатгидролазы; • связывание нуклеиновой кислоты; • ДНК-3'-дифосфо-5'-гуанозиндифосфатаза; • связывание одноцепочечной ДНК; • несовпадение связывания ДНК; • связывание ДНК с одноцепочечным разрывом;
Сотовый компонент	• цитоплазма; • ядерный хроматин; • хроматин; • ядрышко; • ядро клетки; • нуклеоплазма;
Биологический процесс	• регулирование стабильности белка; • клеточный ответ на стимул повреждения ДНК; • Лигирование ДНК; • восстановление двухниточного разрыва; • реакция на перекись водорода; • Ремонт ДНК; • дефосфорилирование полинуклеотида 3 '; • гидролиз фосфодиэфирной связи нуклеиновой кислоты; • ремонт одиночного разрыва цепи; • дефосфорилирование;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	54840
	66408
	ENSG00000137074
	ENSMUSG00000028411
	Q7Z2E3
	Q7TQC5
NM_001195248; NM_001195249; NM_001195250; NM_001195251; NM_001195252;
	NM_001195254; NM_017692; NM_175069; NM_175072; NM_175073
	NM_001025444; NM_001025445; NM_025545
NP_001182177; NP_001182178; NP_001182179; NP_001182180; NP_001182181;
	NP_001182183; NP_778239; NP_778243; NP_001355924; NP_001355925; NP_001355926; NP_001355927; NP_001355928; NP_001355929; NP_001355930; NP_001355931; NP_001355932; NP_001355933; NP_001355934; NP_001355935; NP_001357598; NP_001357599; NP_001357602
	NP_001020615; NP_001020616; NP_079821
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Апратаксин это белок что у людей кодируется APTX ген.^[5]^[6]^[7]

Этот ген кодирует члена суперсемейства гистидиновых триад (HIT), некоторые из которых обладают активностью связывания нуклеотидов и диаденозинполифосфатгидролазы. Кодируемый белок может играть роль в восстановление одноцепочечной ДНК. Мутации в этом гене были связаны с атаксия – глазная апраксия. Для этого гена было идентифицировано несколько вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы, однако полноразмерная природа некоторых вариантов не была определена.^[7]

Функция

Апратаксин удаляет АМФ с концов ДНК после неудачных попыток лигирования ДНК-лигаза IV в течение негомологичное соединение концов, тем самым позволяя последующие попытки перевязки.^[8]^[9]

Разрывы цепи ДНК

Атаксия глазодвигательная апраксия-1 - это неврологическое расстройство вызвано мутациями в гене APTX, который кодирует апратаксин.^[10] Неврологическое расстройство, по-видимому, вызвано постепенным накоплением нерепарированных разрывов цепей ДНК в результате событий абортивного лигирования ДНК.^[10]

Преждевременное старение

Aptx^−/− Были получены мутантные мыши, но у них отсутствует очевидный фенотип.^[10] Была создана другая модель мыши, в которой мутация супероксиддисмутаза I (SOD1) выражается в Aptx^−/− мышь.^[11] Мутация SOD1 вызывает снижение транскрипция восстановление после окислительный стресс. Эти мыши показали ускоренное клеточное старение. Это исследование также продемонстрировало защитную роль Aptx in vivo и предположило, что потеря функции Aptx приводит к прогрессивному накоплению разрывов ДНК в нервной системе, вызывая признаки системного преждевременного старения. ^[11] (увидеть Теория повреждений ДНК старения ).

Взаимодействия

Было показано, что апратаксин взаимодействовать с участием:

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000137074 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028411 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Датэ Х, Онодера О, Танака Х, Ивабучи К., Уэкава К., Игараси С., Коике Р., Хирои Т., Юаса Т, Авайя Й, Сакаи Т., Такахаши Т., Нагатомо Х, Сэкидзима Й, Кавачи I, Такияма Й, Нисидзава М. , Фукухара Н., Сайто К., Сугано С., Цудзи С. (октябрь 2001 г.). «Ранняя атаксия с моторной апраксией глаза и гипоальбуминемией вызвана мутациями в новом гене суперсемейства HIT». Нат Жене. 29 (2): 184–8. Дои:10.1038 / ng1001-184. PMID 11586299. S2CID 25665707.
^ Moreira MC, Barbot C, Tachi N, Kozuka N, Uchida E, Gibson T., Mendonca P, Costa M, Barros J, Yanagisawa T., Watanabe M, Ikeda Y, Aoki M, Nagata T, Coutinho P, Sequeiros J, Koenig M (Октябрь 2001 г.). «Ген, мутировавший при атаксии-окулярной апраксии 1, кодирует новый HIT / Zn-finger белок апратаксин». Нат Жене. 29 (2): 189–93. Дои:10.1038 / ng1001-189. PMID 11586300. S2CID 23001321.
^ ^а ^б «Энтрез Ген: апратаксин APTX».
^ Расс У, Ахель I, Западный СК (декабрь 2008 г.). «Молекулярный механизм деаденилирования ДНК под действием белка апратаксина при неврологических заболеваниях». J. Biol. Chem. 283 (49): 33994–4001. Дои:10.1074 / jbc.M807124200. ЧВК 2662222. PMID 18836178.
^ Рейнольдс Дж. Дж., Эль-Хамиси С. Ф., Катяль С., Клементс П., Маккиннон П. Дж., Калдекотт К. В. (март 2009 г.). «Дефектное лигирование ДНК во время репарации одноцепочечных разрывов коротким участком при атаксии глазодвигательной апраксии 1». Мол. Cell. Биол. 29 (5): 1354–62. Дои:10.1128 / MCB.01471-08. ЧВК 2643831. PMID 19103743.
^ ^а ^б ^c Ахель И., Расс Ю., Эль-Хамиси С.Ф., Катяль С., Клементс П.М., Маккиннон П.Дж., Калдекотт К.В., Вест СК (2006). «Белок нейродегенеративного заболевания апратаксин устраняет прерванные промежуточные продукты лигирования ДНК». Природа. 443 (7112): 713–6. Дои:10.1038 / природа05164. PMID 16964241. S2CID 4431045.
^ ^а ^б Кэрролл Дж., Пейдж Т.К., Чианг С.К., Кальмар Б., Боде Д., Гринсмит Л., Маккиннон П.Дж., Торп Дж. Р., Хафезпараст М., Эль-Хамиси С.Ф. (2015). «Экспрессия патогенной мутации SOD1 сенсибилизирует апратаксин-дефицитные клетки и мышей к окислительному стрессу и вызывает признаки преждевременного старения». Гм. Мол. Genet. 24 (3): 828–40. Дои:10,1093 / hmg / ddu500. ЧВК 4291253. PMID 25274775.
^ ^а ^б Датэ Х, Игараси С., Сано И, Такахаши Т., Такахаши Т., Такано Х., Цудзи С., Нисидзава М., Онодера О. (декабрь 2004 г.). «Домен апратаксина FHA взаимодействует с С-концевой областью XRCC1». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 325 (4): 1279–85. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.10.162. PMID 15555565.
^ ^а ^б ^c Гевен Н., Бешерел О.Дж., Киджас А.В., Чен П., Хоу О., Рудольф Дж. Х., Гатти Р., Дате Х., Онодера О., Таучер-Шольц Г., Лавин М. Ф. (май 2004 г.). «Апратаксин, новый белок, защищающий от генотоксического стресса». Гм. Мол. Genet. 13 (10): 1081–93. Дои:10,1093 / hmg / ddh122. PMID 15044383.
^ Клементс П.М., Бреслин С., Дикс Э.Д., Берд П.Дж., Джу Л., Бигановски П., Бреннер С., Морейра М.С., Тейлор А.М., Калдекотт К.В. (ноябрь 2004 г.). «Продукт гена атаксии-глазодвигательной апраксии 1 играет роль, отличную от ATM, и взаимодействует с белками восстановления разрывов цепи ДНК XRCC1 и XRCC4». Ремонт ДНК (Amst.). 3 (11): 1493–502. Дои:10.1016 / j.dnarep.2004.06.017. PMID 15380105.

дальнейшее чтение

Айкарди Дж., Барбоса С., Андерманн Э. и др. (1989). «Атаксия-глазная моторная апраксия: синдром, имитирующий атаксию-телеангиэктазию». Анна. Neurol. 24 (4): 497–502. Дои:10.1002 / ana.410240404. PMID 3239952. S2CID 45836910.
Гаскон Г.Г., Абдо Н., Сигут Д. и др. (1995). «Синдром атаксии-глазодвигательной апраксии». J. Child Neurol. 10 (2): 118–22. Дои:10.1177/088307389501000210. PMID 7782601. S2CID 26080242.
Ханнан М.А., Сигут Д., Вагрей М., Гасконец Г.Г. (1995). «Синдром атаксии-глазной моторной апраксии: исследование клеточной радиочувствительности пациентов и их семей». J. Med. Genet. 31 (12): 953–6. Дои:10.1136 / jmg.31.12.953. ЧВК 1016697. PMID 7891378.
Морейра М.С., Барбот С., Тачи Н. и др. (2001). «Картирование гомозиготности португальских и японских форм атаксии-глазодвигательной апраксии до 9p13, и доказательства генетической гетерогенности». Am. J. Hum. Genet. 68 (2): 501–8. Дои:10.1086/318191. ЧВК 1235299. PMID 11170899.
Бреннер С (2002). «Hint, Fhit и GalT: функция, структура, эволюция и механизм трех ветвей суперсемейства гистидиновых триад нуклеотидгидролаз и трансфераз». Биохимия. 41 (29): 9003–14. Дои:10.1021 / bi025942q. ЧВК 2571077. PMID 12119013.
Симадзаки Х., Такияма Й., Сакоэ К. и др. (2002). «Раннее начало атаксии с апраксией моторики глаза и гипоальбуминемией: мутации гена апратаксина». Неврология. 59 (4): 590–5. Дои:10.1212 / wnl.59.4.590. PMID 12196655. S2CID 19576330.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
Транчант С., Флери М., Морейра М.С. и др. (2004). «Фенотипическая изменчивость мутаций гена апратаксина». Неврология. 60 (5): 868–70. Дои:10.1212 / 01.wnl.0000048562.88536.a4. PMID 12629250. S2CID 29358633.
Ле Бер I, Морейра М.С., Риво-Пешу С. и др. (2003). «Мозжечковая атаксия с глазодвигательной апраксией 1 типа: клинико-генетические исследования». Мозг. 126 (Pt 12): 2761–72. Дои:10.1093 / мозг / awg283. PMID 14506070.
Секидзима Ю., Хашимото Т., Онодера О. и др. (2004). «Тяжелая генерализованная дистония как проявление пациента с мутацией гена апратаксина». Mov. Disord. 18 (10): 1198–200. Дои:10.1002 / mds.10526. PMID 14534929. S2CID 28225863.
Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID 14702039.
Сано Й., Дате Х., Игараши С. и др. (2004). «Апратаксин, белок, вызывающий EAOH, является ядерным белком с потенциальной ролью белка репарации ДНК». Анна. Neurol. 55 (2): 241–9. Дои:10.1002 / ana.10808. PMID 14755728. S2CID 25338143.
Гевен Н., Бешерел О.Дж., Киджас А.В. и др. (2004). «Апратаксин, новый белок, защищающий от генотоксического стресса». Гм. Мол. Genet. 13 (10): 1081–93. Дои:10,1093 / hmg / ddh122. PMID 15044383.
Хамфрей С.Дж., Оливер К., Хант А.Р. и др. (2004). «Последовательность ДНК и анализ хромосомы 9 человека». Природа. 429 (6990): 369–74. Дои:10.1038 / природа02465. ЧВК 2734081. PMID 15164053.
Habeck M, Zühlke C, Bentele KH и др. (2004). «Мутации апратаксина - редкая причина ранней атаксии в Германии». J. Neurol. 251 (5): 591–4. Дои:10.1007 / s00415-004-0374-7. PMID 15164193. S2CID 20280677.
Хирано М., Нишиваки Т., Кария С. и др. (2004). «Новые варианты сплайсинга увеличивают молекулярное разнообразие апратаксина, гена, ответственного за раннее начало атаксии с моторной апраксией глаза и гипоальбуминемией». Neurosci. Латыш. 366 (2): 120–5. Дои:10.1016 / j.neulet.2004.05.034. PMID 15276230. S2CID 37647769.
Амури Р., Морейра М.С., Зуари М. и др. (2005). «Мутации гена апратаксина в тунисских семьях». Неврология. 63 (5): 928–9. Дои:10.1212 / 01.wnl.0000137044.06573.46. PMID 15365154. S2CID 41637052.
Клементс П.М., Бреслин С., Дикс Э.Д. и др. (2005). «Продукт гена атаксии-глазодвигательной апраксии 1 играет роль, отличную от ATM, и взаимодействует с белками восстановления разрывов цепи ДНК XRCC1 и XRCC4». Ремонт ДНК (Amst.). 3 (11): 1493–502. Дои:10.1016 / j.dnarep.2004.06.017. PMID 15380105.

внешние ссылки

GeneReviews / NCBI / NIH / UW запись об атаксии с глазодвигательной апраксией типа 1
Записи OMIM об атаксии с окуломоторной апраксией типа 1
Человек APTX расположение генома и APTX страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000137074 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028411 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid11586299-5] Датэ Х, Онодера О, Танака Х, Ивабучи К., Уэкава К., Игараси С., Коике Р., Хирои Т., Юаса Т, Авайя Й, Сакаи Т., Такахаши Т., Нагатомо Х, Сэкидзима Й, Кавачи I, Такияма Й, Нисидзава М. , Фукухара Н., Сайто К., Сугано С., Цудзи С. (октябрь 2001 г.). «Ранняя атаксия с моторной апраксией глаза и гипоальбуминемией вызвана мутациями в новом гене суперсемейства HIT». Нат Жене. 29 (2): 184–8. Дои:10.1038 / ng1001-184. PMID 11586299. S2CID 25665707.

[pmid11586300-6] Moreira MC, Barbot C, Tachi N, Kozuka N, Uchida E, Gibson T., Mendonca P, Costa M, Barros J, Yanagisawa T., Watanabe M, Ikeda Y, Aoki M, Nagata T, Coutinho P, Sequeiros J, Koenig M (Октябрь 2001 г.). «Ген, мутировавший при атаксии-окулярной апраксии 1, кодирует новый HIT / Zn-finger белок апратаксин». Нат Жене. 29 (2): 189–93. Дои:10.1038 / ng1001-189. PMID 11586300. S2CID 23001321.

[entrez-7] а ^б «Энтрез Ген: апратаксин APTX».

[pmid18836178-8] Расс У, Ахель I, Западный СК (декабрь 2008 г.). «Молекулярный механизм деаденилирования ДНК под действием белка апратаксина при неврологических заболеваниях». J. Biol. Chem. 283 (49): 33994–4001. Дои:10.1074 / jbc.M807124200. ЧВК 2662222. PMID 18836178.

[pmid19103743-9] Рейнольдс Дж. Дж., Эль-Хамиси С. Ф., Катяль С., Клементс П., Маккиннон П. Дж., Калдекотт К. В. (март 2009 г.). «Дефектное лигирование ДНК во время репарации одноцепочечных разрывов коротким участком при атаксии глазодвигательной апраксии 1». Мол. Cell. Биол. 29 (5): 1354–62. Дои:10.1128 / MCB.01471-08. ЧВК 2643831. PMID 19103743.

[Ahel-10] а ^б ^c Ахель И., Расс Ю., Эль-Хамиси С.Ф., Катяль С., Клементс П.М., Маккиннон П.Дж., Калдекотт К.В., Вест СК (2006). «Белок нейродегенеративного заболевания апратаксин устраняет прерванные промежуточные продукты лигирования ДНК». Природа. 443 (7112): 713–6. Дои:10.1038 / природа05164. PMID 16964241. S2CID 4431045.

[Carroll-11] а ^б Кэрролл Дж., Пейдж Т.К., Чианг С.К., Кальмар Б., Боде Д., Гринсмит Л., Маккиннон П.Дж., Торп Дж. Р., Хафезпараст М., Эль-Хамиси С.Ф. (2015). «Экспрессия патогенной мутации SOD1 сенсибилизирует апратаксин-дефицитные клетки и мышей к окислительному стрессу и вызывает признаки преждевременного старения». Гм. Мол. Genet. 24 (3): 828–40. Дои:10,1093 / hmg / ddu500. ЧВК 4291253. PMID 25274775.

[pmid15555565-12] а ^б Датэ Х, Игараси С., Сано И, Такахаши Т., Такахаши Т., Такано Х., Цудзи С., Нисидзава М., Онодера О. (декабрь 2004 г.). «Домен апратаксина FHA взаимодействует с С-концевой областью XRCC1». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 325 (4): 1279–85. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.10.162. PMID 15555565.

[pmid15044383-13] а ^б ^c Гевен Н., Бешерел О.Дж., Киджас А.В., Чен П., Хоу О., Рудольф Дж. Х., Гатти Р., Дате Х., Онодера О., Таучер-Шольц Г., Лавин М. Ф. (май 2004 г.). «Апратаксин, новый белок, защищающий от генотоксического стресса». Гм. Мол. Genet. 13 (10): 1081–93. Дои:10,1093 / hmg / ddh122. PMID 15044383.

[pmid15380105-14] Клементс П.М., Бреслин С., Дикс Э.Д., Берд П.Дж., Джу Л., Бигановски П., Бреннер С., Морейра М.С., Тейлор А.М., Калдекотт К.В. (ноябрь 2004 г.). «Продукт гена атаксии-глазодвигательной апраксии 1 играет роль, отличную от ATM, и взаимодействует с белками восстановления разрывов цепи ДНК XRCC1 и XRCC4». Ремонт ДНК (Amst.). 3 (11): 1493–502. Дои:10.1016 / j.dnarep.2004.06.017. PMID 15380105.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]