CFAP206 - Википедия - CFAP206

CFAP206
Идентификаторы
ПсевдонимыCFAP206, dJ382I10.1, C6orf165, открытая рамка считывания хромосомы 6 165, белок 206, связанный с ресничками и жгутиками
Внешние идентификаторыMGI: 1916579 ГомолоГен: 18713 Генные карты: CFAP206
Расположение гена (человек)
Хромосома 6 (человек)
Chr.Хромосома 6 (человек)[1]
Хромосома 6 (человек)
Геномное расположение CFAP206
Геномное расположение CFAP206
Группа6q15Начинать87,407,972 бп[1]
Конец87,464,465 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

154313

69329

Ансамбль

ENSG00000272514

ENSMUSG00000028294

UniProt

Q8IYR0

Q6PE87

RefSeq (мРНК)

NM_178823
NM_001031743

NM_027041
NM_001347062

RefSeq (белок)

NP_001026913

NP_001333991
NP_081317

Расположение (UCSC)Chr 6: 87,41 - 87,46 МбChr 4: 34,69 - 34,73 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Связанный с ресничками и жгутиками белок 206 (CFAP206) - это ген что у людей кодирует белок «DUF3508». Этот белок имеет функцию, которая в настоящее время не очень хорошо изучена.[5][6] Другие известные псевдонимы - «dJ382I10.1, UPF0704 Protein C6orf165».[7] У человека длина кодирующей последовательности гена составляет 56 501 пара оснований, мРНК - 2215 пар оснований, а последовательность белка - 622 аминокислоты. Ген C6orf165 сохраняется у шимпанзе, макаки-резуса, собаки, коровы, мыши, крысы, курицы, рыбок данио, комаров, лягушек и других животных.[8]C6orf165 редко экспрессируется у людей, с относительно высокой экспрессией в головном мозге, легких (трахее) и семенниках.[9] Молекулярная масса UPF0704 составляет 71 193 Да. [10] а PI - 6,38[10]

Генный локус

Ген CFAP206 расположен на хромосоме 6 из 88119558-88173965 (6q15).[11] Он содержит 12 экзоны.[12]Геномная ДНК - 54,407 пар оснований long, в то время как самая длинная мРНК, которую он производит, имеет длину 2215 п.н.[12]

Гомология и эволюция

Ортологи

Этот белок хорошо сохраняется благодаря ряду отдаленно связанных организмов, включая млекопитающих, птиц, земноводных, оболочников, костистых рыб, ланцетников, насекомых и морских ежей. Список организмов, у которых были обнаружены ортологи, приведен ниже.

научное названиераспространенное имяотклонение от человеческого происхождения (MYA)инвентарный номердлина последовательности (аа)идентичность последовательности человеческому белку
Homo sapiensЧеловек0622100%
Macaca mulattaМакака резус92.3XP_001089007.265898%
Раттус норвегикусКоричневая крыса92.3NP_001073169.162281%
Felis catusКот94.2XP_003986405.262985%
Chrysochloris asiaticaМыс золотой крот98.7XP_006870694.162285%
Элефантулус ЭдвардаСлоновая землеройка98.7XP_006902101.160879%
Анолис каролиненсисДревесная ящерица296XP_003215583.162170%
Gallus gallusКурица296XP_004940450.162158%
Xenopus (Silurana) tropicalisЗападная когтистая лягушка371.2XP_002938343.163565%
Данио РериоДанио400.1NP_99118062455%
Branchiostoma floridaeЛанцетник713.2XP_002603798.162663%
Oikopleura dioicaOikopleura dioica722.5CBY12373.163144%
Циона кишечникаМорской брызг722.5XP_002128218.162460%
HelobdellaПиявка725.5ESO10267.162037%
Aedes aegyptiКомар725.563030%
Crassostrea gigasЯпонская устрица782.7EKC36332.162461%
Anopheles gambiaeУл. PEST782.764228%
Albugo laibachiiОомицеты1317.564226.8%

Паралоги

C6orf165 не имеет паралог.

Филогения

Укоренившееся филогенетическое дерево показано ниже.[13]

Протеин

Белок, который продуцируется геном C6orf165, называется DUF3508 и составляет 622 аминокислоты длинный.[14] Предполагаемая молекулярная масса белка составляет 71,20 кДа, а изоэлектрическая точка - 6,38.[15]

Домены

Белковый продукт гена C6orf165 содержит хорошо консервативный домен DUF3508.[11] Эта предполагаемая область функционально не охарактеризована. Этот домен находится у эукариот. Длина этого домена составляет около 280 аминокислот.[16]

Мотивы

Этот домен имеет два консервативных мотива последовательности: GFC и GLL.[17]

Посттрансляционные модификации

Единственное предсказанное посттрансляционная модификация этот белок подвергается фосфорилированию после тестирования всех инструментов из категории посттрансляционных модификаций на expasy.org.[18] Три сайта фосфорилирования прогнозируются с оценкой более 0,8. Фосфорилирование по Ser 176, Thr 232 и Ser 310 уведомляется о концептуальном переводе.

Вторичная структура

Консенсус программного обеспечения для прогнозирования PELE[19] предсказывает, что в белке UPF0704 преобладают альфа-спирали с вкрапленными участками случайной спирали.

Анализ PSORT II[20] предсказывает, что существует область coiled_coil_region с 88 по 117 с последовательностью MNYTNRVEFLEEHHRVLESRLGSVTREITD.

Место расположения

Анализ PSORT II[20] обучение на данных дрожжей предсказывает, что субклеточное расположение этого белка наиболее вероятно в цитоплазме (56%). Менее вероятные возможности находятся в митохондриях (21%), в ядре (17%) или в вакуолях (4%).

Экспрессия гена

Данные экспрессии генов

Из файла EST Unigene видно, что экспрессия гена у человека невысока, гены EST / EST в пуле действительно низкие, даже ниже 0,01%. Эти небольшие экспрессии находятся в головном мозге, соединительной ткани, почках, легких, паращитовидных железах, глотке, плаценте, семенниках и трахее. У мышей экспрессия гена C6orf165 еще ниже, ген экспрессируется только в двух частях тела, яичнике и семеннике. У курицы слабые выражения проявляются в двух частях тела, мозге и семенниках. У рыбок зебра экспрессия генов все еще низкая, очень слабая экспрессия в глазах, почках и репродуктивной системе. В морских брызгах экспрессия выражается в гонаде, сердце и нервном комплексе. Таким образом, c6orf165 консервативно экспрессируется в семенниках у всех видов и частично консервативно в мозге или нервном комплексе.[21]

Промоутер

Промоторная область для человеческого c6orf165 идентифицирована ElDorado (в Genomatix).[22]В дополнение к этому, стартовый кодон находится во втором экзоне мРНК, и это указывает на то, что первый экзон сплайсирован во время модификации.

Варианты стенограммы

У человека ген c6orf165 продуцирует 4 различных транскрипта, 2 из которых образуют белковый продукт (один подвергается бессмысленному распаду, а другой остается интроном). Основной транскрипт у человека - это ID транскрипта ENST00000369562 или C6ORF165-001; он имеет 13 экзонов и 12 кодирующих экзонов; длина перевода 622 остатка[23]Второй кодирующий белок транскрипт у человека - это транскрипт с идентификатором ENST00000480123 или C6ORF165-002, он содержит 7 экзонов, и только 6 экзонов кодируют белок; длина трансляции 252 остатка[24]

Взаимодействия

Двухгибридные эксперименты выявили взаимодействующие белки, такие как миогенный репрессор I-mf.[25] Этот репрессор сильно экспрессируется в склеротоме. Он подавляет трансактивационную активность семейства MyoD и подавляет миогенез.[26]Коиммунопреципитация белкового комплекса (Co-IP ) эксперименты выявили взаимодействующий белок NRF1 ядерный респираторный фактор 1[27] Этот ген кодирует белок, который гомодимеризует и функционирует как фактор транскрипции который активирует экспрессию некоторых ключевых метаболических генов, регулирующих клеточный рост, и ядерных генов, необходимых для дыхания, биосинтеза гема, транскрипции и репликации митохондриальной ДНК. Двухгибридные эксперименты выявили взаимодействующий белок RNF138 (белок безымянного пальца 138),[25] Убиквитин-протеин-лигаза E3. Affinity Capture-Western выявляет белок взаимодействия, называемый опухолевым белком TP73. стр. 73,[28] который является белком, относящимся к p53 опухолевый белок.

Клиническое значение

C6orf165 не имеет известных в настоящее время ассоциаций с болезнями или мутаций.

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000272514 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028294 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ "Entrez Gene: C6orf165". Получено 2014-03-01.
  6. ^ Мунгалл А.Дж., Палмер С.А., Симс С.К., Эдвардс Калифорния и др. (Октябрь 2003 г.). «Последовательность ДНК и анализ хромосомы 6 человека». Природа. 425 (6960): 40–45. Bibcode:2003Натура.425..805М. Дои:10.1038 / природа02055. PMID  14574404.
  7. ^ «GeneCards: C6orf165 Gene». Получено 2014-02-28.
  8. ^ «Ген NCBI: Ген C6orf165». Получено 27 апреля, 2014.
  9. ^ "NCBI EST: ген C6orf165". Получено 27 апреля, 2014.
  10. ^ а б «ФосфоСайтПлюс». Получено 2014-05-08.
  11. ^ а б "NCBI: ген C6orf165". Получено 2014-03-09.
  12. ^ а б "UCSC: C6orf165". Получено 2014-02-28.
  13. ^ "Ген: C6ORF165 ENSG00000272514". SDSC Biology Workbench. Получено 27 апреля 2014.
  14. ^ «Белок NCBI: белок DUF3508 C6orf165». Получено 2013-03-09.
  15. ^ «Вычислить pI / Mw». Получено 2014-03-09.[постоянная мертвая ссылка ]
  16. ^ «Открытая рамка считывания 165 хромосомы 6 C6orf165 [Homo sapiens (человек)]». Получено 2014-03-09.
  17. ^ «Консервированные домены на [Homo sapiens (человек)]». Получено 2014-03-09.
  18. ^ "пост-трансляционная_модификация". Получено 2014-05-06.[постоянная мертвая ссылка ]
  19. ^ "ПЕЛЕ". SDSC Biology Workbench. Получено 27 апреля 2014.[постоянная мертвая ссылка ]
  20. ^ а б «PSORT II: Результаты подпрограмм». Получено 2014-05-08.[постоянная мертвая ссылка ]
  21. ^ "Юниген". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 27 апреля, 2014.
  22. ^ "Эльдорадо". Получено 27 апреля, 2014.
  23. ^ «Ансамбль: ген c6orf165». Ансамбль. Получено 27 апреля, 2014.
  24. ^ «Ансамбль: ген c6orf165». Ансамбль. Получено 27 апреля, 2014.
  25. ^ а б Руаль, Жан-Франсуа и др. «К протеомной карте сети белок-белкового взаимодействия человека». Nature 437.7062 (2005): 1173-1178.
  26. ^ Чен, С-М. Эми и др. «I-mf, новый миогенный репрессор, взаимодействует с членами семьи MyoD». Cell 86.5 (1996): 731-741.
  27. ^ Сато, Дзюн-ичи, Нацуки Кавана и Ёдзи Ямамото. «Анализ путей генов-мишеней nRF1 на основе chIp-seq предполагает логическую гипотезу их участия в патогенезе нейродегенеративных заболеваний». Регуляция генов и системная биология 7 (2013): 139.
  28. ^ Лунарди, Андреа и др. «Профиль взаимодействия белков р53 дрозофилы в масштабе генома выявляет дополнительные узлы сети р53 человека». Труды Национальной академии наук 107.14 (2010): 6322-6327.