Geobacillus stearothermophilus - Geobacillus stearothermophilus

Geobacillus stearothermophilus
Научная классификация
Королевство:
Бактерии
Тип:
Фирмикуты
Учебный класс:
Бациллы
Заказ:
Бациллы
Семья:
Bacillaceae
Род:
Геобациллы
Разновидность:
G. stearothermophilus
Биномиальное имя
Geobacillus stearothermophilus

Geobacillus stearothermophilus (ранее Bacillus stearothermophilus)[1][2] стержневидный, Грамположительный бактерия и член отдела Фирмикуты. Бактерия - это термофил и широко распространен в почве, горячих источниках, океанических отложениях и является причиной порчи пищевых продуктов. Он будет расти в диапазоне температур от 30 до 75 ° C. Некоторые штаммы способны аэробно окислять окись углерода. Он обычно используется в качестве возбудителя для стерилизация валидационные исследования и периодическая проверка циклов стерилизации. В биологический индикатор содержит споры микроорганизма на фильтровальной бумаге внутри флакона. После стерилизации крышка закрывается, ампула с питательной средой внутри флакона раздавливается и весь флакон подвергается обработке. инкубированный. Цвет и / или мутность изменение указывает на результаты процесса стерилизации; отсутствие изменений указывает на то, что условия стерилизации были достигнуты, в противном случае рост спор указывает на то, что процесс стерилизации не был соблюден. Недавно с флуоресцентной меткой штамм Rapid Readout (tm) используется для проверки стерилизации, поскольку видимая синяя флуоресценция появляется примерно за одну десятую времени, необходимого для изменения цвета индикатора pH, а недорогой датчик света может обнаружить растущие колонии.

Биологические индикаторы используются вместе с химические индикаторы и индикаторы процесса для проверки процессов стерилизации.

Впервые он был описан в 1920 году как Bacillus stearothermophilus,[3] но вместе с Bacillus thermoglucosidasius, он был реклассифицирован как представитель рода Геобациллы в 2001.[4]

Приложения в молекулярной биологии

ДНК-полимераза

ДНК-полимераза I
Идентификаторы
ОрганизмGeobacillus stearothermophilus
СимволPolA
PDB2XY5
UniProtE1C9K5
Термостабильная интронная обратная транскриптаза группы II GsI-IIC
Идентификаторы
ОрганизмGeobacillus stearothermophilus
СимволTRT
PDB6AR1
UniProtE2GM63

Недавно ДНК-полимераза полученные из этих бактерий, Bst полимераза, стала важной в приложениях молекулярной биологии.

Bst полимераза имеет геликаза -подобная активность, позволяющая раскручивать нити ДНК. Оптимальная рабочая температура составляет от 60 до 65 ° C. денатурированный при температуре выше 70 ° C. Эти функции делают его полезным в петлевой изотермической амплификации (LAMP).[5] LAMP похож на полимеразная цепная реакция (ПЦР) но не требует стадии высокой температуры (96 ° C), необходимой для денатурирования ДНК.

Обратная транскриптаза

В 2013 г. термостабильный интрон группы II обратная транскриптаза (TGIRT), GsI-IIC-MRF, с G. stearothermophilus было обнаружено, что сохраняет активность до 70 ° C и проявляет высокую процессивность и низкий уровень ошибок.[6] Эти свойства делают этот фермент полезным для обратной транскрипции длинных и / или высокоструктурированных РНК молекулы. Метод для определение вторичной структуры РНК, DMS-MaPseq, использует этот фермент, потому что он точно преобразует нормальную РНК в ДНК, но вносит мутации в неспаренные основания, которые были метилированный к диметилсульфат, а мутации можно идентифицировать с помощью последовательность действий.[7]

Рекомендации

  1. ^ Куревиц, А; Динсдейл, AE; Халкет, G; Леббе, Л; Де Вос, П; Ван Ландсхут, А; Логан, Северная Каролина (июль 2012 г.). "Таксономическая ревизия рода Geobacillus: исправление Geobacillus, G. stearothermophilus, G. jurassicus, G. toebii, G. thermodenitrificans и G. thermoglucosidans (ном. Корриг., Ранее" термоглюкозидаз "); перенос Bacillus genus thermantarcticus в род как G. thermantarcticus comb. nov .; предложение Caldibacillus debilis gen. nov., comb. nov .; перенос G. tepidamans в Anoxybacillus как A. tepidamans comb. nov .; и предложение Anoxybacillus caldiproteolyticus sp. nov ". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 62 (Pt 7): 1470–85. Дои:10.1099 / ijs.0.030346-0. PMID  21856988.
  2. ^ «Уведомление о появлении новых имен и новых комбинаций в части 2 тома 50 IJSEM» (PDF). Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 51 (3): 795–6. 2001. Дои:10.1099/00207713-51-3-795. PMID  11411700. Архивировано из оригинал (PDF) на 2009-03-26. Получено 2007-09-07.
  3. ^ ДОНК П.Д .: Очень устойчивый термофильный организм » Журнал бактериологии 1920; 5, 373-374.
  4. ^ Т. Н. Назина; Т. П. Турова; А. Б. Полтараус; Е. В. Новикова; А. А. Григорян; Иванова А.Е .; Лысенко А.М. В. В. Петруняка; Осипов Г.А.; С. С. Беляев, М. В. Иванов (2001). «Таксономическое исследование аэробных термофильных бацилл: описание Geobacillus subterraneus gen. Nov., Sp. Nov. И Geobacillus uzenensis sp. Nov. Из нефтяных резервуаров и перенос Bacillus stearothermophilus, Bacillus thermocatenulatus, Bacillus thermolemoleovorans, Bacillus thermolemoleovorans, как новые комбинации G. stearothermophilus, G. th ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 51 (2): 433–446. Дои:10.1099/00207713-51-2-433. PMID  11321089.
  5. ^ Мори Ю., Хирано Т., Нотоми Т. (2006). «Последовательное визуальное обнаружение реакций LAMP путем добавления катионных полимеров». BMC Biotechnol. 6: 3. Дои:10.1186/1472-6750-6-3. ЧВК  1373654. PMID  16401354.
  6. ^ Mohr, S .; Ghanem, E .; Smith, W .; Sheeter, D .; Qin, Y .; King, O .; Polioudakis, D .; Айер, В. Р .; Hunicke-Smith, S .; Swamy, S .; Куэрстен, С. (01.07.2013). «Термостабильные слитые белки с интронной обратной транскриптазой группы II и их использование в синтезе кДНК и секвенировании РНК следующего поколения». РНК. 19 (7): 958–970. Дои:10.1261 / rna.039743.113. ISSN  1355-8382. ЧВК  3683930. PMID  23697550.
  7. ^ Зубрадт, Меган; Гупта, Паромита; Персад, Ситара; Ламбовиц, Алан М; Вайсман, Джонатан С; Рускин, Сильви (07.11.2016). «DMS-MaPseq для полногеномного или целевого исследования структуры РНК in vivo». Методы природы. 14 (1): 75–82. Дои:10.1038 / nmeth.4057. ISSN  1548-7091. ЧВК  5508988. PMID  27819661.

внешняя ссылка