ЧЭМБЛ - ChEMBL

ЧЭМБЛ
Chembl logo.png
Содержание
ОписаниеБиологическая база данных
Типы данных
захвачен		Молекулы с лекарственными свойствами и биологическая активность
Контакт
Исследовательский центрЕвропейская лаборатория молекулярной биологии
Лабораторияобъединенное Королевство Европейский институт биоинформатики
АвторыЭндрю Лич, руководитель группы с 2016 года по настоящее время; Джон Оверингтон, руководитель группы, 2008-2015 гг.
Основное цитированиеPMID  21948594
Дата выхода2009
Доступ
Интернет сайтЧЭМБЛ
Скачать URLЗагрузки
веб-сервис URLВеб-сервисы ChEMBL
Sparql конечная точкаПлатформа ChEMBL EBI-RDF
Разное
ЛицензияДанные ChEMBL доступны на Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Непортированная лицензия
Управление версиямиЧЭМБЛ_25

ЧЭМБЛ или же ChEMBLdb курируется вручную химическая база данных из биоактивный молекулы с лекарственными свойствами.[1]Поддерживается Европейский институт биоинформатики (EBI) Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL ) на основе Кампус Wellcome Trust Genome, Хинкстон, Великобритания.

База данных, первоначально известная как StARlite, была разработана биотехнологической компанией Inpharmatica Ltd., позже приобретенной Galapagos NV. Данные были получены для EMBL в 2008 году по награде от The Wellcome Trust,[2] в результате чего был создан ЧЭМБЛ хемогеномика группа в EMBL-EBI во главе с Джоном Оверингтоном.[3][4]

Объем и доступ

База данных ChEMBL содержит данные о биологической активности соединений по отношению к мишеням для лекарств. Биоактивность указывается в Ki, Kd, ​​IC50 и EC50.[5] Данные могут быть отфильтрованы и проанализированы для разработки библиотек для скрининга соединений для идентификации потенциальных клиентов во время открытия лекарств.[6]

ChEMBL версии 2 (ChEMBL_02) был запущен в январе 2010 г., в том числе 2,4 млн. биоанализ измерения охватывают 622 824 соединения, в том числе 24 000 натуральных продуктов. Это было получено в результате кураторства более 34 000 публикаций в двенадцати медицинская химия журналы. Охват доступных данных по биоактивности ChEMBL стал «самым полным из когда-либо представленных в общедоступной базе данных».[3] В октябре 2010 года была запущена версия 8 ChEMBL (ChEMBL_08) с более чем 2,97 миллиона измерений биопроб, охватывающих 636 269 соединений.[7]

На ЧЭМБЛ_10 добавлены PubChem подтверждающий анализы, чтобы интегрировать данные, сопоставимые с типом и классом данных, содержащихся в ChEMBL.[8]

ChEMBLdb можно получить через веб-интерфейс или загрузить с помощью протокол передачи файлов. Он отформатирован таким образом, чтобы его можно было использовать на компьютере. сбор данных, и пытается стандартизировать действия между различными публикациями, чтобы сделать возможным сравнительный анализ.[1] ChEMBL также интегрирован в другие крупные химические ресурсы, в том числе PubChem и ChemSpider система Королевское химическое общество.

Связанные ресурсы

Помимо базы данных, группа ChEMBL разработала инструменты и ресурсы для интеллектуального анализа данных.[9] К ним относятся Kinase SARfari, интегрированная рабочая среда хемогеномики, ориентированная на киназы. Система включает и связывает последовательность, структуру, соединения и данные проверки.

GPCR SARfari - аналогичная рабочая среда, ориентированная на GPCR, а также ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) - хранилище для Открытый доступ данные первичного скрининга и медицинской химии, направленные на эндемичный тропические болезни развивающихся регионов Африки, Азии и Америки. Основная цель ChEMBL-NTD - предоставить свободный доступ к постоянному архиву и центру распространения депонированных данных.[3]

В июле 2012 г. был выпущен новый служба данных по малярии, спонсируемая компанией Medicines for Malaria Venture (MMV ), ориентированный на исследователей со всего мира. Данные в этой службе включают соединения из набора для скрининга Malaria Box, а также другие предоставленные данные о малярии, найденные в ChEMBL-NTD.

myChEMBL, виртуальная машина ChEMBL, была выпущена в октябре 2013 года, чтобы предоставить пользователям доступ к полной, бесплатной и простой в установке инфраструктуре хеминформатики.

В декабре 2013 года операции с базой данных по патентной информатике SureChem были переданы в EMBL-EBI. В сумке SureChem была переименована в SureChEMBL.

2014 год ознаменовался запуском нового ресурса ADME SARfari - инструмент для прогнозирования и сравнения межвидовых целей ADME.[10]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Голтон, А; и другие. (2011). «ChEMBL: крупномасштабная база данных по биоактивности для открытия лекарств». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D1100-7. Дои:10.1093 / нар / gkr777. ЧВК  3245175. PMID  21948594.
  2. ^ «Открыта база данных по открытию новых лекарств с полумиллионом соединений | Wellcome». wellcome.ac.uk. 18 января 2010 г.. Получено 31 августа 2019.
  3. ^ а б c Бендер, А (2010). «Базы данных: составные биоактивности становятся общедоступными». Природа Химическая Биология. 6 (5): 309. Дои:10.1038 / nchembio.354.
  4. ^ Оверингтон Дж. (Апрель 2009 г.). «ChEMBL. Интервью с Джоном Оверингтоном, руководителем группы по хемогеномике в отделении Европейского института биоинформатики Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL-EBI). Интервью Венди А. Уорр». J. Comput.-Aided Mol. Des. 23 (4): 195–8. Bibcode:2009JCAMD..23..195 Вт. Дои:10.1007 / s10822-009-9260-9. PMID  19194660. S2CID  2946417.
  5. ^ Mok, N. Yi; Бренк, Рут (24 октября 2011 г.). «Разработка базы данных ChEMBL: эффективный процесс химиоинформатики для сборки библиотеки скрининга, ориентированной на ионные каналы». J. Chem. Инф. Модель. 51 (10): 2449–2454. Дои:10.1021 / ci200260t. ЧВК  3200031. PMID  21978256.
  6. ^ Brenk, R; Шинпани, А; Джеймс, Д.; Красовский, А (март 2008 г.). «Уроки, извлеченные из создания скрининговых библиотек для открытия лекарств от забытых болезней». ChemMedChem. 3 (3): 435–44. Дои:10.1002 / cmdc.200700139. ЧВК  2628535. PMID  18064617.
  7. ^ ЧЭМБЛ-ог (15 ноября 2010 г.), ChEMBL_08 Выпущен, получено 2010-11-15
  8. ^ ЧЭМБЛ-ог (6 июня 2011 г.), Выпущен ЧЭМБЛ_10, получено 2011-06-09
  9. ^ Беллис, Л. Дж .; и другие. (2011). «Сопоставление и анализ данных литературных данных о биоактивности для открытия лекарств». Сделки биохимического общества. 39 (5): 1365–1370. Дои:10.1042 / BST0391365. PMID  21936816.
  10. ^ Дэвис, М; и другие. (2015). "ADME SARfari: Сравнительная геномика систем метаболизма лекарств". Биоинформатика. 31 (10): 1695–1697. Дои:10.1093 / биоинформатика / btv010. ЧВК  4426839. PMID  25964657. Получено 2015-01-08.

внешняя ссылка