HSH2D - HSH2D
Гемопоэтический домен SH2 Содержащий (HSH2D) белок - это белок кодируется гемопоэтическим SH2-доменом (HSH2D) ген.
Ген
HSH2D расположен на хромосома 19 на 19п13.11. Общие псевдонимы гена включают HSH2 (Гематопоэтический белок SH2) и ALX (Адаптер в лимфоцитах неизвестной функции X). В мРНК кодирует два основных изоформы. Изоформа 1, самая длинная изоформа, содержит семь экзоны. Ген охватывает от 16134028 до 16158575.
мРНК
Существуют две основные изоформы HSH2D. Изоформа 1 имеет семь экзонов и составляет 2403 бп в длину. Изоформа 2 имеет шесть экзонов и имеет длину 2936 п.н. Хотя изоформа 2 имеет более длинную мРНК, она все же продуцирует меньшую изоформу в зрелом белке. Изоформа 2 имеет вариант 5 ’UTR и другой стартовый кодон, а также более короткий N-конец.[1] МРНК имеет короткий 5 ' UTR и длинный 3 'UTR.
Протеин
Белок имеет молекулярную массу 39,0 килодальтон (кДа) и pI 6,678.[2] Основная особенность белка - это SH2 (Src гомологии ) домен, который является регионом, имеющим фосфотирозин рецепторов и важен во многих сигнальные молекулы.[3] Этот домен расположен от остатков 26-127.
В вторичная структура белка содержит спиральный участок вокруг остатков 40-50, лист между 60-70, спирали между 100-110, 135-145, 175-180, 200-225 и дополнительные листы между 235-240 и 295-300, показано на рисунке внизу разреза (спирали - фиолетовые стрелки, а листы - красные стрелки). Белок имеет несколько мест расположения посттрансляционные модификации, особенно фосфорилирование и О-гликозилирование GalNAc, которое, как было показано, играет роль при раке.[4]
В третичная структура белка не было подтверждено исследованиями, однако прогнозы с использованием И-ТАССЕР[5] программное обеспечение полезно для визуализации белка.
Выражение
На основе NCBI GEO[6] профили экспрессии и анализ EST, белок экспрессируется в узких пределах во всех тканях человека. Это сильно выражено в Костный мозг, CD4 + и CD8 + Т-клетки, лимфатический узел, молочная железа, селезенка, желудок, щитовидная железа, и тонкий кишечник ткань. Экспрессия повышается в случаях острого лимфобластного лейкоза, предшественника Т-лимфоцитов.[6] и снижается в клетках рака молочной железы, обработанных эстрогеном, что предполагает взаимодействие между белком и эстрогеном.
Функция
Функция белка HSH2D до сих пор полностью не изучена, однако было показано, что он играет роль в различных клеточных функциях, таких как апоптоз, заживление ран, факторы роста эндотелия сосудов, связанный с мембраной внутриклеточный трафик, биогенез липидных капель и ремоделирование коллагена. .[7] Также считается, что он играет роль в активации Т-клеток.[8]
Взаимодействующие белки
HSH2D взаимодействует с несколькими протоонкогены, в том числе протоонкоген ФЭС (ФЭС ) и протоонкоген CRK (CRK ). Он также подозревается во взаимодействии с другими белками, такими как тирозинкиназа не рецептор 2 (TRK2), PTEN-индуцированная предполагаемая киназа (PINK1) и Интерлейкин 2 (IL2).[9] Ниже приводится сводка этих белков с предполагаемыми функциями.
| Имя | Регистрационный номер NCBI | Функция |
|---|---|---|
| Протоонкоген ФЭС (ФЭС) | NP_001996.1 | Гемопоэз, факторы роста и передача сигналов рецепторами цитокинов. |
| Протоонкоген CRK (CRK) | NP_058431.2 | Адаптер, связывающийся с тирозин-фосфорилированными белками. Имеет домены SH2 и SH3 |
| Нерецептор тирозинкиназы 2 (TNK2) | NP_005772.3 | Тирозинкиназа, которая может быть связана с путями передачи сигнала фосфорилирования тирозина.[10] |
| Предполагаемая киназа, индуцированная PTEN (PINK1) | NP_115785.1 | Серин / треониновая протеинкиназа |
| Интерлейкин 2 (IL2) | NP_000577.2 | Цитокин важен для пролиферации Т- и В-клеток[11] |
Клиническое значение
Белок HSH2D был изучен наряду с другими генами человека, которые, как предполагается, участвуют в человеческих генах. иммунная система. Было обнаружено, что HSH2D высоко экспрессируется у пациентов с язвенный колит.[12] Белок также связан с активностью альфа-интерферона.[13]
Гомология
HSH2D имеет четыре удаленных паралоги и несколько ортологов у других видов, имеющих высокий уровень сохранности.
Паралоги
Четыре паралога HSH2D у человека - это другие белки, содержащие домены SH2. У них нет высокого уровня сохранности, кроме этой области. Все паралоги были найдены через генокарты[14]
| Имя | Регистрационный номер NCBI | Длина последовательности (аминокислоты) | Сходство последовательности | Идентичность последовательности |
|---|---|---|---|---|
| SH2D2A | NP_001154913.1 | 399 | 29% | 21.7% |
| SH2D7 | NP_001094874.1 | 451 | 33.1% | 25.9% |
| SH2D4A | NP_001167630.1 | 454 | 12% | 17.4% |
| SH2D4B | NP_997255.2 | 357 | 33.7% | 18.1% |
Ортологи
HSH2D имеет несколько ортологичных белков, которые охватывают несколько порядков видов. Белок хорошо сохраняется у млекопитающих, а также у некоторых рептилий, амфибий и беспозвоночных. Следующий список не является исчерпывающим, скорее, он показывает широкий спектр организмов, в которых может быть обнаружен этот белок. Все ортологичные белки были обнаружены с ВЗРЫВ[15] или же BLAT[16] программы.[кем? ]
| Научное название | Распространенное имя | Заказ | Регистрационный номер NCBI | Длина последовательности (аминокислоты) | Идентичность последовательности | Сходство последовательности |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Пан троглодиты | Шимпанзе | Приматы | NP_001229302.1 | 352 | 99% | 99.70% |
| Heterocephalus glaber | Голая кротовая крыса | Rodentia | EHB15865.1 | 324 | 54% | 63.40% |
| Hipposideros armiger | Большая круглая летучая мышь | Рукокрылые | XP_019497370.1 | 360 | 67% | 76.10% |
| Condylura cristata | Звездноносая родинка | Сорикоморфа | XP_004688256.1 | 355 | 62% | 72.10% |
| Камелус дромедарий | Дромадер верблюд | Цетариодактиля | XP_010993355.1 | 360 | 66% | 75.70% |
| Panthera pardus | Леопард | Хищник | XP_019271712.1 | 360 | 62% | 71.40% |
| Мелеагрис галлопаво | Дикая индейка | Птица | XP_010723595.1 | 326 | 23% | 28.80% |
| Анолис каролинский | Каролина анол | Рептилия | XP_016854511.1 | 567 | 22% | 31.50% |
| Xenopus tropicalis | Западная когтистая лягушка | Амфибия | XP_012809627.1 | 363 | 31% | 42.80% |
| Callorhinchus milii | Австралийская акула-призрак | Рыбы | XP_007899329.1 | 500 | 26% | 33.10% |
| Lingula anatina | Lingula | Беспозвоночные | XP_013404014.1 | 187 | 18% | 23.40% |
| Биомфалария глабрата | Нет данных | Беспозвоночные | XP_013080865.1 | 818 | 12% | 10.10% |
| Salpingoeca rosetta | Нет данных | Протиста | XP_004995081.1 | 481 | 17.70% | 10.90% |
Рекомендации
- ^ «гемопоэтический SH2-домен, содержащий [Homo sapiens (человек)]». Национальный центр биотехнологической информации. 2017-04-22.
- ^ Брендель, В., Бухер, П., Нурбахш, И.Р., Блейсделл, Б.Е. И Карлин, С. (1992) "Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей" Proc. Natl. Sci. США 89, 2009-2006 гг.
- ^ Филиппакопулос, Панагис (декабрь 2009 г.). «Домены SH2: модуляторы активности нерецепторной тирозинкиназы». Текущее мнение в структурной биологии. 19 (6): 643–649. Дои:10.1016 / j.sbi.2009.10.001. ЧВК 2791838. PMID 19926274.
- ^ Гилл, Д. Дж. (Март 2011 г.). "Местоположение, местоположение, местоположение: новые сведения о белке O-GalNAc. гликозилирование ". Тенденции в клеточной биологии. 21 (3): 149–158. Дои:10.1016 / j.tcb.2010.11.004. PMID 21145746.
- ^ "И-ТАССЕР".
- ^ а б "NCBI GEO".
- ^ Макинтош, К.Г. (2016). «Секвенирование SOLiD SAGE показывает дифференциальную экспрессию генов в образцах лимфатических узлов тощей кишки устойчивого и чувствительного благородного оленя (Cervus elaphus), зараженного Mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis». Ветеринарная иммунология и иммунопатология. 169: 102–110. Дои:10.1016 / j.vetimm.2015.10.009. PMID 26620077.
- ^ Татеб, Кен (2010). «Сетевой анализ дифференциальной экспрессии генов в эпителиальных клетках легких человека во время инфекций птичьего гриппа». BMC Bioinformatics. 11: 170. Дои:10.1186/1471-2105-11-170. ЧВК 2868837. PMID 20370926.
- ^ "STRING: Сеть взаимодействия белков и белков".
- ^ "TNK2 тирозинкиназа без рецептора 2".
- ^ «ИЛ2 Интерлейкин 2».
- ^ Кларк, Питер (2012). «Биоинформатический анализ выявляет сигнатуры транскриптома и микроРНК, а также мишени для репозиции лекарств при ВЗК и других аутоиммунных заболеваниях». Воспалительные заболевания кишечника. 18 (12): 2315–33. Дои:10.1002 / ibd.22958. PMID 22488912. S2CID 4629313.
- ^ Шмайссер, Х (2010). «Идентификация индуцированных альфа-интерфероном генов, связанных с противовирусной активностью в клетках Дауди, и характеристика IFIT3 как нового противовирусного гена». Журнал вирусологии. 84 (20): 10671–0680. Дои:10.1128 / jvi.00818-10. ЧВК 2950578. PMID 20686046.
- ^ "Ген HSH2D".
- ^ "NCBI BLAST".
- ^ "Поиск генома UCSC BLAT".