GLIPR1 - GLIPR1

PDB 3q2r раскрашен цепочкой и вид спереди.
GLIPR1
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыGLIPR1, CRISP7, GLIPR, RTVP1, связанные с патогенезом GLI 1
Внешние идентификаторыOMIM: 602692 MGI: 1920940 ГомолоГен: 21357 Генные карты: GLIPR1
Расположение гена (человек)
Хромосома 12 (человек)
Chr.Хромосома 12 (человек)[1]
Хромосома 12 (человек)
Геномное расположение GLIPR1
Геномное расположение GLIPR1
Группа12q21.2Начинать75,480,753 бп[1]
Конец75,503,863 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE GLIPR1 214085 x at fs.png

PBB GE GLIPR1 204222 s в формате fs.png

PBB GE GLIPR1 204221 x at fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

11010

73690

Ансамбль

ENSG00000139278

ENSMUSG00000056888

UniProt

P48060

Q9CWG1

RefSeq (мРНК)

NM_006851

NM_028608

RefSeq (белок)

NP_006842

NP_082884

Расположение (UCSC)Chr 12: 75,48 - 75,5 МбChr 10: 111.99 - 112 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Белок 1, связанный с патогенезом глиомы это белок что у людей кодируется GLIPR1 ген.[5][6][7]

Функция

Этот ген кодирует белок, похожий на оба белок, связанный с патогенезом (PR) суперсемейство и богатый цистеином секреторный белок (CRISP) семья.[7]

Открытие

Предыдущее открытие RTVP1 (GLIPR1) в качестве гена-мишени p53 с функцией подавления опухолей побудило исследователей начать общегеномную гомология последовательностей поиск генов, подобных RTVP1 / GLIPR1 (GLIPR1L).[8] p53, ген-супрессор опухоли является наиболее часто мутируемым геном рака человека.[8] Мутация в гене p53 может привести к клеточным нарушениям, таким как: злокачественный рост и метсастатис.[9][10][11] Человеческий GLIPR1 был первоначально идентифицирован у человека. глиобластома и был назван GLIPR1 (белок 1, связанный с патогенезом глиомы)[12] или RTVP1 (относящийся к семенникам, веспиду и белку патогенеза 1).[13] Кроме того, он был идентифицирован как маркер дифференцировки миеломоцитов в макрофаг.[14] Кластерные белки RTVP-1 обладают значительной гомологией последовательностей с членами суперсемейства (PR) и белками семейства CRISP.[8]

Структура

Структура белка: GLIPR1 имеет две изомерные формы, идентификатор: P48060-1 и P48060-2, который кодирует 266 (30 366 да) и 236 (26, 919 да) аминокислот.[15] [2] Белки GLIPR1 содержат следующие домены:

• SCP: SCP-подобный домен внеклеточного белка • CAP: семейство секреторных белков, богатых цистеином

Эти предсказанные трансмембранные домены а делают их уникальными для белков САР млекопитающих и не представлены ни в каких других изоформах GLIPR1.[16] CAP домен структурно консервативен 15 кДа цистин rich, который исторически назывался SCP, NCBI cd00168 pr Pfam00188.[8][15]

Расположение гена

Гены GLIPR1L и Glipr1l расположены очень близко к RTVP1 в пределах 170 т.п.н., у человека они находятся в хромосоме 12q21 и в хромосома 10D1 у мыши (рис. 1А и 1В).[8] У человека ген GLIPR1 расположен на длинном (q) плече хромосомы 12 из пары оснований 71500001-75700000 (Build GRCh37 / hg19).(карта)[17]

Экспрессия гена

GlIPR1 очень тканеспецифичен с высоким уровнем мРНК, при этом экспрессия GLIPR1L1 характеризуется очень высокими уровнями мРНК в семенниках, но мало следов в мочевом пузыре с последующей неопределяемой экспрессией в простате, почках, легких и костном мозге.[8] Выражение GLIPR1L2 было сходным с GLIPR1L1.[8]

Клиническое значение

Исследование показало, что промотор GLIPR1 человека сильно метилирован в тканях рака простаты по сравнению с нормальной тканью простаты, что коррелирует со сниженным уровнем экспрессии GLIPR1. Следовательно, предполагается, что GLIPR1 действует как опухолевый супрессор, который подвергается эпигенетический инактивация при раке простаты.[18][15]Это уникальное свойство GLIPR1 может быть эффективным для контроля злокачественные новообразования.[19] Доклинические исследования показали значительное подавление роста опухоли, когда AdGLIPR1 вводили непосредственно в рак простаты с использованием иммунокомпетентный ортотопический модель мыши.[19]

Гомология с механизмом защиты растений

GLIPR1 демонстрирует 35% идентичность аминокислотной последовательности с белком P14a, связанным с патогенезом томатов (PR), который играет важную роль в механизме защиты растений.[20] Сравнение этих двух белков привело к идентификации общего частично экспонированного растворителем пространственного кластера из четырех аминокислотных остатков, His-69, Glu-88, Glu-110 и His-127 в нумерации GliPR, что указывает на общий предполагаемый активный сайт для белков GliPR и PR-1, обеспечивающих функциональную связь между иммунной системой человека и системой защиты растений.[20]

Типы рака / позиции SNP

Графическое представление количества позиций, затронутых типом рака по сравнению с типом рака, и количества типов рака по сравнению с положением в аминокислотной последовательности, представлено по ссылке.[3]

Число типов рака в зависимости от положения в аминокислотной последовательности
Количество позиций, затронутых видами рака по сравнению с типом рака

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000139278 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000056888 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Мерфи Э.В., Чжан Ю., Чжу В., Биггс Дж. (Июнь 1995 г.). «Белок, связанный с патогенезом глиомы человека, структурно родственен белкам, связанным с патогенезом растений, и его ген специфически экспрессируется в опухолях головного мозга». Ген. 159 (1): 131–5. Дои:10.1016 / 0378-1119 (95) 00061-А. PMID  7607567.
  6. ^ Рич Т., Чен П., Фурман Ф., Хюинь Н., Израиль Массачусетс (ноябрь 1996 г.). «RTVP-1, новый ген человека со сходной последовательностью с генами различных видов, экспрессируется в линиях опухолевых клеток глиального, но не нейронального происхождения». Ген. 180 (1–2): 125–30. Дои:10.1016 / S0378-1119 (96) 00431-3. PMID  8973356.
  7. ^ а б «Ген Entrez: GLIPR1, связанный с патогенезом GLI 1 (глиома)».
  8. ^ а б c d е ж грамм Ren C, Ren CH, Li L, Goltsov AA, Thompson TC (август 2006 г.). «Идентификация и характеристика генов, подобных RTVP1 / GLIPR1, нового кластера целевых генов p53». Геномика. 88 (2): 163–72. Дои:10.1016 / j.ygeno.2006.03.021. PMID  16714093.
  9. ^ Холлштейн М., Сидранский Д., Фогельштейн Б., Харрис С.К. (июль 1991 г.). «мутации p53 при раке человека». Наука. 253 (5015): 49–53. Bibcode:1991Наука ... 253 ... 49H. Дои:10.1126 / science.1905840. PMID  1905840.
  10. ^ Стэплтон А.М., Тимм Т.Л., Гусс А.Е., Ли К.Ф., Тобон А.А., Каттан М.В., Славин К.М., Уиллер Т.М., Скардино П.Т., Томпсон Т.С. (август 1997 г.). «Первичные клетки рака простаты человека, несущие мутации p53, клонально размножаются до метастазов». Клинические исследования рака. 3 (8): 1389–97. PMID  9815823.
  11. ^ Томпсон Т.С., Пак С.Х., Тимм Т.Л., Рен С., Истхэм Дж. А., Донхауэр Л.А., Брэдли А., Кадмон Д., Ян Дж. (Март 1995 г.). «Потеря функции p53 приводит к метастазированию в рак простаты мыши, инициированный ras + myc». Онкоген. 10 (5): 869–79. PMID  7534899.
  12. ^ Мерфи Э.В., Чжан Ю., Чжу В., Биггс Дж. (Июнь 1995 г.). «Белок, связанный с патогенезом глиомы человека, структурно родственен белкам, связанным с патогенезом растений, и его ген специфически экспрессируется в опухолях головного мозга». Ген. 159 (1): 131–5. Дои:10.1016 / 0378-1119 (95) 00061-а. PMID  7607567.
  13. ^ Рич Т., Чен П., Фурман Ф., Хюинь Н., Израиль Массачусетс (ноябрь 1996 г.). «RTVP-1, новый ген человека, последовательность которого сходна с генами различных видов, экспрессируется в линиях опухолевых клеток глиального, но не нейронального происхождения». Ген. 180 (1–2): 125–30. Дои:10.1016 / s0378-1119 (96) 00431-3. PMID  8973356.
  14. ^ Gingras MC, Марголин JF (январь 2000 г.). «Дифференциальная экспрессия множества неожиданных генов во время дифференцировки клеток U937 и макрофагов, обнаруженная с помощью супрессивной субтрактивной гибридизации». Экспериментальная гематология. 28 (1): 65–76. Дои:10.1016 / s0301-472x (99) 00126-5. PMID  10658678.
  15. ^ а б c Гиббс Г.М., Руланц К., О'Брайан М.К. (декабрь 2008 г.). «Суперсемейство CAP: богатые цистеином секреторные белки, антиген 5 и белки, связанные с патогенезом 1 - роль в репродукции, раке и иммунной защите». Эндокринные обзоры. 29 (7): 865–97. Дои:10.1210 / er.2008-0032. PMID  18824526.
  16. ^ Асохо О.А., Коски Р.А., Бонафе Н. (октябрь 2011 г.). «Структурные исследования белка 1, связанного с патогенезом глиомы человека». Acta Crystallographica Раздел D. 67 (Пт 10): 847–55. Дои:10.1107 / S0907444911028198. ЧВК  3176621. PMID  21931216.
  17. ^ Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США [1]
  18. ^ Рен С., Ли Л., Ян Дж., Тимме Т.Л., Гольцов А., Рен С., Джи Х, Аддаи Дж., Ло Х., Иттманн М.М., Томпсон Т.С. (февраль 2004 г.). «RTVP-1, опухолевый супрессор, инактивированный метилированием при раке простаты». Исследования рака. 64 (3): 969–76. Дои:10.1158 / 0008-5472.can-03-2592. PMID  14871827.
  19. ^ а б Томпсон TC (июль 2010 г.). "Белок 1, связанный с патогенезом глиомы: опухолевые супрессоры и терапевтический потенциал". Йонсей Медицинский журнал. 51 (4): 479–83. Дои:10.3349 / ymj.2010.51.4.479. ЧВК  2880257. PMID  20499410.
  20. ^ а б Шиперски Т., Фернандес С., Мументалер С., Вютрих К. (март 1998 г.). «Сравнение структуры белка GliPR, связанного с патогенезом глиомы человека, и белка P14a, связанного с патогенезом растений, указывает на функциональную связь между иммунной системой человека и системой защиты растений». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 95 (5): 2262–6. Bibcode:1998ПНАС ... 95.2262С. Дои:10.1073 / пнас.95.5.2262. ЧВК  19313. PMID  9482873.

дальнейшее чтение