EcoRI - EcoRI
| ЭкоRI | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | ЭкоRI | ||||||||
| Pfam | PF02963 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR004221 | ||||||||
| SCOP2 | 1na6 / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| CDD | 79lll | ||||||||
| |||||||||
ЭкоRI (произносится как «eco R one») является ограничением эндонуклеаза фермент, выделенный из видов Кишечная палочка. Это рестрикционный фермент, который расщепляет двойные спирали ДНК на фрагменты в определенных сайтах, а также является частью система модификации ограничений. В Эко часть названия фермента происходит от вида, от которого он был выделен - «E» обозначает родовое название, которое является «Escherichia», а «co» обозначает название вида, «coli» - в то время как R обозначает конкретный штамм, в данном случае RY13 , а I означает, что это был первый фермент, выделенный из этого штамма.
В молекулярная биология он используется как рестрикционный фермент. ЭкоRI создает 4 нуклеотида липкие концы с 5 'конец свесы ААТТ. Последовательность распознавания нуклеиновой кислоты, в которой фермент разрезает, представляет собой G / AATTC, которая имеет палиндромный, комплементарная последовательность CTTAA / G. Знак / в последовательности указывает, какую фосфодиэфирную связь фермент разорвет в молекуле ДНК. Другие рестрикционные ферменты, в зависимости от их участков разреза, также могут оставлять 3 'выступы или тупые концы без выступов.
Структура
Первичная структура
ЭкоRI содержит мотив PD..D / EXK в своем активном сайте, как и многие другие эндонуклеазы рестрикции.
Третичная и четвертичная структура
Фермент - это гомодимер субъединицы 31 килодальтон, состоящей из одного глобулярного домена архитектуры α / β. Каждая субъединица содержит петлю, которая выступает из глобулярного домена и при связывании оборачивается вокруг ДНК.[1][2]
ЭкоRI был сокристаллизован с последовательностью, которую он обычно разрезает. Этот кристалл был использован для решения структуры комплекса 1QPS. Решенная кристаллическая структура показывает, что субъединицы фермента гомодимер симметрично взаимодействуют с ДНК.[1] В комплексе два α-спирали из каждой субъединицы собираются вместе, чтобы сформировать пучок из четырех спиралей.[3] На взаимодействующих спиралях находятся остатки Glu144 и Arg145, которые взаимодействуют вместе, образуя перекрестное кольцо, которое, как полагают, позволяет двум активным сайтам фермента взаимодействовать.[4]
Использует
Ферменты рестрикции, такие как ЭкоRI, используются в широком спектре методов молекулярной генетики, включая клонирование, ДНК-скрининг и удаление участков ДНК in vitro. Ферменты рестрикции, например ЭкоRI, которые генерируют липкие концы ДНК часто используются для разрезания ДНК до перевязка, так как липкие концы делают реакция лигирования более эффективным. ЭкоRI может демонстрировать резку без привязки к конкретному месту, известную как звездная активность в зависимости от условий, присутствующих в реакции. Условия, которые могут вызвать звездную активность при использовании ЭкоRI включают низкую концентрацию соли, высокую концентрацию глицерина, чрезмерное количество фермента, присутствующего в реакции, высокий pH и загрязнение некоторыми органическими растворителями. Разрез, сделанный ферментом Eco RI, приводит к образованию липких концов на векторе, в основном плазмидах или вирусных ДНК.[5]
Смотрите также
- ЭкоРИИ, еще один фермент нуклеазы из Кишечная палочка.
- EcoRV, еще один фермент нуклеазы из Кишечная палочка.
Рекомендации
- ^ а б Pingoud A, Jeltsch A (сентябрь 2001 г.). «Структура и функция эндонуклеаз рестрикции II типа». Исследования нуклеиновых кислот. 29 (18): 3705–27. Дои:10.1093 / nar / 29.18.3705. ЧВК 55916. PMID 11557805.
- ^ Курпевский М.Р., Энглер Л.Е., Возняк Л.А., Кобылянска А., Козиолкевич М., Стец В.Дж., Джен-Якобсон Л. (октябрь 2004 г.). «Механизмы связи между специфичностью распознавания ДНК и катализом в эндонуклеазе EcoRI». Структура. 12 (10): 1775–88. Дои:10.1016 / j.str.2004.07.016. PMID 15458627.
- ^ Bitinaite J, Wah DA, Aggarwal AK, Schildkraut I (сентябрь 1998 г.). «Димеризация FokI необходима для расщепления ДНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 95 (18): 10570–5. Bibcode:1998PNAS ... 9510570B. Дои:10.1073 / пнас.95.18.10570. ЧВК 27935. PMID 9724744.
- ^ Ким YC, Грейбл JC, Любовь R, Грин PJ, Розенберг JM (сентябрь 1990). «Уточнение кристаллической структуры эндонуклеазы Eco RI: пересмотренное отслеживание белковой цепи». Наука. 249 (4974): 1307–9. Bibcode:1990Sci ... 249.1307K. Дои:10.1126 / science.2399465. PMID 2399465.
- ^ «Архивная копия». Архивировано из оригинал на 2012-10-15. Получено 2010-01-21.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)
