BioUML - Википедия - BioUML

BioUML является Открытый исходный код программная платформа для анализа данных из омики научные исследования и другие передовые вычислительная биология разработан учеными из Института системной биологии в Новосибирск, Россия. Платформа находится в свободном доступе в Интернете и используется в исследовательских лабораториях - в основном в академических учреждениях - для выявления происхождения болезней и их предотвращения.

Доступные версии

Текущий выпуск BioUML - это версия 0.9.3, выпущенная в октябре 2010 года и включающая 3 версии;

Сервер BioUML - который предлагает доступ к установленным данным и методам анализа на стороне сервера для клиентов BioUML (рабочая среда и веб-версия) через Интернет.

Инструментальные средства BioUML - Это Ява приложение, которое может работать автономно или как "толстый клиент "для серверной версии BioUML.

Интернет-издание BioUML - Это веб-браузер на основе "Тонкий клиент "для серверной версии BioUML и предоставляет большую часть функциональных возможностей рабочей среды BioUML. Он использует AJAX и HTML5 технология для интерактивного редактирования данных и визуальное моделирование.

Платформа непрерывно развивается с 2003 года и предлагает анализ данных и визуализации для ученых, занятых в сложных молекулярная биология исследование. Система позволяет формализованное описание структуры и функции биологических систем, включая инструменты, необходимые для открытий, связанных с геномика, протеомика, транскриптомика и метаболомика. Платформа BioUML построена по модульной архитектуре, которая позволяет относительно просто добавлять новые инструменты. Это позволило интегрировать в платформу многие сторонние инструменты за те 7 лет, которые она была доступна.[нужна цитата ]

Применение и использование

BioUML использовался в качестве основного инструментария для интегрированной базы данных Cyclonet.[1] на регуляция клеточного цикла и канцерогенез в 2007[2][3]

Секвенирование нового поколения (NGS) и другие методы с высокой пропускной способностью создают огромные наборы данных (называемые "большое количество данных ") в районе 100 терабайты вверх. BioUML может распространять, анализировать и производить визуализации и симуляции, позволяет подбирать параметры и поддерживает многие другие методы анализа, необходимые для работы с большими объемами необработанных данных. Поскольку исследования обычно делятся между различными учреждениями, хранение, доставка и совместное использование объемов «больших данных» было технической проблемой. Типичный геном набор данных может содержать 500 терабайт данных, которые могут потребоваться для совместного использования, часто с использованием международного Интернет2 технологии. Проприетарный Сжатие данных созданы (ООО «Валекс») механизмы для NCBI Краткий архив чтения Проект[4] которые позволяют доставлять необработанные исследовательские данные со скоростью до 40 Гбит / с. Чтобы предоставить полное решение для таких совместных исследований, создатели BioUML разработали новую аппаратную / программную систему в партнерстве с Valex LLC. Эта версия BioUML называется Biodatomics.

Рекомендации

  1. ^ http://nar.oxfordjournals.org/content/35/suppl_1/D550.full-text-lowres.pdf
  2. ^ http://www.mendeley.com/research/cyclonetan-integrated-database-on-cell-cycle-regulation-and-carcinogenesis/[постоянная мертвая ссылка ]
  3. ^ Колпаков, Ф; Поройков, В; Шарипов, Р; Кондрахин, Ы; Захаров А; Лагунин А; Миланези, L; Кел, А (2007). «CYCLONET - интегрированная база данных по регуляции клеточного цикла и канцерогенезу». Нуклеиновые кислоты Res. 35: D550–6. Дои:10.1093 / нар / gkl912. ЧВК  1899094. PMID  17202170.
  4. ^ http://www.galter.northwestern.edu/news/index.cfm/2009/9/15/NCBI-Short-Read-Archive-SRA-of-NextGeneration-Sequencing-Data

внешняя ссылка