Транспозон HAT - HAT transposon

hAT транспозоны являются суперсемейством Транспозоны ДНК, или Класс II сменные элементы, которые распространены в геномы растений, животных и грибов.[1][2][3]

Номенклатура и классификация

Надсемейства идентифицируются общими Последовательность ДНК и способность отвечать на то же транспозаза.[1] Общие особенности транспозонов hAT включают размер 2,5-5 килобазы с коротким концевые инвертированные повторы и короткие дупликации фланкирующих сайтов-мишеней, возникающие в процессе транспозиции.[3]

Название суперсемейства hAT происходит от трех его членов: бродяга элемент из Drosophila melanogaster, то Активатор или Ac элемент из Zea Mays, а Там3 элемент из Antirrhinum majus.[4] Суперсемейство было разделено на биоинформатика анализ по крайней мере на два кластера, определяемых их филогенетический отношения: Ac семья и Бастер семья.[1] Совсем недавно третья группа назвала Подсказка был описан.[3]

Члены семьи

Суперсемейство транспозонов hAT включает в себя первый обнаруженный транспозон, Ac от Zea Mays (кукуруза ), о чем впервые сообщил Барбара МакКлинток.[1][5] МакКлинток был награжден Нобелевская премия по физиологии и медицине в 1983 г. за это открытие.[6] В семейство также входит подгруппа, известная как космические захватчики или ВРАЩЕНИЕ элементы, которые имеют очень высокие копировать числа в некоторых геномах и которые являются одними из наиболее эффективных известных транспозонов. Хотя ни один из существующих активных примеров неизвестен, лабораторные консенсусные последовательности активных элементов SPIN способны генерировать высокие копировать числа при попадании в клетки самых разных видов.[1][7]

Распределение

Транспозоны hAT широко распространены в эукариотический геномы, но активны не у всех организмов. Последовательности неактивных транспозонов hAT присутствуют в млекопитающее геномы, в том числе человеческий геном;[1] они относятся к семействам транспозонов, которые, как полагают, присутствовали в позвоночное животное геном.[8] Среди млекопитающих геном маленькой коричневой летучей мыши Myotis lucifugus отличается относительно высоким и недавно приобретенным количеством неактивных транспозонов hAT.[1]

Распределение ВРАЩЕНИЕ элементы неоднородны и плохо связаны с известными филогенетическими отношениями, что наводит на предположения, что эти элементы могли распространиться через горизонтальный перенос генов.[1][7]

Одомашнивание

Говорят, что транспозоны Exapted или «одомашнены», когда они приобрели функциональные роли в геноме хозяина. Несколько последовательностей, эволюционно связанных с семейством hAT, были обнаружены у различных организмов, включая Homo sapiens.[1] Примером может служить ZBED семейство генов, которые кодируют группу цинковый палец -содержащие регуляторные белки.[9]

использованная литература

  1. ^ а б c d е ж г час я Аренсбургер, Питер; Hice, Роберт Х .; Чжоу, Лицинь; Смит, Райан С .; Том, Ариана С .; Райт, Дженнифер А .; Кнапп, Джошуа; O'Brochta, David A .; Craig, Nancy L .; Аткинсон, Питер У. (май 2011 г.). «Филогенетическая и функциональная характеристика надсемейства транспозонов». Генетика. 188 (1): 45–57. Дои:10.1534 / генетика.111.126813. ЧВК  3120152. PMID  21368277.
  2. ^ Кемпкен, Франция; Виндхофер, Ф (апрель 2001 г.). «Семейство hAT: универсальная группа транспозонов, общая для растений, грибов, животных и человека». Хромосома. 110 (1): 1–9. Дои:10.1007 / s004120000118. PMID  11398971.
  3. ^ а б c Россато, Дирлеане Оттонелли; Людвиг, Адриана; Депра, Мариндия; Loreto, Elgion L.S .; Руис, Альфредо; Валенте, Вера Л. С. (февраль 2014 г.). «BuT2 является членом третьей основной группы транспозонов hAT и участвует в событиях горизонтального переноса в роде Drosophila». Геномная биология и эволюция. 6 (2): 352–365. Дои:10.1093 / gbe / evu017. ЧВК  3942097. PMID  24459285.
  4. ^ Рубин, Е; Литвик, Дж; Леви, AA (июль 2001 г.). «Структура и эволюция суперсемейства транспозонов hAT». Генетика. 158 (3): 949–57. ЧВК  1461711. PMID  11454746.
  5. ^ МакКлинток, Б. (июнь 1950 г.). «Происхождение и поведение изменчивых локусов кукурузы». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 36 (6): 344–55. Дои:10.1073 / pnas.36.6.344. ЧВК  1063197. PMID  15430309.
  6. ^ "Нобелевская премия по физиологии и медицине 1983 г.". Nobelprize.org. Получено 8 сентября 2018.
  7. ^ а б Li, X .; Ewis, H .; Hice, R.H .; Malani, N .; Parker, N .; Чжоу, L .; Feschotte, C .; Бушман, Ф. Д .; Аткинсон, П. У .; Крейг, Н. Л. (22 октября 2012 г.). «Воскресший переносимый элемент hAT млекопитающего и близкородственный элемент насекомого очень активны в культуре клеток человека». Труды Национальной академии наук. 110 (6): E478 – E487. Дои:10.1073 / pnas.1121543109.
  8. ^ Шалопен, Домитиль; Навилль, Магали; Плард, Флориан; Галиана, Дельфина; Вольф, Жан-Николя (февраль 2015 г.). «Сравнительный анализ мобильных элементов подчеркивает разнообразие и эволюцию мобилом у позвоночных». Геномная биология и эволюция. 7 (2): 567–580. Дои:10.1093 / gbe / evv005.
  9. ^ Хейворд, Александр; Газаль, Авайса; Андерссон, Горан; Андерссон, Лейф; Джерн, Патрик; Робинсон-Рехави, Марк (22 марта 2013 г.). «Эволюция ZBED: многократное использование транспозонов ДНК в качестве регуляторов разнообразных функций хозяина». PLoS ONE. 8 (3): e59940. Дои:10.1371 / journal.pone.0059940. ЧВК  3606216. PMID  23533661.