HNRPU - HNRPU

HNRNPU
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	1ZRJ
Идентификаторы
Псевдонимы	HNRNPU, HNRPU, SAF-A, U21.1, hnRNP U, SAFA, HNRNPU-AS1, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин U (фактор прикрепления каркаса A), гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин U, HNRNPU антисмысловая РНК 1, C1 GRorf199, NCRNAIP001201, EI201
Внешние идентификаторы	OMIM: 602869 MGI: 1858195 ГомолоГен: 22991 Генные карты: HNRNPU
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 1 (человек)
Конец	244,864,560 бп
Экспрессия РНК шаблон
	; ; ; ;
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• связывание нуклеотидов; • GO: 0001948 связывание с белками; • связывание теломеразной РНК; • Связывание РНК; • Связывание ядра РНК-полимеразы II; • Связывание фактора транскрипции класса TFIIH; • Связывание ДНК; • связывание хроматина; • связывание двухцепочечной ДНК; • связывание одноцепочечной ДНК; • GO: 0001106 транскрипционная корепрессорная активность; • связывание двухцепочечной РНК; • связывание одноцепочечной РНК; • Связывание мРНК 3'-UTR; • связывание актина; • поли (А) переплет; • связывание мяРНК; • связывание поли (C) РНК; • связывание хроматина с ДНК; • поли (G) связывание; • связывание пре-мРНК; • связывание рибонуклеопротеинового комплекса; • GO: 0032403 связывание макромолекулярного комплекса; • Последовательно-специфичное связывание двухцепочечной ДНК; • Связывание АТФ; • идентичное связывание с белками; • последовательное связывание ДНК; • Связывание С-концевого домена РНК-полимеразы II; • промотор-специфическое связывание хроматина; • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II;
Сотовый компонент	• CRD-опосредованный комплекс стабильности мРНК; • цитоплазма; • каталитическая стадия 2 сплайсосомы; • мембрана; • нуклеоплазма; • теломеразный холоферментный комплекс; • цитоплазматическая гранула рибонуклеопротеина; • сплайсосомальный комплекс; • ядро клетки; • внеклеточный матрикс; • ядерная хромосома; • поверхность клетки; • ядерная матрица; • ядерное пятнышко; • макромолекулярный комплекс; • Комплекс факторов транскрипции РНК-полимеразы II; • неактивная половая хромосома; • рибонуклеопротеин; • кинетохора; • центросома; • середина тела; • митотическое веретено; • средняя зона митотического веретена; • микротрубочка митотического веретена; • хромосома, центромерная область; • Кинетохора конденсированной хромосомы; • полюс шпинделя; • хромосома; • центр организации микротрубочек; • шпиндель; • цитоскелет; • дендритная цитоплазма;
Биологический процесс	• CRD-опосредованная стабилизация мРНК; • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы; • Обработка РНК; • отрицательная регуляция поддержания теломер через теломеразу; • ритмический процесс; • обработка мРНК; • дифференцировка остеобластов; • Сплайсинг РНК; • Метаболический процесс РНК; • положительная регуляция экспрессии генов; • циркадная регуляция экспрессии генов; • развитие клеток сердечной мышцы; • клеточный ответ на стимул дексаметазона; • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • регуляция альтернативного сплайсинга мРНК через сплайсосомы; • дозовая компенсация за счет инактивации Х-хромосомы; • отрицательная регуляция киназной активности; • отрицательная регуляция элонгации транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • стабилизация мРНК; • поддержание местоположения белка в ядре; • клеточный ответ на глюкокортикоидный стимул; • Локализация РНК в хроматине; • положительная регуляция активности ДНК-топоизомеразы (АТФ-гидролизирующая); • положительное регулирование пролиферации стволовых клеток; • регуляция митотического клеточного цикла; • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • регуляция сборки митотического веретена; • GO: 1903308 регуляция организации хроматина; • положительная регуляция прикрепления микротрубочек митотического веретена к кинетохоре; • локализация белка в микротрубочке веретена; • клеточный ответ на фактор ингибирования лейкемии; • отрицательная регуляция дифференцировки стволовых клеток; • организация хроматина; • клеточный цикл; • развитие многоклеточного организма; • дифференциация клеток; • деление клеток; • положительное регулирование дифференцировки коричневых жировых клеток; • дендритный транспорт комплекса рибонуклеопротеидов-мессенджеров; • адаптивный термогенез;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	3192
	51810
	ENSG00000153187
	ENSMUSG00000039630
	Q00839; Q5RI18
	Q8VEK3
	NM_004501; NM_031844
	NM_016805
	NP_004492; NP_114032
	NP_058085
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин U это белок что у людей кодируется HNRNPU ген.^[4]^[5]

Функция

Этот ген принадлежит к подсемейству повсеместно экспрессируемых гетерогенных ядерных рибонуклеопротеидов (hnRNP). HnRNP - это РНК-связывающие белки, которые образуют комплексы с гетерогенной ядерной РНК (hnRNA). Эти белки связаны с пре-мРНК в ядре и, по-видимому, влияют на процессинг пре-мРНК и другие аспекты метаболизма и транспорта мРНК. В то время как все hnRNP присутствуют в ядре, некоторые, кажется, перемещаются между ядром и цитоплазмой. Белки hnRNP обладают отчетливыми свойствами связывания нуклеиновых кислот. Белок, кодируемый этим геном, содержит домен связывания РНК и специфичный для каркасной области (SAR) двудольный ДНК-связывающий домен. Считается также, что этот белок участвует в упаковке гяРНК в большие рибонуклеопротеиновые комплексы. Во время апоптоза этот белок расщепляется каспазозависимым образом. Расщепление происходит в сайте SALD, что приводит к потере ДНК-связывающей активности и сопутствующему отрыву этого белка от сайтов ядерной структуры. Но это расщепление не влияет на функцию кодируемого белка в метаболизме РНК. По крайней мере, два альтернативно сплайсированных варианта транскрипта были идентифицированы для этого гена.^[6]

Взаимодействия

ГНРПУ было показано взаимодействовать с:

дальнейшее чтение

Киледжиан М., Дрейфус Г. (1992). «Первичная структура и связывающая активность белка hnRNP U: связывание РНК через RGG-бокс». EMBO J. 11 (7): 2655–64. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1992.tb05331.x. ЧВК 556741. PMID 1628625.
Барел М., Бальбо М., Гофр А., Фраде Р. (1995). «Сайты связывания вируса Эпштейна-Барра и рецептора C3d (CR2, CD21) для его трех внутриклеточных лигандов, антионкопротеина p53, кальцийсвязывающего белка p68 и ядерного рибонуклеопротеина p120». Мол. Иммунол. 32 (6): 389–97. Дои:10.1016 / 0161-5890 (95) 00005-Г. PMID 7753047.
Сидоренко С.П., Закон CL, Чандран К.А., Кларк Е.А. (1995). "Человеческая тирозинкиназа селезенки p72Syk ассоциирует с киназой семейства Src p53 / 56Lyn и 120-кДа фосфопротеином". Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 92 (2): 359–63. Дои:10.1073 / пнас.92.2.359. ЧВК 42739. PMID 7831290.
Джордан П., Хейд Х, Кинзель В., Кюблер Д. (1995). «Основные протеиновые субстраты эктопротеинкиназы, расположенные на поверхности клетки, являются гомологами известных ядерных белков». Биохимия. 33 (49): 14696–706. Дои:10.1021 / bi00253a007. PMID 7993898.
Лю Кью, Дрейфус Джи (1996). «Новая ядерная структура, содержащая выживший белок двигательных нейронов». EMBO J. 15 (14): 3555–65. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00725.x. ЧВК 451956. PMID 8670859.
Фудзиока Ю., Матодзаки Т., Ногути Т., Ивамацу А., Ямао Т., Такахаши Н., Цуда М., Такада Т., Касуга М. (1997). «Новый мембранный гликопротеин SHPS-1, который связывает SH2-домен, содержащий протеинтирозинфосфатазу SHP-2, в ответ на митогены и клеточную адгезию». Мол. Клетка. Биол. 16 (12): 6887–99. Дои:10.1128 / MCB.16.12.6887. ЧВК 231692. PMID 8943344.
Деннехи KM, Broszeit R, Garnett D, Durrheim GA, Spruyt LL, Beyers AD (1997). «Активация тимоцитов вызывает ассоциацию фосфатидилинозитол-3-киназы и pp120 с CD5». Евро. J. Immunol. 27 (3): 679–86. Дои:10.1002 / eji.1830270316. PMID 9079809.
Малик К.Ф., Джаффе Х., Брэди Дж., Янг В.С. (1997). «Фактор POU класса III Brn-4 взаимодействует с другими факторами POU класса III и гетерогенным ядерным рибонуклеопротеином U». Brain Res. Мол. Brain Res. 45 (1): 99–107. Дои:10.1016 / S0169-328X (96) 00238-0. PMID 9105675.
Эггерт М., Мишель Дж., Шнайдер С., Борнфлет Х., Баниахмад А., Факельмайер Ф.О., Шмидт С., Ренкавиц Р. (1997). «Глюкокортикоидный рецептор связан с РНК-связывающим белком ядерного матрикса hnRNP U». J. Biol. Chem. 272 (45): 28471–8. Дои:10.1074 / jbc.272.45.28471. PMID 9353307.
Геринг Ф., Шваб Б.Л., Никотера П., Лейст М., Факельмайер Ф.О. (1998). «Новый SAR-связывающий домен фактора прикрепления каркаса A (SAF-A) является мишенью при апоптотическом разрушении ядра». EMBO J. 16 (24): 7361–71. Дои:10.1093 / emboj / 16.24.7361. ЧВК 1170336. PMID 9405365.
Хам Б., Чо ОН, Ким Дж. Э., Ким Ю. К., Ким Дж. Х., О Ю. Л., Чан С. К. (1998). «Белок, связывающий полипиримидиновый тракт, взаимодействует с HnRNP L.». FEBS Lett. 425 (3): 401–6. Дои:10.1016 / S0014-5793 (98) 00269-5. PMID 9563502.
Мацуи М., Бро В.К., Ивасаки С., Хагивара С., Тамай Ю., Мори С., Блум М.Л., Джерри МБ, Эдди Э.М., Такето М.М. (1999). «Сайт интеграции ретровируса Mintb, кодирующий мышиный гомолог hnRNP U.». J. Biochem. 125 (6): 1104–14. Дои:10.1093 / oxfordjournals.jbchem.a022392. PMID 10348913.
Ким МК, Никодем В.М. (2000). «hnRNP U ингибирует фосфорилирование карбоксиконцевого домена с помощью TFIIH и подавляет удлинение РНК-полимеразы II». Мол. Клетка. Биол. 19 (10): 6833–44. Дои:10.1128 / MCB.19.10.6833. ЧВК 84680. PMID 10490622.
Кипп M, Schwab BL, Przybylski M, Nicotera P, Fackelmayer FO (2000). «Апоптотическое расщепление фактора прикрепления каркаса A (SAF-A) каспазой-3 происходит в неканоническом сайте расщепления». J. Biol. Chem. 275 (7): 5031–6. Дои:10.1074 / jbc.275.7.5031. PMID 10671544.
Хуси Х., Уорд М.А., Чоудхари Д.С., Блэксток В.П., Грант С.Г. (2000). «Протеомный анализ сигнальных комплексов рецептор NMDA-белок адгезии». Nat. Неврологи. 3 (7): 661–9. Дои:10.1038/76615. HDL:1842/742. PMID 10862698.
Таниура Х., Йошикава К. (2002). «Некдин взаимодействует с рибонуклеопротеином hnRNP U в ядерном матриксе». J. Cell. Биохим. 84 (3): 545–55. Дои:10.1002 / jcb.10047. PMID 11813259.
Ли Дж, Бедфорд MT (2002). «PABP1, идентифицированный как субстрат аргининметилтрансферазы с использованием массивов белков высокой плотности». EMBO Rep. 3 (3): 268–73. Дои:10.1093 / embo-reports / kvf052. ЧВК 1084016. PMID 11850402.
Дэвис М., Хатзубай А., Андерсен Дж. С., Бен-Шушан Э, Фишер Г. З., Ярон А., Баускин А., Меркурио Ф, Манн М., Бен-Нерия Ю. (2002). «Псевдосубстратная регуляция убиквитинлигазы SCF (бета-TrCP) с помощью hnRNP-U». Genes Dev. 16 (4): 439–51. Дои:10.1101 / gad.218702. ЧВК 155337. PMID 11850407.

Эта статья о ген на хромосома человека 1 это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000153187 - Ансамбль, Май 2017

[2] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[3] «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid7509195-4] Fackelmayer FO, Richter A (март 1994). «hnRNP-U / SAF-A кодируется двумя дифференциально полиаденилированными мРНК в клетках человека». Biochim Biophys Acta. 1217 (2): 232–4. Дои:10.1016/0167-4781(94)90044-2. PMID 7509195.

[pmid8068679-5] Fackelmayer FO, Richter A (сентябрь 1994 г.). «Очистка двух изоформ hnRNP-U и характеристика их активности связывания нуклеиновых кислот». Биохимия. 33 (34): 10416–22. Дои:10.1021 / bi00200a024. PMID 8068679.

[entrez-6] «Ген Entrez: HNRNPU гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин U (фактор прикрепления каркаса А)».

[pmid11909954-7] Martens JH, Verlaan M, Kalkhoven E, Dorsman JC, Zantema A (апрель 2002 г.). «Элементы области прикрепления каркаса / матрикса взаимодействуют с комплексом фактора прикрепления А p300-каркаса и связываются ацетилированными нуклеосомами». Мол. Клетка. Биол. 22 (8): 2598–606. Дои:10.1128 / mcb.22.8.2598-2606.2002. ЧВК 133732. PMID 11909954.

[pmid10490622-8] Ким М.К., Никодем В.М. (октябрь 1999 г.). «hnRNP U ингибирует фосфорилирование карбоксиконцевого домена с помощью TFIIH и подавляет удлинение РНК-полимеразы II». Мол. Клетка. Биол. 19 (10): 6833–44. Дои:10.1128 / MCB.19.10.6833. ЧВК 84680. PMID 10490622.

[pmid9353307-9] Eggert M, Michel J, Schneider S, Bornfleth H, Baniahmad A, Fackelmayer FO, Schmidt S, Renkawitz R (ноябрь 1997 г.). «Глюкокортикоидный рецептор связан с РНК-связывающим белком ядерного матрикса hnRNP U». J. Biol. Chem. 272 (45): 28471–8. Дои:10.1074 / jbc.272.45.28471. PMID 9353307.

[pmid11813259-10] Таниура Х., Йошикава К. (2002). «Некдин взаимодействует с рибонуклеопротеином hnRNP U в ядерном матриксе». J. Cell. Биохим. 84 (3): 545–55. Дои:10.1002 / jcb.10047. PMID 11813259.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

HNRPU - HNRPU

Содержание

Функция

Взаимодействия

Рекомендации

дальнейшее чтение